# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.023 0.039 0.108 0.295 0.006 0.103 0.009 0.003 0.002 0.001 0.054 0.059 0.285 0.003 0.002 0.009 2 L 0.006 0.096 0.139 0.375 0.006 0.046 0.008 0.004 0.002 0.001 0.017 0.051 0.235 0.002 0.004 0.009 3 C 0.006 0.022 0.050 0.261 0.005 0.173 0.005 0.006 0.002 0.003 0.039 0.035 0.378 0.001 0.004 0.011 4 E 0.014 0.072 0.068 0.193 0.010 0.075 0.007 0.005 0.003 0.002 0.121 0.031 0.371 0.006 0.003 0.019 5 M 0.012 0.055 0.054 0.258 0.001 0.039 0.002 0.006 0.002 0.001 0.047 0.134 0.373 0.001 0.008 0.007 6 S 0.003 0.012 0.024 0.049 0.002 0.239 0.002 0.001 0.002 0.003 0.031 0.049 0.573 0.001 0.001 0.008 7 L 0.002 0.008 0.003 0.014 0.001 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.282 0.038 0.584 0.001 0.001 0.001 8 E 0.001 0.054 0.006 0.030 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.413 0.465 0.001 0.001 0.002 9 A 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.959 0.001 0.001 0.002 10 W 0.001 0.004 0.011 0.010 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.936 0.003 0.001 0.007 11 L 0.002 0.005 0.008 0.020 0.003 0.012 0.012 0.002 0.001 0.001 0.006 0.009 0.891 0.014 0.008 0.008 12 A 0.001 0.002 0.007 0.004 0.027 0.003 0.083 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.087 0.763 0.006 0.011 13 Q 0.002 0.006 0.010 0.006 0.001 0.002 0.009 0.053 0.001 0.001 0.003 0.002 0.069 0.007 0.811 0.018 14 G 0.008 0.013 0.036 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.052 0.026 0.003 0.003 0.042 0.006 0.008 0.781 15 H 0.839 0.005 0.038 0.015 0.001 0.020 0.014 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.037 0.001 0.003 0.007 16 P 0.024 0.223 0.449 0.100 0.003 0.043 0.005 0.007 0.002 0.002 0.054 0.018 0.040 0.002 0.004 0.025 17 L 0.020 0.054 0.068 0.406 0.011 0.225 0.007 0.004 0.005 0.006 0.024 0.111 0.048 0.002 0.002 0.006 18 P 0.008 0.030 0.060 0.071 0.011 0.424 0.008 0.010 0.002 0.003 0.176 0.048 0.141 0.002 0.003 0.002 19 K 0.003 0.091 0.013 0.092 0.001 0.031 0.002 0.014 0.006 0.002 0.432 0.167 0.137 0.001 0.003 0.004 20 R 0.011 0.035 0.028 0.080 0.003 0.035 0.009 0.001 0.011 0.002 0.016 0.446 0.297 0.004 0.003 0.018 21 V 0.008 0.010 0.141 0.044 0.011 0.043 0.061 0.003 0.001 0.001 0.028 0.022 0.593 0.014 0.008 0.013 22 R 0.004 0.074 0.123 0.108 0.005 0.032 0.019 0.032 0.002 0.002 0.032 0.041 0.443 0.013 0.045 0.025 23 N 0.014 0.013 0.024 0.082 0.006 0.100 0.013 0.010 0.016 0.017 0.047 0.040 0.539 0.013 0.015 0.054 24 A 0.041 0.042 0.061 0.034 0.012 0.025 0.038 0.007 0.004 0.002 0.163 0.040 0.420 0.052 0.013 0.047 25 Y 0.016 0.050 0.102 0.049 0.006 0.036 0.037 0.022 0.003 0.002 0.031 0.174 0.356 0.023 0.070 0.022 26 D 0.011 0.029 0.079 0.030 0.004 0.093 0.022 0.013 0.009 0.009 0.041 0.035 0.495 0.009 0.035 0.086 27 R 0.058 0.084 0.080 0.060 0.002 0.032 0.009 0.007 0.009 0.004 0.156 0.061 0.359 0.004 0.013 0.062 28 R 0.061 0.064 0.163 0.064 0.002 0.086 0.010 0.003 0.005 0.003 0.036 0.190 0.278 0.003 0.006 0.024 29 T 0.015 0.063 0.162 0.072 0.001 0.097 0.005 0.003 0.002 0.001 0.081 0.043 0.435 0.002 0.006 0.012 30 W 0.006 0.046 0.096 0.142 0.001 0.077 0.003 0.003 0.002 0.001 0.080 0.112 0.421 0.001 