# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.090 0.032 0.007 0.026 0.036 0.076 0.108 0.003 0.001 0.013 0.609 2 R 0.150 0.035 0.013 0.027 0.037 0.069 0.137 0.002 0.001 0.007 0.523 3 R 0.050 0.042 0.003 0.028 0.072 0.091 0.155 0.002 0.001 0.006 0.552 4 A 0.053 0.064 0.003 0.035 0.070 0.113 0.072 0.002 0.001 0.003 0.585 5 V 0.081 0.122 0.003 0.040 0.087 0.168 0.061 0.003 0.001 0.003 0.431 6 S 0.109 0.106 0.004 0.029 0.059 0.119 0.087 0.006 0.001 0.006 0.474 7 K 0.095 0.046 0.007 0.024 0.037 0.049 0.056 0.005 0.001 0.003 0.679 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.987 9 A 0.014 0.010 0.002 0.013 0.016 0.040 0.122 0.001 0.001 0.002 0.782 10 D 0.112 0.074 0.002 0.025 0.025 0.039 0.109 0.001 0.001 0.013 0.600 11 A 0.209 0.186 0.004 0.030 0.022 0.036 0.085 0.002 0.001 0.006 0.420 12 L 0.150 0.351 0.004 0.044 0.059 0.053 0.110 0.003 0.001 0.007 0.220 13 R 0.167 0.354 0.004 0.033 0.063 0.069 0.066 0.006 0.001 0.004 0.233 14 V 0.115 0.268 0.013 0.032 0.037 0.050 0.035 0.010 0.001 0.003 0.438 15 G 0.082 0.148 0.015 0.072 0.099 0.131 0.078 0.009 0.001 0.007 0.357 16 F 0.077 0.131 0.036 0.070 0.063 0.091 0.083 0.006 0.001 0.003 0.441 17 Y 0.051 0.147 0.007 0.099 0.111 0.206 0.076 0.002 0.001 0.004 0.297 18 R 0.030 0.166 0.005 0.047 0.056 0.080 0.165 0.003 0.001 0.004 0.444 19 A 0.038 0.263 0.004 0.036 0.042 0.091 0.087 0.003 0.001 0.003 0.432 20 Q 0.054 0.316 0.004 0.019 0.022 0.057 0.122 0.003 0.001 0.004 0.398 21 E 0.101 0.361 0.007 0.007 0.011 0.015 0.085 0.004 0.001 0.005 0.405 22 T 0.064 0.595 0.008 0.005 0.019 0.025 0.044 0.004 0.001 0.003 0.233 23 A 0.047 0.737 0.007 0.006 0.016 0.029 0.015 0.004 0.001 0.001 0.140 24 L 0.032 0.810 0.006 0.006 0.025 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 0.083 25 A 0.036 0.817 0.002 0.005 0.050 0.031 0.008 0.005 0.001 0.001 0.045 26 L 0.064 0.767 0.004 0.009 0.034 0.039 0.006 0.013 0.001 0.001 0.065 27 L 0.079 0.611 0.008 0.027 0.085 0.083 0.013 0.018 0.001 0.001 0.075 28 R 0.086 0.367 0.025 0.042 0.105 0.090 0.028 0.028 0.001 0.001 0.226 29 L 0.055 0.281 0.025 0.076 0.131 0.187 0.027 0.018 0.001 0.002 0.198 30 D 0.046 0.100 0.011 0.057 0.054 0.112 0.103 0.014 0.001 0.006 0.497 31 G 0.094 0.027 0.016 0.043 0.018 0.029 0.106 0.011 0.001 0.018 0.638 32 A 0.158 0.051 0.033 0.044 0.017 0.027 0.303 0.004 0.001 0.008 0.353 33 Q 0.103 0.055 0.008 0.034 0.015 0.019 0.179 0.004 0.001 0.026 0.556 34 G 0.158 0.045 0.031 0.023 0.009 0.026 0.117 0.006 0.001 0.024 0.562 35 W 0.214 0.030 0.045 0.038 0.008 0.020 0.193 0.002 0.001 0.004 0.446 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.988 37 E 0.006 0.015 0.001 0.004 0.004 0.012 0.190 0.001 0.001 0.002 0.766 38 F 0.133 0.203 0.001 0.007 0.002 0.005 0.097 0.001 0.001 0.004 0.546 39 L 0.041 0.755 0.002 0.004 0.003 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 0.164 40 R 0.011 0.885 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.087 41 R 0.013 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.060 42 A 0.024 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.036 43 L 0.017 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.021 44 L 0.012 0.959 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 45 R 0.017 0.936 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.027 46 A 0.058 0.859 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.026 0.001 0.001 0.041 47 F 0.129 0.684 