# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 428 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.085 0.007 0.050 0.049 0.059 0.100 0.029 0.621 2 L 0.118 0.004 0.080 0.037 0.043 0.105 0.013 0.600 3 Q 0.028 0.003 0.209 0.143 0.138 0.089 0.005 0.384 4 V 0.004 0.001 0.042 0.043 0.079 0.030 0.001 0.800 5 V 0.008 0.003 0.314 0.212 0.293 0.029 0.002 0.139 6 A 0.013 0.006 0.163 0.127 0.199 0.052 0.003 0.437 7 L 0.016 0.009 0.246 0.176 0.324 0.042 0.003 0.184 8 S 0.018 0.014 0.069 0.111 0.193 0.129 0.005 0.461 9 G 0.062 0.010 0.042 0.044 0.096 0.058 0.016 0.671 10 A 0.117 0.007 0.034 0.022 0.040 0.120 0.021 0.640 11 Y 0.104 0.009 0.027 0.034 0.052 0.205 0.016 0.554 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 13 A 0.006 0.003 0.016 0.020 0.036 0.102 0.004 0.812 14 E 0.427 0.005 0.063 0.026 0.022 0.100 0.028 0.327 15 L 0.073 0.009 0.653 0.054 0.050 0.043 0.008 0.110 16 A 0.011 0.007 0.605 0.114 0.119 0.033 0.002 0.107 17 V 0.003 0.003 0.759 0.075 0.099 0.012 0.001 0.047 18 G 0.004 0.003 0.556 0.089 0.161 0.035 0.003 0.149 19 F 0.005 0.002 0.588 0.082 0.121 0.034 0.002 0.166 20 D 0.005 0.006 0.231 0.181 0.231 0.095 0.004 0.247 21 A 0.016 0.005 0.142 0.076 0.179 0.069 0.004 0.509 22 G 0.023 0.010 0.070 0.099 0.154 0.314 0.010 0.320 23 G 0.159 0.008 0.036 0.041 0.058 0.150 0.021 0.526 24 R 0.039 0.015 0.027 0.024 0.034 0.116 0.008 0.737 25 E 0.037 0.009 0.011 0.013 0.024 0.141 0.016 0.749 26 S 0.152 0.010 0.012 0.014 0.018 0.176 0.022 0.595 27 F 0.048 0.008 0.026 0.029 0.027 0.099 0.015 0.748 28 R 0.042 0.006 0.059 0.083 0.106 0.225 0.013 0.466 29 F 0.056 0.007 0.097 0.129 0.201 0.153 0.010 0.347 30 G 0.036 0.005 0.182 0.252 0.339 0.087 0.004 0.095 31 G 0.009 0.003 0.185 0.324 0.353 0.040 0.002 0.085 32 A 0.004 0.001 0.171 0.273 0.498 0.014 0.001 0.038 33 A 0.001 0.001 0.160 0.353 0.460 0.008 0.001 0.016 34 C 0.002 0.002 0.115 0.381 0.474 0.008 0.001 0.017 35 A 0.003 0.002 0.114 0.308 0.502 0.014 0.002 0.054 36 V 0.009 0.003 0.099 0.276 0.424 0.029 0.004 0.155 37 G 0.012 0.003 0.062 0.122 0.263 0.067 0.008 0.464 38 G 0.016 0.002 0.015 0.025 0.055 0.084 0.008 0.797 39 D 0.031 0.003 0.008 0.012 0.017 0.124 0.009 0.795 40 G 0.127 0.008 0.022 0.031 0.031 0.153 0.025 0.603 41 G 0.142 0.015 0.064 0.058 0.073 0.248 0.015 0.384 42 H 0.072 0.019 0.063 0.105 0.162 0.146 0.007 0.426 43 L 0.043 0.043 0.056 0.164 0.264 0.090 0.004 0.335 44 L 0.034 0.044 0.048 0.178 0.356 0.080 0.006 0.255 45 W 0.041 0.064 0.041 0.169 0.282 0.067 0.011 0.325 46 T 0.073 0.098 0.035 0.114 0.201 0.087 0.033 0.358 47 L 0.184 0.036 0.030 0.098 0.141 0.068 0.014 0.429 48 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.994 49 E 0.008 0.014 0.016 0.086 0.177 0.075 0.004 0.620 50 A 0.127 0.082 0.035 0.085 0.139 0.063 0.011 0.458 51 Q 0.126 0.150 0.029 0.132 0.173 0.074 0.012 0.304 52 A 0.058 0.057 0.020 0.034 0.041 0.047 0.010 0.732 53 G 0.112 0.065 0.024 0.033 0.036 0.045 0.023 0.663 54 E 0.344 0.026 0.018 0.018 0.024 0.095 0.036 0.439 55 R 0.184 0.032 0.025 0.024 0.035 0.089 0.029 0.582 56 I 0.064 0.017 0.022 0.041 0.044 0.068 0.004 0.741 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 Q 0.011 0.010 0.016 0.022 