# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.248 0.198 0.172 0.171 0.126 0.071 0.015 2 L 0.200 0.147 0.148 0.167 0.166 0.139 0.033 3 C 0.165 0.148 0.149 0.212 0.173 0.127 0.026 4 E 0.324 0.250 0.207 0.123 0.057 0.031 0.008 5 M 0.160 0.161 0.161 0.207 0.178 0.110 0.023 6 S 0.207 0.213 0.204 0.166 0.113 0.075 0.023 7 L 0.120 0.108 0.120 0.215 0.223 0.172 0.044 8 E 0.238 0.237 0.226 0.167 0.081 0.041 0.010 9 A 0.188 0.220 0.205 0.177 0.121 0.073 0.016 10 W 0.145 0.133 0.156 0.204 0.194 0.139 0.028 11 L 0.176 0.147 0.154 0.192 0.188 0.119 0.023 12 A 0.302 0.220 0.187 0.162 0.085 0.037 0.006 13 Q 0.448 0.237 0.167 0.086 0.041 0.018 0.003 14 G 0.382 0.247 0.164 0.113 0.060 0.030 0.004 15 H 0.381 0.235 0.164 0.129 0.065 0.024 0.003 16 P 0.419 0.306 0.153 0.077 0.031 0.013 0.001 17 L 0.147 0.127 0.172 0.245 0.211 0.091 0.007 18 P 0.256 0.258 0.220 0.168 0.070 0.026 0.003 19 K 0.379 0.301 0.168 0.101 0.037 0.012 0.002 20 R 0.208 0.230 0.244 0.188 0.097 0.029 0.003 21 V 0.088 0.087 0.131 0.238 0.281 0.161 0.014 22 R 0.225 0.252 0.254 0.176 0.070 0.021 0.002 23 N 0.399 0.311 0.166 0.082 0.030 0.011 0.001 24 A 0.227 0.218 0.211 0.180 0.119 0.042 0.004 25 Y 0.181 0.156 0.188 0.251 0.148 0.069 0.006 26 D 0.492 0.263 0.160 0.055 0.022 0.008 0.001 27 R 0.352 0.284 0.166 0.126 0.053 0.018 0.002 28 R 0.284 0.229 0.195 0.153 0.094 0.040 0.005 29 T 0.254 0.273 0.197 0.156 0.074 0.040 0.007 30 W 0.146 0.133 0.180 0.244 0.204 0.082 0.012 31 E 0.174 0.269 0.246 0.195 0.079 0.032 0.005 32 L 0.102 0.108 0.156 0.202 0.246 0.169 0.018 33 L 0.113 0.126 0.161 0.221 0.217 0.145 0.016 34 R 0.225 0.322 0.247 0.133 0.051 0.020 0.002 35 L 0.142 0.165 0.223 0.273 0.152 0.042 0.002 36 G 0.316 0.340 0.198 0.105 0.031 0.009 0.001 37 E 0.639 0.250 0.081 0.023 0.006 0.001 0.001 38 E 0.661 0.261 0.051 0.023 0.004 0.001 0.001 39 D 0.518 0.263 0.144 0.055 0.018 0.002 0.001 40 P 0.421 0.303 0.167 0.091 0.016 0.002 0.001 41 K 0.663 0.227 0.083 0.021 0.004 0.001 0.001 42 E 0.397 0.382 0.137 0.064 0.016 0.002 0.001 43 L 0.102 0.117 0.203 0.317 0.211 0.049 0.001 44 P 0.314 0.300 0.234 0.104 0.037 0.011 0.001 45 L 0.189 0.198 0.210 0.223 0.136 0.040 0.004 46 P 0.371 0.286 0.180 0.099 0.044 0.018 0.003 47 G 0.251 0.238 0.185 0.155 0.104 0.056 0.010 48 G 0.185 0.203 0.193 0.182 0.125 0.088 0.024 49 L 0.082 0.094 0.146 0.210 0.238 0.184 0.046 50 S 0.115 0.200 0.214 0.217 0.144 0.085 0.026 51 L 0.074 0.077 0.115 0.172 0.238 0.247 0.077 52 L 0.063 0.072 0.097 0.175 0.265 0.250 0.078 53 D 0.121 0.239 0.257 0.205 0.104 0.060 0.015 54 Y 0.093 0.118 0.162 0.249 0.223 0.135 0.021 55 H 0.160 0.199 0.201 0.195 0.145 0.086 0.013 56 A 0.204 0.209 0.211 0.208 0.115 0.048 0.006 57 S 0.405 0.270 0.164 0.097 0.046 0.015 0.002 58 K 0.482 0.267 0.149 0.071 0.022 0.008 0.001 59 G 0.409 0.277 0.154 0.099 0.045 0.014 0.001 60 R 0.285 0.277 0.216 0.144 0.059 0.019 0.001 61 L 0.161 0.127 0.164 0.262 0.212 0.070 0.004 62 Q 0.371 0.304 0.196 0.090 0.030 0.009 0.001 63 G 0.329 0.249 0.183 0.141 0.077 0.019 0.001 64 R 0.426 0.261 0.159 0.106 0.037 0.010 0.001 65 E 0.572 0.241 0.110 0.051 0.018 0.006 0.001 66 G 0.358 0.255 0.185 0.117 0.059 0.023 0.003 67 G 0.209 0.218 0.208 0.181 0.117 0.058 0.009 68 R 0.141 0.221 0.222 0.208 0.128 0.066 0.014 69 V 0.064 0.079 0.133 0.206 0.265 0.209 0.044 70 A 0.077 0.130 0.193 0.224 0.202 0.142 0.033 71 W 0.057 0.074 0.131 0.181 0.263 0.247 0.047 72 V 0.078 0.101 0.160 0.212 0.255 0.168 0.025 73 A 0.137 0.221 0.232 0.225 0.124 0.055 0.006 74 D 0.321 0.296 0.201 0.116 0.049 0.015 0.001 75 P 0.422 0.272 0.170 0.095 0.034 0.007 0.001 76 K 0.683 0.224 0.064 0.024 0.005 0.001 0.001 77 D 0.653 0.229 0.080 0.029 0.008 0.001 0.001 78 P 0.488 0.259 0.149 0.075 0.024 0.004 0.001 79 R 0.473 0.273 0.157 0.074 0.019 0.003 0.001 80 K 0.482 0.303 0.130 0.062 0.019 0.004 0.001 81 P 0.239 0.255 0.212 0.166 0.098 0.029 0.002 82 I 0.111 0.122 0.194 0.281 0.204 0.081 0.007 83 P 0.300 0.282 0.218 0.123 0.054 0.020 0.003 84 H 0.184 0.217 0.218 0.193 0.126 0.053 0.010 85 L 0.131 0.106 0.118 0.184 0.230 0.188 0.044 86 T 0.256 0.239 0.200 0.165 0.086 0.044 0.010 87 G 0.328 0.261 0.175 0.126 0.070 0.034 0.007 88 L 0.229 0.164 0.170 0.183 0.148 0.091 0.016 89 L 0.265 0.185 0.176 0.166 0.129 0.067 0.012 90 V 0.378 0.239 0.163 0.128 0.065 0.024 0.003 91 P 0.659 0.214 0.077 0.034 0.012 0.004 0.001