# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.106 0.015 0.033 0.046 0.102 0.045 0.544 2 Q 0.064 0.122 0.023 0.064 0.082 0.099 0.057 0.487 3 K 0.038 0.063 0.017 0.060 0.199 0.075 0.076 0.472 4 R 0.052 0.032 0.019 0.123 0.183 0.098 0.056 0.437 5 E 0.010 0.007 0.015 0.230 0.550 0.028 0.024 0.136 6 L 0.011 0.005 0.011 0.144 0.332 0.045 0.040 0.412 7 Y 0.003 0.001 0.026 0.384 0.447 0.023 0.014 0.102 8 E 0.001 0.001 0.026 0.218 0.471 0.021 0.020 0.243 9 I 0.207 0.001 0.010 0.108 0.077 0.057 0.078 0.463 10 A 0.690 0.003 0.003 0.010 0.006 0.034 0.048 0.206 11 D 0.019 0.002 0.002 0.003 0.020 0.058 0.011 0.886 12 G 0.017 0.003 0.010 0.080 0.250 0.057 0.025 0.558 13 K 0.001 0.002 0.013 0.423 0.436 0.014 0.014 0.097 14 L 0.008 0.010 0.034 0.330 0.216 0.034 0.087 0.282 15 V 0.011 0.012 0.024 0.423 0.365 0.020 0.036 0.108 16 R 0.025 0.020 0.043 0.261 0.381 0.030 0.046 0.196 17 K 0.057 0.022 0.023 0.214 0.347 0.036 0.044 0.258 18 H 0.111 0.026 0.025 0.161 0.147 0.072 0.059 0.399 19 R 0.018 0.019 0.035 0.074 0.107 0.125 0.031 0.589 20 F 0.037 0.021 0.032 0.034 0.061 0.108 0.041 0.666 21 C 0.258 0.017 0.029 0.028 0.028 0.097 0.103 0.441 22 P 0.079 0.008 0.021 0.014 0.019 0.128 0.030 0.702 23 R 0.028 0.007 0.016 0.010 0.020 0.132 0.031 0.756 24 C 0.040 0.020 0.019 0.008 0.010 0.191 0.034 0.678 25 G 0.147 0.108 0.024 0.019 0.026 0.141 0.148 0.389 26 P 0.036 0.145 0.036 0.026 0.077 0.138 0.075 0.468 27 G 0.026 0.139 0.091 0.070 0.220 0.082 0.102 0.270 28 V 0.031 0.117 0.106 0.147 0.187 0.068 0.133 0.211 29 F 0.038 0.083 0.165 0.161 0.276 0.038 0.103 0.136 30 L 0.093 0.045 0.084 0.122 0.175 0.060 0.133 0.289 31 A 0.084 0.021 0.094 0.129 0.180 0.097 0.078 0.316 32 E 0.041 0.029 0.041 0.053 0.079 0.114 0.046 0.597 33 H 0.175 0.063 0.020 0.026 0.036 0.108 0.074 0.498 34 A 0.069 0.044 0.026 0.024 0.030 0.141 0.102 0.564 35 D 0.095 0.126 0.022 0.027 0.040 0.120 0.112 0.458 36 R 0.117 0.073 0.043 0.031 0.062 0.118 0.122 0.433 37 Y 0.093 0.072 0.052 0.069 0.086 0.111 0.066 0.452 38 S 0.077 0.046 0.048 0.062 0.139 0.096 0.072 0.459 39 C 0.052 0.023 0.061 0.047 0.072 0.121 0.068 0.556 40 G 0.109 0.035 0.056 0.087 0.111 0.118 0.054 0.431 41 R 0.077 0.024 0.025 0.031 0.051 0.093 0.092 0.607 42 C 0.041 0.045 0.023 0.032 0.041 0.148 0.050 0.619 43 G 0.040 0.160 0.031 0.038 0.087 0.097 0.060 0.486 44 Y 0.052 0.223 0.026 0.043 0.057 0.075 0.079 0.446 45 T 0.039 0.414 0.037 0.063 0.090 0.054 0.054 0.249 46 E 0.048 0.373 0.042 0.041 0.071 0.052 0.064 0.307 47 F 0.124 0.365 0.050 0.040 0.056 0.044 0.082 0.238 48 K 0.165 0.315 0.020 0.026 0.035 0.049 0.056 0.334 49 K 0.105 0.116 0.027 0.022 0.032 0.078 0.086 0.533 50 A 0.114 0.080 0.026 0.019 0.029 0.089 0.096 0.547 51 K 0.184 0.026 0.020 0.022 0.023 0.090 0.077 0.559 52 K 0.060 0.007 0.014 0.012 0.019 0.084 0.028 0.777 53 S 0.094 0.005 0.008 0.008 0.013 0.096 0.027 0.750 54 K 0.037 0.003 0.014 0.008 0.015 0.116 0.033 0.774 55 S 0.022 0.005 0.019 0.010 0.018 0.124 0.038 0.763