0.117 0.070 0.002 0.753 59 E 0.050 0.027 0.009 0.008 0.017 0.086 0.003 0.801 60 V 0.080 0.100 0.003 0.006 0.011 0.141 0.003 0.657 61 V 0.115 0.437 0.007 0.004 0.013 0.060 0.004 0.360 62 W 0.022 0.687 0.005 0.001 0.005 0.023 0.003 0.254 63 D 0.020 0.777 0.002 0.001 0.001 0.021 0.004 0.174 64 L 0.024 0.900 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.064 65 L 0.022 0.903 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.062 66 E 0.003 0.953 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 67 E 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 68 T 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 69 L 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 70 W 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 71 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 F 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 73 R 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 74 R 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 75 K 0.015 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 76 A 0.062 0.836 0.006 0.003 0.001 0.002 0.051 0.038 77 G 0.499 0.170 0.027 0.008 0.003 0.008 0.188 0.096 78 R 0.296 0.064 0.215 0.023 0.021 0.067 0.078 0.237 79 L 0.044 0.012 0.031 0.032 0.043 0.091 0.009 0.739 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 81 S 0.005 0.001 0.076 0.130 0.146 0.180 0.004 0.458 82 R 0.336 0.001 0.176 0.050 0.085 0.123 0.009 0.220 83 V 0.019 0.001 0.661 0.158 0.123 0.014 0.001 0.023 84 L 0.001 0.001 0.776 0.138 0.077 0.001 0.001 0.006 85 L 0.001 0.001 0.869 0.037 0.072 0.001 0.001 0.020 86 L 0.001 0.001 0.935 0.024 0.034 0.001 0.001 0.006 87 R 0.001 0.001 0.711 0.065 0.091 0.046 0.001 0.087 88 D 0.001 0.001 0.299 0.024 0.098 0.081 0.002 0.495 89 G 0.023 0.001 0.190 0.033 0.054 0.143 0.013 0.543 90 R 0.148 0.001 0.030 0.008 0.016 0.282 0.011 0.505 91 V 0.017 0.001 0.015 0.021 0.017 0.060 0.001 0.869 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 93 Q 0.004 0.003 0.006 0.007 0.039 0.071 0.001 0.869 94 D 0.051 0.016 0.004 0.004 0.007 0.121 0.003 0.793 95 E 0.157 0.151 0.003 0.004 0.009 0.270 0.005 0.400 96 F 0.065 0.726 0.010 0.004 0.010 0.029 0.003 0.152 97 A 0.008 0.751 0.004 0.002 0.004 0.023 0.002 0.207 98 L 0.022 0.785 0.001 0.001 0.002 0.028 0.004 0.157 99 A 0.014 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 100 L 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 101 E 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 102 A 0.018 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 103 L 0.016 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 104 A 0.055 0.834 0.005 0.002 0.003 0.006 0.021 0.073 105 R 0.114 0.711 0.013 0.003 0.002 0.008 0.051 0.097 106 E 0.250 0.374 0.018 0.007 0.005 0.012 0.124 0.210 107 G 0.227 0.061 0.060 0.014 0.010 0.049 0.135 0.444 108 I 0.033 0.011 0.172 0.035 0.017 0.051 0.016 0.666 109 A 0.013 0.003 0.216 0.109 0.078 0.061 0.007 0.513 110 Y 0.014 0.001 0.081 0.031 0.072 0.058 0.002 0.742 111 D 0.002 0.001 0.736 0.169 0.081 0.006 0.001 0.005 112 L 0.002 0.001 0.491 0.190 0.168 0.017 0.001 0.132 113 V 0.001 0.001 0.826 0.075 0.096 0.001 0.001 0.002 114 S 0.001 0.001 0.676 0.151 0.147 