# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 428 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.011 0.005 0.017 0.016 0.063 0.110 0.020 0.758 2 L 0.024 0.010 0.038 0.081 0.114 0.128 0.046 0.559 3 Q 0.051 0.021 0.057 0.159 0.156 0.089 0.073 0.393 4 V 0.030 0.013 0.071 0.105 0.154 0.069 0.098 0.460 5 V 0.010 0.007 0.126 0.180 0.271 0.055 0.081 0.271 6 A 0.035 0.006 0.089 0.169 0.228 0.061 0.059 0.354 7 L 0.075 0.005 0.058 0.145 0.131 0.070 0.057 0.459 8 S 0.054 0.004 0.025 0.049 0.072 0.080 0.045 0.671 9 G 0.032 0.002 0.012 0.017 0.031 0.110 0.028 0.766 10 A 0.021 0.002 0.013 0.013 0.017 0.134 0.024 0.775 11 Y 0.089 0.007 0.017 0.015 0.017 0.139 0.081 0.636 12 P 0.068 0.012 0.027 0.014 0.021 0.161 0.064 0.633 13 A 0.009 0.008 0.153 0.030 0.084 0.150 0.101 0.465 14 E 0.002 0.003 0.373 0.050 0.137 0.069 0.102 0.265 15 L 0.002 0.002 0.653 0.094 0.116 0.030 0.051 0.051 16 A 0.004 0.003 0.624 0.077 0.096 0.026 0.061 0.110 17 V 0.003 0.002 0.800 0.055 0.069 0.018 0.025 0.028 18 G 0.010 0.006 0.465 0.052 0.119 0.080 0.091 0.178 19 F 0.021 0.006 0.327 0.081 0.112 0.112 0.090 0.252 20 D 0.085 0.007 0.205 0.084 0.126 0.112 0.134 0.247 21 A 0.032 0.005 0.092 0.045 0.091 0.153 0.123 0.459 22 G 0.036 0.003 0.072 0.037 0.070 0.121 0.067 0.595 23 G 0.127 0.004 0.028 0.029 0.048 0.118 0.068 0.577 24 R 0.041 0.005 0.012 0.010 0.018 0.122 0.029 0.763 25 E 0.047 0.013 0.016 0.014 0.036 0.143 0.033 0.697 26 S 0.026 0.044 0.020 0.029 0.064 0.133 0.055 0.630 27 F 0.008 0.051 0.068 0.089 0.158 0.129 0.096 0.401 28 R 0.008 0.121 0.097 0.164 0.289 0.043 0.152 0.127 29 F 0.011 0.255 0.072 0.218 0.250 0.025 0.072 0.098 30 G 0.007 0.134 0.153 0.178 0.368 0.023 0.054 0.083 31 G 0.007 0.053 0.112 0.266 0.429 0.016 0.086 0.032 32 A 0.020 0.054 0.102 0.225 0.366 0.028 0.128 0.076 33 A 0.014 0.022 0.090 0.265 0.414 0.028 0.080 0.085 34 C 0.020 0.012 0.049 0.248 0.413 0.054 0.043 0.161 35 A 0.038 0.008 0.047 0.177 0.289 0.091 0.063 0.287 36 V 0.024 0.007 0.029 0.097 0.149 0.133 0.047 0.515 37 G 0.095 0.013 0.016 0.024 0.049 0.136 0.043 0.623 38 G 0.157 0.025 0.010 0.022 0.026 0.127 0.045 0.588 39 D 0.083 0.055 0.016 0.020 0.042 0.131 0.038 0.616 40 G 0.053 0.081 0.035 0.039 0.132 0.102 0.060 0.497 41 G 0.030 0.038 0.043 0.148 0.277 0.071 0.069 0.325 42 H 0.009 0.010 0.060 0.263 0.327 0.041 0.098 0.192 43 L 0.014 0.011 0.043 0.263 0.361 0.045 0.052 0.211 44 L 0.050 0.016 0.047 0.221 0.312 0.053 0.041 0.260 45 W 0.010 0.013 0.028 0.143 0.247 0.072 0.023 0.464 46 T 0.024 0.048 0.020 0.078 0.170 0.082 0.029 0.548 47 L 0.089 0.114 0.023 0.140 0.130 0.080 0.079 0.344 48 P 0.137 0.171 0.023 0.079 0.080 0.078 0.073 0.359 49 E 0.108 0.098 0.036 0.072 0.098 0.071 0.116 0.401 50 A 0.083 0.029 0.028 0.039 0.061 0.104 0.063 0.594 51 Q 0.269 0.021 0.021 0.046 0.057 0.066 0.097 0.423 52 A 0.078 0.008 0.006 0.015 0.028 0.085 0.020 0.760 53 G 0.028 0.007 0.010 0.018 0.042 0.094 0.023 0.777 54 E 0.013 0.012 0.013 0.038 0.071 0.124 0.024 0.705 55 R 0.022 0.025 0.015 0.036 0.050 0.106 0.026 0.719 56 I 0.036 0.083 0.024 0.081 0.045 0.102 0.054 0.575 57 P 0.069 0.598 0.007 0.007 0.009 0.031 0.054 0.224 58 Q 0.053 0.800 