# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.062 0.118 0.460 2 T 0.017 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.010 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.339 0.096 0.111 0.372 3 Y 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.008 0.005 0.003 0.001 0.685 0.059 0.042 0.174 4 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.010 0.003 0.780 0.079 0.016 0.083 5 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.005 0.917 0.019 0.008 0.029 6 I 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.803 0.031 0.020 0.120 7 L 0.007 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.016 0.024 0.074 8 N 0.065 0.104 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.097 0.104 0.362 9 L 0.145 0.132 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.090 0.117 0.392 10 K 0.064 0.175 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.037 0.095 0.562 11 Q 0.048 0.193 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.037 0.091 0.549 12 A 0.088 0.346 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.049 0.071 0.377 13 K 0.089 0.453 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.055 0.058 0.299 14 E 0.050 0.584 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 0.031 0.044 0.254 15 E 0.033 0.660 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.046 0.029 0.041 0.167 16 A 0.040 0.606 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.041 0.067 0.043 0.176 17 I 0.082 0.551 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 0.065 0.036 0.196 18 K 0.122 0.519 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.056 0.033 0.214 19 E 0.067 0.346 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.072 0.063 0.335 20 A 0.040 0.344 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.064 0.070 0.373 21 V 0.008 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.574 0.061 0.229 22 D 0.035 0.646 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.129 0.026 0.139 23 A 0.096 0.808 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.010 0.061 24 G 0.012 0.714 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.084 0.027 0.148 25 T 0.018 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.007 0.032 26 A 0.014 0.934 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.004 0.017 27 E 0.007 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.013 28 K 0.012 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.005 0.025 29 Y 0.015 0.871 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.009 0.031 30 F 0.058 0.747 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.097 0.012 0.056 31 K 0.095 0.380 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.232 0.026 0.229 32 L 0.116 0.235 0.011 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.137 0.088 0.367 33 I 0.085 0.114 0.024 0.004 0.006 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.128 0.116 0.463 34 A 0.066 0.028 0.021 0.002 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.098 0.138 0.592 35 N 0.175 0.048 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.092 0.094 0.552 36 A 0.196 0.040 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.059 0.115 0.561 37 K 0.029 0.014 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.052 0.150 0.685 38 T 0.103 0.015 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.063 0.121 0.610 39 V 0.082 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.086 0.120 0.531 40 E 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.089 0.070 0.167 0.633 41 G 0.016 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.008 0.003 0.007 0.007 0.006 0.004 0.276 0.116 0.110 0.402 42 V 0.029 0.053 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.014 0.010 0.004 0.003 0.005 0.008 0.011 0.012 0.208 0.089 0.116 0.430 43 W 0.009 0.039 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.007 0.007 0.008 0.006 0.420 0.059 0.074 0.345 44 T 0.028 0.072 0.005 0.002 0.011 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.008 0.006 0.311 0.099 0.080 0.338 45 Y 0.150 0.154 0.006 0.002 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.172 0.119 0.075 0.301 46 K 0.083 0.113 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.098 0.087 0.489 47 D 0.085 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.135 0.133 0.509 48 E 0.039 0.047 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.118 0.117 0.426 49 I 0.077 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.058 0.100 0.610 50 K 0.020 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.413 0.044 0.066 0.415 51 T 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.215 0.055 0.091 0.605 52 F 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.555 0.044 0.061 0.301 53 T 0.018 0.016 0.002 0.001 0.005 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.420 0.074 0.081 0.343 54 V 0.010 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.463 0.034 0.067 0.405 55 T 0.129 0.042 0.003 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.109 0.087 0.418 56 E 0.059 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.062 0.115 0.611