0.013 0.008 0.004 0.006 0.010 0.052 0.001 0.001 0.094 48 G 0.228 0.289 0.063 0.023 0.008 0.010 0.028 0.081 0.001 0.005 0.265 49 A 0.157 0.202 0.175 0.045 0.016 0.015 0.073 0.026 0.001 0.003 0.290 50 S 0.049 0.106 0.017 0.045 0.015 0.021 0.126 0.013 0.001 0.007 0.602 51 G 0.133 0.060 0.021 0.051 0.015 0.027 0.095 0.010 0.001 0.024 0.563 52 A 0.136 0.059 0.044 0.058 0.026 0.028 0.258 0.003 0.001 0.007 0.382 53 S 0.070 0.041 0.005 0.071 0.033 0.049 0.228 0.003 0.001 0.012 0.488 54 L 0.079 0.107 0.011 0.093 0.064 0.100 0.095 0.002 0.001 0.007 0.442 55 R 0.042 0.130 0.004 0.152 0.111 0.130 0.154 0.003 0.001 0.006 0.267 56 L 0.065 0.151 0.006 0.096 0.090 0.126 0.074 0.004 0.001 0.004 0.384 57 H 0.053 0.174 0.003 0.095 0.162 0.241 0.055 0.003 0.001 0.006 0.207 58 T 0.079 0.103 0.007 0.067 0.073 0.092 0.111 0.007 0.001 0.004 0.457 59 L 0.099 0.174 0.008 0.113 0.136 0.196 0.038 0.005 0.001 0.004 0.225 60 H 0.068 0.119 0.007 0.079 0.089 0.148 0.091 0.007 0.001 0.008 0.384 61 A 0.105 0.081 0.018 0.054 0.044 0.087 0.074 0.012 0.001 0.006 0.518 62 H 0.146 0.040 0.009 0.064 0.060 0.114 0.109 0.007 0.001 0.005 0.445 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.993 64 S 0.017 0.009 0.003 0.025 0.034 0.084 0.203 0.001 0.001 0.003 0.621 65 Q 0.244 0.027 0.002 0.019 0.012 0.019 0.097 0.001 0.001 0.022 0.558 66 G 0.177 0.075 0.008 0.025 0.015 0.029 0.132 0.002 0.001 0.015 0.521 67 L 0.163 0.128 0.014 0.038 0.024 0.032 0.200 0.001 0.001 0.008 0.394 68 A 0.032 0.215 0.003 0.024 0.040 0.048 0.165 0.001 0.001 0.005 0.468 69 F 0.031 0.379 0.004 0.018 0.017 0.059 0.094 0.002 0.001 0.003 0.393 70 R 0.025 0.675 0.002 0.010 0.010 0.024 0.034 0.002 0.001 0.001 0.217 71 E 0.015 0.758 0.001 0.002 0.007 0.008 0.041 0.002 0.001 0.001 0.166 72 A 0.019 0.888 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.074 73 L 0.016 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 74 R 0.013 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.022 75 K 0.016 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.033 76 A 0.029 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.027 77 K 0.023 0.922 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.033 78 E 0.057 0.823 0.007 0.002 0.003 0.002 0.012 0.017 0.001 0.001 0.076 79 E 0.186 0.609 0.006 0.002 0.002 0.002 0.017 0.042 0.001 0.001 0.131 80 G 0.542 0.222 0.025 0.007 0.004 0.006 0.012 0.054 0.001 0.006 0.122 81 V 0.148 0.107 0.524 0.025 0.019 0.015 0.042 0.009 0.001 0.002 0.110 82 Q 0.056 0.054 0.024 0.194 0.175 0.127 0.058 0.004 0.001 0.006 0.302 83 A 0.023 0.039 0.006 0.123 0.139 0.182 0.054 0.003 0.001 0.002 0.429 84 V 0.021 0.020 0.002 0.371 0.243 0.248 0.021 0.001 0.001 0.002 0.071 85 L 0.007 0.010 0.001 0.285 0.329 0.272 0.016 0.001 0.001 0.001 0.079 86 V 0.003 0.007 0.001 0.363 0.197 0.364 0.006 0.001 0.001 0.001 0.058 87 L 0.007 0.011 0.001 0.335 0.149 0.329 0.017 0.001 0.001 0.002 0.148 88 T 0.011 0.013 0.002 0.156 0.155 0.275 0.062 0.001 0.001 0.003 0.322 89 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.971 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.967 91 M 0.121 0.009 0.001 0.017 0.023 0.051 0.114 0.001 0.001 0.015 0.649 92 A 0.263 0.142 0.003 0.018 0.029 0.038 0.051 0.001 0.001 0.006 0.449 93 W 0.128 0.255 0.002 0.020 0.057 0.087 0.040 0.002 0.001 0.003 0.407 94 E 0.108 0.288 0.002 0.013 0.033 0.039 0.086 0.003 0.001 0.002 0.426 95 D 0.144 0.297 0.003 