# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.022 0.445 0.012 0.039 0.044 0.002 0.001 0.017 0.115 0.063 0.120 0.109 2 Q 0.015 0.013 0.491 0.013 0.030 0.024 0.003 0.001 0.014 0.115 0.070 0.075 0.135 3 K 0.028 0.014 0.261 0.019 0.054 0.027 0.004 0.001 0.018 0.120 0.091 0.121 0.242 4 R 0.056 0.012 0.298 0.055 0.030 0.009 0.008 0.002 0.027 0.088 0.039 0.111 0.267 5 E 0.143 0.006 0.187 0.056 0.010 0.005 0.020 0.001 0.023 0.041 0.019 0.369 0.120 6 L 0.274 0.003 0.031 0.010 0.008 0.002 0.026 0.005 0.019 0.008 0.005 0.065 0.544 7 Y 0.452 0.004 0.011 0.024 0.001 0.001 0.031 0.006 0.008 0.003 0.001 0.398 0.061 8 E 0.465 0.007 0.011 0.007 0.002 0.001 0.022 0.006 0.012 0.003 0.002 0.134 0.329 9 I 0.258 0.014 0.075 0.010 0.006 0.004 0.021 0.006 0.020 0.011 0.016 0.121 0.439 10 A 0.065 0.007 0.126 0.105 0.011 0.005 0.008 0.001 0.013 0.102 0.174 0.241 0.143 11 D 0.002 0.001 0.013 0.042 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.095 0.810 0.014 0.014 12 G 0.004 0.003 0.072 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.129 0.751 0.013 0.010 13 K 0.047 0.036 0.357 0.005 0.006 0.003 0.005 0.001 0.008 0.102 0.013 0.279 0.138 14 L 0.097 0.036 0.070 0.003 0.005 0.005 0.012 0.001 0.018 0.015 0.004 0.064 0.671 15 V 0.178 0.019 0.038 0.100 0.004 0.007 0.020 0.004 0.011 0.008 0.002 0.484 0.125 16 R 0.121 0.004 0.054 0.024 0.014 0.024 0.016 0.002 0.012 0.006 0.004 0.180 0.539 17 K 0.108 0.006 0.111 0.032 0.052 0.082 0.011 0.003 0.026 0.015 0.034 0.110 0.411 18 H 0.085 0.010 0.123 0.062 0.090 0.102 0.005 0.001 0.018 0.060 0.075 0.234 0.136 19 R 0.033 0.015 0.233 0.005 0.101 0.082 0.005 0.001 0.026 0.103 0.166 0.073 0.158 20 F 0.014 0.060 0.396 0.006 0.031 0.029 0.004 0.002 0.017 0.173 0.141 0.041 0.087 21 C 0.002 0.016 0.664 0.003 0.008 0.012 0.001 0.001 0.006 0.196 0.037 0.038 0.018 22 P 0.002 0.012 0.373 0.004 0.054 0.046 0.001 0.001 0.004 0.177 0.290 0.006 0.030 23 R 0.001 0.013 0.251 0.003 0.064 0.044 0.001 0.001 0.004 0.165 0.434 0.013 0.007 24 C 0.003 0.020 0.325 0.003 0.083 0.046 0.001 0.001 0.005 0.285 0.186 0.009 0.032 25 G 0.003 0.022 0.418 0.006 0.040 0.057 0.001 0.001 0.008 0.282 0.119 0.028 0.015 26 P 0.004 0.015 0.257 0.009 0.073 0.143 0.002 0.004 0.020 0.206 0.215 0.015 0.037 27 G 0.014 0.013 0.203 0.024 0.054 0.215 0.006 0.007 0.025 0.170 0.185 0.055 0.028 28 V 0.070 0.017 0.120 0.015 0.097 0.340 0.017 0.014 0.035 0.054 0.058 0.046 0.118 29 F 0.166 0.031 0.080 0.027 0.074 0.239 0.036 0.021 0.045 0.023 0.073 0.115 0.071 30 L 0.133 0.016 0.093 0.021 0.073 0.243 0.022 0.017 0.048 0.027 0.110 0.036 0.161 31 A 0.067 0.012 0.174 0.025 0.058 0.242 0.008 0.009 0.023 0.077 0.101 0.155 0.051 32 E 0.033 0.016 0.236 0.009 0.067 0.191 0.004 0.002 0.015 0.104 0.195 0.024 0.105 33 H 0.011 0.011 0.358 0.010 0.044 0.148 0.001 0.001 0.007 0.171 0.149 0.049 0.038 34 A 0.006 0.013 0.271 0.007 0.096 0.218 0.001 0.001 0.006 0.137 0.188 0.018 0.040 35 D 0.005 0.017 0.266 0.008 0.132 0.187 0.001 0.001 0.009 0.145 0.182 0.016 0.030 36 R 0.005 0.020 0.203 0.007 0.128 0.248 0.002 0.003 0.017 0.136 0.159 0.036 0.036 37 Y 0.013 0.029 0.280 0.010 0.095 0.176 0.004 0.004 0.029 0.097 0.125 0.026 0.112 38 S 0.022 0.035 0.288 0.020 0.075 0.121 0.006 0.004 0.024 0.121 0.120 0.113 0.051 39 C 0.015 0.017 0.225 0.009 0.078 0.127 0.004 0.005 0.027 0.129 0.246 0.020 0.099 40 G 0.017 0.021 0.204 0.024 0.042 0.084 0.004 0.004 0.015 0.195 0.308 0.047 0.035 41 R 0.016 0.023 0.347 0.013 0.042 0.065 0.003 0.002 0.016 0.182 0.176 0.051 0.062 42 C 0.019 0.019 0.304 0.013 0.035 0.039 0.004 0.001 0.013 0.178 0.257 0.029 0.088 43 G 0.019 0.017 0.354 0.037 0.020 0.042 0.005 0.001 0.015 0.151 0.255 0.054 0.031 44 Y 0.046 0.019 0.269 0.013 0.049 0.109 0.005 0.002 0.018 0.114 0.059 0.051 0.245 45 T 0.100 0.025 0.170 0.032 0.037 0.118 0.011 0.003 0.019 0.068 0.029 0.223 0.164 46 E 0.130 0.014 0.096 0.019 0.035 0.195 0.011 0.003 0.017 0.031 0.030 0.138 0.280 47 F 0.119 0.009 0.110 0.015 0.030 0.267 0.011 0.003 0.017 0.023 0.025 0.127 0.244 48 K 0.064 0.010 0.117 0.018 0.036 0.409 0.006 0.002 0.017 0.026 0.030 0.137 0.128 49 K 0.035 0.007 0.088 0.008 0.058 0.478 0.003 0.001 0.012 0.024 0.045 0.055 0.187 50 A 0.014 0.007 0.104 0.007 0.094 0.522 0.002 0.001 0.009 0.030 0.080 0.060 0.070 51 K 0.004 0.005 0.130 0.005 0.124 0.462 0.001 0.001 0.007 0.043 0.169 0.018 0.032 52 K 0.004 0.009 0.178 0.004 0.096 0.291 0.001 0.001 0.007 0.089 0.279 0.016 0.026 53 S 0.004 0.015 0.324 0.001 0.056 0.170 0.001 0.001 0.007 0.143 0.237 0.021 0.022 54 K 0.002 0.025 0.449 0.002 0.021 0.068 0.001 0.001 0.004 0.225 0.177 0.010 0.017 55 S 0.001 0.007 0.759 0.001 0.009 0.023 0.001 0.001 0.003 0.135 0.054 0.005 0.004