0.004 0.002 0.002 0.009 0.077 0.053 59 E 0.013 0.791 0.011 0.007 0.006 0.016 0.070 0.086 60 V 0.008 0.933 0.002 0.001 0.001 0.006 0.029 0.021 61 V 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 62 W 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 63 D 0.007 0.884 0.001 0.001 0.001 0.003 0.089 0.016 64 L 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.001 65 L 0.002 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.335 0.003 66 E 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 67 E 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.015 68 T 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 69 L 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 70 W 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 71 A 0.002 0.981 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 72 F 0.038 0.722 0.113 0.002 0.001 0.004 0.108 0.011 73 R 0.152 0.139 0.360 0.011 0.005 0.016 0.235 0.082 74 R 0.692 0.007 0.020 0.001 0.001 0.017 0.023 0.238 75 K 0.246 0.001 0.004 0.001 0.001 0.029 0.009 0.709 76 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.962 77 G 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.075 0.005 0.911 78 R 0.010 0.001 0.010 0.011 0.006 0.133 0.026 0.803 79 L 0.130 0.002 0.033 0.013 0.007 0.126 0.050 0.639 80 P 0.059 0.003 0.048 0.009 0.014 0.159 0.081 0.627 81 S 0.001 0.001 0.233 0.019 0.046 0.131 0.052 0.517 82 R 0.001 0.001 0.761 0.029 0.070 0.028 0.048 0.062 83 V 0.001 0.001 0.711 0.068 0.061 0.019 0.062 0.077 84 L 0.001 0.001 0.888 0.040 0.034 0.004 0.019 0.014 85 L 0.002 0.001 0.809 0.037 0.067 0.012 0.043 0.029 86 L 0.041 0.001 0.590 0.055 0.080 0.058 0.062 0.113 87 R 0.203 0.002 0.107 0.047 0.060 0.140 0.062 0.380 88 D 0.013 0.001 0.020 0.006 0.028 0.168 0.017 0.746 89 G 0.006 0.001 0.040 0.014 0.058 0.189 0.026 0.667 90 R 0.017 0.006 0.032 0.069 0.061 0.190 0.046 0.578 91 V 0.054 0.043 0.024 0.027 0.018 0.117 0.028 0.688 92 P 0.138 0.438 0.006 0.009 0.009 0.036 0.084 0.278 93 Q 0.078 0.747 0.004 0.002 0.002 0.016 0.040 0.109 94 D 0.017 0.815 0.006 0.006 0.005 0.013 0.068 0.070 95 E 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 96 F 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 97 A 0.003 0.959 0.003 0.001 0.001 0.002 0.022 0.008 98 L 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 99 A 0.024 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 100 L 0.045 0.894 0.009 0.001 0.001 0.003 0.022 0.025 101 E 0.062 0.518 0.031 0.003 0.002 0.015 0.069 0.301 102 A 0.181 0.195 0.049 0.004 0.003 0.049 0.218 0.302 103 L 0.347 0.015 0.059 0.006 0.002 0.040 0.235 0.295 104 A 0.349 0.003 0.002 0.001 0.001 0.022 0.017 0.605 105 R 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.010 0.942 106 E 0.014 0.001 0.013 0.004 0.009 0.175 0.011 0.774 107 G 0.033 0.001 0.019 0.003 0.009 0.079 0.032 0.825 108 I 0.016 0.001 0.045 0.023 0.018 0.130 0.017 0.751 109 A 0.003 0.001 0.363 0.023 0.098 0.102 0.032 0.378 110 Y 0.001 0.001 0.308 0.134 0.206 0.040 0.042 0.270 111 D 0.001 0.001 0.708 0.140 0.125 0.003 0.011 0.012 112 L 0.001 0.002 0.492 0.177 0.206 0.007 0.031 0.084 113 V 0.001 0.001 0.497 0.305 0.173 0.003 0.009 