# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.397 0.102 0.071 0.103 0.088 0.062 0.081 0.046 0.025 0.016 0.008 2 Q 0.210 0.207 0.131 0.174 0.102 0.063 0.058 0.029 0.014 0.008 0.003 3 K 0.045 0.098 0.096 0.175 0.149 0.122 0.144 0.088 0.048 0.026 0.009 4 R 0.062 0.037 0.067 0.109 0.131 0.165 0.197 0.117 0.062 0.037 0.015 5 E 0.048 0.147 0.360 0.269 0.103 0.036 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 6 L 0.004 0.005 0.020 0.033 0.056 0.122 0.193 0.161 0.168 0.174 0.065 7 Y 0.011 0.009 0.021 0.027 0.040 0.123 0.235 0.140 0.183 0.159 0.052 8 E 0.016 0.127 0.373 0.317 0.113 0.030 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 9 I 0.005 0.004 0.012 0.009 0.022 0.047 0.124 0.136 0.171 0.215 0.254 10 A 0.146 0.449 0.090 0.145 0.079 0.035 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 11 D 0.488 0.176 0.060 0.125 0.065 0.037 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 12 G 0.768 0.084 0.028 0.042 0.025 0.016 0.018 0.011 0.005 0.003 0.002 13 K 0.146 0.223 0.055 0.218 0.132 0.086 0.082 0.033 0.016 0.006 0.003 14 L 0.012 0.010 0.013 0.015 0.026 0.043 0.088 0.115 0.191 0.209 0.278 15 V 0.034 0.104 0.186 0.282 0.215 0.085 0.052 0.025 0.010 0.005 0.002 16 R 0.061 0.078 0.160 0.169 0.132 0.106 0.122 0.084 0.046 0.029 0.012 17 K 0.078 0.079 0.087 0.190 0.149 0.107 0.128 0.090 0.049 0.029 0.013 18 H 0.077 0.085 0.090 0.147 0.106 0.116 0.158 0.100 0.064 0.042 0.015 19 R 0.096 0.121 0.217 0.226 0.143 0.082 0.053 0.033 0.016 0.009 0.005 20 F 0.174 0.130 0.110 0.130 0.101 0.088 0.119 0.073 0.040 0.024 0.010 21 C 0.040 0.041 0.032 0.064 0.071 0.097 0.173 0.145 0.149 0.121 0.067 22 P 0.270 0.167 0.121 0.152 0.093 0.057 0.057 0.037 0.025 0.015 0.007 23 R 0.229 0.211 0.119 0.194 0.100 0.062 0.046 0.020 0.010 0.005 0.003 24 C 0.055 0.049 0.028 0.066 0.082 0.077 0.150 0.159 0.133 0.104 0.098 25 G 0.236 0.139 0.043 0.128 0.109 0.085 0.104 0.069 0.044 0.028 0.014 26 P 0.127 0.115 0.072 0.188 0.136 0.100 0.102 0.069 0.048 0.028 0.014 27 G 0.026 0.026 0.022 0.058 0.069 0.100 0.179 0.143 0.165 0.133 0.078 28 V 0.006 0.011 0.012 0.043 0.065 0.084 0.143 0.161 0.184 0.158 0.133 29 F 0.004 0.008 0.014 0.024 0.039 0.067 0.113 0.130 0.217 0.221 0.163 30 L 0.002 0.004 0.010 0.022 0.043 0.047 0.099 0.130 0.215 0.213 0.215 31 A 0.005 0.004 0.010 0.023 0.045 0.069 0.141 0.149 0.223 0.192 0.139 32 E 0.046 0.090 0.127 0.211 0.167 0.113 0.124 0.054 0.038 0.018 0.010 33 H 0.021 0.036 0.044 0.079 0.094 0.114 0.199 0.149 0.120 0.085 0.058 34 A 0.128 0.108 0.061 0.140 0.110 0.107 0.136 0.083 0.062 0.043 0.022 35 D 0.343 0.218 0.124 0.155 0.063 0.033 0.030 0.016 0.010 0.005 0.003 36 R 0.041 0.042 0.049 0.098 0.109 0.149 0.178 0.124 0.097 0.070 0.044 37 Y 0.068 0.082 0.077 0.120 0.112 0.117 0.143 0.109 0.084 0.055 0.033 38 S 0.096 0.133 0.114 0.155 0.120 0.109 0.126 0.070 0.042 0.023 0.013 39 C 0.084 0.054 0.062 0.101 0.105 0.091 0.131 0.120 0.108 0.081 0.062 40 G 0.346 0.113 0.056 0.104 0.074 0.061 0.092 0.062 0.048 0.031 0.013 41 R 0.082 0.163 0.103 0.219 0.141 0.093 0.089 0.050 0.032 0.017 0.009 42 C 0.053 0.038 0.031 0.061 0.084 0.100 0.158 0.166 0.131 0.108 0.070 43 G 0.203 0.256 0.107 0.175 0.090 0.059 0.052 0.028 0.018 0.009 0.004 44 Y 0.054 0.043 0.039 0.096 0.114 0.117 0.184 0.146 0.103 0.065 0.039 45 T 0.207 0.091 0.079 0.122 0.107 0.092 0.115 0.077 0.056 0.036 0.018 46 E 0.108 0.134 0.127 0.245 0.151 0.084 0.085 0.036 0.019 0.008 0.004 47 F 0.013 0.011 0.022 0.024 0.040 0.061 0.150 0.156 0.195 0.191 0.138 48 K 0.071 0.124 0.178 0.241 0.170 0.082 0.073 0.033 0.018 0.009 0.003 49 K 0.141 0.166 0.284 0.208 0.092 0.044 0.037 0.016 0.007 0.003 0.001 50 A 0.100 0.076 0.105 0.145 0.130 0.118 0.155 0.088 0.045 0.028 0.012 51 K 0.253 0.227 0.147 0.156 0.076 0.046 0.049 0.027 0.012 0.006 0.002 52 K 0.159 0.158 0.220 0.206 0.112 0.058 0.045 0.025 0.010 0.005 0.002 53 S 0.176 0.201 0.189 0.127 0.087 0.067 0.075 0.041 0.019 0.012 0.005 54 K 0.236 0.247 0.140 0.165 0.093 0.046 0.039 0.020 0.008 0.004 0.002 55 S 0.563 0.145 0.080 0.079 0.048 0.027 0.028 0.017 0.007 0.004 0.002