# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 79 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.014 0.005 0.020 0.055 0.145 0.095 0.027 0.639 2 L 0.013 0.008 0.029 0.222 0.131 0.092 0.029 0.477 3 Q 0.031 0.029 0.059 0.129 0.191 0.081 0.055 0.426 4 V 0.037 0.016 0.053 0.107 0.161 0.088 0.067 0.472 5 V 0.019 0.008 0.124 0.155 0.240 0.059 0.040 0.355 6 A 0.095 0.009 0.065 0.078 0.117 0.072 0.063 0.501 7 L 0.117 0.005 0.045 0.048 0.054 0.093 0.046 0.593 8 S 0.039 0.002 0.015 0.012 0.021 0.095 0.030 0.784 9 G 0.039 0.001 0.010 0.017 0.029 0.141 0.025 0.738 10 A 0.013 0.001 0.010 0.017 0.021 0.116 0.022 0.800 11 Y 0.088 0.011 0.017 0.016 0.020 0.132 0.111 0.605 12 P 0.076 0.015 0.024 0.011 0.022 0.169 0.055 0.629 13 A 0.008 0.010 0.129 0.050 0.100 0.133 0.068 0.501 14 E 0.003 0.007 0.358 0.049 0.152 0.052 0.133 0.246 15 L 0.004 0.010 0.450 0.141 0.156 0.039 0.046 0.155 16 A 0.007 0.005 0.667 0.100 0.098 0.017 0.041 0.066 17 V 0.008 0.006 0.547 0.132 0.120 0.025 0.067 0.096 18 G 0.013 0.012 0.402 0.077 0.178 0.060 0.054 0.204 19 F 0.035 0.011 0.247 0.120 0.110 0.115 0.052 0.311 20 D 0.117 0.023 0.122 0.112 0.144 0.104 0.096 0.284 21 A 0.041 0.007 0.054 0.046 0.081 0.150 0.057 0.565 22 G 0.016 0.004 0.051 0.043 0.083 0.182 0.051 0.571 23 G 0.049 0.009 0.031 0.027 0.049 0.127 0.070 0.638 24 R 0.381 0.020 0.009 0.010 0.011 0.077 0.080 0.412 25 E 0.139 0.019 0.013 0.011 0.016 0.110 0.039 0.653 26 S 0.066 0.019 0.014 0.008 0.019 0.111 0.053 0.710 27 F 0.098 0.030 0.022 0.020 0.030 0.135 0.081 0.584 28 R 0.054 0.040 0.031 0.063 0.062 0.140 0.064 0.547 29 F 0.027 0.060 0.053 0.067 0.118 0.116 0.065 0.493 30 G 0.014 0.090 0.076 0.075 0.187 0.102 0.078 0.376 31 G 0.011 0.075 0.110 0.150 0.278 0.063 0.091 0.221 32 A 0.010 0.085 0.154 0.169 0.305 0.039 0.091 0.147 33 A 0.013 0.058 0.171 0.176 0.312 0.033 0.109 0.128 34 C 0.024 0.036 0.146 0.187 0.269 0.043 0.120 0.174 35 A 0.031 0.021 0.147 0.199 0.306 0.048 0.070 0.177 36 V 0.030 0.016 0.099 0.151 0.208 0.078 0.077 0.341 37 G 0.060 0.013 0.068 0.080 0.125 0.113 0.082 0.460 38 G 0.164 0.018 0.030 0.042 0.047 0.115 0.079 0.505 39 D 0.123 0.025 0.016 0.026 0.036 0.111 0.053 0.611 40 G 0.072 0.028 0.013 0.022 0.038 0.132 0.044 0.651 41 G 0.064 0.028 0.025 0.047 0.103 0.126 0.078 0.529 42 H 0.045 0.019 0.034 0.096 0.137 0.103 0.139 0.426 43 L 0.037 0.027 0.042 0.127 0.212 0.082 0.073 0.400 44 L 0.070 0.024 0.034 0.104 0.146 0.087 0.083 0.452 45 W 0.011 0.019 0.044 0.183 0.301 0.073 0.035 0.334 46 T 