# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.376 0.160 0.124 0.109 0.080 0.062 0.045 0.018 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 2 R 0.284 0.148 0.148 0.131 0.107 0.076 0.048 0.026 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 3 R 0.270 0.140 0.132 0.133 0.122 0.080 0.051 0.033 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 4 A 0.153 0.096 0.094 0.135 0.156 0.120 0.095 0.069 0.039 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 5 V 0.110 0.074 0.082 0.122 0.158 0.137 0.111 0.090 0.052 0.031 0.017 0.010 0.004 0.002 6 S 0.315 0.168 0.133 0.111 0.090 0.067 0.047 0.027 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 7 K 0.284 0.157 0.147 0.130 0.101 0.074 0.044 0.030 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 8 P 0.164 0.113 0.108 0.149 0.153 0.122 0.083 0.048 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 9 A 0.153 0.107 0.111 0.148 0.150 0.124 0.088 0.053 0.034 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 10 D 0.306 0.173 0.142 0.112 0.090 0.076 0.040 0.025 0.020 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 11 A 0.130 0.097 0.095 0.128 0.147 0.133 0.093 0.067 0.050 0.030 0.015 0.009 0.004 0.002 12 L 0.062 0.040 0.053 0.080 0.125 0.141 0.152 0.132 0.082 0.055 0.044 0.021 0.009 0.004 13 R 0.132 0.096 0.109 0.133 0.148 0.117 0.085 0.070 0.049 0.029 0.017 0.008 0.003 0.003 14 V 0.108 0.049 0.051 0.069 0.090 0.105 0.105 0.107 0.101 0.086 0.059 0.042 0.021 0.006 15 G 0.115 0.083 0.093 0.118 0.147 0.131 0.118 0.082 0.050 0.032 0.020 0.008 0.003 0.002 16 F 0.078 0.049 0.067 0.086 0.121 0.126 0.126 0.114 0.090 0.063 0.046 0.020 0.010 0.005 17 Y 0.168 0.101 0.086 0.119 0.145 0.116 0.094 0.072 0.043 0.027 0.016 0.007 0.003 0.002 18 R 0.211 0.143 0.155 0.141 0.122 0.086 0.057 0.037 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 19 A 0.122 0.083 0.086 0.127 0.166 0.139 0.112 0.079 0.045 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 20 Q 0.244 0.160 0.151 0.143 0.111 0.085 0.052 0.024 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 21 E 0.355 0.182 0.133 0.110 0.082 0.063 0.036 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 22 T 0.142 0.124 0.118 0.148 0.154 0.132 0.083 0.049 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 23 A 0.082 0.060 0.073 0.111 0.156 0.157 0.131 0.104 0.059 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 24 L 0.088 0.066 0.072 0.103 0.133 0.133 0.127 0.106 0.073 0.044 0.029 0.015 0.008 0.003 25 A 0.099 0.070 0.088 0.110 0.136 0.128 0.105 0.093 0.068 0.044 0.031 0.017 0.006 0.004 26 L 0.043 0.038 0.050 0.079 0.122 0.127 0.144 0.135 0.098 0.065 0.052 0.026 0.015 0.008 27 L 0.064 0.043 0.053 0.077 0.112 0.130 0.131 0.124 0.098 0.070 0.053 0.027 0.015 0.006 28 R 0.117 0.127 0.132 0.154 0.145 0.122 0.085 0.055 0.034 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 29 L 0.080 0.058 0.069 0.114 0.166 0.147 0.125 0.103 0.064 0.034 0.022 0.010 0.005 0.002 30 D 0.240 0.172 0.173 0.147 0.104 0.074 0.041 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 31 G 0.338 0.167 0.127 0.123 0.092 0.073 0.041 0.018 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 32 A 0.275 0.143 0.129 0.119 0.127 0.084 0.064 0.028 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.484 0.166 0.138 0.082 0.054 0.034 0.021 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.359 0.168 0.121 0.121 0.097 0.061 0.038 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 35 W 0.133 0.093 0.097 0.152 0.178 0.138 0.098 0.055 0.034 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 