# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.34599 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.004 0.213 0.004 0.016 0.010 0.001 0.001 0.005 0.126 0.591 0.019 0.008 2 R 0.002 0.024 0.612 0.003 0.019 0.013 0.001 0.001 0.008 0.188 0.048 0.013 0.070 3 R 0.002 0.059 0.449 0.003 0.014 0.013 0.001 0.001 0.009 0.181 0.018 0.206 0.043 4 A 0.008 0.039 0.345 0.007 0.070 0.028 0.004 0.001 0.021 0.042 0.042 0.019 0.375 5 V 0.008 0.019 0.404 0.032 0.060 0.031 0.004 0.001 0.015 0.097 0.059 0.237 0.033 6 S 0.010 0.014 0.522 0.009 0.064 0.030 0.004 0.001 0.014 0.120 0.090 0.010 0.112 7 K 0.004 0.011 0.478 0.007 0.030 0.045 0.001 0.001 0.007 0.222 0.045 0.128 0.020 8 P 0.005 0.012 0.553 0.003 0.057 0.111 0.001 0.001 0.018 0.045 0.033 0.014 0.149 9 A 0.013 0.017 0.221 0.017 0.095 0.373 0.002 0.001 0.013 0.066 0.041 0.080 0.062 10 D 0.015 0.013 0.125 0.012 0.121 0.360 0.003 0.002 0.018 0.054 0.061 0.109 0.105 11 A 0.019 0.008 0.081 0.004 0.126 0.478 0.004 0.007 0.023 0.018 0.063 0.033 0.136 12 L 0.019 0.009 0.066 0.029 0.060 0.535 0.004 0.009 0.048 0.022 0.113 0.057 0.031 13 R 0.052 0.008 0.086 0.015 0.071 0.340 0.007 0.004 0.025 0.054 0.172 0.044 0.123 14 V 0.025 0.006 0.094 0.051 0.027 0.171 0.004 0.003 0.015 0.098 0.462 0.018 0.026 15 G 0.023 0.008 0.165 0.027 0.014 0.068 0.005 0.003 0.019 0.142 0.420 0.086 0.019 16 F 0.069 0.020 0.249 0.005 0.021 0.087 0.012 0.009 0.045 0.062 0.085 0.037 0.298 17 Y 0.138 0.075 0.147 0.040 0.009 0.064 0.015 0.011 0.028 0.057 0.030 0.272 0.116 18 R 0.113 0.016 0.132 0.023 0.018 0.083 0.014 0.006 0.028 0.036 0.030 0.137 0.362 19 A 0.045 0.008 0.103 0.053 0.047 0.212 0.008 0.008 0.023 0.051 0.192 0.071 0.179 20 Q 0.041 0.008 0.097 0.106 0.045 0.185 0.004 0.002 0.017 0.107 0.259 0.064 0.064 21 E 0.090 0.012 0.112 0.018 0.068 0.155 0.005 0.002 0.012 0.121 0.088 0.167 0.150 22 T 0.179 0.015 0.083 0.020 0.038 0.072 0.010 0.004 0.018 0.041 0.049 0.068 0.404 23 A 0.295 0.010 0.071 0.106 0.016 0.041 0.015 0.006 0.021 0.042 0.022 0.228 0.128 24 L 0.388 0.003 0.049 0.059 0.019 0.052 0.027 0.009 0.021 0.018 0.020 0.088 0.245 25 A 0.561 0.001 0.016 0.025 0.007 0.016 0.037 0.007 0.012 0.005 0.011 0.186 0.115 26 L 0.680 0.002 0.008 0.013 0.004 0.009 0.037 0.009 0.012 0.003 0.005 0.040 0.180 27 L 0.480 0.008 0.023 0.018 0.003 0.009 0.042 0.021 0.022 0.008 0.007 0.288 0.070 28 R 0.126 0.022 0.194 0.009 0.010 0.015 0.021 0.012 0.063 0.034 0.039 0.031 0.426 29 L 0.013 0.016 0.513 0.010 0.019 0.015 0.004 0.003 0.025 0.137 0.093 0.107 0.046 30 D 0.001 0.007 0.095 0.009 0.019 0.008 0.001 0.001 0.005 0.101 0.739 0.004 0.010 31 G 0.001 0.004 0.111 0.001 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.236 0.615 0.002 0.002 32 A 0.001 0.012 0.330 0.002 0.062 0.030 0.001 0.001 0.003 0.401 0.148 0.006 0.004 33 Q 0.001 0.050 0.274 0.001 0.087 0.047 0.001 0.001 0.010 0.212 0.297 0.006 0.014 34 G 0.001 0.075 0.331 0.002 0.021 0.056 0.001 0.001 0.009 0.315 0.173 0.008 0.008 35 W 0.001 0.007 0.847 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 0.002 0.101 0.006 0.003 0.002 36 P 0.001 0.001 0.045 0.001 0.035 0.899 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.002 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.001 0.001 