# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.036 0.003 0.027 0.030 0.058 0.029 0.002 0.001 0.003 0.774 2 Q 0.051 0.046 0.003 0.025 0.067 0.148 0.094 0.004 0.001 0.005 0.557 3 K 0.116 0.059 0.006 0.036 0.067 0.134 0.055 0.004 0.001 0.006 0.516 4 R 0.112 0.078 0.005 0.039 0.169 0.199 0.039 0.004 0.001 0.005 0.350 5 E 0.091 0.040 0.010 0.069 0.218 0.336 0.047 0.004 0.001 0.005 0.181 6 L 0.058 0.041 0.005 0.058 0.196 0.310 0.023 0.002 0.001 0.002 0.304 7 Y 0.011 0.007 0.001 0.041 0.456 0.425 0.007 0.001 0.001 0.001 0.051 8 E 0.004 0.004 0.001 0.020 0.196 0.256 0.014 0.001 0.001 0.001 0.503 9 I 0.008 0.003 0.001 0.038 0.350 0.514 0.009 0.001 0.001 0.001 0.078 10 A 0.004 0.011 0.001 0.036 0.237 0.315 0.110 0.001 0.001 0.006 0.280 11 D 0.014 0.003 0.001 0.015 0.039 0.069 0.048 0.001 0.001 0.012 0.798 12 G 0.229 0.003 0.008 0.017 0.033 0.031 0.117 0.001 0.001 0.100 0.462 13 K 0.416 0.001 0.060 0.009 0.017 0.019 0.279 0.001 0.001 0.066 0.133 14 L 0.005 0.002 0.004 0.023 0.076 0.127 0.113 0.001 0.001 0.006 0.644 15 V 0.001 0.001 0.001 0.012 0.304 0.643 0.007 0.001 0.001 0.001 0.030 16 R 0.005 0.005 0.001 0.019 0.213 0.380 0.038 0.001 0.001 0.001 0.340 17 K 0.013 0.004 0.001 0.019 0.272 0.510 0.020 0.001 0.001 0.001 0.161 18 H 0.019 0.015 0.001 0.028 0.260 0.367 0.055 0.001 0.001 0.005 0.250 19 R 0.073 0.024 0.004 0.046 0.234 0.227 0.058 0.002 0.001 0.005 0.327 20 F 0.056 0.023 0.006 0.046 0.076 0.201 0.060 0.004 0.001 0.005 0.523 21 C 0.061 0.023 0.006 0.036 0.140 0.313 0.082 0.002 0.001 0.007 0.331 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 23 R 0.009 0.003 0.001 0.015 0.021 0.067 0.063 0.001 0.001 0.003 0.818 24 C 0.371 0.011 0.010 0.029 0.018 0.046 0.053 0.002 0.001 0.011 0.451 25 G 0.112 0.017 0.006 0.038 0.049 0.049 0.122 0.001 0.001 0.004 0.603 26 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 27 G 0.030 0.011 0.001 0.119 0.059 0.150 0.108 0.001 0.001 0.005 0.517 28 V 0.114 0.026 0.005 0.138 0.099 0.110 0.094 0.001 0.001 0.005 0.409 29 F 0.029 0.079 0.003 0.254 0.125 0.177 0.040 0.001 0.001 0.005 0.287 30 L 0.043 0.100 0.002 0.126 0.151 0.256 0.055 0.001 0.001 0.002 0.264 31 A 0.037 0.183 0.001 0.132 0.102 0.228 0.073 0.002 0.001 0.004 0.238 32 E 0.059 0.142 0.002 0.063 0.063 0.130 0.145 0.010 0.001 0.005 0.382 33 H 0.170 0.167 0.006 0.049 0.028 0.082 0.066 0.015 0.001 0.010 0.410 34 A 0.150 0.136 0.013 0.034 0.030 0.059 0.091 0.014 0.001 0.007 0.466 35 D 0.054 0.069 0.012 0.021 0.032 0.049 0.116 0.007 0.001 0.008 0.633 36 R 0.092 0.105 0.030 0.036 0.042 0.073 0.085 0.004 0.001 0.009 0.522 37 Y 0.061 0.161 0.015 0.055 0.110 0.114 0.158 0.004 0.001 0.008 0.314 38 S 0.089 0.132 0.009 0.075 0.087 0.113 0.130 0.005 0.001 0.009 0.351 39 C 0.105 0.208 0.006 0.080 0.111 0.145 0.037 0.003 0.001 0.004 0.303 40 G 0.059 0.124 0.006 0.095 0.124 0.143 0.051 0.006 0.001 0.007 0.386 41 R 0.097 0.048 0.011 0.051 0.040 0.060 0.091 0.007 0.001 0.008 0.589 42 C 0.070 0.057 0.015 0.079 0.081 0.136 0.073 0.004 0.001 0.008 0.478 43 G 0.068 0.022 0.008 0.041 0.076 0.152 0.137 0.005 0.001 0.018 0.471 44 Y 0.075 0.026 0.041 0.039 0.041 0.083 0.109 0.002 0.001 0.009 0.574 45 T 0.029 0.031 0.004 0.047 0.126 0.143 0.153 0.001 0.001 0.006 0.460 46 E 0.032 0.031 0.005 0.026 0.041 0.071 0.171 0.001 0.001 0.008 0.613 47 F 0.058 0.128 0.002 0.045 0.097 0.169 0.106 0.001 0.001 0.003 0.391 48 K 0.058 0.215 0.003 0.032 0.099 0.144 0.107 0.002 0.001 0.005 0.337 49 K 0.059 0.395 0.002 0.014 0.045 0.060 0.081 0.005 0.001 0.003 0.336 50 A 0.132 0.452 0.002 0.010 0.051 0.079 0.031 0.005 0.001 0.002 0.236 51 K 0.085 0.553 0.004 0.006 0.032 0.041 0.035 0.013 0.001 0.005 0.225 52 K 0.115 0.331 0.020 0.008 0.027 0.046 0.063 0.019 0.001 0.003 0.367 53 S 0.186 0.240 0.019 0.013 0.028 0.051 0.065 0.026 0.001 0.009 0.364 54 K 0.249 0.108 0.042 0.013 0.018 0.029 0.057 0.015 0.001 0.009 0.461 55 S 0.070 0.052 0.021 0.012 0.021 0.027 0.113 0.009 0.001 0.007 0.669