36 P 0.250 0.147 0.155 0.145 0.120 0.082 0.048 0.023 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 37 E 0.531 0.204 0.109 0.063 0.036 0.030 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 F 0.105 0.096 0.104 0.158 0.180 0.148 0.092 0.061 0.030 0.014 0.005 0.004 0.002 0.001 39 L 0.053 0.045 0.056 0.117 0.168 0.173 0.157 0.119 0.065 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 40 R 0.200 0.158 0.168 0.160 0.116 0.096 0.047 0.024 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 41 R 0.314 0.179 0.155 0.119 0.090 0.067 0.034 0.017 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 42 A 0.084 0.075 0.100 0.134 0.171 0.157 0.116 0.078 0.041 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 43 L 0.051 0.043 0.055 0.095 0.139 0.157 0.160 0.148 0.071 0.036 0.025 0.010 0.006 0.003 44 L 0.135 0.094 0.080 0.123 0.139 0.126 0.104 0.082 0.054 0.029 0.017 0.011 0.005 0.002 45 R 0.250 0.156 0.154 0.132 0.102 0.086 0.047 0.031 0.021 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 46 A 0.105 0.070 0.097 0.130 0.166 0.145 0.110 0.075 0.046 0.026 0.016 0.008 0.004 0.002 47 F 0.110 0.074 0.087 0.121 0.174 0.147 0.116 0.084 0.042 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 48 G 0.308 0.156 0.123 0.121 0.106 0.074 0.048 0.027 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 49 A 0.208 0.107 0.105 0.121 0.137 0.111 0.083 0.061 0.033 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 50 S 0.256 0.125 0.132 0.120 0.120 0.090 0.065 0.037 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 51 G 0.239 0.125 0.120 0.124 0.119 0.096 0.070 0.046 0.030 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 52 A 0.174 0.094 0.085 0.116 0.134 0.118 0.100 0.077 0.042 0.030 0.018 0.008 0.003 0.002 53 S 0.159 0.109 0.107 0.130 0.139 0.115 0.084 0.061 0.044 0.028 0.013 0.007 0.003 0.002 54 L 0.090 0.048 0.056 0.075 0.102 0.120 0.117 0.118 0.093 0.073 0.057 0.030 0.015 0.005 55 R 0.112 0.094 0.101 0.133 0.148 0.123 0.096 0.078 0.049 0.032 0.020 0.009 0.003 0.003 56 L 0.052 0.031 0.041 0.058 0.087 0.105 0.113 0.120 0.128 0.100 0.079 0.049 0.026 0.010 57 H 0.098 0.075 0.085 0.106 0.129 0.122 0.113 0.097 0.069 0.047 0.035 0.014 0.006 0.004 58 T 0.127 0.094 0.108 0.122 0.134 0.114 0.091 0.071 0.055 0.039 0.026 0.012 0.005 0.004 59 L 0.067 0.050 0.052 0.083 0.124 0.137 0.126 0.123 0.095 0.067 0.039 0.022 0.012 0.004 60 H 0.141 0.108 0.126 0.142 0.142 0.112 0.085 0.061 0.040 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 61 A 0.197 0.117 0.106 0.117 0.129 0.106 0.085 0.058 0.039 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 62 H 0.202 0.138 0.134 0.137 0.134 0.095 0.065 0.043 0.026 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 63 P 0.265 0.152 0.128 0.141 0.112 0.084 0.051 0.031 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 64 S 0.349 0.160 0.121 0.108 0.089 0.067 0.051 0.025 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.224 0.127 0.127 0.132 0.127 0.106 0.071 0.039 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 66 G 0.214 0.133 0.129 0.136 0.137 0.101 0.066 0.035 0.025 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 67 L 0.221 0.107 0.093 0.120 0.130 0.104 0.082 0.065 0.034 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 68 A 0.149 0.109 0.118 0.145 0.155 0.112 0.081 0.062 0.035 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 69 F 0.043 0.033 0.046 0.089 0.147 0.150 0.171 0.135 0.097 0.046 0.025 0.010 0.005 0.002 70 R 0.141 0.148 0.153 0.167 0.153 0.100 0.062 