# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.019 0.011 0.437 0.024 0.019 0.008 0.001 0.001 0.016 0.175 0.068 0.134 0.088 2 T 0.053 0.011 0.275 0.057 0.021 0.011 0.007 0.001 0.034 0.062 0.066 0.057 0.344 3 Y 0.180 0.006 0.112 0.080 0.011 0.006 0.038 0.007 0.059 0.023 0.019 0.250 0.207 4 K 0.328 0.003 0.036 0.054 0.004 0.005 0.126 0.022 0.061 0.008 0.004 0.132 0.219 5 L 0.522 0.001 0.006 0.009 0.001 0.002 0.168 0.043 0.050 0.001 0.001 0.122 0.075 6 I 0.724 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.076 0.043 0.038 0.001 0.001 0.038 0.067 7 L 0.500 0.003 0.020 0.017 0.001 0.003 0.104 0.036 0.051 0.005 0.002 0.169 0.088 8 N 0.257 0.004 0.124 0.020 0.002 0.009 0.031 0.013 0.113 0.019 0.008 0.096 0.305 9 L 0.040 0.007 0.310 0.063 0.034 0.091 0.009 0.002 0.045 0.086 0.098 0.058 0.157 10 K 0.014 0.007 0.231 0.029 0.080 0.175 0.002 0.001 0.019 0.142 0.186 0.054 0.059 11 Q 0.010 0.009 0.157 0.005 0.094 0.346 0.001 0.001 0.007 0.153 0.132 0.015 0.070 12 A 0.009 0.011 0.198 0.007 0.068 0.438 0.001 0.001 0.006 0.082 0.108 0.028 0.045 13 K 0.005 0.006 0.123 0.007 0.053 0.616 0.001 0.001 0.005 0.042 0.086 0.012 0.045 14 E 0.003 0.003 0.044 0.004 0.049 0.782 0.001 0.001 0.002 0.020 0.071 0.007 0.016 15 E 0.007 0.004 0.035 0.004 0.045 0.807 0.001 0.001 0.003 0.024 0.039 0.012 0.020 16 A 0.012 0.007 0.040 0.004 0.033 0.771 0.002 0.001 0.004 0.019 0.048 0.020 0.040 17 I 0.016 0.008 0.060 0.011 0.023 0.747 0.002 0.001 0.011 0.017 0.058 0.015 0.031 18 K 0.011 0.004 0.070 0.012 0.036 0.722 0.002 0.001 0.005 0.030 0.062 0.029 0.017 19 E 0.008 0.003 0.042 0.007 0.035 0.725 0.001 0.001 0.007 0.024 0.104 0.006 0.036 20 A 0.010 0.004 0.031 0.003 0.027 0.826 0.002 0.001 0.004 0.021 0.042 0.019 0.010 21 V 0.026 0.033 0.090 0.003 0.026 0.634 0.005 0.007 0.021 0.041 0.056 0.015 0.043 22 D 0.004 0.006 0.274 0.002 0.014 0.583 0.001 0.001 0.004 0.048 0.031 0.019 0.013 23 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.011 0.925 0.001 0.001 0.001 0.008 0.035 0.001 0.001 24 G 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.925 0.001 0.001 0.001 0.017 0.034 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.017 0.001 0.018 0.941 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.001 0.002 26 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 33 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 34 A 0.006 0.004 0.026 0.001 0.022 0.823 0.001 0.001 0.004 0.012 0.074 0.007 0.020 35 N 0.003 0.003 0.214 0.004 0.015 0.446 0.001 0.001 0.003 0.045 0.222 0.018 0.026 36 A 0.001 0.002 0.071 0.005 0.034 0.168 0.001 0.001 0.002 0.049 0.655 0.005 0.008 37 K 0.001 0.005 0.077 0.004 0.028 0.057 0.001 0.001 0.002 0.141 0.664 0.011 0.009 38 T 0.005 0.035 0.327 0.004 0.034 0.037 0.001 0.001 0.006 0.247 0.224 0.027 0.051 39 V 0.018 0.032 0.507 0.014 0.020 0.037 0.003 0.003 0.032 0.139 0.070 0.078 0.047 40 E 0.012 0.020 0.253 0.039 0.033 0.027 0.004 0.003 0.031 0.120 0.332 0.032 0.094 41 G 0.019 0.012 0.290 0.043 0.027 0.029 0.007 0.003 0.022 0.169 0.247 0.071 0.062 42 V 0.071 0.025 0.326 0.017 0.016 0.038 0.040 0.013 0.059 0.088 0.029 0.123 0.155 43 W 0.156 0.040 0.162 0.010 0.016 0.030 0.043 0.024 0.077 0.050 0.017 0.115 0.259 44 T 0.085 0.020 0.274 0.019 0.010 0.035 0.014 0.009 0.048 0.051 0.030 0.246 0.159 45 Y 0.053 0.031 0.229 0.034 0.043 0.067 0.010 0.005 0.027 0.115 0.064 0.054 0.269 46 K 0.035 0.011 0.289 0.032 0.063 0.047 0.003 0.001 0.011 0.120 0.167 0.098 0.124 47 D 0.025 0.009 0.161 0.044 0.170 0.097 0.001 0.001 0.010 0.134 0.251 0.039 0.059 48 E 0.042 0.014 0.123 0.024 0.127 0.095 0.004 0.001 0.008 0.074 0.305 0.085 0.098 49 I 0.127 0.018 0.213 0.057 0.028 0.030 0.011 0.004 0.020 0.060 0.074 0.030 0.330 50 K 0.061 0.002 0.045 0.013 0.003 0.007 0.006 0.002 0.016 0.021 0.007 0.807 0.010 51 T 0.076 0.005 0.047 0.005 0.003 0.004 0.019 0.009 0.020 0.008 0.011 0.003 0.791 52 F 0.067 0.004 0.080 0.051 0.002 0.004 0.024 0.008 0.024 0.016 0.006 0.700 0.014 53 T 0.149 0.007 0.109 0.008 0.006 0.007 0.037 0.023 0.136 0.025 0.013 0.040 0.441 54 V 0.068 0.019 0.243 0.028 0.013 0.012 0.046 0.015 0.081 0.053 0.033 0.184 0.204 55 T 0.037 0.012 0.449 0.027 0.008 0.009 0.007 0.004 0.073 0.096 0.028 0.156 0.094 56 E 0.012 0.011 0.485 0.009 0.025 0.018 0.002 0.001 0.015 0.167 0.062 0.037 0.155