# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.055 0.111 0.002 0.020 0.030 0.068 0.074 0.008 0.001 0.043 0.588 2 R 0.088 0.033 0.003 0.019 0.075 0.079 0.106 0.010 0.001 0.118 0.469 3 R 0.071 0.037 0.004 0.033 0.089 0.115 0.082 0.008 0.001 0.081 0.480 4 A 0.046 0.013 0.001 0.027 0.060 0.061 0.069 0.003 0.001 0.047 0.672 5 V 0.021 0.013 0.002 0.047 0.062 0.081 0.109 0.003 0.001 0.039 0.621 6 S 0.017 0.038 0.002 0.020 0.030 0.043 0.108 0.003 0.001 0.030 0.709 7 K 0.095 0.276 0.004 0.012 0.030 0.025 0.081 0.011 0.002 0.042 0.423 8 P 0.210 0.442 0.004 0.008 0.008 0.011 0.059 0.012 0.002 0.052 0.193 9 A 0.095 0.386 0.009 0.014 0.009 0.013 0.062 0.008 0.002 0.078 0.323 10 D 0.104 0.335 0.013 0.026 0.014 0.026 0.075 0.011 0.004 0.107 0.286 11 A 0.059 0.259 0.023 0.037 0.028 0.040 0.068 0.011 0.005 0.087 0.383 12 L 0.045 0.228 0.011 0.042 0.055 0.054 0.085 0.011 0.004 0.063 0.402 13 R 0.048 0.273 0.006 0.044 0.051 0.077 0.069 0.015 0.002 0.081 0.335 14 V 0.028 0.414 0.003 0.031 0.045 0.025 0.091 0.005 0.001 0.063 0.294 15 G 0.028 0.456 0.004 0.045 0.030 0.055 0.046 0.011 0.002 0.136 0.189 16 F 0.025 0.599 0.006 0.022 0.020 0.019 0.028 0.007 0.003 0.082 0.189 17 Y 0.027 0.681 0.004 0.021 0.021 0.020 0.015 0.006 0.002 0.080 0.122 18 R 0.024 0.077 0.002 0.011 0.007 0.009 0.019 0.005 0.002 0.733 0.111 19 A 0.015 0.623 0.011 0.011 0.007 0.005 0.023 0.004 0.008 0.183 0.111 20 Q 0.032 0.840 0.004 0.003 0.003 0.002 0.008 0.004 0.003 0.035 0.067 21 E 0.025 0.792 0.006 0.002 0.002 0.003 0.008 0.007 0.003 0.062 0.090 22 T 0.020 0.826 0.007 0.001 0.002 0.003 0.015 0.004 0.004 0.050 0.067 23 A 0.018 0.889 0.010 0.001 0.002 0.002 0.011 0.003 0.004 0.029 0.032 24 L 0.036 0.736 0.022 0.005 0.006 0.005 0.024 0.009 0.007 0.072 0.078 25 A 0.061 0.555 0.023 0.012 0.012 0.022 0.036 0.012 0.009 0.105 0.153 26 L 0.062 0.300 0.043 0.044 0.027 0.028 0.054 0.010 0.014 0.127 0.293 27 L 0.041 0.095 0.053 0.092 0.041 0.059 0.131 0.017 0.019 0.088 0.364 28 R 0.150 0.093 0.009 0.037 0.011 0.022 0.112 0.024 0.007 0.054 0.480 29 L 0.263 0.052 0.006 0.037 0.013 0.009 0.066 0.024 0.006 0.061 0.463 30 D 0.115 0.058 0.009 0.020 0.006 0.006 0.131 0.013 0.006 0.039 0.597 31 G 0.310 0.064 0.003 0.008 0.003 0.006 0.039 0.029 0.002 0.023 0.514 32 A 0.338 0.022 0.001 0.012 0.005 0.005 0.061 0.013 0.001 0.040 0.502 33 Q 0.009 0.065 0.001 0.017 0.006 0.006 0.116 0.001 0.001 0.017 0.761 34 G 0.007 0.353 0.001 0.004 0.004 0.004 0.058 0.005 0.001 0.018 0.546 35 W 0.031 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.008 0.019 36 P 0.023 