0.033 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 71 E 0.464 0.224 0.132 0.071 0.043 0.036 0.014 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.049 0.071 0.083 0.179 0.211 0.184 0.106 0.068 0.030 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 73 L 0.041 0.054 0.065 0.145 0.216 0.179 0.144 0.083 0.051 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 74 R 0.434 0.218 0.185 0.076 0.040 0.028 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.436 0.234 0.160 0.078 0.043 0.033 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.121 0.114 0.117 0.207 0.218 0.123 0.065 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.404 0.210 0.165 0.097 0.060 0.037 0.018 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.713 0.150 0.063 0.030 0.019 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.427 0.179 0.154 0.093 0.064 0.042 0.028 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 G 0.220 0.170 0.151 0.147 0.131 0.095 0.048 0.016 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 81 V 0.071 0.067 0.067 0.145 0.177 0.177 0.126 0.088 0.040 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 82 Q 0.113 0.087 0.119 0.135 0.154 0.126 0.094 0.065 0.054 0.024 0.018 0.007 0.002 0.001 83 A 0.039 0.026 0.039 0.070 0.109 0.119 0.135 0.136 0.114 0.090 0.050 0.044 0.021 0.006 84 V 0.022 0.016 0.022 0.038 0.069 0.098 0.134 0.142 0.129 0.107 0.103 0.070 0.035 0.015 85 L 0.028 0.016 0.023 0.032 0.056 0.076 0.107 0.126 0.135 0.138 0.110 0.088 0.046 0.020 86 V 0.031 0.024 0.025 0.040 0.065 0.087 0.118 0.141 0.130 0.115 0.105 0.067 0.034 0.019 87 L 0.033 0.024 0.029 0.045 0.076 0.100 0.123 0.129 0.129 0.118 0.093 0.057 0.031 0.015 88 T 0.056 0.057 0.071 0.107 0.134 0.133 0.131 0.116 0.078 0.056 0.034 0.014 0.006 0.005 89 P 0.074 0.062 0.078 0.113 0.153 0.139 0.119 0.101 0.069 0.047 0.026 0.012 0.005 0.003 90 P 0.123 0.099 0.107 0.132 0.161 0.123 0.098 0.066 0.046 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 91 M 0.167 0.100 0.106 0.128 0.146 0.114 0.090 0.067 0.040 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 92 A 0.195 0.126 0.120 0.133 0.156 0.097 0.077 0.045 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 93 W 0.205 0.124 0.124 0.139 0.140 0.099 0.070 0.047 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 94 E 0.464 0.183 0.114 0.093 0.067 0.036 0.024 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 95 D 0.481 0.189 0.120 0.075 0.052 0.045 0.021 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.298 0.164 0.143 0.138 0.111 0.073 0.045 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 97 N 0.556 0.173 0.100 0.067 0.043 0.030 0.020 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 R 0.292 0.211 0.163 0.119 0.083 0.076 0.029 0.011 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.067 0.055 0.066 0.130 0.186 0.178 0.132 0.093 0.047 0.023 0.013 0.008 0.003 0.001 100 K 0.132 0.124 0.165 0.161 0.144 0.116 0.069 0.038 0.031 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 101 A 0.125 0.071 0.089 0.127 0.150 0.127 0.104 0.080 0.056 0.032 0.021 0.011 0.005 0.002 102 L 0.075 0.052 0.058 0.100 0.147 0.146 0.139 0.116 0.067 0.043 0.029 0.017 0.008 0.003 103 L 0.082 0.054 0.071 0.100 0.138 0.135 0.125 0.116 0.071 0.047 0.031 0.017 0.009 0.004 104 L 0.084 0.064 0.057 0.101 0.155 0.139 0.134 0.108 0.073 0.040 0.025 0.011 0.005 0.003 105 R 0.171 0.134 0.149 0.144 0.137 0.104 0.068 0.041 0.028 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 106 E 0.330 0.144 0.134 0.117 0.097 0.080 0.047 0.023 