# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.175 0.166 0.170 0.142 0.115 0.088 0.063 0.038 0.021 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 2 T 0.040 0.058 0.078 0.126 0.187 0.168 0.128 0.091 0.056 0.034 0.020 0.007 0.003 0.002 3 Y 0.009 0.011 0.020 0.047 0.076 0.114 0.175 0.131 0.127 0.107 0.095 0.051 0.024 0.013 4 K 0.012 0.014 0.024 0.044 0.065 0.088 0.141 0.167 0.161 0.105 0.092 0.049 0.022 0.017 5 L 0.003 0.001 0.003 0.005 0.009 0.020 0.030 0.091 0.130 0.166 0.216 0.160 0.124 0.044 6 I 0.003 0.002 0.004 0.009 0.018 0.025 0.050 0.119 0.154 0.193 0.135 0.154 0.089 0.044 7 L 0.005 0.004 0.005 0.011 0.017 0.037 0.055 0.121 0.135 0.192 0.197 0.127 0.071 0.025 8 N 0.022 0.029 0.042 0.085 0.117 0.129 0.147 0.105 0.123 0.072 0.066 0.038 0.012 0.013 9 L 0.016 0.026 0.036 0.081 0.117 0.156 0.162 0.127 0.127 0.082 0.049 0.013 0.005 0.003 10 K 0.101 0.146 0.162 0.155 0.158 0.118 0.070 0.044 0.028 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 11 Q 0.284 0.214 0.179 0.122 0.091 0.046 0.028 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 A 0.154 0.108 0.139 0.145 0.158 0.135 0.083 0.045 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 13 K 0.250 0.181 0.169 0.140 0.128 0.063 0.035 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 14 E 0.365 0.204 0.164 0.113 0.083 0.036 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.378 0.235 0.151 0.109 0.069 0.031 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.109 0.081 0.110 0.146 0.182 0.145 0.103 0.083 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 17 I 0.044 0.037 0.059 0.127 0.179 0.195 0.163 0.110 0.050 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 18 K 0.280 0.221 0.169 0.127 0.088 0.053 0.032 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 19 E 0.177 0.181 0.180 0.153 0.136 0.079 0.043 0.023 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 20 A 0.038 0.036 0.053 0.118 0.159 0.181 0.176 0.132 0.061 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 21 V 0.048 0.046 0.074 0.108 0.150 0.197 0.172 0.098 0.059 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 22 D 0.081 0.081 0.106 0.162 0.191 0.137 0.096 0.067 0.043 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 23 A 0.040 0.035 0.053 0.089 0.135 0.185 0.161 0.116 0.092 0.052 0.024 0.010 0.005 0.002 24 G 0.172 0.139 0.149 0.172 0.154 0.099 0.058 0.024 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 25 T 0.158 0.164 0.166 0.170 0.145 0.090 0.051 0.028 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 26 A 0.024 0.018 0.034 0.080 0.135 0.237 0.206 0.132 0.088 0.031 0.009 0.003 0.001 0.001 27 E 0.079 0.130 0.169 0.233 0.204 0.094 0.049 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 28 K 0.425 0.261 0.154 0.076 0.045 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.042 0.050 0.084 0.178 0.207 0.176 0.144 0.086 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 30 F 0.015 0.016 0.043 0.071 0.132 0.174 0.251 0.180 0.080 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 31 K 0.188 0.223 0.201 0.154 0.115 0.059 0.032 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.315 0.229 0.169 0.117 0.078 0.046 0.023 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 33 I 0.057 0.053 0.083 0.164 0.220 0.173 0.120 0.074 0.036 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 34 A 0.047 0.054 0.085 0.145 0.181 0.179 0.146 0.090 0.047 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 35 N 0.297 0.216 0.147 0.138 0.086 0.057 0.030 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 36 A 0.335 0.216 0.180 0.110 0.080 0.040 0.020 0.008 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 37 K 0.293 0.190 0.159 0.146 0.104 0.056 0.026 0.011 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 38 T 0.255 0.143 0.136 0.113 0.127 0.094 0.060 0.033 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 39 V 0.076 0.049 0.060 0.117 0.167 0.169 0.120 0.107 0.054 0.047 0.022 0.008 0.005 0.001 40 E 0.298 0.181 0.154 0.112 0.092 0.059 0.043 0.024 0.016 0.007 0.007 0.004 0.001 0.001 41 G 0.100 0.054 0.070 0.108 0.144 0.135 0.103 0.086 0.075 0.068 0.032 0.016 0.006 0.003 42 V 0.099 0.097 0.100 0.147 0.159 0.117 0.096 0.071 0.058 0.027 0.017 0.008 0.003 0.002 43 W 0.106 0.077 0.085 0.124 0.115 0.135 0.106 0.088 0.062 0.048 0.033 0.012 0.005 0.002 44 T 0.142 0.103 0.120 0.128 0.138 0.120 0.099 0.061 0.047 0.018 0.013 0.007 0.002 0.001 45 Y 0.068 0.052 0.075 0.121 0.152 0.181 0.125 0.089 0.059 0.041 0.022 0.008 0.004 0.001 46 K 0.233 0.196 0.165 0.141 0.120 0.063 0.037 0.020 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 47 D 0.231 0.162 0.170 0.143 0.122 0.068 0.043 0.026 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 48 E 0.198 0.163 0.144 0.148 0.125 0.088 0.056 0.035 0.022 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 49 I 0.071 0.064 0.077 0.111 0.149 0.155 0.138 0.105 0.061 0.035 0.019 0.008 0.003 0.002 50 K 0.049 0.044 0.062 0.105 0.133 0.130 0.139 0.146 0.085 0.056 0.029 0.013 0.005 0.003 51 T 0.046 0.039 0.053 0.077 0.119 0.133 0.121 0.130 0.105 0.074 0.052 0.030 0.013 0.008 52 F 0.052 0.023 0.029 0.043 0.059 0.084 0.095 0.122 0.131 0.130 0.095 0.080 0.043 0.015 53 T 0.049 0.042 0.053 0.107 0.125 0.118 0.132 0.120 0.103 0.068 0.040 0.026 0.011 0.006 54 V 0.040 0.025 0.032 0.060 0.079 0.139 0.131 0.114 0.125 0.103 0.088 0.042 0.017 0.006 55 T 0.128 0.102 0.117 0.142 0.147 0.128 0.093 0.050 0.045 0.022 0.015 0.007 0.003 0.002 56 E 0.220 0.157 0.143 0.139 0.125 0.077 0.055 0.034 0.023 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001