# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.035 0.012 0.013 0.052 0.081 0.092 0.005 0.003 0.051 0.546 2 Q 0.133 0.031 0.006 0.016 0.071 0.101 0.075 0.005 0.001 0.033 0.527 3 K 0.092 0.022 0.003 0.014 0.051 0.077 0.067 0.003 0.001 0.025 0.646 4 R 0.020 0.005 0.001 0.013 0.109 0.135 0.100 0.001 0.001 0.025 0.591 5 E 0.005 0.003 0.001 0.022 0.200 0.433 0.057 0.001 0.001 0.015 0.265 6 L 0.004 0.001 0.001 0.015 0.153 0.386 0.061 0.001 0.001 0.019 0.360 7 Y 0.001 0.001 0.001 0.014 0.407 0.423 0.025 0.001 0.001 0.009 0.121 8 E 0.010 0.001 0.002 0.031 0.210 0.424 0.027 0.001 0.001 0.038 0.257 9 I 0.323 0.001 0.001 0.035 0.121 0.091 0.046 0.002 0.001 0.083 0.298 10 A 0.209 0.003 0.001 0.035 0.029 0.026 0.054 0.002 0.001 0.021 0.619 11 D 0.004 0.001 0.001 0.009 0.018 0.016 0.040 0.001 0.001 0.007 0.904 12 G 0.008 0.004 0.001 0.022 0.196 0.064 0.040 0.001 0.001 0.025 0.640 13 K 0.009 0.013 0.001 0.025 0.408 0.284 0.038 0.002 0.001 0.043 0.178 14 L 0.003 0.007 0.001 0.017 0.244 0.282 0.038 0.001 0.001 0.058 0.348 15 V 0.017 0.014 0.001 0.025 0.335 0.348 0.023 0.001 0.001 0.040 0.193 16 R 0.076 0.035 0.002 0.028 0.176 0.240 0.034 0.003 0.001 0.048 0.358 17 K 0.057 0.026 0.002 0.018 0.098 0.163 0.082 0.011 0.001 0.037 0.505 18 H 0.116 0.008 0.003 0.028 0.067 0.110 0.108 0.003 0.001 0.094 0.462 19 R 0.011 0.006 0.002 0.045 0.061 0.079 0.103 0.001 0.001 0.028 0.664 20 F 0.026 0.016 0.003 0.037 0.038 0.058 0.113 0.003 0.001 0.049 0.656 21 C 0.353 0.011 0.005 0.027 0.017 0.025 0.091 0.020 0.004 0.067 0.380 22 P 0.145 0.005 0.001 0.020 0.014 0.016 0.119 0.002 0.001 0.037 0.641 23 R 0.006 0.006 0.002 0.060 0.010 0.024 0.090 0.001 0.001 0.025 0.776 24 C 0.087 0.045 0.002 0.030 0.009 0.014 0.151 0.004 0.001 0.032 0.628 25 G 0.311 0.124 0.003 0.044 0.019 0.024 0.093 0.012 0.001 0.084 0.285 26 P 0.015 0.204 0.001 0.037 0.013 0.034 0.109 0.003 0.001 0.037 0.546 27 G 0.036 0.265 0.002 0.116 0.049 0.169 0.060 0.004 0.001 0.068 0.231 28 V 0.024 0.129 0.003 0.143 0.113 0.185 0.064 0.003 0.001 0.087 0.247 29 F 0.020 0.062 0.004 0.192 0.174 0.275 0.035 0.004 0.001 0.091 0.144 30 L 0.091 0.080 0.006 0.097 0.142 0.164 0.055 0.009 0.002 0.069 0.285 31 A 0.087 0.037 0.007 0.069 0.131 0.133 0.088 0.006 0.002 0.126 0.313 32 E 0.037 0.048 0.003 0.030 0.061 0.110 0.103 0.004 0.001 0.042 0.562 33 H 0.116 0.076 0.004 0.028 0.026 0.052 0.119 0.008 0.001 0.073 0.497 34 A 0.043 0.028 0.006 0.024 0.027 0.046 0.159 0.007 0.002 0.088 0.571 35 D 0.133 0.081 0.005 0.050 0.035 0.068 0.106 0.011 0.002 0.065 0.444 36 R 0.064 0.032 0.006 0.044 0.026 0.042 0.103 0.006 0.002 0.086 0.590 37 Y 0.053 0.038 0.005 0.074 0.045 0.070 0.123 0.004 0.001 0.063 0.524 38 S 0.120 0.061 0.004 0.082 0.035 0.075 0.092 0.006 0.001 0.075 0.448 39 C 0.049 0.024 0.005 0.099 0.030 0.046 0.122 0.005 0.002 0.059 0.558 40 G 0.080 0.043 0.003 0.047 0.069 0.090 0.121 0.005 0.001 0.034 0.507 41 R 0.063 0.020 0.003 0.043 0.053 0.084 0.108 0.003 0.001 0.125 0.499 42 C 0.016 0.035 0.002 0.061 0.056 0.076 0.159 0.002 0.001 0.071 0.521 43 G 0.044 0.208 0.002 0.044 0.061 0.100 0.090 0.008 0.001 0.046 0.396 44 Y 0.046 0.201 0.002 0.018 0.049 0.089 0.088 0.009 0.001 0.061 0.436 45 T 0.022 0.355 0.002 0.023 0.083 0.128 0.052 0.002 0.001 0.062 0.271 46 E 0.018 0.502 0.003 0.027 0.044 0.108 0.030 0.006 0.001 0.056 0.206 47 F 0.062 0.342 0.008 0.026 0.064 0.092 0.059 0.011 0.002 0.123 0.211 48 K 0.165 0.313 0.009 0.018 0.063 0.070 0.038 0.013 0.003 0.079 0.228 49 K 0.131 0.121 0.011 0.017 0.041 0.070 0.056 0.008 0.003 0.171 0.371 50 A 0.109 0.059 0.014 0.015 0.025 0.042 0.101 0.012 0.007 0.093 0.522 51 K 0.236 0.027 0.015 0.012 0.038 0.037 0.087 0.010 0.005 0.075 0.458 52 K 0.056 0.008 0.005 0.009 0.028 0.037 0.087 0.004 0.002 0.040 0.723 53 S 0.066 0.009 0.002 0.008 0.018 0.023 0.088 0.002 0.001 0.025 0.759 54 K 0.033 0.006 0.001 0.009 0.019 0.025 0.111 0.002 0.001 0.020 0.774 55 S 0.026 0.008 0.001 0.016 0.018 0.028 0.128 0.001 0.001 0.026 0.748