# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.084 0.036 0.005 0.031 0.026 0.047 0.235 0.002 0.001 0.018 0.516 2 R 0.177 0.066 0.012 0.039 0.030 0.055 0.179 0.002 0.001 0.011 0.431 3 R 0.056 0.070 0.004 0.047 0.049 0.065 0.153 0.002 0.001 0.003 0.550 4 A 0.100 0.094 0.007 0.036 0.065 0.099 0.077 0.004 0.001 0.003 0.514 5 V 0.152 0.160 0.011 0.071 0.057 0.119 0.054 0.009 0.001 0.004 0.364 6 S 0.193 0.111 0.026 0.058 0.044 0.099 0.066 0.016 0.001 0.005 0.382 7 K 0.089 0.046 0.015 0.026 0.052 0.038 0.086 0.007 0.001 0.003 0.639 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 9 A 0.011 0.005 0.002 0.022 0.021 0.088 0.157 0.001 0.001 0.001 0.692 10 D 0.159 0.027 0.002 0.012 0.013 0.021 0.159 0.001 0.001 0.012 0.594 11 A 0.319 0.173 0.008 0.020 0.011 0.016 0.075 0.002 0.001 0.004 0.371 12 L 0.176 0.325 0.021 0.062 0.035 0.052 0.083 0.005 0.001 0.005 0.236 13 R 0.093 0.305 0.005 0.045 0.049 0.063 0.055 0.007 0.001 0.003 0.375 14 V 0.070 0.412 0.009 0.072 0.046 0.069 0.035 0.008 0.001 0.003 0.276 15 G 0.060 0.271 0.008 0.052 0.071 0.101 0.094 0.009 0.001 0.003 0.330 16 F 0.063 0.248 0.028 0.029 0.044 0.065 0.123 0.007 0.001 0.004 0.390 17 Y 0.044 0.277 0.019 0.048 0.074 0.114 0.091 0.005 0.001 0.003 0.323 18 R 0.033 0.242 0.010 0.019 0.046 0.077 0.094 0.005 0.001 0.003 0.472 19 A 0.049 0.447 0.009 0.013 0.024 0.051 0.065 0.005 0.001 0.003 0.334 20 Q 0.069 0.393 0.007 0.009 0.017 0.045 0.088 0.005 0.001 0.003 0.364 21 E 0.085 0.524 0.010 0.005 0.009 0.016 0.065 0.006 0.001 0.002 0.279 22 T 0.059 0.641 0.008 0.003 0.007 0.011 0.052 0.005 0.001 0.001 0.212 23 A 0.048 0.729 0.008 0.003 0.008 0.013 0.032 0.005 0.001 0.001 0.153 24 L 0.026 0.819 0.006 0.003 0.011 0.015 0.021 0.005 0.001 0.001 0.093 25 A 0.025 0.845 0.005 0.004 0.018 0.020 0.014 0.007 0.001 0.001 0.061 26 L 0.029 0.856 0.006 0.005 0.013 0.019 0.007 0.009 0.001 0.001 0.055 27 L 0.042 0.782 0.012 0.012 0.031 0.042 0.008 0.020 0.001 0.001 0.051 28 R 0.067 0.573 0.020 0.022 0.046 0.075 0.018 0.032 0.001 0.001 0.146 29 L 0.097 0.430 0.029 0.047 0.058 0.090 0.026 0.036 0.001 0.003 0.185 30 D 0.107 0.212 0.024 0.040 0.036 0.062 0.102 0.025 0.001 0.008 0.384 31 G 0.132 0.051 0.038 0.034 0.019 0.035 0.169 0.009 0.001 0.017 0.496 32 A 0.208 0.055 0.051 0.033 0.010 0.017 0.249 0.004 0.001 0.016 0.358 33 Q 0.086 0.042 0.009 0.034 0.007 0.013 0.276 0.002 0.001 0.010 0.521 34 G 0.268 0.050 0.029 0.019 0.009 0.020 0.137 0.007 0.001 0.018 0.444 35 W 0.201 0.110 0.032 0.016 0.011 0.014 0.148 0.004 0.001 0.006 0.461 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.996 37 E 0.013 0.016 0.001 0.007 0.004 0.014 0.232 0.001 0.001 0.001 0.712 38 F 0.207 0.170 0.001 0.003 0.001 0.002 0.114 0.001 0.001 0.002 0.498 39 L 0.053 0.759 0.003 0.002 0.001 0.002 0.029 0.002 0.001 0.001 0.148 40 R 0.016 0.895 0.004 0.001 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.001 0.063 41 R 0.010 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.065 42 A 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.026 43 L 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.026 44 L 0.010 0.956 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.014 45 R 0.012 0.956 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.011 46 A 0.044 0.893 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.030 47 F 0.140 0.702 0.018 0.004 0.004 0.007 0.007 0.056 0.001 0.001 0.061 48 