# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.34599 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.805 0.165 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 2 R 0.634 0.243 0.087 0.030 0.005 0.001 0.001 3 R 0.530 0.300 0.121 0.042 0.007 0.001 0.001 4 A 0.398 0.377 0.158 0.052 0.013 0.002 0.001 5 V 0.085 0.099 0.188 0.304 0.257 0.063 0.002 6 S 0.227 0.316 0.244 0.143 0.058 0.012 0.001 7 K 0.224 0.311 0.248 0.148 0.054 0.014 0.001 8 P 0.195 0.252 0.224 0.194 0.098 0.034 0.003 9 A 0.073 0.101 0.197 0.290 0.241 0.092 0.007 10 D 0.173 0.321 0.289 0.149 0.048 0.017 0.002 11 A 0.082 0.103 0.153 0.240 0.265 0.139 0.018 12 L 0.099 0.145 0.171 0.241 0.212 0.115 0.017 13 R 0.167 0.243 0.230 0.189 0.107 0.056 0.008 14 V 0.159 0.219 0.239 0.214 0.104 0.054 0.011 15 G 0.080 0.106 0.127 0.188 0.232 0.207 0.060 16 F 0.038 0.052 0.076 0.142 0.223 0.300 0.170 17 Y 0.040 0.054 0.081 0.163 0.226 0.280 0.155 18 R 0.051 0.109 0.172 0.212 0.197 0.173 0.087 19 A 0.027 0.033 0.042 0.084 0.164 0.370 0.280 20 Q 0.045 0.073 0.092 0.147 0.216 0.250 0.177 21 E 0.024 0.046 0.059 0.128 0.186 0.306 0.251 22 T 0.025 0.044 0.080 0.152 0.252 0.278 0.170 23 A 0.032 0.088 0.175 0.238 0.203 0.184 0.080 24 L 0.028 0.041 0.068 0.128 0.237 0.317 0.181 25 A 0.023 0.031 0.036 0.085 0.178 0.378 0.269 26 L 0.023 0.040 0.054 0.103 0.179 0.366 0.234 27 L 0.022 0.048 0.081 0.162 0.260 0.321 0.107 28 R 0.039 0.140 0.268 0.284 0.179 0.082 0.009 29 L 0.041 0.078 0.192 0.315 0.262 0.106 0.005 30 D 0.453 0.338 0.134 0.055 0.017 0.003 0.001 31 G 0.607 0.269 0.077 0.035 0.009 0.002 0.001 32 A 0.594 0.265 0.085 0.041 0.013 0.002 0.001 33 Q 0.618 0.289 0.068 0.020 0.004 0.001 0.001 34 G 0.401 0.420 0.127 0.041 0.009 0.001 0.001 35 W 0.052 0.099 0.201 0.292 0.276 0.076 0.004 36 P 0.034 0.112 0.213 0.308 0.233 0.097 0.004 37 E 0.156 0.353 0.258 0.142 0.068 0.022 0.001 38 F 0.029 0.117 0.280 0.340 0.185 0.044 0.006 39 L 0.004 0.011 0.019 0.046 0.258 0.529 0.133 40 R 0.004 0.040 0.140 0.340 0.277 0.180 0.018 41 R 0.044 0.201 0.278 0.275 0.131 0.064 0.007 42 A 0.009 0.045 0.182 0.318 0.316 0.118 0.013 43 L 0.002 0.006 0.010 0.034 0.193 0.598 0.157 44 L 0.006 0.034 0.124 0.271 0.336 0.203 0.026 45 R 0.027 0.196 0.367 0.285 0.088 0.034 0.003 46 A 0.009 0.026 0.074 0.198 0.407 0.266 0.020 47 F 0.022 0.044 0.102 0.221 0.353 0.237 0.022 48 G 0.172 0.350 0.275 0.141 0.046 0.014 0.001 49 A 0.288 0.343 0.208 0.116 0.035 0.010 0.001 50 S 0.218 0.280 0.236 0.183 0.064 0.017 0.001 51 G 0.148 0.293 0.249 0.174 0.093 0.039 0.004 52 A 0.034 0.053 0.094 0.212 0.374 0.206 0.027 53 S 0.044 0.193 0.284 0.288 0.132 0.054 0.006 54 L 0.019 0.032 0.044 0.103 0.250 0.442 0.109 55 R 0.032 0.135 0.243 0.320 0.172 0.085 0.013 56 L 0.019 0.038 0.066 0.149 0.298 0.360 0.070 57 H 0.073 0.196 0.260 0.224 0.162 0.073 0.012 58 T 0.067 0.138 0.159 0.239 0.238 0.139 0.020 59 L 0.074 0.125 0.195 0.229 0.239 0.123 0.015 60 H 0.188 0.275 0.257 0.172 0.078 0.028 0.002 61 A 0.269 0.319 0.210 0.124 0.061 0.017 0.001 62 H 0.174 0.190 0.218 0.234 0.142 0.040 0.002 63 P 0.225 0.227 0.221 0.190 0.107 0.029 0.001 64 S 0.568 0.292 0.098 0.033 0.008 0.001 0.001 65 Q 0.584 0.305 0.075 0.029 0.006 0.001 0.001 66 G 0.253 0.366 0.230 0.107 0.034 0.009 0.001 67 L 0.052 0.066 0.193 0.352 0.270 0.062 0.003 68 A 0.190 0.464 0.216 0.085 0.037 0.008 0.001 69 F 0.028 0.080 0.133 0.273 0.292 0.181 0.012 70 R 0.049 0.199 0.294 0.280 