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 37 E 0.009 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.020 38 F 0.010 0.943 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.017 39 L 0.010 0.950 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.011 0.016 40 R 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 41 R 0.010 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.023 0.016 42 A 0.008 0.938 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.025 0.015 43 L 0.031 0.777 0.039 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 0.014 0.075 0.044 44 L 0.117 0.382 0.144 0.007 0.003 0.006 0.033 0.031 0.069 0.091 0.117 45 R 0.372 0.197 0.013 0.008 0.003 0.006 0.044 0.019 0.013 0.050 0.274 46 A 0.077 0.032 0.007 0.027 0.006 0.005 0.078 0.010 0.006 0.144 0.609 47 F 0.018 0.022 0.021 0.037 0.006 0.006 0.165 0.006 0.013 0.082 0.625 48 G 0.185 0.046 0.008 0.020 0.004 0.010 0.083 0.025 0.007 0.044 0.569 49 A 0.194 0.023 0.002 0.019 0.006 0.005 0.095 0.014 0.001 0.058 0.583 50 S 0.033 0.073 0.002 0.035 0.009 0.011 0.191 0.003 0.001 0.060 0.582 51 G 0.050 0.114 0.004 0.060 0.015 0.033 0.092 0.008 0.001 0.093 0.529 52 A 0.054 0.159 0.006 0.056 0.040 0.041 0.082 0.011 0.002 0.067 0.481 53 S 0.036 0.143 0.005 0.065 0.055 0.086 0.069 0.007 0.001 0.101 0.433 54 L 0.021 0.030 0.003 0.061 0.077 0.089 0.106 0.005 0.001 0.290 0.317 55 R 0.034 0.129 0.009 0.117 0.089 0.091 0.108 0.006 0.003 0.145 0.270 56 L 0.064 0.112 0.008 0.077 0.095 0.086 0.066 0.007 0.002 0.079 0.403 57 H 0.071 0.104 0.008 0.054 0.086 0.135 0.078 0.011 0.003 0.071 0.378 58 T 0.101 0.063 0.004 0.044 0.060 0.149 0.077 0.012 0.002 0.073 0.415 59 L 0.054 0.035 0.004 0.091 0.096 0.095 0.101 0.007 0.002 0.069 0.446 60 H 0.021 0.022 0.003 0.092 0.074 0.110 0.131 0.004 0.001 0.050 0.491 61 A 0.014 0.024 0.004 0.037 0.040 0.032 0.114 0.004 0.002 0.049 0.680 62 H 0.212 0.065 0.014 0.037 0.038 0.041 0.123 0.022 0.007 0.104 0.337 63 P 0.244 0.093 0.003 0.011 0.010 0.011 0.076 0.010 0.002 0.029 0.511 64 S 0.161 0.157 0.002 0.016 0.008 0.011 0.055 0.009 0.001 0.031 0.549 65 Q 0.042 0.270 0.002 0.015 0.011 0.016 0.080 0.007 0.001 0.030 0.526 66 G 0.034 0.560 0.003 0.011 0.013 0.022 0.047 0.011 0.001 0.041 0.257 67 L 0.029 0.777 0.002 0.005 0.014 0.010 0.019 0.007 0.001 0.026 0.109 68 A 0.011 0.909 0.002 0.002 0.006 0.004 0.006 0.003 0.001 0.014 0.043 69 F 0.011 0.941 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.011 0.024 70 R 0.021 0.924 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.019 0.020 71 E 0.021 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.022 