G 0.255 0.271 0.051 0.012 0.011 0.022 0.025 0.084 0.001 0.002 0.266 49 A 0.137 0.202 0.219 0.034 0.009 0.012 0.053 0.024 0.001 0.003 0.307 50 S 0.058 0.082 0.013 0.035 0.012 0.015 0.123 0.008 0.001 0.003 0.650 51 G 0.225 0.040 0.031 0.026 0.016 0.026 0.099 0.006 0.001 0.017 0.513 52 A 0.225 0.052 0.039 0.068 0.022 0.032 0.189 0.003 0.001 0.014 0.357 53 S 0.041 0.020 0.005 0.066 0.022 0.035 0.224 0.001 0.001 0.004 0.583 54 L 0.087 0.065 0.015 0.153 0.077 0.110 0.094 0.002 0.001 0.007 0.390 55 R 0.035 0.080 0.004 0.189 0.073 0.102 0.174 0.002 0.001 0.005 0.336 56 L 0.052 0.083 0.007 0.127 0.064 0.131 0.099 0.002 0.001 0.005 0.429 57 H 0.052 0.129 0.006 0.180 0.118 0.201 0.087 0.003 0.001 0.005 0.220 58 T 0.063 0.084 0.005 0.081 0.098 0.140 0.084 0.004 0.001 0.004 0.438 59 L 0.080 0.142 0.011 0.102 0.097 0.173 0.048 0.007 0.001 0.004 0.337 60 H 0.074 0.087 0.012 0.082 0.101 0.193 0.114 0.009 0.001 0.006 0.323 61 A 0.134 0.056 0.026 0.060 0.040 0.080 0.075 0.011 0.001 0.008 0.510 62 H 0.068 0.047 0.020 0.037 0.077 0.069 0.125 0.006 0.001 0.006 0.546 63 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 64 S 0.022 0.007 0.002 0.023 0.015 0.047 0.147 0.001 0.001 0.002 0.735 65 Q 0.213 0.036 0.004 0.013 0.008 0.012 0.173 0.001 0.001 0.018 0.522 66 G 0.257 0.080 0.004 0.014 0.010 0.017 0.150 0.002 0.001 0.008 0.458 67 L 0.261 0.175 0.034 0.028 0.018 0.023 0.151 0.002 0.001 0.006 0.300 68 A 0.027 0.331 0.003 0.024 0.017 0.027 0.142 0.002 0.001 0.002 0.426 69 F 0.033 0.470 0.003 0.019 0.022 0.045 0.098 0.003 0.001 0.002 0.306 70 R 0.038 0.698 0.004 0.012 0.010 0.030 0.036 0.004 0.001 0.001 0.168 71 E 0.018 0.746 0.003 0.003 0.004 0.007 0.038 0.002 0.001 0.001 0.177 72 A 0.027 0.835 0.002 0.001 0.002 0.003 0.030 0.003 0.001 0.001 0.097 73 L 0.030 0.905 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.004 0.001 0.001 0.046 74 R 0.015 0.930 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.037 75 K 0.027 0.899 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.051 76 A 0.044 0.885 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.037 77 K 0.034 0.825 0.013 0.001 0.002 0.003 0.009 0.032 0.001 0.001 0.080 78 E 0.038 0.816 0.022 0.001 0.002 0.003 0.007 0.022 0.001 0.001 0.090 79 E 0.101 0.628 0.024 0.003 0.004 0.005 0.026 0.025 0.001 0.003 0.181 80 G 0.442 0.189 0.024 0.005 0.008 0.009 0.041 0.033 0.001 0.003 0.246 81 V 0.123 0.183 0.431 0.032 0.021 0.019 0.032 0.009 0.001 0.004 0.148 82 Q 0.026 0.069 0.013 0.104 0.177 0.213 0.071 0.004 0.001 0.003 0.321 83 A 0.026 0.046 0.008 0.133 0.098 0.121 0.074 0.002 0.001 0.003 0.489 84 V 0.037 0.043 0.005 0.405 0.141 0.226 0.022 0.002 0.001 0.001 0.118 85 L 0.012 0.032 0.005 0.351 0.182 0.230 0.029 0.002 0.001 0.001 0.156 86 V 0.009 0.023 0.005 0.437 0.170 0.206 0.018 0.002 0.001 0.001 0.130 87 L 0.014 0.018 0.009 0.378 0.125 0.227 0.032 0.003 0.001 0.004 0.189 88 T 0.030 0.013 0.015 0.095 0.174 0.255 0.076 0.003 0.001 0.005 0.334 89 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.975 90 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.981 91 M 0.078 0.008 0.001 0.018 0.017 0.047 0.154 0.001 0.001 0.006 0.671 92 A 0.328 0.061 0.002 0.012 0.009 0.016 0.138 0.001 0.001 0.008 0.426 93 W 0.259 0.239 0.009 0.014 0.022 0.042 0.066 0.003 0.001 0.004 0.342 94 E 0.091 0.249 0.006 0.012 0.028 0.046 0.084 0.005 0.001 0.004 0.474 95 D 0.108 0.229 0.004 0.007 0.015 