0.002 0.007 31 E 0.005 0.059 0.045 0.192 0.001 0.050 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 0.078 0.534 0.001 0.002 0.004 32 L 0.002 0.015 0.039 0.196 0.005 0.034 0.013 0.001 0.001 0.001 0.023 0.017 0.636 0.008 0.003 0.008 33 L 0.002 0.027 0.122 0.248 0.004 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.011 0.018 0.516 0.002 0.012 0.010 34 R 0.006 0.011 0.028 0.125 0.104 0.037 0.075 0.004 0.004 0.003 0.007 0.004 0.115 0.424 0.003 0.051 35 L 0.014 0.099 0.126 0.204 0.005 0.019 0.016 0.071 0.002 0.001 0.011 0.005 0.061 0.006 0.347 0.014 36 G 0.009 0.045 0.088 0.108 0.004 0.180 0.014 0.011 0.043 0.114 0.024 0.021 0.094 0.003 0.009 0.234 37 E 0.407 0.066 0.034 0.053 0.005 0.142 0.008 0.005 0.005 0.003 0.178 0.027 0.051 0.003 0.002 0.014 38 E 0.012 0.590 0.149 0.137 0.001 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 0.018 0.061 0.010 0.001 0.004 0.006 39 D 0.004 0.006 0.044 0.033 0.002 0.802 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.031 0.060 0.001 0.002 0.003 40 P 0.001 0.008 0.013 0.007 0.001 0.051 0.002 0.002 0.001 0.001 0.863 0.003 0.046 0.001 0.001 0.001 41 K 0.002 0.140 0.006 0.041 0.001 0.005 0.002 0.004 0.004 0.001 0.014 0.749 0.026 0.002 0.004 0.002 42 E 0.018 0.029 0.209 0.176 0.002 0.005 0.039 0.002 0.024 0.002 0.003 0.014 0.249 0.022 0.018 0.187 43 L 0.014 0.004 0.748 0.086 0.003 0.010 0.037 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 0.002 0.005 0.023 44 P 0.029 0.052 0.396 0.355 0.016 0.036 0.014 0.008 0.003 0.004 0.009 0.004 0.044 0.003 0.002 0.027 45 L 0.017 0.009 0.016 0.181 0.490 0.159 0.036 0.004 0.004 0.010 0.020 0.010 0.019 0.021 0.001 0.003 46 P 0.004 0.088 0.019 0.068 0.270 0.059 0.039 0.203 0.003 0.003 0.136 0.017 0.023 0.042 0.024 0.003 47 G 0.004 0.066 0.010 0.074 0.003 0.034 0.002 0.383 0.118 0.074 0.043 0.078 0.022 0.001 0.068 0.019 48 G 0.137 0.043 0.048 0.068 0.003 0.029 0.007 0.006 0.265 0.084 0.065 0.065 0.069 0.002 0.005 0.105 49 L 0.354 0.025 0.235 0.099 0.001 0.029 0.005 0.006 0.003 0.002 0.045 0.096 0.087 0.001 0.005 0.006 50 S 0.008 0.032 0.140 0.131 0.004 0.344 0.003 0.004 0.003 0.004 0.028 0.125 0.168 0.001 0.001 0.005 51 L 0.007 0.054 0.022 0.201 0.019 0.126 0.010 0.003 0.002 0.001 0.215 0.042 0.280 0.009 0.002 0.007 52 L 0.003 0.068 0.083 0.213 0.005 0.026 0.008 0.018 0.002 0.001 0.035 0.203 0.311 0.003 0.017 0.005 53 D 0.005 0.016 0.057 0.116 0.006 0.068 0.014 0.008 0.008 0.006 0.016 0.022 0.594 0.011 0.007 0.046 54 Y 0.025 0.050 0.084 0.140 0.004 0.033 0.016 0.007 0.004 0.001 0.073 0.025 0.484 0.009 0.017 0.028 55 H 0.012 0.031 0.086 0.087 0.012 0.130 0.033 0.005 0.004 0.004 0.029 0.081 0.430 0.012 0.012 0.032 56 A 0.019 0.053 0.072 0.069 0.028 0.071 0.026 0.014 0.004 0.003 0.107 0.038 0.438 0.019 0.013 0.028 57 S 0.008 0.053 0.031 0.032 0.099 0.041 0.153 0.014 0.006 0.003 0.036 0.050 0.110 0.331 0.010 0.022 58 K 0.007 0.048 0.080 0.038 0.002 0.007 0.011 0.118 0.007 0.002 0.013 0.014 0.083 0.004 0.548 0.018 59 G 0.023 0.012 0.092 0.060 0.004 0.029 0.012 0.005 0.133 0.094 0.024 0.021 0.133 0.004 0.007 0.347 60 R 0.537 0.048 0.099 0.100 0.008 0.024 0.009 0.004 0.003 0.002 0.032 0.030 0.087 0.003 