# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.030 0.039 0.036 0.071 0.149 0.143 0.048 0.485 2 T 0.014 0.028 0.040 0.083 0.233 0.127 0.060 0.415 3 Y 0.002 0.018 0.084 0.198 0.367 0.072 0.080 0.179 4 K 0.001 0.013 0.194 0.289 0.362 0.020 0.081 0.040 5 L 0.001 0.013 0.150 0.412 0.297 0.017 0.042 0.067 6 I 0.002 0.009 0.236 0.361 0.307 0.014 0.033 0.038 7 L 0.007 0.013 0.231 0.327 0.217 0.034 0.051 0.121 8 N 0.068 0.061 0.138 0.128 0.169 0.070 0.091 0.275 9 L 0.229 0.131 0.039 0.033 0.038 0.083 0.094 0.352 10 K 0.079 0.193 0.016 0.023 0.023 0.074 0.075 0.517 11 Q 0.109 0.237 0.011 0.011 0.019 0.069 0.056 0.488 12 A 0.081 0.320 0.013 0.018 0.019 0.067 0.061 0.421 13 K 0.093 0.600 0.007 0.009 0.013 0.032 0.059 0.188 14 E 0.089 0.596 0.004 0.012 0.014 0.030 0.078 0.177 15 E 0.028 0.558 0.018 0.029 0.027 0.033 0.152 0.155 16 A 0.047 0.598 0.014 0.014 0.042 0.024 0.082 0.178 17 I 0.057 0.717 0.020 0.018 0.015 0.020 0.083 0.070 18 K 0.024 0.713 0.019 0.018 0.018 0.021 0.073 0.113 19 E 0.028 0.808 0.012 0.009 0.020 0.013 0.023 0.087 20 A 0.043 0.686 0.050 0.010 0.029 0.026 0.078 0.079 21 V 0.006 0.043 0.109 0.019 0.018 0.048 0.673 0.085 22 D 0.025 0.806 0.008 0.005 0.005 0.019 0.082 0.050 23 A 0.077 0.857 0.003 0.001 0.001 0.007 0.020 0.035 24 G 0.008 0.867 0.003 0.002 0.001 0.013 0.034 0.072 25 T 0.010 0.920 0.002 0.001 0.001 0.006 0.035 0.027 26 A 0.019 0.879 0.004 0.001 0.001 0.005 0.076 0.016 27 E 0.018 0.883 0.001 0.001 0.001 0.005 0.062 0.028 28 K 0.007 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.041 29 Y 0.006 0.938 0.004 0.001 0.002 0.005 0.021 0.022 30 F 0.017 0.857 0.014 0.003 0.004 0.008 0.077 0.020 31 K 0.027 0.470 0.023 0.013 0.011 0.023 0.340 0.094 32 L 0.057 0.347 0.055 0.038 0.037 0.050 0.142 0.275 33 I 0.108 0.138 0.168 0.031 0.062 0.068 0.175 0.248 34 A 0.041 0.016 0.179 0.033 0.033 0.107 0.102 0.489 35 N 0.345 0.020 0.028 0.011 0.021 0.064 0.068 0.442 36 A 0.090 0.005 0.033 0.010 0.015 0.117 0.044 0.686 37 K 0.007 0.003 0.033 0.013 0.026 0.123 0.021 0.773 38 T 0.033 0.006 0.035 0.042 0.085 0.148 0.038 0.614 39 V 0.046 0.005 0.074 0.073 0.091 0.140 0.046 0.525 40 E 0.009 0.004 0.093 0.061 0.111 0.118 0.053 0.552 41 G 0.010 0.012 0.149 0.100 0.227 0.085 0.085 0.332 42 V 0.007 0.008 0.099 0.257 0.242 0.080 0.046 0.260 43 W 0.006 0.005 0.074 0.209 0.209 0.086 0.038 0.374 44 T 0.051 0.038 0.065 0.180 0.282 0.064 0.093 0.228 45 Y 0.237 0.054 0.038 0.069 0.101 0.086 0.144 0.270 46 K 0.059 0.044 0.026 0.118 0.138 0.091 0.111 0.412 47 D 0.042 0.015 0.034 0.063 0.248 0.088 0.125 0.384 48 E 0.010 0.010 0.061 0.246 0.295 0.077 0.074 0.228 49 I 0.014 0.004 0.062 0.110 0.300 0.087 0.054 0.369 50 K 0.008 0.004 0.081 0.273 0.314 0.066 0.079 0.174 51 T 0.003 0.001 0.041 0.115 0.235 0.085 0.029 0.491 52 F 0.003 0.001 0.128 0.267 0.347 0.048 0.043 0.163 53 T 0.008 0.002 0.098 0.230 0.226 0.078 0.052 0.307 54 V 0.017 0.002 0.070 0.198 0.159 0.088 0.047 0.418 55 T 0.086 0.008 0.050 0.095 0.159 0.097 0.071 0.433 56 E 0.056 0.008 0.025 0.069 0.092 0.111 0.043 0.595