0.003 0.001 0.022 115 V 0.001 0.001 0.795 0.068 0.121 0.002 0.001 0.014 116 R 0.001 0.001 0.698 0.093 0.146 0.017 0.001 0.045 117 K 0.001 0.001 0.263 0.126 0.295 0.053 0.001 0.260 118 S 0.003 0.001 0.113 0.045 0.168 0.126 0.004 0.541 119 G 0.064 0.002 0.035 0.042 0.046 0.124 0.038 0.650 120 G 0.186 0.002 0.035 0.021 0.023 0.167 0.032 0.535 121 G 0.076 0.004 0.048 0.072 0.063 0.131 0.016 0.590 122 R 0.092 0.004 0.095 0.205 0.295 0.091 0.008 0.211 123 V 0.009 0.002 0.034 0.067 0.137 0.026 0.002 0.722 124 Y 0.007 0.001 0.164 0.390 0.316 0.019 0.002 0.101 125 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.001 0.986 126 V 0.003 0.001 0.062 0.102 0.451 0.073 0.002 0.306 127 Q 0.010 0.001 0.017 0.022 0.035 0.069 0.003 0.843 128 G 0.125 0.005 0.040 0.076 0.073 0.101 0.022 0.558 129 R 0.340 0.002 0.103 0.056 0.057 0.109 0.010 0.324 130 L 0.010 0.002 0.120 0.096 0.087 0.052 0.003 0.630 131 A 0.008 0.003 0.147 0.214 0.367 0.064 0.003 0.195 132 D 0.007 0.003 0.119 0.107 0.184 0.062 0.004 0.512 133 G 0.029 0.006 0.120 0.116 0.175 0.094 0.014 0.447 134 L 0.206 0.002 0.110 0.067 0.119 0.187 0.014 0.295 135 Y 0.032 0.002 0.076 0.116 0.141 0.074 0.005 0.553 136 V 0.013 0.002 0.086 0.288 0.385 0.047 0.003 0.177 137 P 0.001 0.001 0.003 0.011 0.018 0.004 0.001 0.963 138 L 0.005 0.001 0.014 0.048 0.189 0.043 0.001 0.699 139 E 0.035 0.002 0.010 0.038 0.072 0.269 0.006 0.567 140 D 0.173 0.007 0.010 0.028 0.048 0.168 0.015 0.552 141 K 0.206 0.018 0.035 0.052 0.063 0.205 0.015 0.408 142 T 0.148 0.016 0.056 0.087 0.108 0.281 0.016 0.288 143 F 0.073 0.025 0.103 0.168 0.249 0.107 0.011 0.263 144 L 0.035 0.019 0.135 0.251 0.447 0.044 0.004 0.065 145 L 0.008 0.020 0.129 0.300 0.369 0.025 0.003 0.147 146 L 0.007 0.017 0.137 0.261 0.439 0.022 0.004 0.112 147 T 0.011 0.022 0.107 0.265 0.356 0.052 0.005 0.183 148 V 0.012 0.017 0.058 0.108 0.241 0.061 0.005 0.499 149 H 0.022 0.021 0.042 0.073 0.173 0.120 0.009 0.540 150 R 0.075 0.022 0.019 0.037 0.053 0.118 0.016 0.659 151 D 0.053 0.039 0.022 0.031 0.036 0.075 0.014 0.730 152 F 0.115 0.066 0.041 0.064 0.079 0.139 0.024 0.472 153 R 0.079 0.060 0.044 0.057 0.072 0.146 0.019 0.523 154 G 0.100 0.078 0.045 0.077 0.086 0.061 0.035 0.518 155 T 0.172 0.016 0.043 0.048 0.073 0.126 0.014 0.507 156 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.992 157 R 0.029 0.004 0.045 0.125 0.208 0.217 0.007 0.365 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 159 L 0.017 0.005 0.062 0.166 0.393 0.116 0.003 0.239 160 K 0.121 0.005 0.079 0.159 0.150 0.075 0.005 0.406 161 L 0.024 0.007 0.112 0.166 0.224 0.033 0.003 0.432 162 V 0.027 0.008 0.168 0.269 0.371 0.033 0.002 0.122 163 H 0.017 0.013 0.160 0.211 0.282 0.031 0.004 0.282 164 E 0.014 0.022 0.104 0.112 0.304 0.082 0.007 0.355 165 A 0.046 0.021 0.048 0.035 0.079 0.129 0.014 0.628 166 G 0.104 0.017 0.022 0.018 0.018 0.104 0.046 0.671 167 D 0.318 0.006 0.032 0.010 0.011 0.088 0.066 0.470 168 T 0.139 0.007 0.059 0.020 0.022 0.208 0.007 0.540 169 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.991 170 L 0.006 0.006 0.008 0.006 0.040 0.063 0.001 0.872 171 E 0.015 0.029 0.005 0.003 0.010 0.244 0.002 0.693 172 A 0.073 0.199 0.002 0.003 