# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.077 0.126 0.082 0.120 0.148 0.057 0.008 0.381 2 L 0.036 0.222 0.123 0.107 0.214 0.047 0.007 0.244 3 C 0.037 0.152 0.091 0.193 0.287 0.035 0.005 0.200 4 E 0.034 0.225 0.090 0.073 0.138 0.050 0.009 0.382 5 M 0.053 0.211 0.068 0.082 0.143 0.061 0.013 0.369 6 S 0.058 0.198 0.039 0.031 0.064 0.149 0.016 0.445 7 L 0.049 0.260 0.049 0.038 0.066 0.072 0.011 0.455 8 E 0.031 0.285 0.034 0.025 0.047 0.156 0.009 0.413 9 A 0.058 0.422 0.022 0.023 0.033 0.146 0.007 0.288 10 W 0.049 0.746 0.026 0.010 0.028 0.020 0.008 0.114 11 L 0.034 0.867 0.019 0.011 0.023 0.005 0.005 0.036 12 A 0.043 0.809 0.013 0.010 0.014 0.009 0.012 0.090 13 Q 0.119 0.591 0.013 0.013 0.018 0.013 0.094 0.139 14 G 0.520 0.092 0.022 0.006 0.010 0.007 0.199 0.143 15 H 0.203 0.052 0.202 0.070 0.023 0.101 0.031 0.319 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 L 0.059 0.007 0.053 0.053 0.109 0.188 0.003 0.529 18 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 19 K 0.032 0.012 0.016 0.047 0.083 0.100 0.002 0.707 20 R 0.169 0.044 0.033 0.024 0.041 0.114 0.004 0.571 21 V 0.120 0.191 0.028 0.058 0.133 0.043 0.006 0.422 22 R 0.053 0.393 0.048 0.062 0.143 0.052 0.006 0.243 23 N 0.091 0.306 0.020 0.026 0.050 0.049 0.017 0.440 24 A 0.212 0.413 0.025 0.022 0.037 0.024 0.028 0.238 25 Y 0.071 0.427 0.036 0.024 0.032 0.103 0.021 0.286 26 D 0.098 0.292 0.023 0.035 0.042 0.145 0.029 0.335 27 R 0.139 0.343 0.042 0.016 0.024 0.051 0.027 0.358 28 R 0.083 0.220 0.029 0.024 0.023 0.254 0.022 0.344 29 T 0.126 0.245 0.027 0.019 0.025 0.169 0.023 0.367 30 W 0.056 0.338 0.055 0.052 0.071 0.045 0.009 0.373 31 E 0.027 0.312 0.048 0.080 0.082 0.181 0.006 0.264 32 L 0.059 0.433 0.034 0.042 0.072 0.054 0.008 0.300 33 L 0.036 0.704 0.046 0.041 0.102 0.012 0.006 0.055 34 R 0.061 0.606 0.033 0.037 0.053 0.028 0.012 0.171 35 L 0.077 0.490 0.031 0.037 0.074 0.029 0.032 0.229 36 G 0.276 0.205 0.025 0.024 0.043 0.039 0.080 0.306 37 E 0.193 0.092 0.042 0.070 0.058 0.057 0.037 0.451 38 E 0.063 0.049 0.032 0.020 0.034 0.092 0.026 0.684 39 D 0.241 0.041 0.027 0.041 0.048 0.132 0.026 0.443 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 K 0.015 0.010 0.012 0.021 0.023 0.633 0.007 0.279 42 E 0.821 0.003 0.003 0.003 0.003 0.036 0.016 0.115 43 L 0.317 0.060 0.104 0.050 0.049 0.058 0.012 0.351 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994 45 L 0.042 0.005 0.036 0.041 0.099 0.093 0.002 0.682 46 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 47 G 0.054 0.006 0.026 0.029 0.060 0.145 0.007 0.673 48 G 0.465 0.008 0.046 0.016 0.022 0.090 0.013 0.340 49 L 0.124 0.032 0.121 0.098 0.089 0.105 0.006 0.426 50 S 0.033 0.034 0.067 0.108 0.156 0.156 0.004 0.441 51 L 0.063 0.054 0.077 0.067 0.150 0.092 0.006 0.491 52 L 0.056 0.121 0.072 0.106 0.209 0.160 0.009 0.267 53 D 0.058 0.128 0.041 0.078 0.100 0.128 0.013 0.455 54 Y 0.090 0.180 0.056 0.045 0.087 0.091 0.019 0.432 55 H 0.113 0.183 0.040 0.065 0.102 0.153 0.022 0.322 56 A 0.105 0.234 0.045 0.061 0.083 0.094 0.025 0.353 57 S 0.101 0.224 0.038 0.040 0.063 0.135 0.039 0.359 58 K 0.192 0.103 0.038 0.025 0.033 0.069 0.049 0.493 59 G 0.136 0.066 0.066 0.057 0.063 0.097 0.038 0.476 60 R 0.126 0.039 0.048 0.080 0.065 0.226 0.019 0.398 61 L 0.066 0.061 0.062 0.151 0.148 0.088 0.008 0.415 62 Q 0.041 0.045 0.049 0.129 0.211 0.112 0.008 0.406 63 G 0.053 0.022 0.030 0.064 0.098 0.073 0.008 0.652 64 R 0.080 0.033 0.052 0.119 0.161 0.128 0.012 0.414 65 E 0.035 0.014 0.019 0.040 0.051 0.139 0.007 0.695 66 G 0.059 0.020 0.033 0.050 0.092 0.086 0.025 0.636 67 G 0.298 0.015 0.058 0.061 0.085 0.116 0.038 0.329 68 R 0.088 0.008 0.095 0.173 0.138 0.177 0.008 0.313 69 V 0.011 0.004 0.059 0.183 0.324 0.033 0.002 0.384 70 A 0.004 0.002 0.043 0.365 0.491 0.022 0.001 0.073 71 W 0.005 0.005 0.059 0.239 0.402 0.021 0.001 0.269 72 V 0.009 0.005 0.055 0.288 0.542 0.013 0.001 0.087 73 A 0.015 0.007 0.050 0.161 0.406 0.045 0.003 0.313 74 D 0.025 0.008 0.028 0.240 0.360 0.067 0.007 0.264 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 76 K 0.014 0.002 0.006 0.011 0.026 0.651 0.011 0.279 77 D 0.878 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.023 0.070 78 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 79 R 0.016 0.004 0.014 0.018 0.038 0.442 0.006 0.461 80 K 0.691 0.001 0.006 0.008 0.009 0.046 0.005 0.233 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 82 I 0.022 0.004 0.057 0.069 0.148 0.161 0.002 0.538 83 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 84 H 0.043 0.010 0.025 0.044 0.118 0.105 0.003 0.653 85 L 0.266 0.030 0.118 0.087 0.135 0.073 0.006 0.284 86 T 0.072 0.061 0.115 0.150 0.187 0.067 0.009 0.339 87 G 0.091 0.045 0.095 0.095 0.134 0.065 0.018 0.457 88 L 0.176 0.043 0.195 0.131 0.125 0.086 0.017 0.227 89 L 0.031 0.035 0.151 0.156 0.234 0.040 0.009 0.344 90 V 0.021 0.014 0.187 0.189 0.288 0.067 0.004 0.231 91 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.989