0.013 114 S 0.003 0.002 0.409 0.232 0.276 0.007 0.040 0.031 115 V 0.007 0.004 0.212 0.275 0.306 0.027 0.074 0.094 116 R 0.036 0.004 0.167 0.186 0.245 0.055 0.077 0.229 117 K 0.123 0.005 0.039 0.066 0.082 0.112 0.052 0.522 118 S 0.052 0.003 0.020 0.019 0.036 0.095 0.033 0.741 119 G 0.031 0.004 0.018 0.027 0.055 0.132 0.033 0.700 120 G 0.037 0.004 0.032 0.059 0.155 0.120 0.072 0.521 121 G 0.016 0.002 0.028 0.117 0.158 0.061 0.032 0.586 122 R 0.006 0.001 0.081 0.319 0.359 0.047 0.021 0.166 123 V 0.003 0.001 0.048 0.104 0.197 0.063 0.032 0.553 124 Y 0.006 0.001 0.142 0.285 0.258 0.067 0.031 0.210 125 P 0.098 0.001 0.047 0.042 0.064 0.088 0.064 0.596 126 V 0.356 0.005 0.021 0.045 0.037 0.099 0.068 0.370 127 Q 0.014 0.001 0.018 0.012 0.041 0.107 0.010 0.797 128 G 0.011 0.002 0.053 0.041 0.126 0.126 0.039 0.603 129 R 0.006 0.002 0.167 0.200 0.201 0.087 0.078 0.259 130 L 0.023 0.002 0.141 0.079 0.088 0.081 0.064 0.523 131 A 0.328 0.003 0.107 0.096 0.063 0.057 0.093 0.252 132 D 0.043 0.001 0.044 0.032 0.074 0.093 0.030 0.683 133 G 0.006 0.001 0.054 0.033 0.164 0.068 0.016 0.658 134 L 0.003 0.001 0.081 0.243 0.347 0.063 0.020 0.242 135 Y 0.003 0.001 0.054 0.228 0.201 0.061 0.016 0.437 136 V 0.012 0.001 0.073 0.230 0.160 0.061 0.027 0.437 137 P 0.225 0.005 0.025 0.046 0.046 0.077 0.059 0.516 138 L 0.347 0.007 0.013 0.013 0.014 0.073 0.057 0.477 139 E 0.057 0.013 0.014 0.011 0.024 0.105 0.023 0.753 140 D 0.037 0.023 0.017 0.015 0.052 0.125 0.037 0.695 141 K 0.014 0.027 0.041 0.093 0.187 0.132 0.063 0.442 142 T 0.009 0.021 0.087 0.159 0.366 0.064 0.071 0.224 143 F 0.005 0.007 0.102 0.227 0.351 0.038 0.094 0.175 144 L 0.003 0.006 0.205 0.286 0.369 0.022 0.054 0.056 145 L 0.004 0.011 0.166 0.205 0.432 0.026 0.052 0.104 146 L 0.018 0.013 0.146 0.280 0.340 0.037 0.050 0.118 147 T 0.076 0.025 0.101 0.162 0.200 0.072 0.126 0.238 148 V 0.062 0.027 0.048 0.060 0.118 0.147 0.076 0.460 149 H 0.062 0.011 0.041 0.044 0.087 0.117 0.085 0.554 150 R 0.057 0.007 0.028 0.066 0.085 0.123 0.092 0.542 151 D 0.076 0.003 0.025 0.032 0.056 0.105 0.078 0.626 152 F 0.069 0.003 0.023 0.057 0.070 0.117 0.066 0.596 153 R 0.012 0.001 0.020 0.019 0.052 0.108 0.017 0.772 154 G 0.016 0.001 0.033 0.042 0.064 0.111 0.023 0.710 155 T 0.041 0.004 0.047 0.105 0.142 0.114 0.060 0.487 156 P 0.035 0.002 0.051 0.031 0.050 0.094 0.046 0.691 157 R 0.034 0.004 0.104 0.153 0.126 0.155 0.049 0.376 158 P 0.007 0.002 0.040 0.021 0.047 0.091 0.026 0.766 159 L 0.015 0.009 0.114 0.085 0.146 0.137 0.062 0.432 160 K 0.011 0.009 0.320 0.153 0.230 0.053 0.074 0.151 161 L 0.014 0.011 0.376 0.114 0.145 0.047 0.072 0.221 162 V 0.011 0.007 0.451 0.139 0.156 0.035 0.072 0.128 163 H 0.068 0.006 0.250 0.096 0.134 0.081 0.117 0.249 164 E 0.309 0.006 0.046 0.037 0.054 0.093 0.070 0.384 165 A 0.035 0.002 0.017 0.012 0.025 0.129 0.032 0.749 166 G 0.011 0.005 0.010 0.004 0.013 0.139 0.019 0.798 167 D 0.017 0.017 0.010 0.012 0.015 0.155 0.014 0.759 168 T 0.028 0.135 0.009 0.012 0.007 0.098 0.020 0.692 169 P 0.039 0.929 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.019 170 L 0.029 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.012 171 E 0.004 