# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.039 0.182 0.349 0.015 0.082 0.040 0.011 0.007 0.003 0.041 0.036 0.092 0.005 0.010 0.015 2 Q 0.016 0.152 0.168 0.174 0.013 0.252 0.017 0.028 0.007 0.004 0.028 0.040 0.067 0.006 0.007 0.023 3 K 0.036 0.157 0.058 0.384 0.010 0.086 0.008 0.018 0.024 0.005 0.100 0.030 0.039 0.006 0.012 0.027 4 R 0.055 0.147 0.192 0.392 0.002 0.031 0.005 0.006 0.020 0.002 0.013 0.079 0.027 0.003 0.007 0.018 5 E 0.045 0.102 0.211 0.562 0.001 0.029 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.004 0.011 0.001 0.003 0.021 6 L 0.011 0.015 0.308 0.647 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 7 Y 0.003 0.013 0.136 0.844 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.001 0.005 0.044 0.888 0.019 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.001 0.002 0.001 0.019 0.405 0.561 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.036 0.001 0.004 0.587 0.015 0.018 0.073 0.001 0.001 0.246 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 11 D 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.706 0.024 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 0.229 0.001 12 G 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.618 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 13 K 0.976 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.006 0.007 0.800 0.053 0.005 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.197 0.037 0.705 0.007 0.032 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.009 0.005 0.549 0.028 0.346 0.002 0.006 0.002 0.003 0.013 0.013 0.019 0.001 0.001 0.001 17 K 0.012 0.166 0.045 0.298 0.029 0.056 0.008 0.054 0.010 0.003 0.195 0.036 0.070 0.004 0.007 0.006 18 H 0.008 0.048 0.035 0.448 0.010 0.116 0.009 0.020 0.050 0.014 0.028 0.080 0.103 0.003 0.009 0.017 19 R 0.053 0.081 0.177 0.165 0.016 0.082 0.018 0.015 0.011 0.008 0.067 0.042 0.200 0.011 0.010 0.044 20 F 0.033 0.138 0.189 0.318 0.005 0.036 0.013 0.019 0.013 0.004 0.026 0.030 0.119 0.005 0.019 0.034 21 C 0.018 0.025 0.152 0.145 0.013 0.299 0.042 0.005 0.009 0.007 0.019 0.021 0.211 0.008 0.006 0.019 22 P 0.019 0.063 0.065 0.083 0.041 0.084 0.013 0.028 0.003 0.003 0.303 0.030 0.233 0.011 0.012 0.009 23 R 0.009 0.094 0.018 0.099 0.081 0.042 0.063 0.038 0.012 0.009 0.079 0.209 0.074 0.150 0.012 0.010 24 C 0.029 0.047 0.138 0.082 0.008 0.026 0.045 0.055 0.030 0.006 0.042 0.029 0.183 0.003 0.213 0.062 25 G 0.020 0.010 0.060 0.029 0.100 0.084 0.184 0.008 0.019 0.110 0.082 0.051 0.138 0.064 0.004 0.038 26 P 0.159 0.113 0.047 0.108 0.002 0.023 0.004 0.181 0.005 0.003 0.099 0.050 0.105 0.001 0.093 0.006 27 G 0.010 0.039 0.085 0.183 0.002 0.028 0.006 0.001 0.193 0.042 0.024 0.150 0.157 0.001 0.002 0.077 28 V 0.198 0.016 0.175 0.371 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.188 0.001 