# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.224 0.122 0.066 0.121 0.105 0.090 0.120 0.066 0.045 0.027 0.014 2 T 0.117 0.106 0.068 0.176 0.136 0.094 0.113 0.071 0.061 0.038 0.022 3 Y 0.006 0.011 0.014 0.026 0.036 0.070 0.153 0.148 0.218 0.204 0.114 4 K 0.015 0.064 0.082 0.213 0.207 0.165 0.110 0.059 0.044 0.025 0.016 5 L 0.003 0.004 0.013 0.014 0.025 0.037 0.104 0.198 0.197 0.216 0.189 6 I 0.003 0.007 0.016 0.048 0.074 0.098 0.171 0.174 0.173 0.147 0.088 7 L 0.004 0.002 0.009 0.009 0.016 0.025 0.092 0.140 0.238 0.258 0.205 8 N 0.021 0.107 0.193 0.306 0.180 0.094 0.054 0.021 0.014 0.007 0.004 9 L 0.014 0.019 0.032 0.045 0.071 0.091 0.226 0.172 0.151 0.105 0.075 10 K 0.353 0.175 0.102 0.153 0.089 0.051 0.043 0.018 0.009 0.004 0.002 11 Q 0.257 0.215 0.173 0.186 0.082 0.038 0.029 0.011 0.005 0.003 0.002 12 A 0.067 0.080 0.064 0.088 0.102 0.114 0.152 0.114 0.088 0.077 0.052 13 K 0.130 0.231 0.105 0.179 0.126 0.082 0.079 0.036 0.019 0.009 0.004 14 E 0.235 0.114 0.213 0.173 0.101 0.072 0.054 0.022 0.010 0.005 0.002 15 E 0.144 0.123 0.240 0.223 0.122 0.070 0.046 0.019 0.007 0.004 0.002 16 A 0.037 0.047 0.057 0.087 0.101 0.120 0.200 0.151 0.104 0.063 0.032 17 I 0.016 0.034 0.068 0.082 0.104 0.110 0.190 0.153 0.111 0.088 0.045 18 K 0.047 0.086 0.374 0.223 0.128 0.069 0.039 0.017 0.009 0.005 0.002 19 E 0.127 0.137 0.262 0.240 0.115 0.056 0.039 0.015 0.006 0.002 0.001 20 A 0.016 0.011 0.024 0.036 0.056 0.065 0.158 0.194 0.178 0.130 0.131 21 V 0.027 0.017 0.033 0.044 0.079 0.091 0.177 0.187 0.151 0.117 0.078 22 D 0.010 0.112 0.337 0.198 0.130 0.079 0.064 0.029 0.021 0.013 0.007 23 A 0.012 0.009 0.033 0.048 0.101 0.140 0.275 0.178 0.107 0.058 0.038 24 G 0.709 0.086 0.083 0.061 0.024 0.013 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 25 T 0.034 0.081 0.109 0.248 0.200 0.114 0.127 0.050 0.022 0.009 0.006 26 A 0.003 0.003 0.010 0.010 0.023 0.026 0.090 0.155 0.208 0.237 0.235 27 E 0.043 0.069 0.257 0.209 0.168 0.124 0.087 0.023 0.012 0.006 0.002 28 K 0.011 0.038 0.651 0.175 0.071 0.031 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 29 Y 0.011 0.014 0.040 0.083 0.125 0.166 0.254 0.160 0.077 0.049 0.019 30 F 0.001 0.002 0.006 0.006 0.010 0.022 0.093 0.135 0.268 0.297 0.160 31 K 0.006 0.022 0.267 0.195 0.204 0.147 0.090 0.034 0.019 0.011 0.004 32 L 0.020 0.028 0.493 0.158 0.106 0.078 0.069 0.027 0.011 0.008 0.002 33 I 0.004 0.006 0.019 0.025 0.037 0.165 0.308 0.150 0.152 0.102 0.033 34 A 0.003 0.003 0.006 0.007 0.011 0.022 0.082 0.116 0.240 0.276 0.234 35 N 0.022 0.079 0.198 0.231 0.191 0.109 0.092 0.039 0.020 0.013 0.005 36 A 0.094 0.150 0.239 0.171 0.123 0.093 0.068 0.028 0.017 0.011 0.005 37 K 0.420 0.160 0.046 0.119 0.083 0.060 0.057 0.033 0.013 0.006 0.004 38 T 0.339 0.194 0.036 0.106 0.070 0.055 0.067 0.051 0.036 0.025 0.020 39 V 0.014 0.014 0.010 0.019 0.032 0.057 0.108 0.113 0.199 0.199 0.235 40 E 0.163 0.269 0.109 0.226 0.131 0.048 0.026 0.014 0.007 0.004 0.002 41 G 0.045 0.031 0.028 0.057 0.065 0.117 0.186 0.143 0.153 0.112 0.064 42 V 0.096 0.099 0.036 0.186 0.163 0.127 0.123 0.077 0.047 0.027 0.018 43 W 0.019 0.011 0.014 0.035 0.050 0.079 0.158 0.184 0.189 0.154 0.105 44 T 0.032 0.098 0.091 0.189 0.158 0.121 0.112 0.073 0.057 0.042 0.028 45 Y 0.006 0.007 0.009 0.021 0.037 0.067 0.178 0.164 0.209 0.171 0.129 46 K 0.301 0.261 0.114 0.180 0.077 0.031 0.019 0.008 0.005 0.003 0.002 47 D 0.149 0.110 0.091 0.179 0.135 0.106 0.109 0.052 0.034 0.021 0.012 48 E 0.181 0.121 0.063 0.149 0.115 0.106 0.117 0.064 0.044 0.027 0.012 49 I 0.058 0.082 0.074 0.126 0.102 0.113 0.147 0.098 0.095 0.071 0.034 50 K 0.016 0.043 0.080 0.102 0.102 0.162 0.167 0.115 0.101 0.077 0.035 51 T 0.050 0.113 0.115 0.186 0.136 0.114 0.108 0.071 0.052 0.035 0.020 52 F 0.014 0.008 0.016 0.024 0.042 0.064 0.158 0.243 0.178 0.147 0.105 53 T 0.135 0.159 0.125 0.209 0.127 0.064 0.065 0.051 0.033 0.021 0.012 54 V 0.028 0.020 0.031 0.048 0.067 0.066 0.157 0.173 0.166 0.129 0.116 55 T 0.204 0.233 0.125 0.178 0.108 0.058 0.044 0.022 0.015 0.008 0.005 56 E 0.237 0.138 0.084 0.154 0.116 0.075 0.093 0.050 0.030 0.014 0.009