# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.025 0.030 0.131 0.098 0.153 0.004 0.068 0.023 0.004 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.042 0.029 0.110 0.049 0.086 0.127 0.002 2 T 0.046 0.063 0.065 0.055 0.331 0.002 0.053 0.023 0.002 0.001 0.005 0.005 0.013 0.010 0.056 0.060 0.081 0.042 0.030 0.051 0.006 3 Y 0.123 0.230 0.094 0.094 0.100 0.002 0.029 0.036 0.001 0.001 0.013 0.013 0.037 0.028 0.071 0.032 0.023 0.013 0.018 0.025 0.016 4 K 0.224 0.302 0.038 0.033 0.087 0.002 0.006 0.023 0.001 0.001 0.032 0.022 0.065 0.061 0.034 0.028 0.008 0.004 0.003 0.003 0.022 5 L 0.245 0.367 0.025 0.030 0.031 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.033 0.027 0.091 0.072 0.022 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 6 I 0.261 0.346 0.010 0.014 0.033 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.037 0.039 0.088 0.100 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 7 L 0.317 0.288 0.030 0.042 0.024 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.029 0.039 0.089 0.073 0.027 0.009 0.002 0.001 0.002 0.002 0.017 8 N 0.170 0.251 0.022 0.041 0.191 0.001 0.006 0.012 0.003 0.001 0.019 0.027 0.048 0.066 0.034 0.047 0.011 0.009 0.010 0.018 0.014 9 L 0.067 0.077 0.042 0.072 0.127 0.002 0.027 0.026 0.005 0.001 0.009 0.012 0.023 0.040 0.169 0.053 0.123 0.035 0.034 0.049 0.007 10 K 0.024 0.035 0.055 0.061 0.080 0.008 0.096 0.097 0.007 0.002 0.004 0.004 0.011 0.016 0.073 0.031 0.175 0.059 0.050 0.109 0.003 11 Q 0.009 0.010 0.030 0.040 0.075 0.020 0.099 0.115 0.012 0.003 0.003 0.002 0.006 0.004 0.024 0.028 0.173 0.111 0.107 0.125 0.002 12 A 0.004 0.006 0.025 0.021 0.084 0.004 0.073 0.186 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.027 0.198 0.068 0.084 0.179 0.001 13 K 0.003 0.004 0.019 0.022 0.050 0.006 0.089 0.322 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.013 0.211 0.065 0.051 0.119 0.001 14 E 0.002 0.005 0.009 0.011 0.028 0.016 0.060 0.644 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.134 0.030 0.015 0.029 0.001 15 E 0.003 0.004 0.008 0.010 0.015 0.026 0.050 0.772 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.066 0.013 0.009 0.008 0.001 16 A 0.004 0.010 0.007 0.011 0.067 0.004 0.044 0.736 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.044 0.016 0.012 0.020 0.001 17 I 0.006 0.012 0.009 0.014 0.046 0.003 0.056 0.630 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.008 0.113 0.017 0.016 0.039 0.001 18 K 0.006 0.008 0.013 0.016 0.024 0.013 0.074 0.610 0.015 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.003 0.147 0.016 0.009 0.027 0.001 19 E 0.005 0.008 0.007 0.010 0.033 0.028 0.115 0.630 0.015 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.085 0.022 0.010 0.015 0.001 20 A 0.004 0.007 0.010 0.012 0.025 0.006 0.074 0.623 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.007 0.114 0.039 0.024 0.021 0.001 21 V 0.006 0.007 0.012 0.010 0.030 0.006 0.078 0.463 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.021 0.015 0.197 0.042 0.032 0.061 0.001 22 D 0.003 0.005 0.015 0.014 0.031 0.004 0.039 0.454 0.019 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.013 0.079 0.038 0.074 0.190 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.014 0.238 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.696 0.007 0.005 0.011 0.001 24 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.004 0.002 0.005 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.025 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.002 0.004 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.067 0.006 0.002 0.004 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.946 