# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.063 0.083 0.107 0.188 0.008 0.057 0.133 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.031 0.008 0.068 0.070 0.053 0.052 0.002 2 Q 0.039 0.048 0.132 0.180 0.187 0.008 0.059 0.111 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.025 0.007 0.074 0.018 0.037 0.059 0.002 3 K 0.042 0.078 0.061 0.136 0.283 0.005 0.099 0.069 0.002 0.003 0.003 0.002 0.007 0.002 0.021 0.013 0.050 0.037 0.041 0.043 0.004 4 R 0.093 0.097 0.130 0.173 0.188 0.003 0.059 0.056 0.002 0.003 0.003 0.002 0.006 0.003 0.039 0.010 0.030 0.029 0.029 0.040 0.005 5 E 0.078 0.132 0.127 0.339 0.192 0.001 0.027 0.010 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.017 0.010 0.018 0.008 0.009 0.015 0.004 6 L 0.154 0.312 0.052 0.096 0.254 0.001 0.044 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.003 0.014 0.012 0.005 0.011 0.005 0.005 0.010 7 Y 0.189 0.229 0.194 0.136 0.132 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.006 0.006 0.018 0.005 0.024 0.006 0.001 0.008 0.004 0.005 0.024 8 E 0.089 0.170 0.050 0.055 0.571 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.002 0.006 0.010 0.001 0.003 0.003 0.003 0.015 9 I 0.165 0.227 0.069 0.152 0.247 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.022 0.006 0.057 0.006 0.002 0.007 0.008 0.004 0.010 10 A 0.092 0.044 0.198 0.394 0.157 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.002 0.060 0.004 0.007 0.002 0.006 0.017 0.001 11 D 0.024 0.048 0.090 0.288 0.145 0.001 0.206 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.038 0.024 0.013 0.084 0.001 12 G 0.026 0.047 0.026 0.012 0.157 0.001 0.446 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.008 0.006 0.042 0.191 0.006 0.021 0.001 13 K 0.051 0.039 0.634 0.099 0.081 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.004 0.004 0.020 0.010 0.030 0.001 14 L 0.021 0.040 0.008 0.007 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 15 V 0.110 0.098 0.135 0.302 0.068 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.005 0.005 0.022 0.004 0.211 0.002 0.003 0.002 0.005 0.004 0.005 16 R 0.110 0.116 0.054 0.293 0.259 0.003 0.012 0.023 0.002 0.001 0.012 0.009 0.032 0.007 0.019 0.012 0.012 0.005 0.007 0.011 0.003 17 K 0.174 0.185 0.048 0.103 0.238 0.002 0.053 0.020 0.002 0.003 0.006 0.005 0.014 0.007 0.044 0.010 0.029 0.027 0.016 0.011 0.003 18 H 0.090 0.067 0.129 0.130 0.118 0.006 0.066 0.030 0.002 0.003 0.005 0.004 0.010 0.006 0.069 0.015 0.044 0.073 0.053 0.080 0.002 19 R 0.027 0.024 0.071 0.076 0.239 0.007 0.073 0.016 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.035 0.029 0.140 0.087 0.063 0.098 0.001 20 F 0.010 0.018 0.052 0.034 0.156 0.009 0.169 0.011 0.003 0.001 0.004 0.003 0.008 0.005 0.064 0.026 0.149 0.092 0.079 0.105 0.002 21 C 0.005 0.003 0.060 0.068 0.043 0.002 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.022 0.059 0.046 0.288 0.348 0.001 22 P 0.003 0.002 0.017 0.025 0.173 0.004 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.029 0.321 0.053 0.098 0.218 0.001 23 R 0.003 0.003 0.032 0.046 0.038 0.011 0.257 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.048 0.016 0.158 0.083 0.144 0.136 0.001 24 C 0.003 0.003 0.024 0.027 0.051 0.004 0.099 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.029 0.037 0.149 0.117 0.181 0.258 0.001 25 G 0.006 0.005 0.052 0.034 0.051 0.002 0.037 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.040 0.070 0.105 0.060 0.166 0.351 0.002 26 P 0.009 0.016 0.044 0.031 0.108 0.003 0.062 0.016 0.001 0.001 0.005 0.007 0.014 0.018 0.077 0.079 0.364 0.031 0.039 0.070 0.005 27 G 0.042 0.090 0.080 0.040 0.073 0.007 0.126 0.061 0.003 0.001 0.026 0.023 0.062 0.072 0.102 0.062 0.044 0.020 0.028 0.021 0.019 28 V 0.106 