0.011 0.052 0.029 0.108 0.205 0.070 0.033 0.493 47 L 0.098 0.188 0.027 0.099 0.090 0.066 0.108 0.325 48 P 0.124 0.190 0.030 0.039 0.051 0.075 0.080 0.410 49 E 0.145 0.058 0.034 0.035 0.054 0.065 0.099 0.510 50 A 0.170 0.021 0.023 0.021 0.029 0.075 0.054 0.607 51 Q 0.136 0.010 0.016 0.018 0.017 0.083 0.046 0.675 52 A 0.045 0.006 0.005 0.003 0.006 0.076 0.019 0.840 53 G 0.117 0.011 0.009 0.008 0.010 0.102 0.045 0.700 54 E 0.024 0.012 0.019 0.018 0.026 0.119 0.021 0.760 55 R 0.030 0.032 0.021 0.013 0.018 0.110 0.028 0.749 56 I 0.042 0.146 0.033 0.022 0.024 0.124 0.099 0.509 57 P 0.043 0.722 0.006 0.002 0.004 0.032 0.051 0.139 58 Q 0.046 0.803 0.004 0.002 0.003 0.017 0.057 0.070 59 E 0.012 0.728 0.008 0.003 0.004 0.015 0.162 0.066 60 V 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.015 61 V 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 62 W 0.004 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.007 63 D 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.008 64 L 0.001 0.153 0.006 0.001 0.001 0.001 0.835 0.003 65 L 0.003 0.950 0.002 0.001 0.001 0.002 0.038 0.004 66 E 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 67 E 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 68 T 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 69 L 0.004 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 70 W 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 71 A 0.005 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.017 72 F 0.027 0.835 0.023 0.002 0.003 0.008 0.070 0.033 73 R 0.193 0.159 0.106 0.009 0.009 0.042 0.329 0.153 74 R 0.455 0.030 0.015 0.006 0.006 0.041 0.033 0.415 75 K 0.089 0.004 0.005 0.003 0.005 0.053 0.013 0.829 76 A 0.023 0.001 0.002 0.001 0.002 0.105 0.009 0.858 77 G 0.019 0.001 0.006 0.005 0.014 0.103 0.017 0.834 78 R 0.016 0.001 0.005 0.006 0.009 0.071 0.022 0.870 79 L 0.051 0.002 0.035 0.014 0.014 0.161 0.057 0.665 80 P 0.017 0.003 0.125 0.011 0.032 0.167 0.038 0.607 81 S 0.001 0.001 0.385 0.035 0.103 0.083 0.040 0.351 82 R 0.001 0.001 0.682 0.050 0.138 0.015 0.046 0.067 83 V 0.001 0.001 0.756 0.076 0.090 0.008 0.024 0.044 84 L 0.001 0.001 0.859 0.067 0.044 0.003 0.017 0.011 85 L 0.002 0.001 0.755 0.079 0.082 0.009 0.036 0.036 86 L 0.035 0.001 0.500 0.113 0.149 0.040 0.041 0.119 87 R 0.080 0.001 0.146 0.080 0.134 0.114 0.047 0.397 88 D 0.035 0.001 0.049 0.068 0.097 0.161 0.028 0.560 89 G 0.008 0.001 0.064 0.103 0.163 0.181 0.020 0.461 90 R 0.006 0.002 0.037 0.063 0.079 0.154 0.023 0.636 91 V 0.218 