0.142 0.036 0.001 71 E 0.096 0.296 0.282 0.228 0.079 0.019 0.001 72 A 0.012 0.036 0.111 0.243 0.387 0.195 0.016 73 L 0.018 0.055 0.111 0.234 0.368 0.203 0.010 74 R 0.117 0.394 0.298 0.128 0.053 0.010 0.001 75 K 0.158 0.377 0.269 0.158 0.033 0.005 0.001 76 A 0.042 0.063 0.192 0.329 0.299 0.073 0.002 77 K 0.299 0.337 0.211 0.114 0.033 0.005 0.001 78 E 0.603 0.312 0.060 0.018 0.005 0.001 0.001 79 E 0.326 0.357 0.197 0.099 0.018 0.003 0.001 80 G 0.123 0.259 0.273 0.199 0.111 0.033 0.003 81 V 0.021 0.036 0.085 0.205 0.377 0.237 0.039 82 Q 0.016 0.081 0.210 0.300 0.241 0.133 0.017 83 A 0.003 0.013 0.033 0.074 0.205 0.459 0.213 84 V 0.001 0.003 0.008 0.023 0.091 0.371 0.503 85 L 0.001 0.002 0.003 0.011 0.052 0.315 0.617 86 V 0.001 0.004 0.011 0.035 0.081 0.281 0.587 87 L 0.002 0.006 0.013 0.043 0.126 0.416 0.393 88 T 0.012 0.036 0.076 0.145 0.265 0.347 0.120 89 P 0.046 0.121 0.177 0.243 0.231 0.158 0.025 90 P 0.136 0.201 0.217 0.199 0.160 0.079 0.008 91 M 0.246 0.206 0.192 0.189 0.116 0.046 0.004 92 A 0.462 0.297 0.120 0.064 0.040 0.015 0.001 93 W 0.334 0.223 0.199 0.152 0.070 0.020 0.001 94 E 0.580 0.270 0.089 0.040 0.016 0.004 0.001 95 D 0.400 0.275 0.174 0.101 0.037 0.011 0.001 96 R 0.257 0.224 0.235 0.181 0.076 0.024 0.002 97 N 0.370 0.338 0.150 0.083 0.046 0.014 0.001 98 R 0.121 0.261 0.280 0.224 0.086 0.025 0.003 99 L 0.037 0.052 0.094 0.196 0.369 0.224 0.030 100 K 0.036 0.165 0.232 0.304 0.169 0.086 0.007 101 A 0.036 0.112 0.208 0.278 0.239 0.119 0.008 102 L 0.047 0.171 0.311 0.299 0.129 0.041 0.003 103 L 0.019 0.050 0.113 0.238 0.315 0.236 0.029 104 L 0.039 0.052 0.094 0.249 0.305 0.216 0.045 105 R 0.183 0.323 0.244 0.155 0.071 0.022 0.002 106 E 0.259 0.348 0.206 0.129 0.042 0.015 0.001 107 G 0.155 0.188 0.186 0.227 0.153 0.079 0.013 108 L 0.061 0.076 0.127 0.230 0.282 0.186 0.037 109 P 0.140 0.200 0.219 0.189 0.144 0.087 0.021 110 S 0.125 0.161 0.167 0.192 0.178 0.135 0.042 111 Q 0.078 0.085 0.098 0.164 0.235 0.244 0.097 112 I 0.067 0.072 0.085 0.134 0.186 0.289 0.168 113 L 0.076 0.084 0.104 0.172 0.216 0.240 0.107 114 N 0.141 0.215 0.240 0.202 0.116 0.070 0.017 115 V 0.103 0.125 0.167 0.204 0.221 0.159 0.022 116 P 0.187 0.267 0.219 0.170 0.107 0.046 0.005 117 L 0.092 0.120 0.210 0.295 0.207 0.072 0.004 118 R 0.417 0.312 0.156 0.078 0.031 0.005 0.001 119 E 0.683 0.259 0.038 0.013 0.004 0.001 0.001 120 E 0.647 0.252 0.065 0.027 0.007 0.001 0.001 121 E 0.466 0.305 0.146 0.064 0.016 0.002 0.001 122 R 0.339 0.399 0.185 0.062 0.013 0.002 0.001 123 H 0.068 0.074 0.162 0.283 0.323 0.084 0.005 124 R 0.074 0.243 0.281 0.258 0.098 0.044 0.003 125 W 0.034 0.068 0.142 0.229 0.250 0.236 0.039 126 E 0.050 0.138 0.233 0.274 0.187 0.100 0.018 127 N 0.023 0.056 0.100 0.180 0.307 0.260 0.074 128 A 0.014 0.018 0.034 0.108 0.170 0.339 0.317 129 L 0.009 0.018 0.039 0.099 0.165 0.337 0.335 130 L 0.005 0.010 0.020 0.044 0.113 0.340 0.468 131 G 0.017 0.041 0.069 0.106 0.169 0.284 0.314 132 L 0.006 0.013 0.024 0.062 0.132 0.371 0.391 133 L 0.009 0.019 0.035 0.083 0.155 0.364 0.335 134 A 0.020 0.033 0.061 0.183 0.243 0.298 0.162 135 K 0.036 0.079 0.119 0.194 0.242 0.253 0.077 136 A 0.115 0.133 0.162 0.212 0.199 0.151 0.028 137 G 0.272 0.332 0.193 0.122 0.051 0.026 0.005 138 L 0.123 0.101 0.146 0.230 0.231 0.145 0.025 139 Q 0.290 0.200 0.155 0.152 0.122 0.068 0.012 140 V 0.370 0.212 0.152 0.131 0.076 0.049 0.010 141 V 0.502 0.197 0.115 0.094 0.056 0.030 0.006