# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.073 0.398 0.004 0.044 0.067 0.111 0.043 0.007 0.001 0.055 0.196 2 L 0.039 0.160 0.011 0.049 0.083 0.132 0.058 0.007 0.003 0.196 0.263 3 C 0.054 0.325 0.006 0.055 0.095 0.096 0.049 0.006 0.001 0.071 0.242 4 E 0.062 0.537 0.002 0.022 0.029 0.032 0.029 0.007 0.001 0.053 0.226 5 M 0.023 0.596 0.004 0.015 0.023 0.030 0.038 0.009 0.001 0.045 0.216 6 S 0.017 0.814 0.004 0.004 0.009 0.016 0.013 0.006 0.001 0.039 0.078 7 L 0.028 0.881 0.002 0.002 0.005 0.006 0.007 0.006 0.001 0.018 0.045 8 E 0.042 0.856 0.002 0.001 0.004 0.007 0.009 0.005 0.001 0.021 0.051 9 A 0.082 0.575 0.026 0.008 0.007 0.018 0.029 0.021 0.014 0.085 0.135 10 W 0.199 0.111 0.140 0.015 0.018 0.042 0.043 0.035 0.053 0.157 0.186 11 L 0.475 0.029 0.015 0.019 0.022 0.022 0.045 0.013 0.009 0.048 0.302 12 A 0.122 0.007 0.005 0.006 0.011 0.011 0.065 0.003 0.002 0.021 0.748 13 Q 0.010 0.005 0.002 0.018 0.015 0.023 0.115 0.001 0.001 0.019 0.792 14 G 0.027 0.004 0.001 0.009 0.004 0.006 0.094 0.001 0.001 0.019 0.835 15 H 0.009 0.003 0.001 0.019 0.056 0.036 0.228 0.001 0.001 0.023 0.625 16 P 0.010 0.030 0.001 0.019 0.005 0.008 0.073 0.001 0.001 0.017 0.835 17 L 0.114 0.175 0.001 0.032 0.012 0.018 0.092 0.008 0.001 0.051 0.498 18 P 0.080 0.426 0.001 0.016 0.002 0.006 0.052 0.006 0.001 0.033 0.378 19 K 0.043 0.177 0.004 0.070 0.018 0.039 0.078 0.005 0.001 0.203 0.363 20 R 0.061 0.275 0.007 0.060 0.014 0.043 0.066 0.008 0.002 0.112 0.354 21 V 0.155 0.330 0.006 0.040 0.020 0.025 0.059 0.016 0.002 0.078 0.269 22 R 0.062 0.213 0.016 0.019 0.029 0.047 0.066 0.013 0.005 0.110 0.418 23 N 0.152 0.316 0.006 0.014 0.016 0.038 0.053 0.008 0.002 0.059 0.337 24 A 0.107 0.187 0.006 0.010 0.013 0.021 0.077 0.012 0.003 0.048 0.516 25 Y 0.074 0.079 0.013 0.017 0.027 0.034 0.127 0.009 0.004 0.202 0.414 26 D 0.083 0.250 0.008 0.018 0.017 0.027 0.077 0.007 0.002 0.074 0.436 27 R 0.062 0.366 0.002 0.012 0.008 0.009 0.061 0.006 0.001 0.042 0.433 28 R 0.018 0.680 0.003 0.007 0.012 0.019 0.032 0.007 0.001 0.025 0.196 29 T 0.017 0.807 0.002 0.005 0.007 0.018 0.016 0.004 0.001 0.033 0.090 30 W 0.055 0.705 0.004 0.010 0.017 0.023 0.017 0.005 0.001 0.048 0.114 31 E 0.065 0.628 0.005 0.022 0.036 0.063 0.025 0.008 0.001 0.044 0.104 32 L 0.091 0.200 0.035 0.019 0.034 0.107 0.055 0.025 0.018 0.129 0.287 33 L 0.192 0.064 0.012 0.044 0.092 0.094 0.075 0.007 0.005 0.070 0.345 34 R 0.126 0.057 0.007 0.022 0.038 0.053 0.054 0.006 0.003 0.042 0.594 35 L 0.058 0.024 0.005 0.024 0.026 0.030 0.108 0.011 0.002 0.044 0.667 36 G 0.220 0.014 0.005 0.009 0.016 0.021 0.094 0.008 0.003 0.036 0.573 37 E 0.013 0.003 0.001 0.007 0.025 0.023 0.120 0.001 0.001 0.021 0.786 38 E 0.010 0.009 0.002 0.008 0.009 0.014 0.072 0.001 0.001 0.014 0.859 39 D 0.516 0.024 0.003 0.012 0.010 0.010 0.058 0.017 0.002 0.031 0.316 40 P 0.381 0.007 0.002 0.005 0.003 0.004 0.063 0.006 0.002 0.021 0.505 41 K 0.017 0.003 0.001 0.028 0.016 0.040 0.085 0.001 0.001 0.011 0.799 42 E 0.024 0.001 0.001 0.014 0.004 0.013 0.073 0.001 0.001 0.012 0.858 43 L 0.003 0.001 0.001 0.049 0.084 0.079 0.256 0.001 0.001 0.020 0.508 44 P 0.034 0.006 0.001 0.022 0.008 0.016 0.074 0.002 0.001 0.022 0.814 45 L 0.584 0.009 0.001 0.013 0.019 0.014 0.062 0.004 0.001 0.024 0.270 46 P 0.066 0.016 