# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.081 0.012 0.189 0.023 0.014 0.199 0.009 0.004 0.033 0.040 0.018 0.256 0.122 2 L 0.110 0.008 0.118 0.036 0.025 0.231 0.020 0.005 0.027 0.022 0.028 0.056 0.313 3 C 0.100 0.007 0.092 0.027 0.042 0.355 0.014 0.004 0.024 0.033 0.042 0.167 0.095 4 E 0.075 0.006 0.075 0.020 0.042 0.475 0.007 0.002 0.013 0.028 0.058 0.036 0.164 5 M 0.040 0.007 0.151 0.008 0.018 0.488 0.003 0.001 0.012 0.053 0.041 0.111 0.066 6 S 0.011 0.005 0.243 0.007 0.013 0.551 0.001 0.001 0.007 0.037 0.030 0.016 0.080 7 L 0.003 0.001 0.033 0.001 0.016 0.918 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.006 0.005 8 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 9 A 0.002 0.001 0.004 0.001 0.031 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.002 10 W 0.002 0.001 0.006 0.001 0.024 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.003 11 L 0.003 0.002 0.011 0.001 0.043 0.887 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.002 0.004 12 A 0.002 0.002 0.041 0.003 0.060 0.685 0.001 0.001 0.001 0.017 0.177 0.003 0.007 13 Q 0.001 0.001 0.038 0.001 0.045 0.234 0.001 0.001 0.001 0.037 0.636 0.003 0.004 14 G 0.001 0.003 0.141 0.001 0.020 0.044 0.001 0.001 0.002 0.163 0.617 0.002 0.006 15 H 0.001 0.009 0.674 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.008 0.223 0.041 0.025 0.004 16 P 0.001 0.033 0.701 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.014 0.139 0.064 0.002 0.025 17 L 0.001 0.025 0.729 0.002 0.009 0.035 0.001 0.001 0.009 0.151 0.030 0.007 0.003 18 P 0.001 0.012 0.481 0.007 0.078 0.208 0.001 0.001 0.010 0.095 0.088 0.003 0.018 19 K 0.001 0.010 0.123 0.007 0.219 0.442 0.001 0.001 0.006 0.052 0.118 0.011 0.009 20 R 0.003 0.009 0.088 0.004 0.174 0.602 0.001 0.001 0.012 0.024 0.049 0.010 0.023 21 V 0.007 0.012 0.085 0.004 0.115 0.646 0.002 0.001 0.011 0.023 0.048 0.010 0.037 22 R 0.008 0.010 0.085 0.009 0.101 0.631 0.001 0.001 0.007 0.030 0.073 0.024 0.021 23 N 0.006 0.009 0.101 0.005 0.079 0.584 0.001 0.001 0.005 0.051 0.109 0.013 0.036 24 A 0.004 0.006 0.084 0.005 0.061 0.659 0.001 0.001 0.003 0.041 0.104 0.012 0.021 25 Y 0.004 0.007 0.112 0.005 0.044 0.509 0.001 0.001 0.003 0.065 0.214 0.015 0.020 26 D 0.004 0.007 0.190 0.004 0.048 0.461 0.001 0.001 0.003 0.080 0.160 0.016 0.026 27 R 0.004 0.006 0.146 0.008 0.049 0.497 0.001 0.001 0.003 0.090 0.158 0.013 0.024 28 R 0.007 0.008 0.181 0.009 0.038 0.436 0.001 0.001 0.005 0.121 0.136 0.028 0.030 29 T 0.012 0.008 0.173 0.008 0.038 0.512 0.002 0.001 0.007 0.058 0.081 0.019 0.083 30 W 0.018 0.004 0.075 0.010 0.021 0.755 0.002 0.001 0.007 