0.008 0.017 0.035 0.077 0.008 0.001 0.004 0.407 96 R 0.232 0.316 0.014 0.013 0.008 0.022 0.058 0.009 0.001 0.007 0.321 97 N 0.096 0.266 0.027 0.008 0.008 0.010 0.199 0.007 0.001 0.011 0.367 98 R 0.202 0.251 0.025 0.009 0.005 0.010 0.175 0.008 0.001 0.012 0.303 99 L 0.087 0.596 0.028 0.009 0.010 0.019 0.057 0.005 0.001 0.002 0.186 100 K 0.028 0.635 0.007 0.013 0.025 0.037 0.063 0.003 0.001 0.003 0.187 101 A 0.034 0.715 0.007 0.007 0.014 0.016 0.026 0.004 0.001 0.001 0.176 102 L 0.033 0.819 0.002 0.008 0.041 0.035 0.011 0.005 0.001 0.001 0.046 103 L 0.029 0.831 0.003 0.008 0.022 0.025 0.009 0.009 0.001 0.001 0.064 104 L 0.044 0.727 0.004 0.027 0.060 0.066 0.007 0.010 0.001 0.001 0.054 105 R 0.059 0.670 0.005 0.021 0.048 0.041 0.024 0.023 0.001 0.001 0.108 106 E 0.123 0.400 0.011 0.015 0.015 0.020 0.036 0.052 0.001 0.004 0.324 107 G 0.297 0.100 0.041 0.020 0.010 0.027 0.059 0.055 0.001 0.029 0.362 108 L 0.260 0.018 0.416 0.020 0.006 0.006 0.109 0.006 0.001 0.004 0.155 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.984 110 S 0.012 0.007 0.002 0.024 0.026 0.069 0.084 0.001 0.001 0.002 0.773 111 Q 0.108 0.033 0.001 0.061 0.037 0.038 0.129 0.001 0.001 0.008 0.583 112 I 0.170 0.092 0.003 0.063 0.074 0.095 0.083 0.002 0.001 0.006 0.412 113 L 0.101 0.185 0.003 0.113 0.136 0.168 0.062 0.002 0.001 0.008 0.222 114 N 0.086 0.081 0.003 0.042 0.041 0.106 0.069 0.007 0.001 0.006 0.559 115 V 0.195 0.073 0.016 0.079 0.130 0.124 0.066 0.003 0.001 0.003 0.311 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.980 117 L 0.013 0.017 0.003 0.031 0.058 0.173 0.090 0.001 0.001 0.002 0.613 118 R 0.048 0.130 0.001 0.027 0.047 0.069 0.136 0.001 0.001 0.006 0.536 119 E 0.070 0.115 0.001 0.008 0.010 0.024 0.098 0.001 0.001 0.004 0.669 120 E 0.084 0.315 0.001 0.005 0.007 0.014 0.092 0.002 0.001 0.002 0.478 121 E 0.178 0.434 0.003 0.004 0.006 0.010 0.065 0.005 0.001 0.002 0.292 122 R 0.136 0.649 0.011 0.003 0.005 0.007 0.020 0.006 0.001 0.002 0.161 123 H 0.063 0.701 0.012 0.004 0.006 0.008 0.014 0.008 0.001 0.001 0.184 124 R 0.071 0.581 0.014 0.005 0.006 0.008 0.023 0.013 0.001 0.001 0.277 125 W 0.060 0.538 0.012 0.007 0.005 0.009 0.028 0.010 0.001 0.001 0.331 126 E 0.053 0.648 0.006 0.008 0.005 0.012 0.042 0.006 0.001 0.001 0.219 127 N 0.055 0.688 0.003 0.006 0.003 0.004 0.031 0.005 0.001 0.002 0.203 128 A 0.052 0.795 0.008 0.006 0.002 0.003 0.023 0.004 0.001 0.001 0.106 129 L 0.034 0.862 0.010 0.004 0.003 0.003 0.023 0.004 0.001 0.001 0.056 130 L 0.023 0.880 0.004 0.003 0.002 0.003 0.012 0.004 0.001 0.001 0.069 131 G 0.043 0.802 0.005 0.002 0.001 0.003 0.006 0.010 0.001 0.001 0.127 132 L 0.031 0.887 0.011 0.003 0.002 0.003 0.007 0.006 0.001 0.001 0.049 133 L 0.010 0.931 0.004 0.003 0.004 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.037 134 A 0.012 0.922 0.002 0.004 0.008 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.038 135 K 0.059 0.864 0.002 0.003 0.006 0.005 0.006 0.016 0.001 0.001 0.038 136 A 0.216 0.635 0.008 0.004 0.006 0.007 0.014 0.045 0.001 0.001 0.065 137 G 0.397 0.269 0.039 0.014 0.012 0.018 0.014 0.064 0.001 0.010 0.161 138 L 0.117 0.098 0.520 0.029 0.019 0.017 0.053 0.009 0.001 0.002 0.135 139 Q 0.061 0.066 0.026 0.155 0.152 0.105 0.088 0.007 0.001 0.008 0.331 140 V 0.015 0.035 0.009 0.067 0.056 0.092 0.056 0.003 0.001 0.001 0.667 141 V 0.021 0.033 0.002 0.226 0.165 0.291 0.042 0.001 0.001 0.002 0.215