# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.194 0.188 0.174 0.156 0.107 0.081 0.045 0.025 0.016 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 2 T 0.035 0.066 0.083 0.157 0.188 0.158 0.124 0.098 0.047 0.023 0.011 0.005 0.002 0.002 3 Y 0.009 0.009 0.013 0.029 0.063 0.106 0.157 0.170 0.163 0.116 0.077 0.049 0.028 0.010 4 K 0.015 0.016 0.028 0.042 0.077 0.102 0.137 0.147 0.157 0.117 0.085 0.042 0.021 0.015 5 L 0.007 0.004 0.007 0.011 0.022 0.034 0.065 0.089 0.126 0.172 0.216 0.143 0.070 0.034 6 I 0.005 0.006 0.007 0.018 0.031 0.056 0.070 0.113 0.163 0.152 0.120 0.125 0.086 0.048 7 L 0.007 0.006 0.007 0.012 0.022 0.043 0.082 0.113 0.153 0.198 0.166 0.107 0.061 0.022 8 N 0.017 0.038 0.045 0.095 0.134 0.154 0.177 0.164 0.077 0.043 0.036 0.010 0.004 0.007 9 L 0.014 0.021 0.034 0.069 0.116 0.142 0.149 0.138 0.132 0.080 0.061 0.023 0.014 0.007 10 K 0.138 0.131 0.164 0.179 0.138 0.106 0.060 0.037 0.029 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.302 0.196 0.225 0.105 0.067 0.050 0.024 0.012 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 A 0.118 0.109 0.090 0.157 0.206 0.133 0.096 0.052 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 13 K 0.234 0.182 0.168 0.148 0.104 0.082 0.044 0.017 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.424 0.185 0.128 0.096 0.069 0.049 0.027 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.380 0.212 0.146 0.096 0.069 0.049 0.025 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.103 0.076 0.090 0.140 0.172 0.160 0.109 0.080 0.037 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 17 I 0.072 0.059 0.062 0.136 0.174 0.166 0.131 0.101 0.055 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 18 K 0.263 0.174 0.165 0.132 0.095 0.074 0.042 0.023 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 19 E 0.158 0.123 0.135 0.160 0.156 0.120 0.066 0.036 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 20 A 0.053 0.044 0.057 0.094 0.133 0.162 0.155 0.136 0.072 0.041 0.028 0.013 0.010 0.003 21 V 0.110 0.085 0.084 0.108 0.149 0.131 0.140 0.101 0.044 0.024 0.014 0.006 0.003 0.002 22 D 0.103 0.091 0.094 0.143 0.162 0.144 0.101 0.071 0.051 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 23 A 0.059 0.048 0.059 0.112 0.160 0.162 0.149 0.115 0.063 0.035 0.021 0.009 0.005 0.002 24 G 0.253 0.165 0.163 0.144 0.126 0.071 0.039 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 T 0.183 0.168 0.161 0.148 0.132 0.095 0.055 0.032 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 26 A 0.033 0.024 0.027 0.076 0.164 0.198 0.219 0.132 0.084 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 27 E 0.144 0.201 0.247 0.169 0.105 0.081 0.028 0.011 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.537 0.257 0.088 0.055 0.028 0.024 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.038 0.072 0.091 0.189 0.219 0.196 0.109 0.054 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 30 F 0.020 0.020 0.032 0.077 0.146 0.198 0.206 0.182 0.071 0.022 0.016 0.005 0.003 0.001 31 K 0.188 0.242 0.185 0.158 0.100 0.076 0.029 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.295 0.187 0.189 0.135 0.090 0.061 0.021 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 33 I 0.052 0.061 0.084 0.170 0.211 0.184 0.115 0.077 0.027 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 34 A 0.065 0.069 0.093 0.155 0.200 0.166 0.121 0.079 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 35 N 0.243 0.199 0.156 0.163 0.119 0.063 0.030 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.447 0.187 0.172 0.078 0.047 0.037 0.016 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.311 0.180 0.182 0.120 0.082 0.070 0.032 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 T 0.188 0.138 0.113 0.149 0.156 0.118 0.075 0.032 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 39 V 0.115 0.069 0.059 0.108 0.149 0.148 0.133 0.114 0.050 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 40 E 0.239 0.143 0.134 0.130 0.115 0.086 0.056 0.040 0.028 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 41 G 0.117 0.062 0.069 0.101 0.128 0.127 0.115 0.094 0.069 0.057 0.033 0.018 0.008 0.003 42 V 0.113 0.087 0.103 0.136 0.163 0.121 0.105 0.074 0.044 0.027 0.016 0.006 0.002 0.002 43 W 0.144 0.067 0.074 0.098 0.128 0.118 0.101 0.096 0.066 0.052 0.028 0.016 0.008 0.003 44 T 0.131 0.110 0.098 0.143 0.166 0.115 0.097 0.069 0.037 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 45 Y 0.087 0.067 0.078 0.127 0.167 0.144 0.118 0.088 0.061 0.031 0.017 0.009 0.004 0.002 46 K 0.255 0.177 0.165 0.126 0.101 0.071 0.052 0.020 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 47 D 0.353 0.200 0.152 0.104 0.066 0.063 0.030 0.013 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 48 E 0.150 0.133 0.107 0.158 0.158 0.137 0.080 0.037 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 49 I 0.060 0.045 0.056 0.099 0.146 0.165 0.152 0.128 0.067 0.038 0.022 0.012 0.007 0.002 50 K 0.119 0.073 0.083 0.115 0.146 0.136 0.108 0.087 0.063 0.034 0.021 0.011 0.004 0.002 51 T 0.086 0.045 0.061 0.085 0.112 0.112 0.118 0.118 0.091 0.071 0.050 0.032 0.015 0.006 52 F 0.057 0.031 0.036 0.057 0.099 0.113 0.138 0.126 0.099 0.085 0.075 0.051 0.024 0.011 53 T 0.083 0.056 0.070 0.085 0.111 0.123 0.113 0.105 0.096 0.070 0.042 0.027 0.012 0.007 54 V 0.082 0.042 0.042 0.061 0.110 0.112 0.153 0.136 0.087 0.070 0.065 0.022 0.012 0.006 55 T 0.120 0.087 0.103 0.123 0.139 0.124 0.099 0.078 0.056 0.034 0.022 0.009 0.004 0.003 56 E 0.178 0.093 0.109 0.130 0.136 0.110 0.085 0.064 0.041 0.029 0.013 0.007 0.003 0.001