# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.075 0.070 0.091 0.090 0.093 0.006 0.030 0.240 0.005 0.001 0.007 0.011 0.024 0.020 0.051 0.021 0.075 0.021 0.037 0.027 0.007 2 L 0.067 0.077 0.045 0.060 0.116 0.008 0.047 0.302 0.007 0.002 0.005 0.009 0.020 0.023 0.047 0.029 0.069 0.019 0.026 0.018 0.005 3 C 0.071 0.062 0.064 0.130 0.053 0.010 0.038 0.270 0.009 0.002 0.007 0.012 0.023 0.032 0.057 0.014 0.078 0.013 0.026 0.023 0.005 4 E 0.032 0.038 0.020 0.052 0.079 0.011 0.061 0.353 0.012 0.004 0.004 0.007 0.010 0.017 0.049 0.020 0.158 0.026 0.021 0.023 0.003 5 M 0.016 0.026 0.022 0.056 0.037 0.009 0.088 0.407 0.007 0.003 0.002 0.003 0.006 0.008 0.057 0.015 0.145 0.022 0.022 0.047 0.001 6 S 0.007 0.011 0.011 0.020 0.052 0.005 0.047 0.561 0.007 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.021 0.019 0.108 0.037 0.035 0.046 0.001 7 L 0.003 0.003 0.011 0.007 0.011 0.003 0.016 0.690 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.190 0.011 0.013 0.010 0.001 8 E 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.007 0.027 0.877 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.057 0.003 0.002 0.002 0.001 9 A 0.001 0.005 0.003 0.007 0.007 0.009 0.037 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.031 0.004 0.003 0.004 0.001 10 W 0.003 0.003 0.004 0.006 0.009 0.005 0.030 0.822 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.079 0.009 0.005 0.003 0.001 11 L 0.007 0.006 0.016 0.013 0.012 0.016 0.067 0.691 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.005 0.086 0.013 0.011 0.008 0.001 12 A 0.006 0.004 0.011 0.023 0.009 0.017 0.149 0.086 0.270 0.127 0.001 0.002 0.003 0.011 0.010 0.007 0.215 0.022 0.012 0.015 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.003 0.010 0.012 0.010 0.590 0.015 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.011 0.114 0.023 0.036 0.140 0.001 14 G 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 0.003 0.216 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.045 0.588 0.050 0.049 0.001 15 H 0.001 0.001 0.075 0.019 0.014 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.061 0.054 0.216 0.493 0.001 16 P 0.001 0.001 0.013 0.007 0.165 0.003 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.030 0.162 0.086 0.206 0.267 0.001 17 L 0.001 0.001 0.075 0.034 0.010 0.002 0.016 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.093 0.016 0.072 0.033 0.163 0.467 0.001 18 P 0.001 0.002 0.010 0.016 0.106 0.004 0.033 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.040 0.167 0.056 0.168 0.322 0.001 19 K 0.002 0.003 0.058 0.037 0.022 0.008 0.101 0.177 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.055 0.027 0.303 0.047 0.080 0.068 0.001 20 R 0.003 0.005 0.015 0.018 0.059 0.013 0.143 0.467 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.020 0.101 0.027 0.047 0.052 0.001 21 V 0.005 0.007 0.024 0.027 0.052 0.005 0.090 0.445 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.026 0.126 0.041 0.062 0.038 0.001 22 R 0.007 0.007 0.035 0.042 0.030 0.010 0.066 0.501 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.028 0.010 0.153 0.023 0.033 0.038 0.001 