0.027 72 A 0.014 0.935 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.014 0.024 73 L 0.048 0.831 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.009 0.034 0.045 74 R 0.052 0.806 0.008 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.006 0.024 0.085 75 K 0.050 0.515 0.015 0.004 0.003 0.003 0.033 0.008 0.009 0.105 0.255 76 A 0.068 0.178 0.106 0.008 0.005 0.005 0.066 0.019 0.046 0.182 0.317 77 K 0.419 0.141 0.031 0.005 0.002 0.004 0.056 0.023 0.028 0.048 0.241 78 E 0.200 0.067 0.006 0.006 0.003 0.004 0.045 0.011 0.004 0.031 0.623 79 E 0.016 0.066 0.005 0.018 0.008 0.006 0.121 0.003 0.002 0.037 0.717 80 G 0.036 0.091 0.011 0.049 0.013 0.052 0.158 0.010 0.004 0.108 0.468 81 V 0.028 0.091 0.009 0.051 0.038 0.034 0.158 0.007 0.002 0.084 0.498 82 Q 0.023 0.082 0.007 0.182 0.082 0.101 0.104 0.005 0.001 0.097 0.316 83 A 0.013 0.041 0.005 0.250 0.099 0.172 0.065 0.004 0.001 0.075 0.276 84 V 0.014 0.007 0.003 0.290 0.129 0.254 0.044 0.005 0.001 0.090 0.164 85 L 0.012 0.005 0.002 0.319 0.138 0.194 0.040 0.003 0.001 0.047 0.240 86 V 0.006 0.004 0.001 0.326 0.127 0.126 0.055 0.002 0.001 0.030 0.323 87 L 0.009 0.006 0.002 0.148 0.083 0.097 0.128 0.003 0.001 0.032 0.491 88 T 0.072 0.042 0.005 0.075 0.043 0.044 0.144 0.011 0.002 0.047 0.515 89 P 0.275 0.094 0.003 0.037 0.020 0.022 0.104 0.014 0.001 0.038 0.391 90 P 0.121 0.179 0.003 0.032 0.011 0.017 0.097 0.008 0.001 0.038 0.494 91 M 0.084 0.199 0.006 0.038 0.014 0.028 0.077 0.015 0.002 0.051 0.486 92 A 0.105 0.280 0.005 0.028 0.021 0.026 0.057 0.017 0.002 0.052 0.406 93 W 0.131 0.138 0.005 0.027 0.025 0.026 0.077 0.019 0.003 0.165 0.384 94 E 0.042 0.232 0.011 0.017 0.024 0.012 0.082 0.010 0.005 0.082 0.483 95 D 0.101 0.628 0.004 0.005 0.006 0.006 0.025 0.014 0.004 0.026 0.180 96 R 0.089 0.651 0.003 0.003 0.005 0.004 0.019 0.010 0.002 0.030 0.185 97 N 0.018 0.732 0.004 0.003 0.005 0.006 0.021 0.005 0.002 0.044 0.159 98 R 0.021 0.805 0.008 0.003 0.004 0.007 0.013 0.007 0.004 0.041 0.087 99 L 0.022 0.881 0.008 0.002 0.003 0.002 0.007 0.005 0.003 0.020 0.047 100 K 0.026 0.833 0.007 0.004 0.005 0.006 0.012 0.009 0.003 0.038 0.057 101 A 0.020 0.823 0.005 0.006 0.005 0.008 0.018 0.003 0.002 0.038 0.072 102 L 0.033 0.579 0.028 0.024 0.016 0.017 0.029 0.006 0.008 0.125 0.135 103 L 0.098 0.109 0.164 0.029 0.023 0.040 0.078 0.030 0.048 0.180 0.201 104 L 0.567 0.036 0.018 0.010 0.005 0.013 0.030 0.032 0.014 0.025 0.250 105 R 0.371 0.003 0.001 0.022 0.007 0.006 0.038 0.010 0.002 0.022 0.518 106 E 0.004 0.002 0.001 0.019 0.003 0.003 0.161 0.001 0.001 0.009 0.797 107 