48 G 0.001 0.001 0.027 0.001 0.036 0.714 0.001 0.001 0.001 0.013 0.206 0.001 0.001 49 A 0.001 0.001 0.059 0.001 0.057 0.581 0.001 0.001 0.001 0.045 0.251 0.001 0.001 50 S 0.001 0.001 0.019 0.003 0.008 0.029 0.001 0.001 0.001 0.047 0.891 0.001 0.001 51 G 0.001 0.001 0.073 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.083 0.828 0.001 0.001 52 A 0.004 0.007 0.744 0.005 0.007 0.007 0.004 0.006 0.059 0.100 0.026 0.015 0.017 53 S 0.028 0.026 0.147 0.012 0.008 0.007 0.033 0.063 0.476 0.059 0.013 0.041 0.087 54 L 0.057 0.007 0.080 0.025 0.002 0.005 0.121 0.185 0.385 0.019 0.005 0.037 0.072 55 R 0.066 0.004 0.060 0.044 0.002 0.005 0.096 0.256 0.314 0.011 0.002 0.090 0.049 56 L 0.026 0.003 0.074 0.007 0.005 0.011 0.063 0.213 0.474 0.009 0.004 0.014 0.097 57 H 0.048 0.007 0.110 0.078 0.011 0.031 0.057 0.074 0.371 0.031 0.017 0.121 0.043 58 T 0.025 0.010 0.200 0.011 0.079 0.077 0.025 0.040 0.256 0.048 0.072 0.038 0.119 59 L 0.012 0.013 0.284 0.022 0.098 0.085 0.013 0.018 0.151 0.098 0.123 0.031 0.053 60 H 0.009 0.022 0.289 0.010 0.122 0.046 0.005 0.005 0.055 0.164 0.179 0.063 0.029 61 A 0.005 0.041 0.401 0.002 0.040 0.034 0.002 0.001 0.014 0.239 0.165 0.008 0.049 62 H 0.001 0.013 0.613 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.318 0.016 0.021 0.003 63 P 0.001 0.009 0.609 0.001 0.058 0.036 0.001 0.001 0.003 0.121 0.154 0.001 0.009 64 S 0.001 0.004 0.239 0.001 0.139 0.126 0.001 0.001 0.001 0.167 0.320 0.002 0.001 65 Q 0.001 0.004 0.119 0.001 0.116 0.227 0.001 0.001 0.002 0.175 0.354 0.001 0.001 66 G 0.001 0.006 0.174 0.001 0.046 0.486 0.001 0.001 0.004 0.121 0.158 0.002 0.002 67 L 0.001 0.005 0.052 0.001 0.020 0.863 0.001 0.001 0.003 0.021 0.030 0.002 0.003 68 A 0.001 0.006 0.035 0.001 0.031 0.875 0.001 0.001 0.002 0.013 0.029 0.003 0.004 69 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 77 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.067 0.848 0.001 0.001 0.001 0.004 0.073 0.001 0.001 79 E 0.001 0.001 0.004 0.005 0.019 0.141 0.001 0.001 0.001 0.019 0.812 0.001 0.001 80 G 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.959 0.001 0.001 81 V 0.001 0.002 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.039 0.013 0.002 0.004 82 Q 0.002 0.006 0.366 0.011 0.001 0.001 0.002 0.008 0.396 0.167 0.012 0.014 0.014 83 A 0.006 0.001 0.029 0.009 0.001 0.001 0.036 0.194 0.687 0.015 0.001 0.004 0.018 84 V 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 0.848 0.101 0.001 0.001 0.002 0.001 85 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.903 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 86 V 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.772 0.108 0.001 0.001 0.003 0.002 87 L 0.018 0.002 0.030 0.006 0.001 0.001 0.069 0.407 0.438 0.004 0.001 0.007 0.018 88 T 0.002 0.002 0.526 0.007 0.001 0.001 0.005 0.012 0.296 0.121 0.003 0.014 0.012 89 P 0.001 0.009 0.536 0.002 0.019 0.002 0.001 0.001 0.031 0.331 0.033 0.010 0.025 90 P 0.001 0.022 0.460 0.003 0.034 0.012 0.001 0.001 0.005 0.359 0.079 0.007 0.017 91 M 0.001 0.024 0.592 0.001 0.043 0.034 0.001 0.001 0.003 0.225 0.053 0.015 0.009 92 A 0.001 0.009 0.208 0.001 0.169 0.314 0.001 0.001 0.005 0.072 0.201 0.002 0.018 93 W 0.001 0.005 0.053 0.001 0.096 0.642 0.001 0.001 