0.001 0.022 0.005 0.011 0.126 0.001 0.001 0.044 0.708 47 G 0.011 0.018 0.001 0.087 0.027 0.063 0.118 0.001 0.001 0.031 0.643 48 G 0.037 0.076 0.002 0.071 0.038 0.071 0.110 0.003 0.001 0.042 0.550 49 L 0.029 0.068 0.002 0.049 0.131 0.127 0.089 0.004 0.001 0.079 0.422 50 S 0.040 0.221 0.002 0.066 0.083 0.156 0.052 0.005 0.001 0.074 0.299 51 L 0.053 0.194 0.003 0.047 0.069 0.141 0.062 0.006 0.001 0.094 0.328 52 L 0.067 0.180 0.003 0.051 0.092 0.131 0.075 0.007 0.001 0.059 0.335 53 D 0.088 0.087 0.005 0.032 0.078 0.145 0.067 0.004 0.002 0.150 0.342 54 Y 0.036 0.048 0.009 0.067 0.064 0.093 0.112 0.007 0.003 0.093 0.467 55 H 0.199 0.066 0.024 0.037 0.058 0.074 0.090 0.016 0.006 0.103 0.328 56 A 0.178 0.038 0.004 0.013 0.040 0.049 0.094 0.007 0.002 0.034 0.541 57 S 0.128 0.094 0.002 0.012 0.015 0.033 0.073 0.005 0.001 0.021 0.618 58 K 0.040 0.052 0.003 0.014 0.021 0.044 0.103 0.005 0.001 0.035 0.683 59 G 0.040 0.034 0.007 0.031 0.084 0.126 0.136 0.004 0.001 0.070 0.468 60 R 0.051 0.025 0.001 0.020 0.101 0.168 0.085 0.002 0.001 0.036 0.509 61 L 0.102 0.023 0.002 0.041 0.073 0.105 0.081 0.003 0.001 0.057 0.512 62 Q 0.020 0.006 0.007 0.031 0.091 0.171 0.095 0.002 0.002 0.066 0.508 63 G 0.111 0.004 0.006 0.028 0.070 0.109 0.080 0.002 0.001 0.052 0.535 64 R 0.373 0.004 0.001 0.013 0.056 0.041 0.057 0.002 0.001 0.037 0.416 65 E 0.043 0.007 0.001 0.017 0.028 0.039 0.098 0.002 0.001 0.020 0.747 66 G 0.007 0.006 0.001 0.015 0.025 0.047 0.084 0.001 0.001 0.016 0.799 67 G 0.008 0.007 0.001 0.036 0.247 0.200 0.078 0.001 0.001 0.034 0.387 68 R 0.010 0.012 0.001 0.081 0.259 0.369 0.037 0.001 0.001 0.049 0.179 69 V 0.013 0.014 0.001 0.089 0.227 0.286 0.041 0.002 0.001 0.041 0.286 70 A 0.007 0.004 0.001 0.138 0.262 0.379 0.028 0.001 0.001 0.033 0.147 71 W 0.017 0.003 0.001 0.115 0.228 0.333 0.034 0.001 0.001 0.039 0.229 72 V 0.007 0.002 0.001 0.097 0.268 0.220 0.073 0.001 0.001 0.041 0.291 73 A 0.010 0.003 0.002 0.048 0.117 0.127 0.086 0.002 0.001 0.025 0.580 74 D 0.395 0.005 0.002 0.019 0.039 0.038 0.071 0.005 0.001 0.061 0.366 75 P 0.011 0.001 0.001 0.006 0.020 0.025 0.134 0.001 0.001 0.021 0.779 76 K 0.023 0.004 0.001 0.009 0.009 0.016 0.075 0.001 0.001 0.015 0.847 77 D 0.308 0.004 0.003 0.006 0.009 0.010 0.075 0.004 0.001 0.042 0.539 78 P 0.022 0.004 0.001 0.016 0.010 0.015 0.132 0.002 0.001 0.021 0.779 79 R 0.038 0.002 0.001 0.010 0.006 0.012 0.061 0.001 0.001 0.023 0.846 80 K 0.002 0.001 0.001 0.034 0.036 0.053 0.194 0.001 0.001 0.018 0.662 81 P 0.028 0.025 0.001 0.018 0.005 0.015 0.074 0.002 0.001 0.016 0.815 82 I 0.211 0.010 0.002 0.019 0.035 0.026 0.111 0.003 0.001 0.199 0.384 83 P 0.016 0.022 0.005 0.077 0.016 0.036 0.152 0.002 0.001 0.092 0.581 84 H 0.101 0.039 0.003 0.091 0.037 0.086 0.096 0.005 0.001 0.063 0.479 85 L 0.179 0.016 0.005 0.079 0.032 0.065 0.099 0.010 0.002 0.051 0.462 86 T 0.038 0.011 0.002 0.078 0.085 0.139 0.087 0.002 0.001 0.034 0.524 87 G 0.024 0.003 0.001 0.082 0.076 0.150 0.079 0.001 0.001 0.037 0.546 88 L 0.004 0.001 0.001 0.053 0.229 0.220 0.139 0.001 0.001 0.021 0.333 89 L 0.007 0.002 0.001 0.067 0.108 0.145 0.091 0.001 0.001 0.021 0.558 90 V 0.035 0.002 0.001 0.041 0.078 0.070 0.123 0.001 0.001 0.037 0.610 91 P 0.064 0.006 0.001 0.038 0.029 0.039 0.144 0.002 0.001 0.034 0.644