0.002 0.012 61 L 0.009 0.024 0.139 0.109 0.305 0.066 0.132 0.008 0.003 0.002 0.017 0.025 0.036 0.116 0.003 0.006 62 Q 0.004 0.096 0.103 0.221 0.014 0.018 0.008 0.298 0.008 0.002 0.010 0.009 0.028 0.002 0.172 0.008 63 G 0.010 0.016 0.035 0.185 0.022 0.091 0.004 0.014 0.200 0.241 0.027 0.013 0.047 0.001 0.002 0.091 64 R 0.209 0.012 0.021 0.021 0.535 0.027 0.053 0.005 0.002 0.003 0.049 0.017 0.014 0.028 0.001 0.002 65 E 0.004 0.037 0.034 0.024 0.102 0.022 0.034 0.527 0.003 0.002 0.030 0.030 0.008 0.050 0.092 0.002 66 G 0.003 0.054 0.036 0.105 0.002 0.009 0.003 0.169 0.305 0.063 0.008 0.012 0.013 0.001 0.135 0.080 67 G 0.469 0.023 0.046 0.154 0.001 0.011 0.002 0.002 0.146 0.041 0.006 0.009 0.011 0.001 0.001 0.079 68 R 0.318 0.055 0.383 0.219 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 69 V 0.005 0.011 0.296 0.606 0.001 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.039 0.071 0.873 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 71 W 0.001 0.004 0.012 0.949 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 72 V 0.004 0.035 0.060 0.620 0.093 0.149 0.005 0.004 0.001 0.001 0.011 0.003 0.010 0.002 0.001 0.002 73 A 0.002 0.157 0.022 0.775 0.003 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 74 D 0.002 0.012 0.010 0.106 0.007 0.821 0.002 0.003 0.004 0.015 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 75 P 0.006 0.037 0.010 0.020 0.005 0.139 0.002 0.008 0.001 0.001 0.753 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 76 K 0.003 0.469 0.018 0.080 0.001 0.005 0.001 0.007 0.006 0.001 0.026 0.369 0.005 0.002 0.004 0.002 77 D 0.021 0.016 0.117 0.083 0.012 0.269 0.057 0.004 0.013 0.009 0.012 0.069 0.249 0.008 0.026 0.036 78 P 0.015 0.069 0.209 0.036 0.002 0.059 0.022 0.010 0.002 0.001 0.324 0.013 0.187 0.004 0.008 0.038 79 R 0.034 0.279 0.097 0.222 0.001 0.009 0.009 0.005 0.022 0.003 0.008 0.232 0.043 0.004 0.006 0.024 80 K 0.054 0.010 0.341 0.340 0.007 0.049 0.030 0.002 0.005 0.003 0.008 0.007 0.105 0.003 0.005 0.031 81 P 0.010 0.056 0.490 0.370 0.002 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.008 0.003 0.023 0.001 0.002 0.016 82 I 0.016 0.015 0.049 0.605 0.026 0.214 0.009 0.002 0.005 0.006 0.009 0.013 0.023 0.002 0.001 0.003 83 P 0.011 0.122 0.063 0.455 0.020 0.124 0.007 0.024 0.002 0.002 0.104 0.015 0.047 0.001 0.003 0.002 84 H 0.005 0.129 0.021 0.370 0.020 0.201 0.003 0.017 0.027 0.010 0.049 0.085 0.046 0.002 0.002 0.012 85 L 0.024 0.040 0.089 0.163 0.182 0.070 0.090 0.014 0.008 0.005 0.138 0.041 0.073 0.052 0.005 0.007 86 T 0.009 0.150 0.115 0.159 0.004 0.051 0.007 0.183 0.006 0.003 0.019 0.061 0.061 0.003 0.163 0.007 87 G 0.015 0.027 0.070 0.275 0.005 0.032 0.006 0.010 0.123 0.054 0.077 0.015 0.093 0.008 0.008 0.181 88 L 0.313 0.049 0.151 0.283 0.008 0.017 0.016 0.005 0.006 0.002 0.020 0.033 0.070 0.004 0.006 0.018 89 L 0.012 0.039 0.406 0.465 0.004 0.011 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.006 0.022 0.001 0.003 0.016 90 V 0.011 0.009 0.072 0.295 0.313 0.191 0.061 0.002 0.002 0.005 0.004 0.003 0.018 0.009 0.001 0.005 91 P 0.007 0.144 0.031 0.196 0.065 0.193 0.009 0.206 0.002 0.003 0.104 0.007 0.017 0.004 0.009 0.002