0.002 0.047 0.144 0.006 0.003 94 E 0.001 0.004 0.043 0.001 0.055 0.760 0.001 0.001 0.001 0.032 0.090 0.004 0.008 95 D 0.001 0.002 0.044 0.001 0.025 0.836 0.001 0.001 0.001 0.015 0.066 0.002 0.007 96 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 97 N 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.002 98 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.002 0.002 99 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 100 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.012 0.001 0.025 0.858 0.001 0.001 0.001 0.007 0.095 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.019 0.286 0.001 0.001 0.001 0.028 0.645 0.001 0.001 107 G 0.001 0.002 0.117 0.001 0.005 0.050 0.001 0.001 0.001 0.101 0.722 0.001 0.001 108 L 0.001 0.006 0.772 0.001 0.009 0.039 0.001 0.001 0.003 0.131 0.028 0.006 0.004 109 P 0.001 0.019 0.478 0.003 0.094 0.152 0.001 0.001 0.017 0.117 0.084 0.004 0.029 110 S 0.002 0.013 0.162 0.031 0.187 0.250 0.002 0.005 0.038 0.117 0.157 0.017 0.017 111 Q 0.008 0.011 0.150 0.022 0.240 0.176 0.007 0.016 0.082 0.083 0.095 0.051 0.060 112 I 0.017 0.015 0.139 0.019 0.182 0.117 0.020 0.050 0.230 0.040 0.032 0.024 0.116 113 L 0.030 0.013 0.107 0.044 0.053 0.051 0.016 0.022 0.154 0.078 0.090 0.307 0.034 114 N 0.036 0.016 0.240 0.016 0.020 0.017 0.018 0.009 0.082 0.130 0.081 0.019 0.316 115 V 0.003 0.009 0.542 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.032 0.164 0.006 0.220 0.013 116 P 0.002 0.025 0.733 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.030 0.066 0.020 0.005 0.109 117 L 0.001 0.013 0.766 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.138 0.011 0.048 0.010 118 R 0.001 0.007 0.797 0.001 0.040 0.008 0.001 0.001 0.007 0.047 0.069 0.002 0.020 119 E 0.001 0.008 0.205 0.005 0.354 0.097 0.001 0.001 0.007 0.102 0.203 0.009 0.009 120 E 0.001 0.011 0.136 0.002 0.373 0.203 0.001 0.001 0.006 0.108 0.133 0.010 0.016 121 E 0.002 0.013 0.241 0.003 0.159 0.331 0.001 0.001 0.008 0.104 0.089 0.024 0.023 122 R 0.003 0.016 0.185 0.002 0.084 0.534 0.001 0.001 0.010 0.044 0.084 0.011 0.025 123 H 0.003 0.013 0.213 0.003 0.028 0.562 0.001 0.001 0.006 0.066 0.073 0.020 0.012 124 R 0.001 0.007 0.194 0.001 0.016 0.665 0.001 0.001 0.003 0.050 0.047 0.005 0.010 125 W 0.001 0.001 0.029 0.001 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 127 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 128 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 130 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 133 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 135 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.031 0.882 0.001 0.001 0.001 0.004 0.075 0.001 0.001 136 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.026 0.486 0.001 0.001 0.001 0.033 0.435 0.001 0.001 137 G 0.001 0.001 0.079 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 0.002 0.049 0.839 0.001 0.001 138 L 0.001 0.009 0.739 0.001 0.015 0.029 0.001 0.002 0.021 0.114 0.057 0.001 0.011 139 Q 0.001 0.036 0.511 0.005 0.011 0.017 0.002 0.005 0.094 0.220 0.029 0.062 0.008 140 V 0.001 0.041 0.477 0.003 0.025 0.021 0.005 0.009 0.207 0.059 0.023 0.005 0.124 141 V 0.001 0.017 0.683 0.010 0.011 0.012 0.002 0.004 0.098 0.100 0.009 0.041 0.013