# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.34599 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.031 0.005 0.011 0.030 0.075 0.077 0.026 0.744 2 R 0.057 0.005 0.010 0.054 0.060 0.085 0.036 0.694 3 R 0.028 0.006 0.024 0.139 0.101 0.083 0.028 0.593 4 A 0.038 0.008 0.021 0.033 0.073 0.084 0.033 0.710 5 V 0.026 0.010 0.032 0.074 0.087 0.104 0.032 0.634 6 S 0.020 0.030 0.027 0.048 0.071 0.091 0.041 0.672 7 K 0.044 0.176 0.022 0.043 0.051 0.089 0.063 0.512 8 P 0.082 0.340 0.022 0.024 0.038 0.066 0.072 0.356 9 A 0.069 0.222 0.032 0.038 0.053 0.077 0.077 0.432 10 D 0.073 0.179 0.058 0.066 0.100 0.072 0.133 0.318 11 A 0.102 0.055 0.066 0.046 0.067 0.098 0.157 0.410 12 L 0.148 0.080 0.043 0.054 0.052 0.113 0.080 0.431 13 R 0.060 0.066 0.025 0.033 0.096 0.094 0.069 0.558 14 V 0.026 0.071 0.035 0.041 0.085 0.124 0.056 0.562 15 G 0.022 0.069 0.065 0.162 0.282 0.075 0.085 0.239 16 F 0.020 0.043 0.083 0.129 0.163 0.067 0.125 0.369 17 Y 0.044 0.056 0.092 0.166 0.237 0.059 0.066 0.281 18 R 0.062 0.025 0.088 0.106 0.156 0.065 0.187 0.312 19 A 0.046 0.040 0.051 0.071 0.104 0.104 0.091 0.493 20 Q 0.057 0.116 0.045 0.077 0.110 0.098 0.066 0.431 21 E 0.042 0.077 0.051 0.068 0.112 0.102 0.086 0.461 22 T 0.046 0.144 0.045 0.104 0.146 0.094 0.082 0.339 23 A 0.033 0.097 0.039 0.104 0.280 0.072 0.083 0.293 24 L 0.037 0.039 0.046 0.133 0.285 0.073 0.109 0.279 25 A 0.017 0.020 0.026 0.242 0.474 0.033 0.039 0.149 26 L 0.015 0.010 0.027 0.218 0.273 0.061 0.062 0.334 27 L 0.004 0.002 0.051 0.257 0.395 0.056 0.024 0.211 28 R 0.051 0.005 0.028 0.107 0.197 0.057 0.081 0.474 29 L 0.498 0.010 0.007 0.025 0.018 0.043 0.099 0.301 30 D 0.041 0.006 0.007 0.007 0.009 0.072 0.023 0.835 31 G 0.082 0.011 0.004 0.003 0.008 0.049 0.029 0.814 32 A 0.362 0.016 0.005 0.010 0.009 0.070 0.049 0.479 33 Q 0.014 0.015 0.009 0.019 0.018 0.091 0.019 0.814 34 G 0.006 0.148 0.005 0.009 0.016 0.083 0.026 0.706 35 W 0.011 0.866 0.002 0.002 0.002 0.015 0.026 0.076 36 P 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 37 E 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.009 38 F 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 39 L 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 40 R 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 41 R 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 42 A 0.004 0.931 0.004 0.001 0.001 0.002 0.048 0.010 43 L 0.015 0.901 0.005 0.001 0.001 0.006 0.053 0.018 44 L 0.072 0.589 0.041 0.003 0.003 0.020 0.187 0.086 45 R 0.109 0.577 0.013 0.006 0.011 0.029 0.041 0.214 46 A 0.077 0.051 0.065 0.015 0.021 0.083 