# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.035 0.026 0.090 0.107 0.003 0.059 0.009 0.008 0.178 0.144 0.024 0.024 0.075 0.003 0.006 0.209 2 R 0.509 0.064 0.118 0.140 0.002 0.030 0.005 0.004 0.005 0.002 0.034 0.032 0.042 0.001 0.003 0.009 3 R 0.023 0.065 0.352 0.342 0.003 0.073 0.004 0.004 0.003 0.002 0.022 0.049 0.044 0.002 0.003 0.008 4 A 0.017 0.043 0.164 0.477 0.015 0.122 0.009 0.005 0.003 0.002 0.034 0.022 0.069 0.004 0.003 0.010 5 V 0.010 0.108 0.113 0.505 0.011 0.075 0.009 0.010 0.004 0.002 0.043 0.025 0.068 0.003 0.004 0.010 6 S 0.012 0.119 0.135 0.603 0.004 0.027 0.004 0.005 0.007 0.002 0.007 0.018 0.033 0.001 0.003 0.017 7 K 0.030 0.033 0.168 0.432 0.014 0.190 0.008 0.006 0.003 0.008 0.019 0.013 0.060 0.001 0.002 0.011 8 P 0.009 0.038 0.048 0.085 0.024 0.482 0.005 0.012 0.001 0.003 0.205 0.019 0.062 0.003 0.001 0.003 9 A 0.004 0.150 0.015 0.111 0.005 0.102 0.004 0.025 0.005 0.002 0.274 0.207 0.086 0.003 0.004 0.002 10 D 0.006 0.122 0.023 0.086 0.002 0.064 0.006 0.006 0.019 0.003 0.034 0.369 0.233 0.002 0.010 0.014 11 A 0.025 0.021 0.140 0.088 0.005 0.024 0.021 0.004 0.006 0.001 0.092 0.032 0.463 0.010 0.008 0.059 12 L 0.014 0.044 0.346 0.116 0.002 0.024 0.006 0.007 0.002 0.001 0.017 0.061 0.337 0.001 0.010 0.012 13 R 0.014 0.022 0.087 0.155 0.081 0.072 0.076 0.003 0.005 0.004 0.021 0.013 0.264 0.141 0.002 0.041 14 V 0.016 0.045 0.099 0.244 0.005 0.052 0.007 0.107 0.002 0.001 0.038 0.020 0.239 0.002 0.117 0.006 15 G 0.005 0.047 0.064 0.187 0.005 0.075 0.006 0.006 0.047 0.043 0.055 0.040 0.259 0.005 0.003 0.152 16 F 0.212 0.033 0.039 0.204 0.007 0.061 0.009 0.005 0.002 0.001 0.064 0.071 0.275 0.003 0.004 0.009 17 Y 0.008 0.079 0.206 0.155 0.006 0.081 0.008 0.009 0.003 0.002 0.039 0.078 0.302 0.003 0.007 0.014 18 R 0.009 0.049 0.048 0.176 0.012 0.160 0.011 0.006 0.003 0.003 0.063 0.054 0.380 0.004 0.005 0.014 19 A 0.009 0.041 0.040 0.084 0.005 0.120 0.007 0.010 0.002 0.002 0.143 0.076 0.447 0.002 0.005 0.007 20 Q 0.005 0.066 0.028 0.047 0.002 0.068 0.005 0.003 0.004 0.002 0.085 0.169 0.502 0.002 0.004 0.011 21 E 0.011 0.025 0.033 0.059 0.001 0.028 0.005 0.002 0.002 0.001 0.057 0.095 0.664 0.002 0.005 0.013 22 T 0.004 0.031 0.037 0.032 0.001 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.075 0.746 0.001 0.002 0.007 23 A 0.003 0.010 0.018 0.035 0.001 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.063 0.024 0.774 0.003 0.001 0.006 24 L 0.002 0.037 0.037 0.069 0.001 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.078 0.732 0.001 0.005 0.003 25 A 0.001 0.007 0.020 0.110 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.812 0.002 0.002 0.012 26 L 0.005 0.012 0.064 0.157 0.004 0.014 0.014 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.687 0.010 0.003 0.015 27 L 0.003 0.028 0.141 0.374 0.004 0.016 0.009 0.005 0.001 0.001 0.005 0.007 0.371 0.003 0.016 0.017 28 R 0.008 0.027 0.077 0.274 0.063 0.154 0.026 0.004 0.004 0.005 0.006 0.005 0.240 0.029 0.004 0.071 29 L 0.021 0.042 0.041 0.099 0.243 0.077 0.134 0.023 0.002 0.003 0.078 0.007 0.083 0.129 0.011 0.008 30 D 0.003 0.129 0.031 0.056 0.008 0.086 0.008 0.282 0.010 0.007 0.042 0.061 0.059 0.005 0.198 0.016 31 G 0.025 0.032 0.018 0.024 0.011 0.051 0.010 0.011 0.111 0.085 0.171 0.068 0.180 0.011 0.008 0.184 32 A 0.180 0.020 0.026 0.007 0.038 0.022 0.132 0.007 0.003 0.003 0.109 0.191 0.101 0.144 0.008 0.009 33 Q 0.006 0.038 0.096 0.016 0.001 0.015 0.004 0.123 0.003 0.003 0.035 0.079 0.132 0.001 