0.025 0.024 0.030 0.028 31 E 0.038 0.005 0.048 0.015 0.020 0.707 0.004 0.002 0.007 0.016 0.041 0.057 0.040 32 L 0.055 0.004 0.038 0.006 0.023 0.672 0.006 0.002 0.007 0.007 0.033 0.019 0.128 33 L 0.069 0.005 0.046 0.029 0.045 0.668 0.006 0.001 0.006 0.011 0.029 0.057 0.030 34 R 0.089 0.006 0.068 0.017 0.090 0.399 0.006 0.002 0.011 0.028 0.082 0.065 0.136 35 L 0.044 0.009 0.124 0.020 0.098 0.190 0.004 0.001 0.010 0.068 0.248 0.040 0.144 36 G 0.008 0.006 0.269 0.006 0.031 0.042 0.001 0.001 0.008 0.209 0.355 0.034 0.030 37 E 0.004 0.021 0.536 0.002 0.043 0.032 0.001 0.001 0.011 0.135 0.146 0.029 0.037 38 E 0.003 0.079 0.394 0.003 0.026 0.025 0.001 0.001 0.011 0.281 0.110 0.032 0.034 39 D 0.001 0.017 0.752 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.003 0.177 0.015 0.005 0.012 40 P 0.001 0.008 0.202 0.008 0.363 0.077 0.001 0.001 0.002 0.085 0.243 0.002 0.008 41 K 0.001 0.008 0.097 0.003 0.360 0.039 0.001 0.001 0.003 0.058 0.415 0.011 0.003 42 E 0.002 0.026 0.269 0.002 0.334 0.044 0.001 0.001 0.009 0.104 0.165 0.005 0.038 43 L 0.003 0.052 0.583 0.002 0.021 0.014 0.001 0.001 0.021 0.195 0.042 0.052 0.014 44 P 0.002 0.081 0.641 0.002 0.013 0.008 0.001 0.001 0.011 0.145 0.036 0.010 0.050 45 L 0.001 0.043 0.606 0.003 0.021 0.009 0.001 0.001 0.009 0.189 0.084 0.018 0.016 46 P 0.001 0.011 0.348 0.012 0.114 0.028 0.001 0.001 0.005 0.146 0.310 0.005 0.020 47 G 0.001 0.007 0.104 0.006 0.089 0.036 0.001 0.001 0.003 0.186 0.552 0.010 0.004 48 G 0.004 0.027 0.345 0.006 0.074 0.047 0.002 0.001 0.014 0.185 0.226 0.014 0.054 49 L 0.026 0.041 0.479 0.009 0.041 0.060 0.005 0.005 0.036 0.119 0.034 0.063 0.081 50 S 0.044 0.040 0.322 0.026 0.031 0.079 0.011 0.009 0.049 0.107 0.043 0.125 0.113 51 L 0.089 0.031 0.138 0.017 0.062 0.173 0.025 0.013 0.061 0.045 0.056 0.050 0.241 52 L 0.078 0.017 0.178 0.080 0.090 0.221 0.018 0.009 0.036 0.054 0.062 0.085 0.072 53 D 0.049 0.011 0.208 0.016 0.096 0.255 0.008 0.004 0.024 0.064 0.065 0.094 0.107 54 Y 0.036 0.014 0.181 0.013 0.098 0.278 0.005 0.004 0.016 0.063 0.129 0.041 0.121 55 H 0.030 0.025 0.217 0.011 0.092 0.238 0.004 0.002 0.010 0.072 0.167 0.068 0.063 56 A 0.013 0.025 0.250 0.009 0.137 0.182 0.002 0.001 0.010 0.085 0.183 0.024 0.079 57 S 0.006 0.010 0.154 0.020 0.089 0.165 0.001 0.001 0.004 0.133 0.366 0.027 0.024 58 K 0.003 0.006 0.091 0.011 0.055 0.075 0.001 0.001 0.002 0.115 0.608 0.010 0.024 59 G 0.009 0.013 0.266 0.008 0.046 0.057 0.001 0.001 0.004 0.172 0.331 0.042 0.051 60 R 0.043 0.037 0.335 0.007 0.041 0.083 0.005 0.002 0.021 0.087 0.052 0.168 0.119 61 L 0.062 0.053 0.247 0.011 0.032 0.065 0.009 0.004 