0.114 0.050 0.036 0.097 0.004 0.019 0.059 0.005 0.001 0.036 0.041 0.077 0.167 0.077 0.037 0.016 0.010 0.019 0.010 0.019 29 F 0.145 0.155 0.026 0.038 0.092 0.003 0.008 0.049 0.006 0.001 0.028 0.034 0.083 0.210 0.044 0.036 0.008 0.005 0.009 0.005 0.016 30 L 0.151 0.167 0.035 0.061 0.096 0.004 0.013 0.039 0.008 0.002 0.026 0.028 0.072 0.103 0.105 0.036 0.014 0.006 0.012 0.007 0.014 31 A 0.120 0.185 0.055 0.097 0.078 0.006 0.043 0.037 0.010 0.003 0.025 0.021 0.054 0.055 0.086 0.034 0.037 0.010 0.016 0.019 0.011 32 E 0.080 0.098 0.055 0.068 0.164 0.008 0.101 0.036 0.006 0.004 0.013 0.013 0.025 0.027 0.062 0.052 0.074 0.038 0.030 0.038 0.008 33 H 0.051 0.060 0.057 0.108 0.102 0.006 0.057 0.031 0.004 0.003 0.004 0.005 0.008 0.014 0.061 0.047 0.067 0.065 0.111 0.133 0.006 34 A 0.041 0.036 0.044 0.054 0.189 0.006 0.034 0.039 0.002 0.003 0.003 0.003 0.006 0.009 0.056 0.049 0.196 0.054 0.073 0.099 0.003 35 D 0.040 0.043 0.067 0.089 0.088 0.015 0.131 0.061 0.002 0.003 0.004 0.004 0.009 0.011 0.089 0.024 0.113 0.048 0.076 0.077 0.005 36 R 0.039 0.049 0.059 0.059 0.147 0.014 0.133 0.052 0.004 0.003 0.011 0.007 0.018 0.017 0.043 0.043 0.125 0.066 0.068 0.039 0.006 37 Y 0.036 0.045 0.102 0.082 0.104 0.007 0.097 0.045 0.007 0.002 0.009 0.010 0.025 0.027 0.081 0.035 0.093 0.046 0.071 0.062 0.013 38 S 0.039 0.037 0.091 0.076 0.165 0.005 0.052 0.015 0.015 0.002 0.013 0.012 0.026 0.037 0.052 0.052 0.082 0.047 0.074 0.101 0.006 39 C 0.028 0.032 0.050 0.066 0.167 0.003 0.068 0.012 0.004 0.001 0.006 0.009 0.018 0.024 0.075 0.055 0.133 0.039 0.074 0.129 0.007 40 G 0.024 0.032 0.068 0.049 0.119 0.005 0.083 0.015 0.003 0.001 0.009 0.009 0.017 0.017 0.095 0.044 0.098 0.106 0.076 0.127 0.004 41 R 0.020 0.022 0.079 0.069 0.137 0.004 0.058 0.015 0.002 0.001 0.006 0.006 0.011 0.011 0.060 0.056 0.123 0.054 0.125 0.140 0.003 42 C 0.016 0.021 0.066 0.048 0.144 0.005 0.075 0.024 0.002 0.001 0.005 0.006 0.012 0.011 0.077 0.037 0.124 0.061 0.083 0.178 0.003 43 G 0.021 0.024 0.092 0.072 0.125 0.005 0.079 0.037 0.002 0.001 0.005 0.005 0.011 0.007 0.056 0.029 0.104 0.063 0.097 0.163 0.003 44 Y 0.019 0.032 0.068 0.075 0.179 0.004 0.061 0.071 0.002 0.001 0.005 0.006 0.015 0.006 0.047 0.032 0.177 0.038 0.058 0.102 0.003 45 T 0.025 0.032 0.086 0.069 0.090 0.007 0.092 0.206 0.002 0.001 0.005 0.004 0.010 0.005 0.054 0.015 0.120 0.038 0.053 0.084 0.002 46 E 0.023 0.027 0.050 0.068 0.117 0.008 0.092 0.294 0.003 0.001 0.004 0.005 0.012 0.006 0.027 0.014 0.133 0.035 0.034 0.046 0.001 47 F 0.029 0.034 0.040 0.050 0.099 0.008 0.070 0.422 0.003 0.001 0.003 0.002 0.008 0.004 0.021 0.011 0.084 0.036 0.036 0.038 0.001 48 K 0.016 0.017 0.033 0.036 0.050 0.009 0.045 0.553 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.021 0.004 0.139 0.020 0.019 0.026 0.001 49 K 0.018 0.017 0.024 0.047 0.072 0.013 0.091 0.458 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.005 0.150 0.025 0.026 0.025 0.001 50 A 0.013 0.012 0.019 0.026 0.042 0.017 0.148 0.392 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.144 0.050 0.055 0.052 0.001 51 K 0.006 0.005 0.018 0.024 0.041 0.017 0.130 0.320 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.226 0.082 0.055 0.055 0.001 52 K 0.004 0.004 0.027 0.025 0.052 0.021 0.175 0.150 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.257 0.084 0.083 0.086 0.001 53 S 0.002 0.002 0.027 0.026 0.034 0.009 0.158 0.070 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.211 0.073 0.159 0.199 0.001 54 K 0.001 0.001 0.028 0.022 0.051 0.005 0.099 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.292 0.115 0.111 0.197 0.001 55 S 0.002 0.002 0.046 0.031 0.045 0.005 0.111 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.018 0.176 0.087 0.165 0.251 0.001