0.026 0.078 0.007 0.001 0.003 0.524 96 R 0.133 0.422 0.008 0.008 0.011 0.021 0.061 0.009 0.001 0.003 0.325 97 N 0.049 0.362 0.013 0.005 0.009 0.013 0.188 0.007 0.001 0.004 0.350 98 R 0.125 0.397 0.022 0.003 0.006 0.008 0.144 0.006 0.001 0.005 0.282 99 L 0.070 0.565 0.022 0.006 0.009 0.012 0.081 0.004 0.001 0.003 0.228 100 K 0.027 0.659 0.006 0.007 0.015 0.020 0.078 0.004 0.001 0.001 0.183 101 A 0.027 0.735 0.005 0.007 0.009 0.014 0.034 0.004 0.001 0.001 0.165 102 L 0.032 0.825 0.004 0.014 0.012 0.019 0.017 0.006 0.001 0.001 0.070 103 L 0.018 0.840 0.005 0.009 0.013 0.021 0.015 0.009 0.001 0.001 0.071 104 L 0.029 0.742 0.016 0.019 0.031 0.047 0.011 0.018 0.001 0.001 0.087 105 R 0.045 0.697 0.013 0.017 0.018 0.030 0.011 0.032 0.001 0.001 0.136 106 E 0.224 0.419 0.026 0.014 0.016 0.030 0.023 0.035 0.001 0.003 0.210 107 G 0.345 0.072 0.054 0.023 0.011 0.025 0.048 0.055 0.001 0.006 0.361 108 L 0.246 0.054 0.328 0.013 0.019 0.012 0.051 0.012 0.001 0.005 0.260 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.995 110 S 0.011 0.002 0.001 0.029 0.023 0.071 0.069 0.001 0.001 0.001 0.792 111 Q 0.291 0.018 0.002 0.045 0.028 0.044 0.083 0.001 0.001 0.010 0.479 112 I 0.303 0.054 0.005 0.051 0.023 0.046 0.065 0.001 0.001 0.003 0.448 113 L 0.169 0.089 0.017 0.166 0.078 0.144 0.079 0.005 0.001 0.005 0.248 114 N 0.124 0.056 0.006 0.084 0.055 0.093 0.062 0.007 0.001 0.007 0.506 115 V 0.127 0.041 0.017 0.086 0.089 0.099 0.044 0.004 0.001 0.003 0.489 116 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.970 117 L 0.017 0.007 0.004 0.026 0.038 0.079 0.112 0.001 0.001 0.002 0.715 118 R 0.042 0.035 0.002 0.037 0.028 0.050 0.217 0.001 0.001 0.007 0.580 119 E 0.055 0.095 0.004 0.014 0.018 0.032 0.124 0.001 0.001 0.004 0.653 120 E 0.060 0.161 0.004 0.014 0.010 0.027 0.140 0.001 0.001 0.006 0.576 121 E 0.158 0.225 0.003 0.008 0.009 0.017 0.209 0.003 0.001 0.007 0.360 122 R 0.148 0.555 0.006 0.004 0.005 0.008 0.066 0.006 0.001 0.003 0.199 123 H 0.074 0.705 0.011 0.003 0.006 0.009 0.043 0.009 0.001 0.002 0.140 124 R 0.047 0.608 0.009 0.002 0.004 0.006 0.044 0.009 0.001 0.001 0.271 125 W 0.033 0.631 0.008 0.002 0.004 0.008 0.030 0.006 0.001 0.001 0.278 126 E 0.038 0.646 0.006 0.003 0.006 0.013 0.062 0.006 0.001 0.001 0.219 127 N 0.067 0.701 0.008 0.002 0.003 0.005 0.041 0.009 0.001 0.001 0.163 128 A 0.048 0.873 0.016 0.001 0.001 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.041 129 L 0.021 0.911 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.045 130 L 0.025 0.890 0.005 0.003 0.002 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.053 131 G 0.038 0.800 0.004 0.004 0.004 0.006 0.018 0.011 0.001 0.001 0.115 132 L 0.026 0.843 0.017 0.003 0.002 0.003 0.022 0.008 0.001 0.001 0.076 133 L 0.017 0.855 0.009 0.005 0.004 0.007 0.014 0.011 0.001 0.001 0.077 134 A 0.022 0.845 0.014 0.005 0.009 0.015 0.010 0.018 0.001 0.001 0.061 135 K 0.041 0.863 0.007 0.005 0.004 0.006 0.004 0.020 0.001 0.001 0.050 136 A 0.112 0.724 0.020 0.010 0.007 0.008 0.012 0.030 0.001 0.001 0.075 137 G 0.351 0.202 0.018 0.018 0.017 0.024 0.027 0.056 0.001 0.003 0.284 138 L 0.108 0.109 0.493 0.066 0.024 0.025 0.034 0.012 0.001 0.005 0.124 139 Q 0.029 0.040 0.010 0.123 0.136 0.127 0.089 0.006 0.001 0.003 0.438 140 V 0.019 0.015 0.009 0.060 0.061 0.081 0.043 0.002 0.001 0.002 0.708 141 V 0.028 0.037 0.005 0.283 0.115 0.258 0.038 0.002 0.001 0.003 0.231