0.001 0.006 29 F 0.003 0.019 0.202 0.360 0.008 0.153 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 0.030 0.201 0.002 0.001 0.003 30 L 0.003 0.044 0.029 0.689 0.008 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.016 0.011 0.163 0.001 0.001 0.007 31 A 0.005 0.017 0.043 0.498 0.017 0.105 0.014 0.004 0.002 0.002 0.013 0.029 0.238 0.005 0.002 0.005 32 E 0.008 0.108 0.083 0.215 0.015 0.100 0.009 0.035 0.004 0.003 0.053 0.029 0.296 0.006 0.013 0.023 33 H 0.013 0.053 0.034 0.171 0.036 0.181 0.039 0.010 0.024 0.010 0.098 0.065 0.188 0.037 0.007 0.035 34 A 0.036 0.096 0.095 0.069 0.005 0.049 0.018 0.027 0.003 0.003 0.145 0.102 0.276 0.011 0.047 0.017 35 D 0.009 0.112 0.057 0.058 0.005 0.125 0.016 0.009 0.017 0.008 0.033 0.121 0.335 0.014 0.019 0.061 36 R 0.050 0.031 0.086 0.074 0.008 0.026 0.035 0.006 0.005 0.003 0.192 0.030 0.372 0.021 0.022 0.039 37 Y 0.020 0.073 0.151 0.048 0.012 0.040 0.016 0.016 0.005 0.004 0.028 0.208 0.305 0.014 0.037 0.024 38 S 0.006 0.010 0.028 0.034 0.161 0.022 0.162 0.008 0.003 0.005 0.030 0.016 0.132 0.363 0.006 0.011 39 C 0.022 0.028 0.062 0.061 0.003 0.011 0.018 0.164 0.006 0.002 0.023 0.014 0.096 0.004 0.468 0.016 40 G 0.009 0.016 0.035 0.033 0.024 0.044 0.017 0.004 0.089 0.254 0.027 0.025 0.144 0.006 0.006 0.266 41 R 0.294 0.025 0.040 0.041 0.167 0.016 0.087 0.018 0.003 0.004 0.046 0.036 0.049 0.163 0.004 0.008 42 C 0.012 0.055 0.174 0.073 0.006 0.088 0.028 0.143 0.012 0.007 0.045 0.041 0.082 0.003 0.220 0.011 43 G 0.013 0.073 0.047 0.068 0.011 0.079 0.009 0.010 0.075 0.138 0.089 0.074 0.131 0.004 0.005 0.173 44 Y 0.381 0.028 0.037 0.104 0.004 0.027 0.005 0.007 0.008 0.004 0.114 0.151 0.108 0.004 0.006 0.011 45 T 0.016 0.069 0.282 0.101 0.003 0.060 0.009 0.005 0.005 0.003 0.038 0.141 0.247 0.003 0.006 0.013 46 E 0.018 0.075 0.106 0.292 0.003 0.071 0.008 0.004 0.004 0.002 0.037 0.049 0.296 0.002 0.003 0.029 47 F 0.017 0.028 0.138 0.201 0.010 0.080 0.018 0.004 0.003 0.002 0.053 0.055 0.368 0.006 0.004 0.012 48 K 0.009 0.057 0.080 0.212 0.008 0.081 0.013 0.011 0.002 0.001 0.035 0.059 0.405 0.007 0.007 0.013 49 K 0.010 0.067 0.055 0.201 0.010 0.088 0.013 0.011 0.010 0.004 0.068 0.055 0.350 0.012 0.011 0.036 50 A 0.026 0.046 0.099 0.132 0.009 0.068 0.024 0.009 0.008 0.003 0.054 0.076 0.369 0.022 0.019 0.035 51 K 0.030 0.074 0.144 0.118 0.005 0.050 0.024 0.013 0.007 0.003 0.044 0.043 0.354 0.014 0.034 0.044 52 K 0.035 0.077 0.173 0.181 0.009 0.048 0.028 0.011 0.011 0.005 0.035 0.040 0.235 0.019 0.020 0.071 53 S 0.041 0.046 0.157 0.118 0.025 0.160 0.056 0.015 0.008 0.004 0.036 0.039 0.213 0.032 0.021 0.030 54 K 0.022 0.109 0.142 0.122 0.041 0.063 0.068 0.038 0.009 0.005 0.131 0.031 0.123 0.030 0.033 0.031 55 S 0.038 0.082 0.078 0.164 0.030 0.104 0.057 0.056 0.028 0.014 0.055 0.099 0.098 0.025 0.043 0.030