# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.34599 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.027 0.017 0.034 0.106 0.021 0.018 0.007 0.015 0.024 0.560 0.170 2 R 0.106 0.292 0.089 0.015 0.248 0.014 0.017 0.043 0.057 0.069 0.050 3 R 0.113 0.362 0.104 0.020 0.273 0.015 0.021 0.029 0.020 0.018 0.025 4 A 0.246 0.140 0.035 0.009 0.338 0.012 0.023 0.048 0.036 0.052 0.061 5 V 0.169 0.143 0.046 0.014 0.306 0.020 0.029 0.078 0.056 0.073 0.066 6 S 0.130 0.104 0.062 0.071 0.154 0.074 0.076 0.087 0.046 0.118 0.078 7 K 0.041 0.399 0.261 0.026 0.147 0.011 0.013 0.044 0.017 0.026 0.014 8 P 0.252 0.067 0.011 0.003 0.330 0.005 0.018 0.143 0.089 0.043 0.039 9 A 0.085 0.218 0.049 0.009 0.216 0.021 0.033 0.191 0.108 0.037 0.032 10 D 0.104 0.124 0.027 0.009 0.174 0.018 0.041 0.292 0.096 0.054 0.059 11 A 0.119 0.034 0.010 0.003 0.101 0.007 0.035 0.384 0.172 0.097 0.038 12 L 0.037 0.113 0.042 0.017 0.084 0.033 0.097 0.397 0.094 0.064 0.022 13 R 0.128 0.055 0.040 0.031 0.116 0.024 0.048 0.242 0.075 0.169 0.071 14 V 0.041 0.198 0.075 0.037 0.097 0.040 0.071 0.253 0.099 0.062 0.027 15 G 0.047 0.084 0.087 0.080 0.067 0.058 0.051 0.176 0.095 0.178 0.076 16 F 0.174 0.148 0.028 0.003 0.262 0.005 0.019 0.170 0.078 0.072 0.042 17 Y 0.171 0.160 0.043 0.009 0.321 0.018 0.047 0.138 0.033 0.031 0.030 18 R 0.116 0.209 0.113 0.038 0.204 0.038 0.031 0.132 0.036 0.031 0.051 19 A 0.054 0.174 0.041 0.026 0.082 0.036 0.101 0.300 0.110 0.037 0.037 20 Q 0.024 0.022 0.035 0.117 0.024 0.072 0.049 0.220 0.124 0.237 0.077 21 E 0.134 0.165 0.033 0.006 0.237 0.006 0.014 0.171 0.044 0.145 0.045 22 T 0.191 0.168 0.023 0.008 0.296 0.010 0.023 0.165 0.054 0.024 0.037 23 A 0.092 0.091 0.028 0.018 0.151 0.050 0.098 0.286 0.077 0.055 0.054 24 L 0.245 0.095 0.017 0.008 0.264 0.014 0.028 0.148 0.069 0.043 0.069 25 A 0.273 0.064 0.011 0.003 0.296 0.014 0.069 0.138 0.076 0.015 0.041 26 L 0.153 0.140 0.027 0.006 0.307 0.019 0.090 0.135 0.030 0.037 0.056 27 L 0.184 0.204 0.012 0.001 0.549 0.002 0.005 0.018 0.003 0.007 0.015 28 R 0.218 0.148 0.089 0.012 0.339 0.008 0.014 0.025 0.006 0.022 0.118 29 L 0.094 0.112 0.126 0.162 0.096 0.113 0.025 0.145 0.027 0.039 0.060 30 D 0.004 0.118 0.046 0.255 0.011 0.151 0.321 0.056 0.020 0.013 0.004 31 G 0.025 0.011 0.039 0.106 0.017 0.011 0.006 0.026 0.038 0.604 0.119 32 A 0.038 0.194 0.074 0.022 0.110 0.036 0.034 0.181 0.214 0.069 0.029 33 Q 0.032 0.242 0.092 0.051 0.058 0.052 0.148 0.141 0.082 0.062 0.040 34 G 0.034 0.060 0.073 0.084 0.034 0.041 0.037 0.087 0.045 0.397 0.109 35 W 0.027 0.480 0.223 0.012 0.095 0.007 0.006 0.066 0.023 0.045 0.016 36 P 0.016 0.126 0.048 0.004 0.033 0.002 0.005 0.605 0.147 0.007 0.008 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.882 0.113 0.001 0.001 38 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.017 0.006 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.020 0.003 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.021 0.003 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.043 0.001 0.001 46 A 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.039 0.849 0.078 0.022 0.001 47 F 0.011 0.206 0.029 0.003 0.029 0.007 0.034 0.575 0.054 0.043 0.007 48 G 0.045 0.011 0.031 0.034 0.020 0.020 0.094 0.361 0.172 0.133 0.078 49 A 0.060 0.028 0.056 0.048 0.048 0.047 0.083 0.378 0.112 0.113 0.026 50 S 0.003 0.303 0.102 0.110 0.015 0.117 0.314 0.017 0.008 