0.058 0.015 0.023 0.021 0.132 0.137 0.397 92 P 0.196 0.327 0.003 0.005 0.008 0.066 0.067 0.328 93 Q 0.059 0.349 0.005 0.008 0.017 0.071 0.054 0.437 94 D 0.026 0.636 0.007 0.026 0.037 0.032 0.102 0.135 95 E 0.010 0.862 0.003 0.009 0.014 0.011 0.029 0.061 96 F 0.010 0.900 0.004 0.010 0.012 0.006 0.024 0.033 97 A 0.009 0.895 0.005 0.008 0.013 0.005 0.032 0.031 98 L 0.004 0.940 0.003 0.005 0.008 0.003 0.014 0.022 99 A 0.007 0.961 0.003 0.003 0.004 0.002 0.007 0.012 100 L 0.022 0.929 0.004 0.002 0.002 0.004 0.015 0.022 101 E 0.021 0.907 0.004 0.002 0.003 0.006 0.017 0.040 102 A 0.060 0.646 0.025 0.008 0.011 0.028 0.071 0.153 103 L 0.257 0.088 0.059 0.008 0.009 0.051 0.252 0.276 104 A 0.490 0.014 0.007 0.006 0.007 0.047 0.036 0.393 105 R 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.008 0.920 106 E 0.018 0.001 0.009 0.002 0.003 0.176 0.017 0.774 107 G 0.013 0.001 0.019 0.003 0.010 0.112 0.028 0.815 108 I 0.006 0.002 0.069 0.030 0.013 0.142 0.033 0.705 109 A 0.002 0.002 0.508 0.020 0.063 0.076 0.036 0.292 110 Y 0.001 0.002 0.417 0.048 0.058 0.085 0.069 0.319 111 D 0.001 0.001 0.806 0.041 0.102 0.006 0.023 0.020 112 L 0.001 0.002 0.459 0.133 0.285 0.012 0.030 0.079 113 V 0.001 0.001 0.465 0.257 0.192 0.010 0.029 0.044 114 S 0.002 0.001 0.380 0.233 0.252 0.015 0.056 0.061 115 V 0.003 0.001 0.154 0.265 0.379 0.027 0.043 0.129 116 R 0.078 0.001 0.102 0.211 0.191 0.059 0.067 0.291 117 K 0.149 0.001 0.035 0.146 0.181 0.049 0.038 0.401 118 S 0.045 0.001 0.007 0.013 0.029 0.067 0.021 0.817 119 G 0.032 0.001 0.014 0.038 0.042 0.126 0.016 0.731 120 G 0.006 0.001 0.021 0.060 0.218 0.070 0.024 0.599 121 G 0.014 0.002 0.025 0.194 0.140 0.080 0.033 0.511 122 R 0.004 0.002 0.069 0.258 0.371 0.041 0.021 0.233 123 V 0.010 0.003 0.051 0.150 0.164 0.063 0.045 0.515 124 Y 0.029 0.002 0.086 0.233 0.340 0.044 0.030 0.235 125 P 0.060 0.003 0.041 0.093 0.114 0.070 0.052 0.567 126 V 0.052 0.002 0.024 0.051 0.066 0.098 0.039 0.670 127 Q 0.053 0.002 0.013 0.025 0.039 0.098 0.049 0.720 128 G 0.025 0.002 0.025 0.032 0.048 0.116 0.032 0.721 129 R 0.006 0.001 0.055 0.151 0.199 0.064 0.034 0.491 130 L 0.023 0.001 0.052 0.103 0.096 0.079 0.034 0.613 131 A 0.178 0.001 0.068 0.095 0.064 0.081 0.070 0.443 132 D 0.016 0.001 0.036 0.019 0.061 0.081 0.026 0.760 133 G 0.044 0.001 0.027 0.033 0.113 0.112 0.016 0.654 134 L 0.001 0.001 0.045 0.388 0.335 0.034 0.006 0.191 135 Y 0.004 0.001 0.058 0.132 0.142 0.108 0.034 0.522 136 V 0.001 0.001 0.037 0.246 0.247 0.095 0.018 0.355 137 P 