0.432 0.016 34 G 0.014 0.019 0.043 0.043 0.001 0.019 0.003 0.002 0.076 0.080 0.025 0.062 0.205 0.001 0.002 0.405 35 W 0.129 0.003 0.017 0.007 0.001 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.114 0.517 0.001 0.001 0.001 36 P 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.336 0.100 0.499 0.001 0.001 0.001 37 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.367 0.601 0.001 0.001 0.001 38 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.963 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.002 0.007 46 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.164 0.767 0.004 0.016 47 F 0.001 0.006 0.030 0.004 0.001 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.166 0.005 0.747 0.011 48 G 0.005 0.005 0.029 0.006 0.002 0.010 0.012 0.002 0.019 0.022 0.004 0.004 0.237 0.009 0.006 0.629 49 A 0.528 0.013 0.022 0.010 0.040 0.012 0.099 0.004 0.001 0.002 0.043 0.013 0.086 0.111 0.004 0.012 50 S 0.008 0.092 0.118 0.023 0.002 0.042 0.007 0.206 0.004 0.003 0.034 0.063 0.076 0.004 0.308 0.009 51 G 0.014 0.043 0.059 0.076 0.006 0.054 0.012 0.007 0.145 0.068 0.084 0.051 0.162 0.005 0.008 0.206 52 A 0.354 0.065 0.084 0.116 0.001 0.025 0.004 0.007 0.005 0.002 0.064 0.130 0.131 0.001 0.005 0.007 53 S 0.016 0.061 0.399 0.213 0.003 0.061 0.007 0.002 0.006 0.002 0.018 0.060 0.129 0.002 0.003 0.019 54 L 0.016 0.036 0.163 0.526 0.003 0.051 0.003 0.003 0.001 0.001 0.025 0.018 0.149 0.001 0.002 0.005 55 R 0.004 0.072 0.105 0.514 0.015 0.112 0.005 0.002 0.002 0.001 0.018 0.023 0.114 0.003 0.001 0.007 56 L 0.007 0.030 0.043 0.534 0.011 0.134 0.005 0.011 0.001 0.001 0.045 0.014 0.157 0.002 0.004 0.003 57 H 0.003 0.175 0.075 0.415 0.005 0.067 0.004 0.007 0.006 0.003 0.017 0.054 0.150 0.002 0.005 0.013 58 T 0.023 0.024 0.036 0.396 0.024 0.136 0.012 0.006 0.004 0.003 0.058 0.019 0.220 0.017 0.004 0.019 59 L 0.014 0.069 0.212 0.236 0.012 0.055 0.015 0.030 0.002 0.002 0.075 0.044 0.193 0.008 0.023 0.011 60 H 0.008 0.101 0.071 0.331 0.014 0.088 0.017 0.014 0.018 0.008 0.023 0.038 0.180 0.011 0.009 0.068 61 A 0.038 0.121 0.157 0.485 0.005 0.014 0.011 0.007 0.007 0.002 0.014 0.012 0.078 0.004 0.011 0.034 62 H 0.013 0.013 0.107 0.085 0.028 0.585 0.028 0.004 0.003 0.009 0.009 0.022 0.080 0.003 0.003 0.010 63 P 0.007 0.053 0.026 0.026 0.014 0.088 0.004 0.024 0.001 0.002 0.652 0.014 0.078 0.002 0.003 0.004 64 S 0.005 0.066 0.008 0.020 0.078 0.032 0.041 0.007 0.013 0.005 0.064 0.475 0.038 0.138 0.003 0.006 65 Q 0.008 0.020 0.039 0.016 0.001 0.012 0.004 0.134 0.003 0.002 0.030 0.048 0.165 0.001 0.508 0.009 66 G 0.008 0.007 0.038 0.010 0.001 0.030 0.005 0.002 0.078 0.063 0.050 0.053 0.342 0.002 0.003 0.307 67 L 0.213 0.009 0.016 0.015 0.001 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.119 0.150 0.454 0.001 0.001 0.002 68 A 0.003 0.011 0.040 0.025 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.190 0.639 0.001 0.001 0.004 69 F 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.035 0.899 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.029 0.921 0.001 0.001 0.001 71 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.970 0.001 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.981 0.002 0.001 0.003 73 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.978 0.003 0.005 0.002 74 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.965 0.003 0.004 0.012 75 K 0.004 0.004 0.009 0.006 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.842 0.047 0.008 0.057 76 A 0.003 