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 107 G 0.315 0.167 0.144 0.124 0.099 0.071 0.042 0.018 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 108 L 0.185 0.107 0.102 0.143 0.155 0.128 0.082 0.053 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 109 P 0.263 0.150 0.143 0.137 0.114 0.079 0.052 0.027 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 110 S 0.334 0.157 0.136 0.114 0.089 0.070 0.045 0.024 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 111 Q 0.181 0.120 0.128 0.142 0.149 0.111 0.071 0.045 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 112 I 0.097 0.061 0.072 0.105 0.138 0.133 0.118 0.113 0.070 0.044 0.026 0.013 0.008 0.003 113 L 0.094 0.061 0.067 0.112 0.151 0.140 0.124 0.107 0.064 0.040 0.023 0.012 0.004 0.002 114 N 0.188 0.146 0.139 0.136 0.123 0.095 0.066 0.041 0.034 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 115 V 0.157 0.088 0.096 0.128 0.155 0.127 0.092 0.067 0.041 0.023 0.015 0.006 0.003 0.001 116 P 0.223 0.146 0.162 0.152 0.126 0.082 0.054 0.023 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 117 L 0.180 0.097 0.092 0.155 0.189 0.113 0.086 0.045 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 118 R 0.491 0.187 0.147 0.071 0.053 0.023 0.015 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 E 0.654 0.169 0.073 0.040 0.027 0.018 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.690 0.143 0.056 0.043 0.030 0.015 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.675 0.151 0.063 0.037 0.030 0.023 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.574 0.149 0.114 0.060 0.048 0.029 0.019 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 123 H 0.555 0.144 0.103 0.075 0.060 0.032 0.019 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 R 0.500 0.177 0.144 0.070 0.047 0.032 0.017 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 W 0.109 0.078 0.097 0.165 0.192 0.167 0.088 0.052 0.031 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 126 E 0.247 0.141 0.174 0.142 0.113 0.081 0.050 0.019 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 127 N 0.355 0.164 0.157 0.113 0.079 0.062 0.031 0.015 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 128 A 0.132 0.098 0.101 0.143 0.165 0.138 0.094 0.061 0.032 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 129 L 0.065 0.041 0.056 0.096 0.142 0.149 0.149 0.142 0.070 0.042 0.026 0.012 0.007 0.003 130 L 0.095 0.057 0.057 0.105 0.135 0.139 0.125 0.110 0.073 0.048 0.025 0.020 0.008 0.003 131 G 0.240 0.133 0.129 0.123 0.107 0.092 0.063 0.046 0.031 0.016 0.012 0.005 0.002 0.001 132 L 0.106 0.061 0.078 0.101 0.156 0.135 0.127 0.092 0.056 0.037 0.029 0.013 0.006 0.003 133 L 0.089 0.065 0.079 0.109 0.144 0.147 0.122 0.106 0.063 0.036 0.024 0.009 0.006 0.003 134 A 0.163 0.091 0.089 0.128 0.156 0.121 0.096 0.068 0.040 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 135 K 0.234 0.140 0.128 0.128 0.118 0.089 0.063 0.041 0.030 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 136 A 0.170 0.084 0.103 0.115 0.138 0.126 0.095 0.069 0.041 0.028 0.018 0.008 0.004 0.001 137 G 0.198 0.129 0.119 0.144 0.135 0.107 0.070 0.044 0.027 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 138 L 0.156 0.068 0.067 0.091 0.115 0.124 0.111 0.095 0.066 0.046 0.030 0.019 0.010 0.003 139 Q 0.207 0.117 0.120 0.121 0.128 0.100 0.077 0.055 0.036 0.019 0.011 0.005 0.001 0.001 140 V 0.116 0.052 0.070 0.082 0.114 0.113 0.119 0.105 0.080 0.059 0.048 0.024 0.012 0.005 141 V 0.132 0.077 0.079 0.103 0.134 0.124 0.107 0.086 0.063 0.041 0.029 0.014 0.006 0.003