0.008 0.002 51 G 0.024 0.010 0.014 0.061 0.013 0.007 0.003 0.003 0.005 0.519 0.341 52 A 0.113 0.253 0.018 0.001 0.599 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 53 S 0.290 0.046 0.003 0.001 0.639 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 54 L 0.258 0.142 0.014 0.003 0.549 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.022 55 R 0.347 0.032 0.003 0.001 0.586 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.022 56 L 0.319 0.107 0.018 0.008 0.381 0.010 0.010 0.015 0.013 0.021 0.098 57 H 0.150 0.132 0.050 0.061 0.234 0.081 0.076 0.039 0.027 0.056 0.095 58 T 0.193 0.144 0.052 0.015 0.266 0.012 0.019 0.068 0.053 0.118 0.060 59 L 0.099 0.122 0.039 0.016 0.177 0.023 0.050 0.167 0.161 0.091 0.054 60 H 0.073 0.147 0.070 0.031 0.133 0.046 0.089 0.173 0.107 0.088 0.043 61 A 0.102 0.146 0.077 0.023 0.170 0.021 0.044 0.100 0.051 0.200 0.066 62 H 0.074 0.378 0.200 0.011 0.217 0.007 0.011 0.036 0.016 0.032 0.017 63 P 0.060 0.204 0.220 0.017 0.108 0.013 0.028 0.197 0.095 0.027 0.030 64 S 0.017 0.056 0.038 0.025 0.023 0.041 0.071 0.531 0.144 0.039 0.014 65 Q 0.009 0.220 0.077 0.067 0.024 0.065 0.112 0.246 0.074 0.091 0.015 66 G 0.027 0.022 0.019 0.034 0.023 0.008 0.005 0.133 0.092 0.454 0.184 67 L 0.028 0.126 0.025 0.003 0.076 0.007 0.013 0.587 0.092 0.031 0.012 68 A 0.027 0.056 0.012 0.004 0.038 0.006 0.023 0.703 0.063 0.048 0.021 69 F 0.023 0.014 0.002 0.001 0.016 0.002 0.007 0.795 0.106 0.023 0.011 70 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.924 0.054 0.003 0.001 71 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.039 0.004 0.001 72 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.038 0.007 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.050 0.006 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.040 0.003 0.001 75 K 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.018 0.864 0.076 0.023 0.001 76 A 0.007 0.018 0.004 0.001 0.011 0.001 0.007 0.813 0.104 0.033 0.003 77 K 0.006 0.004 0.004 0.001 0.005 0.004 0.048 0.695 0.203 0.025 0.005 78 E 0.031 0.007 0.009 0.009 0.016 0.015 0.093 0.597 0.136 0.077 0.011 79 E 0.006 0.515 0.169 0.025 0.033 0.042 0.109 0.061 0.020 0.017 0.004 80 G 0.036 0.005 0.006 0.015 0.015 0.005 0.003 0.008 0.011 0.407 0.488 81 V 0.268 0.172 0.024 0.002 0.380 0.003 0.023 0.011 0.025 0.011 0.081 82 Q 0.179 0.126 0.017 0.021 0.354 0.096 0.151 0.012 0.005 0.008 0.031 83 A 0.313 0.105 0.005 0.002 0.548 0.004 0.008 0.002 0.001 0.002 0.010 84 V 0.196 0.014 0.001 0.001 0.786 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.194 0.020 0.001 0.001 0.780 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 86 V 0.334 0.024 0.002 0.001 0.552 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.080 87 L 0.269 0.104 0.025 0.015 0.338 0.016 0.011 0.003 0.005 0.055 0.159 88 T 0.052 0.414 0.282 0.047 0.136 0.011 0.010 0.005 0.005 0.018 0.020 89 P 0.058 0.325 0.190 0.037 0.137 0.021 0.038 0.057 0.084 0.034 0.019 90 P 0.079 0.205 0.100 0.021 0.149 0.021 0.042 0.089 0.112 0.140 0.041 91 M 0.046 0.385 0.151 0.021 0.125 0.018 0.026 0.085 0.059 0.057 0.027 92 A 0.048 0.167 0.078 0.019 0.090 0.017 0.040 0.243 0.185 0.080 0.032 93 W 0.040 0.044 0.022 0.009 0.057 0.011 0.024 0.386 0.253 0.130 0.025 94 E 0.025 0.072 0.035 0.010 0.052 0.015 0.041 0.505 0.153 0.076 0.015 95 D 0.042 0.047 0.022 0.006 0.052 0.008 0.032 0.482 0.147 0.133 0.029 96 R 0.021 