# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.108 0.250 0.054 0.020 0.274 0.027 0.047 0.092 0.049 0.040 0.039 2 T 0.267 0.103 0.017 0.007 0.403 0.012 0.023 0.048 0.024 0.037 0.059 3 Y 0.248 0.102 0.006 0.003 0.579 0.005 0.006 0.016 0.006 0.006 0.021 4 K 0.197 0.074 0.007 0.003 0.661 0.007 0.009 0.018 0.004 0.003 0.017 5 L 0.351 0.038 0.003 0.001 0.576 0.001 0.003 0.008 0.002 0.002 0.015 6 I 0.411 0.048 0.003 0.002 0.493 0.002 0.006 0.009 0.002 0.002 0.021 7 L 0.188 0.142 0.055 0.005 0.458 0.010 0.012 0.017 0.006 0.008 0.098 8 N 0.235 0.204 0.051 0.012 0.229 0.012 0.014 0.043 0.020 0.036 0.144 9 L 0.073 0.169 0.041 0.023 0.145 0.032 0.042 0.204 0.167 0.069 0.038 10 K 0.036 0.097 0.057 0.026 0.065 0.040 0.091 0.312 0.174 0.079 0.024 11 Q 0.074 0.088 0.049 0.017 0.095 0.015 0.050 0.311 0.098 0.143 0.060 12 A 0.044 0.177 0.054 0.019 0.086 0.024 0.034 0.328 0.122 0.085 0.028 13 K 0.042 0.127 0.047 0.016 0.067 0.017 0.024 0.460 0.112 0.065 0.023 14 E 0.013 0.027 0.010 0.004 0.024 0.006 0.011 0.706 0.156 0.033 0.010 15 E 0.006 0.015 0.006 0.002 0.010 0.004 0.022 0.825 0.086 0.018 0.004 16 A 0.013 0.025 0.006 0.002 0.014 0.002 0.013 0.816 0.070 0.033 0.006 17 I 0.011 0.009 0.003 0.002 0.013 0.004 0.006 0.772 0.140 0.035 0.005 18 K 0.005 0.010 0.004 0.003 0.010 0.006 0.017 0.803 0.132 0.008 0.002 19 E 0.008 0.012 0.006 0.003 0.011 0.004 0.051 0.754 0.101 0.045 0.004 20 A 0.049 0.020 0.007 0.003 0.044 0.004 0.039 0.628 0.101 0.090 0.016 21 V 0.047 0.127 0.031 0.011 0.113 0.020 0.042 0.413 0.127 0.046 0.024 22 D 0.065 0.067 0.030 0.010 0.074 0.016 0.050 0.462 0.097 0.094 0.035 23 A 0.019 0.042 0.013 0.004 0.041 0.004 0.015 0.626 0.166 0.059 0.011 24 G 0.009 0.028 0.016 0.006 0.014 0.012 0.034 0.746 0.095 0.031 0.007 25 T 0.016 0.055 0.020 0.002 0.019 0.002 0.006 0.771 0.066 0.032 0.011 26 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.884 0.097 0.008 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.049 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.019 0.002 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.023 0.005 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.048 0.003 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.039 0.001 0.001 32 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.968 0.012 0.002 0.001 33 I 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.919 0.039 0.010 0.001 34 A 0.004 0.006 0.003 0.001 0.009 0.005 0.022 0.823 0.098 0.023 0.004 35 N 0.007 0.014 0.013 0.004 0.012 0.011 0.038 0.729 0.110 0.055 0.009 36 A 0.008 0.164 0.088 0.015 0.029 0.030 0.120 0.379 0.119 0.037 0.011 37 K 0.037 0.348 0.146 0.046 0.056 0.020 0.036 0.045 0.036 0.155 0.076 38 T 0.096 0.071 0.056 0.036 0.072 0.012 0.013 0.034 0.032 0.318 0.262 39 V 0.211 0.139 0.075 0.027 0.234 0.041 0.050 0.063 0.046 0.058 0.057 40 E 0.046 0.086 0.076 0.171 0.058 0.217 0.159 0.052 0.050 0.061 0.025 41 G 0.080 0.093 0.214 0.282 0.108 0.040 0.012 0.020 0.026 0.087 0.038 42 V 0.171 0.162 0.019 0.005 0.467 0.010 0.023 0.052 0.039 0.027 0.026 43 W 0.182 0.191 0.051 0.003 0.461 0.004 0.007 0.014 0.006 0.012 0.070 44 T 0.235 0.239 0.050 0.009 0.296 0.009 0.010 0.024 0.010 0.024 0.095 45 Y 0.118 0.237 0.130 0.047 0.210 0.038 0.025 0.064 0.047 0.040 0.044 46 K 0.097 0.079 0.044 0.039 0.112 0.060 0.102 0.233 0.151 0.056 0.027 47 D 0.075 0.079 0.047 0.029 0.095 0.037 0.075 0.152 0.141 0.213 0.057 48 E 0.137 0.179 0.030 0.014 0.320 0.015 0.039 0.074 0.060 0.087 0.045 49 I 0.310 0.120 0.024 0.016 0.319 0.018 0.020 0.036 0.026 0.047 0.064 50 K 0.130 0.226 0.063 0.025 0.356 0.037 0.044 0.039 0.023 0.020 0.038 51 T 0.341 0.082 0.023 0.013 0.375 0.012 0.016 0.029 0.020 0.040 0.048 52 F 0.157 0.232 0.038 0.011 0.414 0.015 0.024 0.028 0.020 0.021 0.039 53 T 0.162 0.223 0.066 0.003 0.448 0.004 0.007 0.014 0.006 0.009 0.058 54 V 0.209 0.249 0.041 0.009 0.276 0.010 0.015 0.046 0.028 0.043 0.074 55 T 0.075 0.327 0.171 0.029 0.217 0.022 0.024 0.057 0.031 0.016 0.029 56 E 0.105 0.090 0.034 0.018 0.114 0.029 0.071 0.295 0.141 0.068 0.036