23 N 0.005 0.007 0.011 0.029 0.071 0.013 0.151 0.415 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.019 0.126 0.039 0.033 0.046 0.001 24 A 0.004 0.004 0.026 0.024 0.034 0.005 0.113 0.337 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.009 0.268 0.045 0.038 0.046 0.001 25 Y 0.004 0.004 0.020 0.025 0.034 0.013 0.193 0.325 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.010 0.152 0.071 0.049 0.069 0.001 26 D 0.003 0.004 0.020 0.029 0.045 0.016 0.191 0.261 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.014 0.158 0.083 0.069 0.071 0.001 27 R 0.005 0.006 0.034 0.045 0.052 0.009 0.101 0.227 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.011 0.243 0.048 0.090 0.087 0.001 28 R 0.006 0.008 0.025 0.043 0.068 0.010 0.119 0.249 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.015 0.206 0.048 0.069 0.094 0.001 29 T 0.008 0.015 0.027 0.044 0.113 0.006 0.072 0.286 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.035 0.030 0.159 0.039 0.066 0.083 0.001 30 W 0.014 0.022 0.043 0.027 0.070 0.005 0.050 0.491 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.035 0.014 0.143 0.026 0.023 0.021 0.001 31 E 0.016 0.034 0.041 0.073 0.036 0.011 0.038 0.599 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.032 0.010 0.052 0.009 0.015 0.018 0.001 32 L 0.040 0.051 0.018 0.039 0.159 0.008 0.069 0.354 0.013 0.004 0.003 0.005 0.011 0.008 0.040 0.029 0.091 0.018 0.025 0.013 0.002 33 L 0.048 0.047 0.148 0.149 0.028 0.014 0.059 0.226 0.008 0.001 0.004 0.004 0.011 0.010 0.081 0.008 0.083 0.013 0.024 0.031 0.003 34 R 0.027 0.034 0.015 0.082 0.206 0.009 0.136 0.060 0.021 0.010 0.003 0.008 0.010 0.008 0.019 0.034 0.130 0.073 0.066 0.048 0.002 35 L 0.005 0.007 0.059 0.064 0.043 0.003 0.086 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.107 0.013 0.188 0.045 0.074 0.269 0.001 36 G 0.001 0.002 0.015 0.014 0.082 0.006 0.061 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.040 0.147 0.120 0.463 0.001 37 E 0.001 0.001 0.055 0.018 0.027 0.002 0.018 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 0.442 0.059 0.158 0.179 0.001 38 E 0.001 0.002 0.020 0.014 0.050 0.016 0.333 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.010 0.169 0.077 0.067 0.167 0.001 39 D 0.001 0.001 0.017 0.022 0.019 0.001 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.017 0.017 0.492 0.371 0.001 40 P 0.001 0.001 0.008 0.006 0.039 0.001 0.008 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.680 0.095 0.042 0.075 0.001 41 K 0.001 0.001 0.014 0.022 0.011 0.072 0.545 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.116 0.013 0.029 0.076 0.001 42 E 0.001 0.002 0.011 0.011 0.105 0.012 0.421 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.021 0.079 0.177 0.058 0.059 0.001 43 L 0.002 0.003 0.119 0.066 0.032 0.003 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 0.017 0.065 0.039 0.189 0.384 0.001 44 P 0.004 0.004 0.022 0.024 0.269 0.001 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.031 0.106 0.074 0.165 0.242 0.001 45 L 0.002 0.002 0.073 0.076 0.021 0.002 0.012 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.079 