0.006 0.223 0.003 0.491 173 L 0.032 0.874 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.079 174 A 0.008 0.942 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.039 175 H 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 176 Q 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 177 I 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 178 F 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 179 H 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 180 L 0.017 0.954 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 0.013 181 T 0.037 0.912 0.009 0.004 0.002 0.003 0.015 0.019 182 R 0.038 0.806 0.055 0.012 0.009 0.011 0.021 0.047 183 L 0.056 0.712 0.070 0.021 0.024 0.024 0.024 0.070 184 Y 0.105 0.439 0.091 0.052 0.050 0.050 0.037 0.177 185 P 0.002 0.015 0.010 0.003 0.004 0.006 0.001 0.958 186 A 0.029 0.109 0.117 0.071 0.092 0.133 0.018 0.431 187 S 0.226 0.074 0.042 0.037 0.039 0.101 0.040 0.441 188 G 0.167 0.098 0.085 0.064 0.075 0.057 0.025 0.429 189 F 0.097 0.028 0.072 0.055 0.088 0.248 0.016 0.395 190 A 0.124 0.022 0.044 0.047 0.073 0.147 0.026 0.516 191 F 0.071 0.021 0.039 0.055 0.064 0.062 0.007 0.681 192 P 0.002 0.001 0.009 0.011 0.012 0.013 0.001 0.950 193 R 0.014 0.005 0.023 0.040 0.078 0.064 0.006 0.770 194 L 0.144 0.009 0.102 0.116 0.161 0.067 0.014 0.386 195 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.991 196 A 0.026 0.003 0.098 0.101 0.133 0.086 0.003 0.550 197 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 198 L 0.015 0.008 0.073 0.074 0.189 0.081 0.002 0.559 199 H 0.057 0.061 0.043 0.079 0.099 0.135 0.002 0.523 200 L 0.053 0.249 0.035 0.064 0.132 0.092 0.004 0.372 201 A 0.071 0.428 0.027 0.035 0.095 0.088 0.006 0.250 202 D 0.046 0.717 0.008 0.013 0.017 0.022 0.009 0.169 203 R 0.029 0.845 0.005 0.004 0.006 0.022 0.006 0.083 204 L 0.021 0.913 0.001 0.002 0.003 0.010 0.005 0.044 205 V 0.013 0.941 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.033 206 K 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.025 207 E 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 208 V 0.009 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 209 G 0.023 0.904 0.006 0.003 0.003 0.004 0.016 0.040 210 R 0.085 0.761 0.031 0.006 0.004 0.010 0.026 0.076 211 L 0.104 0.678 0.053 0.011 0.009 0.016 0.023 0.106 212 G 0.096 0.504 0.069 0.025 0.025 0.033 0.027 0.220 213 I 0.061 0.282 0.202 0.037 0.046 0.051 0.017 0.306 214 R 0.038 0.221 0.056 0.029 0.036 0.090 0.013 0.517 215 H 0.089 0.213 0.038 0.017 0.030 0.097 0.018 0.498 216 L 0.107 0.269 0.032 0.016 0.031 0.082 0.015 0.448 217 K 0.107 0.157 0.028 0.014 0.024 0.171 0.028 0.471 218 E 0.172 0.156 0.015 0.011 0.017 0.130 0.020 0.478 219 V 0.181 0.259 0.016 0.011 0.021 0.077 0.014 0.422 220 D 0.083 0.255 0.016 0.017 0.027 0.116 0.021 0.465 221 R 0.112 0.172 0.027 0.014 0.028 0.075 0.024 0.548 222 E 0.113 0.174 0.020 0.018 0.023 0.214 0.032 0.407 223 K 0.352 0.128 0.029 0.020 0.025 0.125 0.044 0.277 224 L 0.211 0.223 0.095 0.053 0.070 0.099 0.018 0.231 225 F 0.064 0.101 0.152 0.178 0.182 0.069 0.019 0.235 226 F 0.048 0.050 0.126 0.137 0.206 0.050 0.010 0.374 227 V 0.023 0.041 0.129 0.193 0.308 0.037 0.006 0.262