0.041 0.012 0.006 0.031 0.008 0.019 0.663 0.142 0.042 0.015 97 N 0.012 0.020 0.015 0.013 0.016 0.021 0.027 0.672 0.143 0.048 0.014 98 R 0.029 0.037 0.006 0.001 0.033 0.002 0.006 0.761 0.050 0.063 0.013 99 L 0.038 0.037 0.002 0.001 0.051 0.002 0.008 0.791 0.045 0.016 0.009 100 K 0.012 0.012 0.002 0.002 0.015 0.004 0.008 0.881 0.044 0.013 0.008 101 A 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.929 0.048 0.004 0.002 102 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.919 0.053 0.006 0.001 103 L 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.907 0.053 0.022 0.001 104 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.837 0.126 0.009 0.002 105 R 0.005 0.003 0.005 0.006 0.004 0.015 0.122 0.695 0.126 0.017 0.003 106 E 0.006 0.510 0.117 0.013 0.026 0.020 0.130 0.124 0.024 0.026 0.004 107 G 0.026 0.014 0.017 0.028 0.016 0.008 0.006 0.017 0.021 0.552 0.296 108 L 0.046 0.487 0.164 0.010 0.161 0.006 0.011 0.045 0.026 0.026 0.019 109 P 0.098 0.165 0.043 0.019 0.152 0.020 0.085 0.196 0.126 0.045 0.052 110 S 0.111 0.132 0.043 0.014 0.154 0.027 0.084 0.185 0.154 0.060 0.036 111 Q 0.167 0.134 0.017 0.004 0.382 0.016 0.042 0.124 0.054 0.033 0.027 112 I 0.281 0.074 0.015 0.005 0.354 0.012 0.030 0.073 0.043 0.059 0.056 113 L 0.105 0.259 0.055 0.013 0.384 0.021 0.032 0.045 0.029 0.022 0.036 114 N 0.247 0.065 0.026 0.011 0.261 0.015 0.034 0.032 0.032 0.155 0.121 115 V 0.031 0.476 0.245 0.018 0.143 0.011 0.012 0.012 0.012 0.023 0.016 116 P 0.135 0.284 0.113 0.012 0.319 0.009 0.021 0.019 0.020 0.036 0.031 117 L 0.045 0.477 0.206 0.013 0.141 0.007 0.010 0.023 0.032 0.029 0.017 118 R 0.037 0.367 0.171 0.018 0.113 0.016 0.034 0.102 0.088 0.032 0.020 119 E 0.029 0.071 0.035 0.010 0.049 0.012 0.037 0.328 0.309 0.098 0.022 120 E 0.029 0.055 0.029 0.015 0.052 0.018 0.043 0.362 0.199 0.173 0.026 121 E 0.048 0.119 0.053 0.012 0.103 0.016 0.032 0.330 0.159 0.099 0.028 122 R 0.053 0.045 0.019 0.011 0.064 0.013 0.034 0.401 0.185 0.125 0.050 123 H 0.079 0.158 0.038 0.006 0.156 0.011 0.023 0.374 0.061 0.070 0.024 124 R 0.065 0.106 0.023 0.007 0.110 0.009 0.020 0.486 0.071 0.060 0.044 125 W 0.062 0.020 0.004 0.002 0.049 0.004 0.015 0.685 0.104 0.034 0.022 126 E 0.008 0.017 0.007 0.009 0.015 0.018 0.029 0.776 0.098 0.016 0.006 127 N 0.038 0.013 0.004 0.001 0.033 0.002 0.008 0.778 0.077 0.038 0.008 128 A 0.007 0.019 0.002 0.001 0.012 0.001 0.005 0.878 0.058 0.016 0.003 129 L 0.008 0.007 0.001 0.001 0.007 0.002 0.017 0.877 0.047 0.027 0.005 130 L 0.005 0.017 0.004 0.003 0.007 0.003 0.007 0.880 0.056 0.013 0.004 131 G 0.003 0.003 0.003 0.004 0.003 0.004 0.008 0.858 0.101 0.011 0.003 132 L 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.902 0.063 0.015 0.001 133 L 0.005 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.861 0.084 0.024 0.002 134 A 0.004 0.014 0.003 0.001 0.007 0.003 0.019 0.829 0.106 0.012 0.002 135 K 0.017 0.006 0.005 0.007 0.011 0.011 0.114 0.593 0.168 0.056 0.012 136 A 0.018 0.341 0.174 0.013 0.063 0.019 0.055 0.186 0.069 0.052 0.010 137 G 0.049 0.074 0.043 0.027 0.074 0.018 0.054 0.165 0.133 0.223 0.141 138 L 0.236 0.085 0.024 0.004 0.212 0.010 0.050 0.073 0.093 0.143 0.070 139 Q 0.014 0.597 0.198 0.016 0.111 0.011 0.017 0.015 0.009 0.005 0.007 140 V 0.412 0.050 0.007 0.002 0.400 0.004 0.020 0.034 0.023 0.020 0.027 141 V 0.091 0.334 0.095 0.012 0.336 0.014 0.016 0.026 0.021 0.024 0.030