# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.122 0.211 0.101 0.021 0.276 0.034 0.045 0.061 0.045 0.052 0.032 2 T 0.291 0.114 0.015 0.004 0.429 0.010 0.030 0.028 0.018 0.027 0.035 3 Y 0.336 0.069 0.005 0.002 0.505 0.006 0.012 0.013 0.006 0.007 0.036 4 K 0.205 0.088 0.005 0.003 0.616 0.013 0.031 0.012 0.004 0.005 0.017 5 L 0.228 0.045 0.003 0.001 0.707 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 6 I 0.319 0.049 0.003 0.002 0.580 0.002 0.003 0.005 0.001 0.003 0.033 7 L 0.237 0.140 0.018 0.005 0.514 0.006 0.005 0.005 0.002 0.007 0.060 8 N 0.252 0.178 0.039 0.013 0.357 0.008 0.011 0.014 0.006 0.029 0.094 9 L 0.119 0.147 0.039 0.023 0.185 0.019 0.021 0.158 0.150 0.075 0.064 10 K 0.032 0.085 0.048 0.031 0.072 0.059 0.108 0.347 0.150 0.052 0.015 11 Q 0.044 0.070 0.037 0.012 0.068 0.012 0.038 0.394 0.145 0.151 0.029 12 A 0.055 0.090 0.035 0.009 0.076 0.010 0.021 0.470 0.121 0.079 0.033 13 K 0.020 0.051 0.022 0.006 0.033 0.009 0.015 0.634 0.157 0.043 0.011 14 E 0.010 0.022 0.007 0.002 0.021 0.004 0.012 0.739 0.154 0.022 0.005 15 E 0.009 0.013 0.005 0.002 0.017 0.004 0.021 0.818 0.090 0.015 0.004 16 A 0.014 0.014 0.005 0.002 0.018 0.002 0.016 0.798 0.090 0.035 0.007 17 I 0.014 0.013 0.004 0.002 0.016 0.002 0.008 0.805 0.108 0.020 0.007 18 K 0.005 0.013 0.004 0.002 0.012 0.007 0.019 0.804 0.125 0.007 0.002 19 E 0.008 0.022 0.008 0.002 0.017 0.007 0.057 0.730 0.107 0.036 0.006 20 A 0.056 0.021 0.007 0.002 0.054 0.004 0.020 0.587 0.086 0.119 0.044 21 V 0.052 0.223 0.038 0.007 0.161 0.016 0.032 0.358 0.050 0.036 0.027 22 D 0.136 0.196 0.071 0.010 0.156 0.014 0.021 0.232 0.030 0.062 0.073 23 A 0.004 0.006 0.002 0.001 0.007 0.003 0.005 0.735 0.222 0.014 0.002 24 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.903 0.068 0.007 0.001 25 T 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.914 0.040 0.028 0.002 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.050 0.005 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.056 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.014 0.001 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.056 0.001 0.001 32 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.929 0.041 0.002 0.001 33 I 0.013 0.006 0.003 0.001 0.013 0.003 0.060 0.804 0.068 0.023 0.006 34 A 0.022 0.045 0.012 0.008 0.033 0.012 0.048 0.566 0.176 0.062 0.017 35 N 0.032 0.046 0.053 0.022 0.040 0.024 0.097 0.421 0.107 0.116 0.043 36 A 0.014 0.077 0.043 0.014 0.036 0.028 0.156 0.349 0.206 0.061 0.016 37 K 0.045 0.178 0.090 0.026 0.065 0.036 0.058 0.074 0.052 0.313 0.063 38 T 0.129 0.091 0.048 0.015 0.127 0.010 0.017 0.076 0.047 0.263 0.176 39 V 0.154 0.161 0.068 0.032 0.232 0.046 0.054 0.081 0.050 0.054 0.068 40 E 0.043 0.115 0.073 0.266 0.042 0.193 0.113 0.038 0.036 0.044 0.036 41 G 0.053 0.072 0.130 0.228 0.073 0.033 0.018 0.027 0.036 0.245 0.085 42 V 0.127 0.262 0.047 0.010 0.426 0.005 0.010 0.031 0.024 0.027 0.031 43 W 0.218 0.198 0.032 0.004 0.426 0.010 0.011 0.019 0.012 0.014 0.056 44 T 0.168 0.245 0.093 0.020 0.283 0.027 0.031 0.032 0.014 0.028 0.059 45 Y 0.198 0.185 0.085 0.027 0.234 0.015 0.013 0.093 0.051 0.041 0.059 46 K 0.036 0.068 0.034 0.045 0.073 0.084 0.057 0.344 0.195 0.049 0.016 47 D 0.064 0.070 0.041 0.025 0.111 0.021 0.051 0.323 0.168 0.102 0.023 48 E 0.060 0.039 0.018 0.008 0.087 0.014 0.039 0.330 0.171 0.194 0.040 49 I 0.138 0.271 0.051 0.007 0.255 0.010 0.025 0.126 0.058 0.032 0.027 50 K 0.128 0.145 0.041 0.012 0.270 0.046 0.074 0.114 0.051 0.066 0.055 51 T 0.207 0.192 0.034 0.010 0.362 0.011 0.039 0.046 0.027 0.032 0.041 52 F 0.190 0.193 0.041 0.010 0.412 0.014 0.014 0.024 0.016 0.029 0.058 53 T 0.167 0.196 0.035 0.006 0.520 0.005 0.010 0.014 0.006 0.010 0.030 54 V 0.275 0.169 0.028 0.009 0.295 0.009 0.011 0.031 0.022 0.033 0.117 55 T 0.119 0.233 0.121 0.036 0.297 0.036 0.033 0.045 0.021 0.025 0.034 56 E 0.131 0.167 0.074 0.027 0.209 0.031 0.044 0.138 0.087 0.047 0.044