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.015 172 A 0.007 0.917 0.002 0.001 0.001 0.003 0.059 0.010 173 L 0.007 0.920 0.001 0.001 0.001 0.003 0.063 0.005 174 A 0.004 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.009 175 H 0.004 0.890 0.002 0.001 0.001 0.005 0.074 0.023 176 Q 0.008 0.901 0.002 0.002 0.002 0.007 0.060 0.018 177 I 0.028 0.312 0.013 0.003 0.005 0.019 0.589 0.030 178 F 0.022 0.433 0.021 0.008 0.007 0.033 0.385 0.090 179 H 0.084 0.385 0.058 0.011 0.024 0.069 0.100 0.269 180 L 0.082 0.133 0.081 0.023 0.031 0.133 0.176 0.341 181 T 0.067 0.086 0.087 0.023 0.038 0.128 0.128 0.442 182 R 0.032 0.036 0.096 0.037 0.064 0.145 0.071 0.520 183 L 0.012 0.012 0.096 0.030 0.044 0.161 0.106 0.540 184 Y 0.086 0.024 0.120 0.087 0.071 0.132 0.217 0.263 185 P 0.095 0.012 0.043 0.020 0.036 0.136 0.072 0.585 186 A 0.087 0.007 0.034 0.019 0.034 0.119 0.072 0.628 187 S 0.059 0.006 0.027 0.023 0.036 0.136 0.057 0.655 188 G 0.034 0.004 0.028 0.019 0.038 0.155 0.056 0.666 189 F 0.020 0.003 0.045 0.032 0.052 0.141 0.042 0.667 190 A 0.065 0.004 0.041 0.040 0.064 0.132 0.059 0.596 191 F 0.056 0.004 0.043 0.043 0.053 0.118 0.084 0.600 192 P 0.021 0.004 0.085 0.044 0.101 0.142 0.040 0.564 193 R 0.020 0.004 0.060 0.031 0.059 0.098 0.064 0.663 194 L 0.023 0.036 0.082 0.091 0.092 0.128 0.044 0.504 195 P 0.025 0.098 0.050 0.024 0.049 0.086 0.032 0.636 196 A 0.037 0.556 0.046 0.065 0.055 0.042 0.050 0.149 197 P 0.015 0.880 0.013 0.005 0.008 0.010 0.023 0.044 198 L 0.008 0.909 0.016 0.006 0.005 0.005 0.032 0.020 199 H 0.005 0.925 0.011 0.007 0.006 0.003 0.032 0.011 200 L 0.009 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 201 A 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 202 D 0.002 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.008 203 R 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 204 L 0.016 0.944 0.002 0.001 0.001 0.002 0.031 0.005 205 V 0.038 0.754 0.004 0.001 0.001 0.005 0.176 0.020 206 K 0.018 0.785 0.005 0.002 0.001 0.009 0.069 0.111 207 E 0.058 0.676 0.011 0.002 0.003 0.026 0.080 0.144 208 V 0.084 0.418 0.049 0.007 0.005 0.060 0.222 0.154 209 G 0.185 0.315 0.018 0.005 0.007 0.053 0.072 0.346 210 R 0.064 0.140 0.024 0.005 0.006 0.069 0.062 0.630 211 L 0.027 0.150 0.085 0.018 0.020 0.149 0.082 0.470 212 G 0.079 0.206 0.083 0.018 0.026 0.086 0.098 0.403 213 I 0.130 0.192 0.044 0.020 0.016 0.080 0.048 0.472 214 R 0.062 0.142 0.066 0.023 0.026 0.087 0.077 0.517 215 H 0.118 0.191 0.016 0.011 0.013 0.084 0.060 0.507 216 L 0.155 0.194 0.026 0.013 0.013 0.073 0.096 0.430 217 K 0.100 0.204 0.011 0.009 0.010 0.073 0.046 0.546 218 E 0.084 0.128 0.018 0.013 0.016 0.087 0.084 0.569 219 V 0.087 0.075 0.017 0.011 0.010 0.122 0.065 0.613 220 D 0.412 0.141 0.008 0.007 0.009 0.044 0.070 0.308 221 R 0.100 0.076 0.008 0.006 0.012 0.088 0.041 0.669 222 E 0.026 0.040 0.019 0.018 0.047 0.095 0.050 0.704 223 K 0.049 0.028 0.032 0.074 0.134 0.114 0.077 0.492 224 L 0.018 0.009 0.043 0.101 0.153 0.106 0.055 0.514 225 F 0.011 0.007 0.072 0.160 0.295 0.085 0.039 0.331 226 F 0.012 0.005 0.053 0.127 0.215 0.083 0.054 0.450 227 V 0.037 0.010 0.068 0.152 0.152 0.085 0.072 0.424