# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.110 0.011 0.007 0.024 0.090 0.093 0.105 0.001 0.001 0.007 0.550 2 T 0.040 0.007 0.003 0.052 0.076 0.085 0.075 0.001 0.001 0.003 0.658 3 Y 0.024 0.010 0.004 0.149 0.273 0.346 0.057 0.001 0.001 0.003 0.133 4 K 0.008 0.009 0.001 0.145 0.272 0.386 0.069 0.001 0.001 0.002 0.108 5 L 0.005 0.008 0.001 0.181 0.329 0.373 0.024 0.001 0.001 0.001 0.078 6 I 0.004 0.012 0.002 0.225 0.225 0.441 0.015 0.001 0.001 0.001 0.074 7 L 0.003 0.016 0.001 0.199 0.310 0.397 0.015 0.001 0.001 0.001 0.058 8 N 0.007 0.020 0.002 0.113 0.302 0.368 0.037 0.001 0.001 0.002 0.148 9 L 0.012 0.023 0.003 0.064 0.136 0.339 0.069 0.001 0.001 0.003 0.349 10 K 0.029 0.026 0.005 0.027 0.079 0.186 0.264 0.002 0.001 0.006 0.374 11 Q 0.062 0.021 0.003 0.015 0.016 0.027 0.219 0.002 0.001 0.006 0.628 12 A 0.133 0.137 0.013 0.013 0.023 0.034 0.124 0.003 0.001 0.008 0.513 13 K 0.063 0.202 0.008 0.008 0.017 0.031 0.216 0.004 0.001 0.005 0.447 14 E 0.080 0.263 0.007 0.006 0.014 0.029 0.127 0.004 0.001 0.005 0.466 15 E 0.059 0.395 0.006 0.005 0.015 0.026 0.118 0.004 0.001 0.003 0.368 16 A 0.052 0.545 0.006 0.003 0.010 0.013 0.105 0.004 0.001 0.001 0.259 17 I 0.027 0.823 0.005 0.002 0.005 0.008 0.024 0.003 0.001 0.001 0.102 18 K 0.021 0.826 0.005 0.004 0.008 0.014 0.022 0.004 0.001 0.001 0.096 19 E 0.032 0.807 0.004 0.003 0.005 0.007 0.025 0.006 0.001 0.001 0.109 20 A 0.067 0.839 0.008 0.003 0.004 0.006 0.009 0.010 0.001 0.001 0.053 21 V 0.026 0.889 0.011 0.005 0.005 0.007 0.007 0.012 0.001 0.001 0.038 22 D 0.039 0.848 0.010 0.004 0.005 0.008 0.008 0.019 0.001 0.001 0.059 23 A 0.055 0.761 0.013 0.012 0.003 0.008 0.015 0.016 0.001 0.001 0.116 24 G 0.070 0.537 0.011 0.007 0.004 0.009 0.090 0.014 0.001 0.002 0.257 25 T 0.073 0.465 0.036 0.005 0.002 0.003 0.201 0.009 0.001 0.002 0.205 26 A 0.035 0.728 0.019 0.003 0.001 0.003 0.028 0.005 0.001 0.001 0.177 27 E 0.016 0.735 0.005 0.002 0.001 0.003 0.027 0.003 0.001 0.001 0.207 28 K 0.031 0.746 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.192 29 Y 0.030 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.059 30 F 0.009 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.039 31 K 0.006 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.027 32 L 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.027 33 I 0.015 0.959 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 34 A 0.016 0.919 0.009 0.001 0.002 0.003 0.002 0.025 0.001 0.001 0.023 35 N 0.061 0.756 0.025 0.004 0.008 0.011 0.006 0.064 0.001 0.001 0.065 36 A 0.178 0.503 0.040 0.012 0.009 0.015 0.009 0.054 0.001 0.002 0.178 37 K 0.150 0.171 0.055 0.017 0.025 0.028 0.109 0.039 0.001 0.012 0.395 38 T 0.297 0.018 0.131 0.019 0.029 0.036 0.139 0.012 0.001 0.019 0.299 39 V 0.117 0.025 0.117 0.095 0.067 0.060 0.122 0.004 0.001 0.009 0.383 40 E 0.016 0.010 0.009 0.087 0.069 0.079 0.128 0.001 0.001 0.004 0.598 41 G 0.036 0.005 0.004 0.104 0.091 0.119 0.098 0.001 0.001 0.013 0.529 42 V 0.126 0.009 0.004 0.134 0.106 0.155 0.106 0.001 0.001 0.007 0.352 43 W 0.014 0.011 0.002 0.146 0.117 0.197 0.101 0.001 0.001 0.002 0.410 44 T 0.014 0.012 0.003 0.072 0.207 0.376 0.073 0.001 0.001 0.004 0.239 45 Y 0.017 0.024 0.002 0.063 0.114 0.292 0.089 0.001 0.001 0.004 0.393 46 K 0.034 0.025 0.002 0.027 0.093 0.230 0.131 0.001 0.001 0.006 0.452 47 D 0.061 0.014 0.002 0.017 0.023 0.041 0.148 0.001 0.001 0.008 0.684 48 E 0.320 0.056 0.009 0.021 0.041 0.057 0.184 0.003 0.001 0.013 0.296 49 I 0.193 0.066 0.018 0.043 0.066 0.089 0.149 0.005 0.001 0.009 0.362 50 K 0.095 0.061 0.016 0.055 0.258 0.228 0.052 0.005 0.001 0.006 0.224 51 T 0.027 0.015 0.006 0.067 0.119 0.181 0.059 0.002 0.001 0.003 0.520 52 F 0.060 0.010 0.007 0.180 0.255 0.287 0.031 0.002 0.001 0.002 0.167 53 T 0.006 0.004 0.003 0.246 0.250 0.226 0.053 0.001 0.001 0.001 0.209 54 V 0.003 0.003 0.003 0.212 0.219 0.295 0.035 0.001 0.001 0.002 0.227 55 T 0.003 0.004 0.002 0.262 0.194 0.266 0.080 0.001 0.001 0.004 0.187 56 E 0.006 0.001 0.001 0.055 0.056 0.134 0.050 0.001 0.001 0.003 0.694