0.079 0.029 0.033 0.044 0.068 0.110 0.128 0.510 138 L 0.421 0.036 0.010 0.031 0.030 0.059 0.168 0.246 139 E 0.043 0.044 0.012 0.014 0.022 0.082 0.054 0.729 140 D 0.131 0.109 0.008 0.013 0.021 0.099 0.116 0.503 141 K 0.051 0.164 0.018 0.054 0.088 0.126 0.080 0.420 142 T 0.026 0.115 0.015 0.136 0.247 0.082 0.086 0.294 143 F 0.011 0.033 0.036 0.173 0.412 0.037 0.151 0.146 144 L 0.009 0.038 0.050 0.235 0.433 0.031 0.074 0.129 145 L 0.013 0.013 0.062 0.369 0.341 0.026 0.064 0.113 146 L 0.014 0.009 0.067 0.281 0.393 0.028 0.049 0.159 147 T 0.028 0.005 0.058 0.241 0.320 0.056 0.068 0.224 148 V 0.027 0.004 0.050 0.179 0.225 0.073 0.041 0.401 149 H 0.103 0.009 0.031 0.079 0.089 0.091 0.076 0.522 150 R 0.053 0.005 0.040 0.082 0.099 0.102 0.056 0.564 151 D 0.036 0.003 0.026 0.041 0.090 0.089 0.035 0.681 152 F 0.083 0.003 0.027 0.107 0.101 0.101 0.047 0.531 153 R 0.014 0.002 0.026 0.081 0.137 0.084 0.020 0.636 154 G 0.016 0.003 0.017 0.070 0.106 0.090 0.027 0.670 155 T 0.021 0.005 0.030 0.168 0.225 0.083 0.044 0.424 156 P 0.036 0.010 0.016 0.062 0.068 0.089 0.046 0.673 157 R 0.040 0.022 0.029 0.174 0.200 0.080 0.063 0.393 158 P 0.021 0.022 0.022 0.060 0.164 0.081 0.042 0.588 159 L 0.009 0.007 0.029 0.231 0.441 0.041 0.037 0.205 160 K 0.006 0.016 0.046 0.284 0.347 0.030 0.053 0.217 161 L 0.005 0.014 0.042 0.324 0.407 0.025 0.022 0.160 162 V 0.012 0.008 0.127 0.254 0.273 0.037 0.064 0.224 163 H 0.046 0.003 0.089 0.297 0.316 0.028 0.042 0.179 164 E 0.154 0.003 0.049 0.062 0.087 0.054 0.064 0.528 165 A 0.093 0.002 0.021 0.022 0.028 0.121 0.022 0.692 166 G 0.013 0.003 0.015 0.008 0.021 0.083 0.009 0.848 167 D 0.041 0.012 0.011 0.011 0.014 0.112 0.020 0.779 168 T 0.033 0.080 0.016 0.032 0.021 0.158 0.066 0.594 169 P 0.036 0.743 0.002 0.002 0.003 0.035 0.023 0.157 170 L 0.026 0.915 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.032 171 E 0.013 0.913 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 0.024 172 A 0.010 0.833 0.002 0.001 0.002 0.007 0.122 0.022 173 L 0.004 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.027 0.007 174 A 0.013 0.940 0.002 0.001 0.001 0.003 0.026 0.013 175 H 0.011 0.884 0.004 0.001 0.002 0.005 0.056 0.037 176 Q 0.007 0.910 0.004 0.002 0.004 0.005 0.043 0.025 177 I 0.014 0.110 0.029 0.004 0.003 0.013 0.803 0.025 178 F 0.033 0.177 0.058 0.007 0.008 0.038 0.589 0.090 179 H 0.071 0.380 0.038 0.016 0.028 0.056 0.078 0.332 180 L 0.073 0.076 0.149 0.024 0.040 0.073 0.248 0.318 181 T 0.081 0.043 0.086 0.041 0.058 0.163 0.154 