# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.012 0.014 0.002 0.053 0.119 0.182 0.108 0.001 0.001 0.050 0.460 2 T 0.005 0.006 0.001 0.050 0.126 0.389 0.075 0.001 0.001 0.053 0.295 3 Y 0.002 0.005 0.001 0.082 0.281 0.395 0.054 0.001 0.001 0.051 0.127 4 K 0.001 0.003 0.001 0.139 0.333 0.367 0.024 0.001 0.001 0.050 0.083 5 L 0.001 0.002 0.001 0.131 0.289 0.481 0.016 0.001 0.001 0.038 0.044 6 I 0.002 0.005 0.001 0.181 0.298 0.390 0.022 0.001 0.001 0.031 0.069 7 L 0.008 0.017 0.002 0.129 0.333 0.360 0.023 0.001 0.001 0.035 0.092 8 N 0.075 0.101 0.003 0.069 0.128 0.204 0.072 0.007 0.002 0.052 0.288 9 L 0.199 0.186 0.006 0.034 0.053 0.069 0.054 0.011 0.003 0.052 0.332 10 K 0.105 0.160 0.004 0.019 0.033 0.042 0.095 0.007 0.002 0.053 0.480 11 Q 0.048 0.296 0.005 0.011 0.019 0.034 0.068 0.007 0.002 0.044 0.466 12 A 0.053 0.428 0.006 0.008 0.028 0.027 0.060 0.010 0.002 0.044 0.335 13 K 0.041 0.715 0.004 0.004 0.014 0.017 0.021 0.007 0.001 0.027 0.148 14 E 0.038 0.719 0.003 0.004 0.014 0.015 0.019 0.006 0.001 0.036 0.143 15 E 0.020 0.734 0.006 0.006 0.017 0.021 0.019 0.004 0.003 0.047 0.124 16 A 0.018 0.735 0.009 0.006 0.015 0.014 0.021 0.005 0.003 0.058 0.116 17 I 0.025 0.845 0.005 0.002 0.004 0.006 0.020 0.004 0.002 0.034 0.052 18 K 0.029 0.798 0.004 0.003 0.006 0.006 0.010 0.006 0.002 0.063 0.072 19 E 0.020 0.815 0.004 0.005 0.006 0.007 0.008 0.005 0.003 0.051 0.076 20 A 0.010 0.794 0.006 0.008 0.005 0.006 0.013 0.003 0.002 0.052 0.101 21 V 0.011 0.020 0.003 0.006 0.004 0.006 0.021 0.006 0.003 0.846 0.076 22 D 0.019 0.813 0.012 0.006 0.003 0.002 0.018 0.003 0.007 0.068 0.048 23 A 0.027 0.901 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.010 0.049 24 G 0.013 0.871 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.005 0.002 0.034 0.059 25 T 0.016 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.026 0.038 26 A 0.014 0.926 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.018 0.022 27 E 0.024 0.874 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.037 0.041 28 K 0.016 0.817 0.007 0.002 0.002 0.003 0.007 0.005 0.004 0.056 0.081 29 Y 0.012 0.871 0.010 0.001 0.003 0.002 0.006 0.003 0.005 0.025 0.062 30 F 0.036 0.836 0.009 0.003 0.003 0.007 0.011 0.006 0.006 0.030 0.053 31 K 0.059 0.408 0.011 0.009 0.010 0.016 0.043 0.014 0.007 0.167 0.255 32 L 0.049 0.389 0.019 0.021 0.026 0.022 0.050 0.010 0.011 0.146 0.257 33 I 0.119 0.127 0.043 0.033 0.022 0.026 0.097 0.011 0.023 0.196 0.305 34 A 0.098 0.021 0.046 0.029 0.015 0.029 0.102 0.015 0.018 0.087 0.540 35 N 0.380 0.017 0.003 0.017 0.009 0.018 0.081 0.011 0.003 0.030 0.431 36 A 0.136 0.007 0.001 0.026 0.014 0.022 0.127 0.004 0.001 0.038 0.624 37 K 0.007 0.004 0.001 0.027 0.015 0.016 0.155 0.001 0.001 0.019 0.756 38 T 0.070 0.005 0.001 0.033 0.017 0.070 0.108 0.006 0.001 0.053 0.636 39 V 0.050 0.003 0.001 0.026 0.036 0.028 0.119 0.002 0.001 0.034 0.702 40 E 0.008 0.002 0.001 0.056 0.041 0.047 0.115 0.001 0.001 0.050 0.679 41 G 0.007 0.005 0.001 0.101 0.076 0.145 0.098 0.001 0.001 0.062 0.504 42 V 0.008 0.013 0.001 0.171 0.160 0.154 0.093 0.001 0.001 0.041 0.359 43 W 0.012 0.019 0.001 0.141 0.142 0.283 0.073 0.002 0.001 0.047 0.280 44 T 0.037 0.072 0.002 0.089 0.109 0.152 0.097 0.004 0.001 0.055 0.383 45 Y 0.160 0.208 0.005 0.045 0.061 0.076 0.066 0.010 0.002 0.071 0.296 46 K 0.189 0.108 0.005 0.036 0.059 0.064 0.072 0.005 0.002 0.129 0.331 47 D 0.039 0.024 0.002 0.023 0.041 0.076 0.113 0.003 0.001 0.188 0.490 48 E 0.026 0.027 0.003 0.030 0.115 0.185 0.116 0.002 0.001 0.094 0.400 49 I 0.019 0.008 0.001 0.028 0.180 0.316 0.056 0.002 0.001 0.048 0.342 50 K 0.008 0.004 0.001 0.030 0.276 0.443 0.025 0.001 0.001 0.023 0.190 51 T 0.002 0.001 0.001 0.015 0.299 0.454 0.032 0.001 0.001 0.025 0.172 52 F 0.002 0.001 0.001 0.030 0.383 0.368 0.039 0.001 0.001 0.032 0.144 53 T 0.003 0.002 0.001 0.036 0.295 0.410 0.049 0.001 0.001 0.032 0.174 54 V 0.009 0.004 0.001 0.021 0.229 0.312 0.052 0.001 0.001 0.036 0.337 55 T 0.057 0.013 0.001 0.032 0.168 0.257 0.073 0.001 0.001 0.052 0.346 56 E 0.041 0.021 0.001 0.025 0.067 0.131 0.094 0.001 0.001 0.042 0.576