0.004 0.050 0.005 0.001 0.007 0.025 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.839 0.006 0.030 0.018 77 K 0.002 0.009 0.020 0.003 0.001 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.029 0.012 0.861 0.004 0.005 0.025 78 E 0.007 0.004 0.004 0.001 0.021 0.003 0.063 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.050 0.815 0.002 0.006 79 E 0.001 0.008 0.015 0.002 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.003 0.004 0.023 0.001 0.898 0.002 80 G 0.002 0.005 0.020 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.065 0.014 0.002 0.002 0.031 0.001 0.001 0.847 81 V 0.857 0.008 0.031 0.033 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.035 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.003 0.404 0.446 0.117 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.002 83 A 0.002 0.003 0.043 0.937 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 84 V 0.001 0.006 0.382 0.600 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.002 0.009 0.977 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 86 V 0.001 0.008 0.010 0.885 0.042 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.057 0.007 0.879 0.010 0.029 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 88 T 0.003 0.070 0.024 0.788 0.012 0.073 0.002 0.004 0.005 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 89 P 0.018 0.040 0.042 0.280 0.022 0.501 0.003 0.015 0.002 0.007 0.052 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 90 P 0.006 0.203 0.026 0.214 0.009 0.108 0.002 0.022 0.006 0.004 0.335 0.047 0.014 0.001 0.001 0.002 91 M 0.011 0.108 0.027 0.287 0.007 0.096 0.004 0.011 0.015 0.005 0.055 0.308 0.054 0.002 0.004 0.005 92 A 0.016 0.052 0.105 0.156 0.007 0.134 0.014 0.010 0.008 0.004 0.082 0.098 0.284 0.004 0.008 0.018 93 W 0.012 0.031 0.066 0.096 0.010 0.098 0.015 0.011 0.004 0.003 0.180 0.097 0.351 0.006 0.006 0.015 94 E 0.012 0.052 0.052 0.091 0.010 0.043 0.014 0.022 0.004 0.004 0.082 0.169 0.401 0.015 0.012 0.017 95 D 0.006 0.011 0.020 0.016 0.010 0.113 0.019 0.012 0.004 0.005 0.059 0.065 0.597 0.021 0.021 0.021 96 R 0.008 0.016 0.032 0.008 0.002 0.016 0.013 0.011 0.003 0.002 0.205 0.046 0.565 0.015 0.035 0.025 97 N 0.011 0.012 0.015 0.008 0.001 0.019 0.003 0.003 0.003 0.003 0.038 0.244 0.599 0.001 0.019 0.021 98 R 0.019 0.008 0.017 0.005 0.001 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.048 0.038 0.788 0.004 0.002 0.052 99 L 0.003 0.003 0.014 0.004 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.082 0.837 0.001 0.001 0.001 100 K 0.001 0.028 0.016 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.052 0.868 0.001 0.001 0.003 101 A 0.001 0.002 0.004 0.036 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.930 0.001 0.001 0.002 102 L 0.001 0.005 0.027 0.020 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.925 0.001 0.001 0.003 103 L 0.001 0.006 0.014 0.114 0.002 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.809 0.010 0.002 0.011 104 L 0.001 0.012 0.036 0.052 0.010 0.036 0.012 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.795 0.010 0.012 0.011 105 R 0.001 0.002 0.003 0.003 0.065 0.005 0.099 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.039 0.762 0.002 0.007 106 E 0.002 0.008 0.005 0.004 0.001 0.002 0.002 0.152 0.001 0.001 0.007 0.004 0.024 0.002 0.783 0.004 107 G 0.004 0.013 0.013 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.086 0.039 0.004 0.005 0.024 0.003 0.002 0.797 108 L 0.869 0.006 0.028 0.011 0.002 