0.017 0.056 0.045 0.219 0.383 0.001 46 P 0.001 0.002 0.014 0.019 0.092 0.004 0.030 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 0.399 0.031 0.111 0.237 0.001 47 G 0.002 0.005 0.018 0.024 0.040 0.024 0.403 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.032 0.132 0.085 0.051 0.108 0.001 48 G 0.009 0.013 0.062 0.035 0.081 0.007 0.154 0.080 0.002 0.001 0.006 0.004 0.008 0.007 0.040 0.039 0.141 0.130 0.085 0.093 0.004 49 L 0.032 0.037 0.087 0.044 0.134 0.004 0.043 0.095 0.003 0.001 0.009 0.009 0.020 0.015 0.059 0.060 0.113 0.055 0.106 0.067 0.007 50 S 0.047 0.059 0.095 0.087 0.092 0.010 0.057 0.174 0.005 0.001 0.009 0.014 0.028 0.031 0.054 0.027 0.084 0.027 0.046 0.045 0.005 51 L 0.043 0.061 0.029 0.064 0.131 0.008 0.080 0.206 0.005 0.002 0.006 0.010 0.023 0.030 0.055 0.052 0.094 0.036 0.034 0.025 0.005 52 L 0.042 0.045 0.088 0.088 0.042 0.009 0.064 0.249 0.007 0.002 0.010 0.011 0.025 0.037 0.082 0.017 0.093 0.022 0.034 0.028 0.005 53 D 0.037 0.042 0.038 0.066 0.094 0.011 0.081 0.228 0.012 0.004 0.004 0.010 0.017 0.036 0.036 0.040 0.111 0.037 0.048 0.043 0.003 54 Y 0.018 0.026 0.041 0.056 0.094 0.015 0.110 0.221 0.010 0.003 0.002 0.003 0.006 0.010 0.053 0.020 0.188 0.036 0.031 0.053 0.002 55 H 0.009 0.011 0.032 0.030 0.065 0.015 0.136 0.296 0.009 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.037 0.019 0.168 0.062 0.046 0.051 0.001 56 A 0.008 0.008 0.042 0.043 0.054 0.018 0.101 0.226 0.014 0.005 0.001 0.002 0.003 0.005 0.042 0.017 0.228 0.053 0.053 0.075 0.001 57 S 0.005 0.006 0.032 0.036 0.049 0.015 0.149 0.128 0.034 0.015 0.001 0.002 0.003 0.005 0.025 0.023 0.201 0.051 0.074 0.143 0.001 58 K 0.002 0.003 0.014 0.016 0.057 0.005 0.201 0.056 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.022 0.362 0.053 0.047 0.127 0.001 59 G 0.003 0.005 0.030 0.018 0.062 0.012 0.329 0.100 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.020 0.021 0.075 0.181 0.064 0.064 0.002 60 R 0.009 0.008 0.131 0.048 0.083 0.008 0.047 0.125 0.006 0.001 0.003 0.002 0.005 0.007 0.046 0.043 0.149 0.071 0.118 0.087 0.002 61 L 0.016 0.016 0.058 0.064 0.196 0.011 0.053 0.079 0.010 0.003 0.003 0.006 0.015 0.018 0.061 0.035 0.164 0.038 0.084 0.069 0.003 62 Q 0.011 0.012 0.072 0.076 0.109 0.011 0.129 0.068 0.005 0.002 0.004 0.005 0.007 0.012 0.082 0.030 0.170 0.040 0.066 0.088 0.003 63 G 0.008 0.013 0.039 0.059 0.172 0.006 0.136 0.050 0.004 0.003 0.003 0.003 0.007 0.008 0.054 0.036 0.094 0.134 0.072 0.099 0.002 64 R 0.010 0.008 0.159 0.096 0.109 0.004 0.032 0.026 0.009 0.004 0.004 0.003 0.004 0.005 0.060 0.026 0.138 0.045 0.111 0.147 0.002 65 E 0.006 0.006 0.034 0.037 0.155 0.006 0.062 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.022 0.446 0.033 0.031 0.100 0.001 66 G 0.004 0.011 0.022 0.040 0.098 0.006 0.463 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.022 0.068 0.058 0.037 0.119 0.002 67 G 0.027 0.047 0.087 0.063 0.268 0.003 0.074 0.017 0.001 0.001 0.007 0.004 0.011 0.004 0.028 0.037 0.045 0.131 0.062 0.080 0.004 68 R 0.098 0.102 0.221 0.142 0.121 0.002 0.011 0.023 0.001 0.001 0.012 0.009 0.032 0.011 0.061 0.019 0.042 0.013 0.041 