# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.114 0.024 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.018 0.079 0.574 2 Q 0.056 0.090 0.006 0.002 0.008 0.016 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.260 0.014 0.078 0.452 3 K 0.035 0.023 0.006 0.001 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.007 0.041 0.770 4 R 0.068 0.028 0.011 0.002 0.003 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.015 0.053 0.433 5 E 0.050 0.012 0.005 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.571 0.010 0.059 0.280 6 L 0.025 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.011 0.401 0.005 0.060 0.454 7 Y 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.238 0.106 0.010 0.549 0.002 0.014 0.049 8 E 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.003 0.524 0.100 0.007 0.003 0.104 0.001 0.025 0.183 9 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.405 0.023 0.003 0.023 0.002 0.001 0.002 0.353 0.001 0.019 0.137 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.746 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.001 0.040 0.105 11 D 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.002 0.186 0.661 12 G 0.114 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.142 0.149 0.422 13 K 0.529 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.082 0.216 0.091 14 L 0.009 0.007 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.003 0.053 0.780 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.655 0.209 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.001 0.003 0.020 16 R 0.006 0.006 0.001 0.001 0.013 0.116 0.116 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.127 0.002 0.044 0.536 17 K 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.638 0.003 0.042 0.272 18 H 0.017 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.003 0.002 0.295 0.007 0.150 0.478 19 R 0.102 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.293 0.014 0.096 0.454 20 F 0.074 0.059 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.335 0.022 0.077 0.416 21 C 0.095 0.076 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.005 0.011 0.002 0.220 0.019 0.070 0.472 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 23 R 0.030 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.096 0.012 0.100 0.732 24 C 0.196 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.011 0.040 0.644 25 G 0.072 0.039 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.004 0.115 0.676 26 P 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.018 0.954 27 G 0.091 0.027 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.010 0.116 0.392 28 V 0.187 0.033 0.012 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.421 0.010 0.132 0.194 29 F 0.028 0.079 0.002 0.002 0.008 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.694 0.003 0.026 0.134 30 L 0.027 0.141 0.004 0.001 0.008 0.009 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.002 0.004 0.510 0.008 0.047 0.209 31 A 0.030 0.126 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.019 0.010 0.005 0.006 0.545 0.011 0.045 0.184 32 E 0.047 0.127 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.265 0.019 0.086 0.415 33 H 0.127 0.143 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.133 0.026 0.071 0.443 34 A 0.126 0.113 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.001 0.148 0.028 0.093 0.464 35 D 0.110 0.073 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.052 0.050 0.141 0.559 36 R 0.209 0.081 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.043 0.061 0.116 0.439 37 Y 0.073 0.170 0.007 0.005 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.118 0.019 0.122 0.460 38 S 0.083 0.115 0.009 0.002 0.013 0.008 0.019 0.003 0.008 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.002 0.077 0.023 0.159 0.462 39 C 0.094 0.152 0.015 0.003 0.001 0.004 0.005 0.007 0.006 0.002 0.006 0.003 0.005 0.007 0.002 0.001 0.093 0.023 0.071 0.500 40 G 0.075 0.095 0.015 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.127 0.035 0.149 0.475 41 R 0.154 0.059 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.043 0.171 0.414 42 C 0.098 0.090 0.023 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.024 0.095 0.553 43 G 0.053 0.055 0.010 0.002 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.028 0.151 0.573 44 Y 0.080 0.033 0.045 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.026 0.165 0.560 45 T 0.094 0.038 0.028 0.004 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.013 0.188 0.475 46 E 0.071 0.074 0.008 0.002 0.007 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.009 0.136 0.535 47 F 0.094 0.168 0.008 0.001 0.010 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.175 0.012 0.075 0.426 48 K 0.065 0.225 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.190 0.010 0.140 0.350 49 K 0.073 0.304 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.016 0.060 0.441 50 A 0.154 0.359 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.027 0.038 0.349 51 K 0.151 0.295 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.034 0.067 0.369 52 K 0.162 0.214 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.042 0.079 0.418 53 S 0.138 0.261 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.058 0.040 0.056 0.419 54 K 0.138 0.142 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.029 0.060 0.546 55 S 0.054 0.073 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.089 0.711