0.195 0.494 47 F 0.042 0.007 0.099 0.019 0.025 0.147 0.172 0.489 48 G 0.317 0.003 0.008 0.007 0.010 0.076 0.040 0.538 49 A 0.107 0.001 0.004 0.002 0.003 0.071 0.017 0.794 50 S 0.010 0.001 0.023 0.004 0.015 0.158 0.016 0.772 51 G 0.012 0.001 0.045 0.010 0.049 0.118 0.024 0.740 52 A 0.002 0.002 0.213 0.212 0.163 0.059 0.027 0.322 53 S 0.006 0.003 0.406 0.063 0.107 0.045 0.071 0.298 54 L 0.010 0.004 0.285 0.179 0.124 0.055 0.076 0.268 55 R 0.011 0.009 0.383 0.097 0.222 0.036 0.046 0.196 56 L 0.037 0.017 0.189 0.135 0.125 0.075 0.045 0.376 57 H 0.035 0.016 0.235 0.152 0.145 0.080 0.052 0.285 58 T 0.109 0.018 0.063 0.036 0.080 0.114 0.077 0.503 59 L 0.195 0.012 0.018 0.032 0.047 0.113 0.082 0.500 60 H 0.021 0.006 0.012 0.037 0.045 0.140 0.040 0.698 61 A 0.006 0.005 0.008 0.010 0.025 0.125 0.017 0.804 62 H 0.099 0.029 0.019 0.027 0.024 0.115 0.114 0.572 63 P 0.391 0.064 0.007 0.004 0.005 0.055 0.061 0.414 64 S 0.316 0.149 0.003 0.002 0.003 0.050 0.051 0.425 65 Q 0.033 0.270 0.005 0.002 0.004 0.082 0.030 0.574 66 G 0.035 0.672 0.006 0.003 0.005 0.035 0.039 0.204 67 L 0.024 0.826 0.003 0.011 0.009 0.019 0.028 0.081 68 A 0.012 0.900 0.005 0.004 0.005 0.010 0.019 0.045 69 F 0.009 0.964 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.016 70 R 0.017 0.932 0.003 0.001 0.002 0.004 0.022 0.020 71 E 0.012 0.868 0.005 0.002 0.003 0.007 0.066 0.037 72 A 0.012 0.924 0.004 0.001 0.002 0.005 0.021 0.030 73 L 0.023 0.907 0.006 0.001 0.002 0.006 0.030 0.026 74 R 0.017 0.895 0.003 0.001 0.002 0.007 0.023 0.052 75 K 0.021 0.778 0.008 0.003 0.005 0.014 0.053 0.117 76 A 0.092 0.118 0.093 0.007 0.006 0.037 0.507 0.140 77 K 0.724 0.022 0.008 0.004 0.004 0.029 0.067 0.143 78 E 0.126 0.004 0.002 0.001 0.002 0.045 0.016 0.806 79 E 0.007 0.002 0.012 0.001 0.002 0.178 0.011 0.786 80 G 0.005 0.002 0.073 0.005 0.019 0.182 0.035 0.679 81 V 0.003 0.001 0.097 0.037 0.021 0.198 0.039 0.604 82 Q 0.001 0.001 0.796 0.014 0.039 0.024 0.042 0.084 83 A 0.001 0.001 0.776 0.018 0.056 0.017 0.062 0.070 84 V 0.001 0.001 0.913 0.024 0.026 0.004 0.015 0.018 85 L 0.001 0.001 0.881 0.045 0.041 0.004 0.012 0.017 86 V 0.001 0.001 0.794 0.053 0.056 0.018 0.026 0.051 87 L 0.003 0.001 0.496 0.080 0.131 0.079 0.024 0.185 88 T 0.031 0.006 0.209 0.111 0.138 0.129 0.066 0.310 89 P 0.104 0.030 0.077 0.063 0.088 0.116 0.122 0.400 90 P 0.086 0.035 0.024 0.017 0.026 0.118 0.070 0.623 91 M 0.083 0.063 0.019 0.022 0.023 0.122 0.102 0.566 92 A 0.103 0.164 0.008 0.008 0.015 0.089 0.083 0.531 93 W 0.219 0.172 0.005 0.010 0.010 0.062 0.202 0.319 94 E 0.045 0.306 0.008 0.012 0.014 0.064 0.111 