# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.658 0.195 0.110 0.026 0.008 0.002 0.001 2 T 0.207 0.274 0.318 0.134 0.047 0.018 0.002 3 Y 0.016 0.056 0.099 0.279 0.360 0.181 0.010 4 K 0.039 0.117 0.262 0.272 0.209 0.086 0.016 5 L 0.010 0.024 0.036 0.069 0.166 0.559 0.135 6 I 0.017 0.043 0.093 0.222 0.319 0.252 0.054 7 L 0.017 0.034 0.059 0.195 0.319 0.303 0.071 8 N 0.116 0.237 0.339 0.177 0.092 0.034 0.005 9 L 0.068 0.116 0.176 0.309 0.224 0.101 0.007 10 K 0.462 0.303 0.158 0.057 0.015 0.005 0.001 11 Q 0.564 0.281 0.101 0.038 0.013 0.003 0.001 12 A 0.294 0.230 0.204 0.179 0.077 0.016 0.001 13 K 0.464 0.282 0.156 0.072 0.020 0.006 0.001 14 E 0.466 0.283 0.143 0.079 0.024 0.005 0.001 15 E 0.443 0.307 0.152 0.068 0.024 0.007 0.001 16 A 0.097 0.132 0.228 0.264 0.211 0.064 0.004 17 I 0.092 0.142 0.189 0.277 0.187 0.102 0.010 18 K 0.233 0.281 0.263 0.143 0.060 0.018 0.003 19 E 0.150 0.288 0.271 0.193 0.071 0.025 0.004 20 A 0.048 0.062 0.118 0.215 0.309 0.224 0.024 21 V 0.059 0.096 0.141 0.232 0.259 0.187 0.026 22 D 0.112 0.226 0.275 0.201 0.122 0.055 0.009 23 A 0.069 0.104 0.171 0.269 0.242 0.132 0.014 24 G 0.267 0.360 0.196 0.121 0.038 0.017 0.002 25 T 0.173 0.312 0.261 0.142 0.080 0.030 0.003 26 A 0.034 0.055 0.089 0.232 0.325 0.242 0.023 27 E 0.081 0.239 0.305 0.260 0.086 0.026 0.003 28 K 0.176 0.414 0.233 0.122 0.040 0.013 0.002 29 Y 0.019 0.066 0.205 0.338 0.281 0.084 0.006 30 F 0.005 0.011 0.026 0.102 0.339 0.455 0.063 31 K 0.034 0.167 0.363 0.263 0.127 0.042 0.004 32 L 0.057 0.276 0.275 0.227 0.110 0.051 0.004 33 I 0.031 0.103 0.195 0.303 0.252 0.108 0.007 34 A 0.042 0.067 0.121 0.295 0.322 0.139 0.014 35 N 0.275 0.298 0.258 0.114 0.046 0.009 0.001 36 A 0.515 0.253 0.153 0.064 0.012 0.003 0.001 37 K 0.697 0.193 0.095 0.011 0.003 0.001 0.001 38 T 0.258 0.377 0.210 0.105 0.039 0.010 0.001 39 V 0.055 0.070 0.101 0.243 0.370 0.151 0.010 40 E 0.199 0.356 0.234 0.155 0.039 0.015 0.002 41 G 0.097 0.149 0.182 0.215 0.245 0.101 0.011 42 V 0.085 0.239 0.243 0.279 0.116 0.035 0.005 43 W 0.034 0.047 0.100 0.202 0.343 0.248 0.026 44 T 0.089 0.160 0.265 0.234 0.173 0.072 0.007 45 Y 0.084 0.147 0.221 0.278 0.200 0.066 0.006 46 K 0.422 0.336 0.162 0.058 0.018 0.004 0.001 47 D 0.604 0.266 0.073 0.042 0.011 0.004 0.001 48 E 0.459 0.232 0.182 0.077 0.038 0.011 0.001 49 I 0.202 0.269 0.223 0.181 0.090 0.032 0.003 50 K 0.140 0.189 0.222 0.233 0.160 0.052 0.004 51 T 0.219 0.298 0.196 0.178 0.078 0.028 0.002 52 F 0.113 0.115 0.155 0.213 0.229 0.163 0.012 53 T 0.207 0.239 0.254 0.173 0.093 0.032 0.003 54 V 0.139 0.119 0.178 0.288 0.197 0.072 0.006 55 T 0.562 0.261 0.118 0.044 0.012 0.003 0.001 56 E 0.698 0.188 0.078 0.026 0.008 0.002 0.001