# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.143 0.140 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.096 0.063 0.511 2 Q 0.092 0.150 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.085 0.084 0.501 3 K 0.052 0.109 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.061 0.092 0.510 4 R 0.027 0.052 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.232 0.065 0.096 0.503 5 E 0.026 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.004 0.004 0.005 0.006 0.571 0.072 0.038 0.219 6 L 0.011 0.017 0.002 0.002 0.001 0.002 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.005 0.556 0.040 0.035 0.294 7 Y 0.004 0.003 0.004 0.002 0.038 0.296 0.111 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.396 0.022 0.011 0.088 8 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.597 0.027 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.019 0.007 0.074 9 I 0.139 0.002 0.018 0.001 0.069 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.349 0.046 0.033 0.337 10 A 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.006 0.070 11 D 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 0.074 0.889 12 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.012 0.068 0.728 13 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.493 0.319 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.017 0.011 0.056 14 L 0.008 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.076 0.107 0.004 0.046 0.006 0.002 0.004 0.106 0.052 0.081 0.420 15 V 0.019 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.299 0.198 0.033 0.004 0.194 0.039 0.030 0.137 16 R 0.059 0.044 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.103 0.131 0.018 0.146 0.096 0.065 0.302 17 K 0.030 0.036 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.269 0.087 0.109 0.445 18 H 0.182 0.014 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.063 0.107 0.447 19 R 0.010 0.009 0.005 0.001 0.007 0.023 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.081 0.130 0.586 20 F 0.010 0.009 0.009 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.039 0.149 0.650 21 C 0.471 0.012 0.007 0.001 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.123 0.059 0.281 22 P 0.218 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 0.112 0.616 23 R 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.072 0.885 24 C 0.041 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.029 0.136 0.739 25 G 0.260 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.102 0.079 0.395 26 P 0.016 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.082 0.055 0.135 0.617 27 G 0.016 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.011 0.011 0.005 0.002 0.469 0.055 0.053 0.246 28 V 0.026 0.086 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.012 0.004 0.014 0.023 0.035 0.012 0.371 0.103 0.069 0.220 29 F 0.020 0.057 0.007 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.008 0.009 0.005 0.579 0.105 0.049 0.138 30 L 0.050 0.173 0.008 0.002 0.002 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.002 0.234 0.106 0.081 0.314 31 A 0.076 0.076 0.019 0.002 0.009 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.269 0.072 0.096 0.358 32 E 0.053 0.095 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.057 0.124 0.511 33 H 0.339 0.060 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.071 0.083 0.363 34 A 0.076 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.101 0.124 0.618 35 D 0.043 0.040 0.005 0.001 0.007 0.011 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.131 0.089 0.496 36 R 0.033 0.022 0.013 0.001 0.012 0.004 0.003 0.002 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.089 0.113 0.601 37 Y 0.148 0.016 0.007 0.001 0.009 0.006 0.004 0.003 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.096 0.048 0.100 0.544 38 S 0.139 0.027 0.005 0.001 0.010 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.003 0.002 0.002 0.059 0.063 0.100 0.563 39 C 0.065 0.014 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.040 0.067 0.115 0.680 40 G 0.103 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.050 0.100 0.639 41 R 0.079 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.102 0.085 0.598 42 C 0.017 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.079 0.066 0.149 0.629 43 G 0.040 0.166 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.007 0.003 0.008 0.005 0.003 0.003 0.175 0.051 0.086 0.434 44 Y 0.030 0.292 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.004 0.012 0.011 0.010 0.007 0.156 0.069 0.064 0.310 45 T 0.043 0.489 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.006 0.006 0.003 0.158 0.039 0.044 0.192 46 E 0.032 0.538 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.004 0.156 0.057 0.032 0.147 47 F 0.075 0.461 0.018 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.122 0.094 0.041 0.168 48 K 0.167 0.338 0.019 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.093 0.048 0.214 49 K 0.200 0.117 0.012 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.168 0.048 0.377 50 A 0.100 0.082 0.017 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.160 0.080 0.495 51 K 0.183 0.023 0.010 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.104 0.079 0.536 52 K 0.055 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.079 0.071 0.748 53 S 0.089 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.028 0.089 0.755 54 K 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.089 0.835 55 S 0.027 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.020 0.120 0.785