0.030 0.062 0.048 0.099 0.277 62 Q 0.038 0.039 0.309 0.039 0.034 0.052 0.006 0.002 0.015 0.081 0.146 0.144 0.095 63 G 0.017 0.025 0.293 0.014 0.029 0.032 0.003 0.001 0.006 0.155 0.213 0.045 0.166 64 R 0.017 0.015 0.369 0.013 0.038 0.021 0.002 0.001 0.004 0.159 0.132 0.117 0.113 65 E 0.013 0.010 0.138 0.015 0.046 0.027 0.002 0.001 0.003 0.174 0.437 0.046 0.089 66 G 0.006 0.008 0.134 0.018 0.022 0.012 0.001 0.001 0.002 0.255 0.481 0.027 0.032 67 G 0.014 0.010 0.374 0.020 0.009 0.011 0.002 0.001 0.004 0.300 0.144 0.055 0.056 68 R 0.102 0.024 0.292 0.018 0.007 0.024 0.013 0.002 0.023 0.071 0.023 0.214 0.187 69 V 0.235 0.014 0.080 0.022 0.008 0.024 0.056 0.014 0.033 0.015 0.010 0.104 0.385 70 A 0.350 0.005 0.046 0.084 0.007 0.015 0.037 0.012 0.020 0.008 0.005 0.329 0.084 71 W 0.445 0.003 0.020 0.019 0.008 0.011 0.058 0.007 0.026 0.006 0.007 0.069 0.323 72 V 0.400 0.012 0.064 0.023 0.014 0.011 0.043 0.006 0.026 0.015 0.021 0.219 0.148 73 A 0.182 0.025 0.181 0.009 0.015 0.007 0.018 0.005 0.030 0.061 0.025 0.135 0.305 74 D 0.012 0.011 0.690 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.011 0.118 0.014 0.044 0.085 75 P 0.002 0.008 0.253 0.005 0.078 0.015 0.001 0.001 0.002 0.133 0.481 0.009 0.013 76 K 0.001 0.018 0.198 0.002 0.090 0.008 0.001 0.001 0.002 0.196 0.476 0.005 0.005 77 D 0.001 0.010 0.548 0.001 0.054 0.005 0.001 0.001 0.002 0.303 0.067 0.005 0.005 78 P 0.001 0.021 0.372 0.001 0.112 0.015 0.001 0.001 0.003 0.168 0.293 0.004 0.009 79 R 0.001 0.030 0.289 0.002 0.042 0.008 0.001 0.001 0.002 0.262 0.354 0.005 0.005 80 K 0.001 0.034 0.545 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.005 0.295 0.070 0.016 0.008 81 P 0.001 0.089 0.672 0.002 0.013 0.008 0.001 0.001 0.008 0.133 0.040 0.006 0.027 82 I 0.001 0.038 0.763 0.004 0.012 0.006 0.001 0.001 0.009 0.118 0.017 0.020 0.011 83 P 0.003 0.030 0.453 0.016 0.147 0.049 0.001 0.001 0.015 0.099 0.120 0.009 0.057 84 H 0.008 0.044 0.215 0.021 0.226 0.061 0.004 0.003 0.023 0.102 0.220 0.046 0.028 85 L 0.023 0.027 0.217 0.024 0.223 0.064 0.012 0.009 0.062 0.096 0.082 0.036 0.125 86 T 0.017 0.019 0.242 0.047 0.091 0.055 0.008 0.009 0.051 0.150 0.206 0.053 0.052 87 G 0.025 0.014 0.243 0.029 0.054 0.031 0.009 0.012 0.041 0.192 0.217 0.059 0.074 88 L 0.051 0.022 0.304 0.012 0.027 0.026 0.017 0.017 0.100 0.118 0.063 0.149 0.094 89 L 0.052 0.055 0.319 0.007 0.015 0.014 0.029 0.017 0.107 0.079 0.034 0.050 0.221 90 V 0.013 0.042 0.589 0.007 0.004 0.005 0.005 0.005 0.058 0.099 0.013 0.122 0.037 91 P 0.003 0.018 0.746 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.018 0.095 0.023 0.012 0.068