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.924 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 0.001 0.003 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 0.002 0.008 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.935 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.031 0.928 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 33 I 0.002 0.002 0.004 0.006 0.013 0.004 0.042 0.764 0.025 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.061 0.025 0.012 0.007 0.001 34 A 0.003 0.004 0.008 0.009 0.022 0.010 0.154 0.447 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.010 0.188 0.024 0.018 0.044 0.001 35 N 0.003 0.003 0.014 0.017 0.026 0.034 0.269 0.140 0.097 0.024 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.007 0.149 0.107 0.035 0.057 0.001 36 A 0.003 0.003 0.017 0.020 0.055 0.014 0.181 0.042 0.049 0.022 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.009 0.292 0.072 0.077 0.129 0.001 37 K 0.003 0.005 0.024 0.014 0.042 0.005 0.206 0.027 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.013 0.261 0.148 0.101 0.107 0.002 38 T 0.008 0.013 0.055 0.037 0.065 0.011 0.096 0.022 0.010 0.004 0.003 0.003 0.006 0.017 0.060 0.043 0.110 0.186 0.127 0.117 0.006 39 V 0.022 0.019 0.111 0.073 0.081 0.003 0.015 0.018 0.006 0.002 0.008 0.009 0.013 0.036 0.096 0.066 0.088 0.023 0.137 0.164 0.008 40 E 0.028 0.048 0.066 0.064 0.179 0.003 0.054 0.016 0.003 0.001 0.011 0.010 0.029 0.061 0.126 0.048 0.126 0.030 0.025 0.052 0.020 41 G 0.056 0.059 0.060 0.095 0.114 0.007 0.094 0.015 0.004 0.001 0.032 0.022 0.033 0.029 0.054 0.079 0.018 0.060 0.092 0.061 0.015 42 V 0.051 0.076 0.131 0.108 0.136 0.002 0.011 0.009 0.001 0.001 0.010 0.009 0.021 0.035 0.153 0.062 0.064 0.039 0.030 0.039 0.011 43 W 0.060 0.083 0.065 0.127 0.231 0.007 0.017 0.021 0.002 0.001 0.022 0.014 0.056 0.019 0.026 0.061 0.020 0.023 0.072 0.061 0.011 44 T 0.062 0.072 0.117 0.100 0.256 0.002 0.017 0.015 0.002 0.001 0.007 0.007 0.018 0.009 0.088 0.039 0.039 0.027 0.052 0.067 0.004 45 Y 0.030 0.034 0.078 0.139 0.159 0.002 0.026 0.037 0.002 0.001 0.007 0.005 0.010 0.006 0.087 0.054 0.092 0.026 0.074 0.127 0.004 46 K 0.027 0.036 0.082 0.111 0.129 0.011 0.051 0.065 0.007 0.003 0.004 0.003 0.006 0.003 0.032 0.007 0.288 0.033 0.029 0.071 0.002 47 D 0.022 0.025 0.040 0.067 0.124 0.042 0.210 0.176 0.011 0.007 0.004 0.002 0.008 0.001 0.008 0.009 0.116 0.041 0.040 0.045 0.002 48 E 0.026 0.053 0.052 0.084 0.225 0.005 0.139 0.061 0.007 0.006 0.002 0.002 0.005 0.002 0.021 0.010 0.160 0.067 0.030 0.039 0.003 49 I 0.063 0.092 0.064 0.056 0.235 0.006 0.167 0.053 0.004 0.002 0.005 0.004 0.010 0.003 0.020 0.028 0.056 0.032 0.037 0.058 0.004 50 K 0.087 0.126 0.217 0.202 0.102 0.005 0.027 0.016 0.003 0.001 0.006 0.005 0.012 0.005 0.045 0.007 0.043 0.026 0.019 0.040 0.006 51 T 0.075 0.101 0.015 0.022 0.558 0.001 0.021 0.013 0.001 0.001 0.011 0.010 0.021 0.008 0.012 0.051 0.014 0.012 0.019 0.020 0.013 52 F 0.091 0.102 0.338 0.204 0.027 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.011 0.010 0.022 0.013 0.109 0.006 0.009 0.006 0.013 0.016 0.008 53 T 0.082 0.094 0.023 0.036 0.441 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.025 0.020 0.040 0.023 0.015 0.084 0.016 0.015 0.024 0.020 0.019 54 V 0.085 0.070 0.147 0.165 0.074 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.017 0.021 0.044 0.031 0.188 0.019 0.024 0.014 0.032 0.033 0.009 55 T 0.045 0.061 0.060 0.093 0.229 0.002 0.023 0.023 0.002 0.001 0.010 0.011 0.023 0.021 0.051 0.066 0.062 0.028 0.064 0.121 0.007 56 E 0.029 0.029 0.062 0.082 0.147 0.007 0.057 0.025 0.003 0.001 0.007 0.006 0.011 0.009 0.086 0.030 0.234 0.056 0.046 0.070 0.003