0.375 182 R 0.017 0.019 0.049 0.031 0.064 0.136 0.028 0.656 183 L 0.013 0.017 0.096 0.045 0.057 0.114 0.033 0.625 184 Y 0.251 0.034 0.049 0.022 0.028 0.083 0.246 0.288 185 P 0.180 0.025 0.030 0.016 0.021 0.093 0.060 0.575 186 A 0.091 0.012 0.027 0.021 0.027 0.102 0.035 0.685 187 S 0.054 0.010 0.034 0.026 0.048 0.119 0.048 0.661 188 G 0.065 0.007 0.031 0.028 0.048 0.124 0.062 0.634 189 F 0.040 0.004 0.036 0.121 0.084 0.101 0.042 0.573 190 A 0.041 0.004 0.033 0.037 0.075 0.094 0.032 0.685 191 F 0.169 0.003 0.019 0.028 0.034 0.104 0.048 0.595 192 P 0.010 0.002 0.045 0.053 0.105 0.101 0.015 0.667 193 R 0.014 0.007 0.019 0.025 0.039 0.089 0.036 0.771 194 L 0.013 0.024 0.050 0.095 0.075 0.127 0.036 0.580 195 P 0.077 0.166 0.035 0.018 0.026 0.088 0.106 0.484 196 A 0.036 0.326 0.035 0.054 0.062 0.073 0.090 0.322 197 P 0.015 0.618 0.023 0.013 0.028 0.030 0.049 0.223 198 L 0.043 0.592 0.037 0.018 0.023 0.037 0.094 0.155 199 H 0.020 0.789 0.020 0.011 0.011 0.016 0.067 0.067 200 L 0.014 0.881 0.006 0.003 0.005 0.009 0.035 0.047 201 A 0.009 0.930 0.003 0.001 0.002 0.005 0.024 0.025 202 D 0.015 0.898 0.003 0.002 0.002 0.007 0.046 0.027 203 R 0.005 0.936 0.002 0.001 0.002 0.004 0.027 0.022 204 L 0.006 0.950 0.003 0.001 0.002 0.003 0.018 0.015 205 V 0.032 0.749 0.022 0.005 0.006 0.011 0.131 0.044 206 K 0.045 0.753 0.013 0.006 0.009 0.017 0.055 0.102 207 E 0.064 0.590 0.028 0.011 0.017 0.030 0.075 0.185 208 V 0.095 0.237 0.080 0.015 0.020 0.075 0.203 0.275 209 G 0.128 0.214 0.035 0.020 0.027 0.087 0.070 0.419 210 R 0.075 0.126 0.027 0.013 0.024 0.073 0.045 0.618 211 L 0.061 0.078 0.053 0.021 0.030 0.132 0.066 0.560 212 G 0.107 0.113 0.040 0.020 0.039 0.096 0.063 0.521 213 I 0.114 0.091 0.021 0.014 0.019 0.088 0.069 0.585 214 R 0.048 0.094 0.027 0.015 0.024 0.117 0.041 0.634 215 H 0.141 0.212 0.013 0.009 0.017 0.074 0.077 0.457 216 L 0.121 0.138 0.017 0.010 0.015 0.097 0.104 0.498 217 K 0.055 0.139 0.018 0.020 0.023 0.099 0.058 0.589 218 E 0.105 0.125 0.015 0.013 0.023 0.097 0.067 0.553 219 V 0.162 0.092 0.020 0.016 0.018 0.114 0.082 0.495 220 D 0.162 0.131 0.010 0.014 0.025 0.098 0.089 0.470 221 R 0.079 0.075 0.018 0.017 0.041 0.124 0.074 0.572 222 E 0.027 0.049 0.064 0.063 0.131 0.131 0.100 0.435 223 K 0.015 0.026 0.084 0.107 0.256 0.079 0.100 0.333 224 L 0.017 0.021 0.150 0.144 0.240 0.059 0.063 0.308 225 F 0.010 0.007 0.185 0.257 0.315 0.035 0.038 0.153 226 F 0.013 0.003 0.164 0.139 0.210 0.059 0.078 0.333 227 V 0.044 0.006 0.158 0.118 0.142 0.096 0.091 0.346