G 0.009 0.011 0.002 0.018 0.004 0.006 0.153 0.004 0.001 0.015 0.776 108 L 0.374 0.068 0.003 0.014 0.010 0.010 0.132 0.031 0.001 0.033 0.324 109 P 0.339 0.099 0.002 0.018 0.006 0.009 0.068 0.009 0.001 0.040 0.410 110 S 0.129 0.031 0.006 0.073 0.022 0.034 0.089 0.008 0.002 0.061 0.545 111 Q 0.143 0.024 0.003 0.064 0.023 0.077 0.090 0.011 0.001 0.037 0.527 112 I 0.077 0.004 0.001 0.058 0.044 0.052 0.079 0.005 0.001 0.047 0.632 113 L 0.005 0.003 0.001 0.078 0.093 0.070 0.149 0.001 0.001 0.014 0.586 114 N 0.012 0.021 0.001 0.039 0.050 0.079 0.095 0.003 0.001 0.015 0.685 115 V 0.114 0.081 0.002 0.034 0.081 0.047 0.100 0.013 0.001 0.033 0.496 116 P 0.144 0.238 0.002 0.033 0.023 0.033 0.086 0.009 0.001 0.042 0.388 117 L 0.110 0.326 0.002 0.020 0.012 0.020 0.046 0.008 0.001 0.041 0.411 118 R 0.104 0.357 0.005 0.025 0.023 0.023 0.051 0.011 0.002 0.064 0.336 119 E 0.110 0.387 0.005 0.013 0.011 0.020 0.058 0.010 0.002 0.088 0.294 120 E 0.100 0.290 0.006 0.011 0.017 0.015 0.049 0.012 0.003 0.094 0.403 121 E 0.090 0.334 0.005 0.010 0.014 0.015 0.042 0.012 0.004 0.053 0.421 122 R 0.038 0.435 0.003 0.008 0.009 0.010 0.036 0.005 0.002 0.039 0.417 123 H 0.023 0.248 0.003 0.010 0.013 0.014 0.083 0.008 0.002 0.215 0.380 124 R 0.026 0.699 0.007 0.006 0.006 0.006 0.032 0.008 0.004 0.094 0.113 125 W 0.040 0.877 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.004 0.002 0.016 0.046 126 E 0.035 0.810 0.005 0.003 0.003 0.003 0.009 0.005 0.002 0.033 0.092 127 N 0.024 0.759 0.013 0.003 0.003 0.006 0.019 0.008 0.008 0.060 0.098 128 A 0.035 0.835 0.007 0.002 0.002 0.003 0.013 0.006 0.005 0.029 0.064 129 L 0.009 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.021 130 L 0.007 0.927 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.002 0.017 0.030 131 G 0.006 0.936 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.019 0.020 132 L 0.028 0.717 0.042 0.007 0.006 0.004 0.013 0.007 0.010 0.117 0.048 133 L 0.090 0.137 0.291 0.020 0.013 0.018 0.034 0.024 0.093 0.193 0.087 134 A 0.576 0.052 0.031 0.011 0.006 0.014 0.052 0.015 0.024 0.045 0.175 135 K 0.137 0.009 0.006 0.020 0.010 0.013 0.042 0.007 0.003 0.023 0.730 136 A 0.026 0.005 0.002 0.026 0.014 0.018 0.138 0.002 0.001 0.017 0.751 137 G 0.036 0.002 0.001 0.023 0.016 0.094 0.098 0.004 0.001 0.031 0.694 138 L 0.007 0.002 0.001 0.025 0.042 0.019 0.137 0.001 0.001 0.018 0.750 139 Q 0.007 0.003 0.001 0.131 0.083 0.145 0.110 0.001 0.001 0.036 0.483 140 V 0.005 0.003 0.001 0.075 0.065 0.088 0.090 0.001 0.001 0.041 0.634 141 V 0.017 0.009 0.001 0.167 0.113 0.134 0.079 0.001 0.001 0.051 0.428