0.440 95 D 0.031 0.733 0.002 0.004 0.005 0.020 0.044 0.161 96 R 0.022 0.814 0.004 0.003 0.005 0.014 0.043 0.095 97 N 0.006 0.923 0.002 0.004 0.005 0.006 0.013 0.041 98 R 0.003 0.929 0.003 0.003 0.007 0.004 0.015 0.036 99 L 0.001 0.980 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 100 K 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 101 A 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 102 L 0.015 0.887 0.008 0.003 0.003 0.006 0.057 0.022 103 L 0.060 0.144 0.160 0.005 0.005 0.017 0.558 0.051 104 L 0.716 0.051 0.019 0.003 0.004 0.020 0.082 0.104 105 R 0.108 0.012 0.006 0.002 0.004 0.055 0.054 0.758 106 E 0.002 0.005 0.005 0.001 0.002 0.148 0.012 0.825 107 G 0.026 0.031 0.025 0.008 0.013 0.147 0.075 0.675 108 L 0.074 0.071 0.021 0.036 0.021 0.122 0.074 0.581 109 P 0.085 0.054 0.044 0.011 0.036 0.080 0.093 0.597 110 S 0.076 0.022 0.126 0.023 0.039 0.118 0.133 0.462 111 Q 0.030 0.014 0.386 0.049 0.103 0.085 0.045 0.288 112 I 0.054 0.007 0.094 0.041 0.055 0.091 0.070 0.588 113 L 0.017 0.006 0.134 0.107 0.184 0.104 0.030 0.418 114 N 0.035 0.009 0.042 0.046 0.100 0.111 0.050 0.607 115 V 0.024 0.008 0.030 0.139 0.107 0.131 0.033 0.528 116 P 0.016 0.014 0.038 0.044 0.081 0.131 0.036 0.639 117 L 0.053 0.036 0.025 0.027 0.038 0.120 0.087 0.614 118 R 0.205 0.159 0.012 0.009 0.010 0.065 0.148 0.393 119 E 0.222 0.251 0.006 0.006 0.007 0.053 0.075 0.380 120 E 0.098 0.210 0.007 0.005 0.008 0.073 0.067 0.531 121 E 0.067 0.390 0.012 0.017 0.020 0.066 0.094 0.333 122 R 0.035 0.451 0.010 0.015 0.033 0.054 0.068 0.334 123 H 0.044 0.293 0.035 0.041 0.044 0.064 0.222 0.256 124 R 0.038 0.418 0.035 0.032 0.045 0.047 0.189 0.195 125 W 0.019 0.669 0.028 0.014 0.025 0.029 0.052 0.164 126 E 0.014 0.704 0.039 0.018 0.029 0.020 0.067 0.109 127 N 0.020 0.518 0.066 0.018 0.031 0.030 0.190 0.126 128 A 0.015 0.716 0.042 0.022 0.026 0.023 0.068 0.089 129 L 0.008 0.888 0.014 0.007 0.010 0.009 0.019 0.046 130 L 0.013 0.873 0.013 0.005 0.010 0.010 0.034 0.042 131 G 0.018 0.847 0.011 0.005 0.009 0.011 0.061 0.039 132 L 0.026 0.829 0.014 0.010 0.015 0.014 0.049 0.045 133 L 0.057 0.438 0.113 0.020 0.025 0.036 0.183 0.127 134 A 0.344 0.221 0.053 0.026 0.034 0.043 0.080 0.198 135 K 0.282 0.056 0.017 0.018 0.031 0.052 0.054 0.491 136 A 0.040 0.013 0.010 0.010 0.013 0.130 0.028 0.756 137 G 0.037 0.015 0.016 0.017 0.039 0.114 0.040 0.722 138 L 0.073 0.008 0.011 0.019 0.023 0.095 0.030 0.741 139 Q 0.036 0.005 0.039 0.053 0.076 0.098 0.029 0.664 140 V 0.019 0.002 0.032 0.018 0.047 0.095 0.039 0.748 141 V 0.019 0.002 0.075 0.032 0.033 0.137 0.043 0.659