0.023 0.014 69 V 0.163 0.151 0.043 0.048 0.305 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 0.025 0.031 0.047 0.017 0.031 0.029 0.015 0.005 0.030 0.008 0.024 70 A 0.133 0.251 0.137 0.144 0.065 0.002 0.010 0.018 0.001 0.001 0.008 0.017 0.047 0.021 0.090 0.011 0.012 0.005 0.008 0.010 0.007 71 W 0.129 0.255 0.047 0.136 0.163 0.003 0.012 0.018 0.001 0.001 0.020 0.019 0.050 0.028 0.030 0.026 0.020 0.010 0.008 0.012 0.014 72 V 0.152 0.167 0.119 0.128 0.128 0.003 0.017 0.012 0.001 0.001 0.014 0.021 0.029 0.018 0.090 0.018 0.023 0.008 0.022 0.017 0.012 73 A 0.103 0.105 0.063 0.147 0.224 0.001 0.030 0.003 0.002 0.001 0.004 0.006 0.028 0.011 0.085 0.023 0.052 0.022 0.022 0.066 0.003 74 D 0.015 0.011 0.086 0.088 0.090 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.003 0.037 0.014 0.019 0.025 0.143 0.438 0.003 75 P 0.001 0.001 0.018 0.008 0.054 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.645 0.045 0.073 0.111 0.001 76 K 0.001 0.002 0.011 0.012 0.025 0.021 0.536 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.150 0.065 0.029 0.101 0.001 77 D 0.001 0.001 0.027 0.018 0.019 0.003 0.039 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.056 0.052 0.411 0.341 0.001 78 P 0.001 0.001 0.007 0.006 0.030 0.003 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.685 0.048 0.044 0.133 0.001 79 R 0.001 0.001 0.009 0.011 0.033 0.026 0.589 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.088 0.069 0.038 0.086 0.001 80 K 0.001 0.001 0.063 0.040 0.023 0.003 0.042 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.013 0.094 0.042 0.214 0.420 0.001 81 P 0.001 0.002 0.014 0.015 0.166 0.003 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.039 0.115 0.133 0.146 0.290 0.001 82 I 0.002 0.002 0.126 0.063 0.024 0.001 0.016 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.066 0.017 0.115 0.032 0.181 0.334 0.001 83 P 0.002 0.004 0.021 0.021 0.191 0.009 0.046 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.040 0.034 0.271 0.042 0.089 0.176 0.001 84 H 0.008 0.014 0.063 0.082 0.062 0.022 0.232 0.077 0.002 0.002 0.003 0.003 0.007 0.008 0.051 0.036 0.130 0.063 0.083 0.050 0.002 85 L 0.027 0.025 0.067 0.070 0.095 0.007 0.092 0.040 0.008 0.004 0.011 0.013 0.023 0.037 0.072 0.057 0.117 0.048 0.100 0.082 0.006 86 T 0.020 0.037 0.057 0.084 0.123 0.005 0.124 0.022 0.004 0.002 0.006 0.010 0.016 0.029 0.065 0.061 0.126 0.033 0.058 0.111 0.005 87 G 0.032 0.062 0.042 0.062 0.218 0.009 0.155 0.013 0.003 0.002 0.010 0.010 0.025 0.030 0.046 0.067 0.045 0.090 0.029 0.046 0.005 88 L 0.068 0.062 0.201 0.176 0.079 0.003 0.024 0.007 0.001 0.001 0.015 0.013 0.030 0.024 0.090 0.024 0.036 0.022 0.054 0.059 0.011 89 L 0.047 0.057 0.032 0.034 0.422 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.013 0.013 0.033 0.020 0.040 0.084 0.030 0.031 0.074 0.038 0.011 90 V 0.029 0.034 0.202 0.172 0.039 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.010 0.010 0.016 0.013 0.192 0.018 0.023 0.017 0.057 0.151 0.005 91 P 0.007 0.015 0.020 0.037 0.345 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.004 0.027 0.079 0.055 0.036 0.092 0.250 0.003