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.032 0.001 0.002 0.003 109 P 0.008 0.056 0.268 0.029 0.004 0.334 0.008 0.028 0.003 0.005 0.107 0.027 0.103 0.004 0.007 0.008 110 S 0.011 0.198 0.025 0.199 0.003 0.071 0.004 0.008 0.020 0.004 0.162 0.178 0.098 0.001 0.007 0.010 111 Q 0.037 0.078 0.101 0.177 0.005 0.050 0.010 0.003 0.014 0.002 0.034 0.230 0.224 0.004 0.005 0.026 112 I 0.021 0.021 0.353 0.094 0.028 0.047 0.115 0.004 0.002 0.001 0.031 0.026 0.167 0.065 0.006 0.019 113 L 0.007 0.114 0.267 0.220 0.004 0.023 0.018 0.075 0.003 0.001 0.014 0.023 0.121 0.004 0.091 0.016 114 N 0.012 0.040 0.116 0.485 0.002 0.016 0.005 0.003 0.049 0.011 0.005 0.005 0.054 0.002 0.004 0.193 115 V 0.238 0.012 0.234 0.445 0.003 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.022 0.001 0.001 0.010 116 P 0.012 0.034 0.187 0.326 0.016 0.372 0.004 0.003 0.001 0.002 0.010 0.009 0.020 0.001 0.001 0.003 117 L 0.004 0.144 0.020 0.455 0.011 0.171 0.002 0.012 0.002 0.002 0.138 0.014 0.022 0.001 0.001 0.002 118 R 0.004 0.140 0.020 0.184 0.011 0.301 0.004 0.011 0.009 0.005 0.053 0.205 0.046 0.001 0.002 0.003 119 E 0.008 0.032 0.042 0.066 0.006 0.142 0.006 0.016 0.004 0.003 0.366 0.073 0.222 0.003 0.005 0.006 120 E 0.006 0.058 0.037 0.051 0.004 0.048 0.008 0.007 0.004 0.002 0.127 0.372 0.254 0.006 0.008 0.009 121 E 0.010 0.022 0.041 0.047 0.005 0.033 0.019 0.008 0.004 0.002 0.057 0.103 0.583 0.018 0.017 0.031 122 R 0.011 0.034 0.123 0.049 0.004 0.021 0.024 0.009 0.004 0.002 0.030 0.044 0.546 0.016 0.034 0.048 123 H 0.018 0.015 0.085 0.044 0.003 0.060 0.018 0.007 0.004 0.006 0.032 0.035 0.599 0.006 0.019 0.049 124 R 0.019 0.028 0.046 0.028 0.002 0.060 0.007 0.005 0.002 0.003 0.118 0.048 0.598 0.004 0.006 0.025 125 W 0.008 0.010 0.013 0.009 0.005 0.082 0.011 0.003 0.001 0.001 0.093 0.164 0.581 0.010 0.002 0.006 126 E 0.002 0.022 0.010 0.006 0.001 0.025 0.003 0.005 0.001 0.001 0.069 0.121 0.714 0.003 0.014 0.003 127 N 0.001 0.004 0.005 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.066 0.871 0.001 0.004 0.011 128 A 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.033 0.935 0.001 0.001 0.004 129 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.893 0.036 0.001 0.002 130 L 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.020 0.931 0.001 0.025 0.001 131 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.963 0.001 0.001 0.018 132 L 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.960 0.001 0.001 0.002 133 L 0.001 0.005 0.019 0.007 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.926 0.007 0.003 0.005 134 A 0.001 0.003 0.008 0.008 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.940 0.002 0.008 0.005 135 K 0.001 0.002 0.003 0.003 0.026 0.002 0.057 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 0.825 0.001 0.015 136 A 0.002 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.064 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.002 0.871 0.002 137 G 0.003 0.013 0.027 0.008 0.001 0.004 0.004 0.001 0.085 0.035 0.005 0.004 0.071 0.004 0.004 0.732 138 L 0.873 0.008 0.023 0.031 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.034 0.001 0.002 0.006 139 Q 0.010 0.051 0.730 0.126 0.002 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.030 0.001 0.002 0.011 140 V 0.012 0.017 0.092 0.411 0.134 0.216 0.033 0.003 0.001 0.002 0.015 0.007 0.044 0.007 0.002 0.005 141 V 0.004 0.204 0.087 0.360 0.065 0.073 0.013 0.067 0.003 0.002 0.059 0.015 0.028 0.006 0.008 0.004