# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.050 0.020 0.030 0.048 0.060 0.007 0.729 2 Q 0.043 0.049 0.019 0.058 0.075 0.156 0.010 0.589 3 K 0.099 0.058 0.027 0.069 0.096 0.089 0.017 0.545 4 R 0.066 0.099 0.043 0.132 0.206 0.066 0.014 0.374 5 E 0.105 0.044 0.054 0.178 0.203 0.104 0.021 0.290 6 L 0.047 0.034 0.059 0.208 0.285 0.036 0.010 0.321 7 Y 0.007 0.006 0.046 0.445 0.410 0.015 0.002 0.069 8 E 0.006 0.005 0.041 0.327 0.352 0.025 0.003 0.241 9 I 0.005 0.006 0.081 0.313 0.435 0.023 0.002 0.134 10 A 0.006 0.009 0.028 0.255 0.254 0.073 0.004 0.371 11 D 0.010 0.008 0.020 0.036 0.074 0.127 0.010 0.715 12 G 0.209 0.012 0.040 0.041 0.103 0.103 0.079 0.412 13 K 0.426 0.005 0.047 0.045 0.042 0.253 0.025 0.157 14 L 0.010 0.003 0.042 0.099 0.115 0.167 0.003 0.562 15 V 0.001 0.001 0.040 0.353 0.537 0.014 0.001 0.053 16 R 0.005 0.009 0.036 0.081 0.175 0.090 0.001 0.603 17 K 0.014 0.018 0.097 0.145 0.364 0.091 0.004 0.266 18 H 0.047 0.045 0.052 0.138 0.258 0.064 0.012 0.386 19 R 0.075 0.039 0.035 0.107 0.094 0.059 0.019 0.573 20 F 0.080 0.037 0.036 0.066 0.119 0.101 0.028 0.533 21 C 0.136 0.046 0.054 0.076 0.163 0.092 0.011 0.423 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 23 R 0.016 0.005 0.013 0.014 0.038 0.101 0.004 0.809 24 C 0.416 0.015 0.025 0.011 0.024 0.033 0.015 0.461 25 G 0.186 0.024 0.047 0.036 0.044 0.098 0.005 0.560 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 27 G 0.058 0.011 0.064 0.047 0.096 0.110 0.006 0.608 28 V 0.178 0.048 0.125 0.071 0.098 0.072 0.007 0.401 29 F 0.039 0.091 0.248 0.166 0.191 0.046 0.004 0.214 30 L 0.046 0.153 0.156 0.104 0.228 0.036 0.006 0.271 31 A 0.054 0.127 0.228 0.124 0.241 0.047 0.008 0.172 32 E 0.051 0.120 0.068 0.094 0.138 0.103 0.027 0.400 33 H 0.139 0.080 0.066 0.060 0.131 0.079 0.034 0.411 34 A 0.079 0.073 0.036 0.041 0.050 0.164 0.017 0.540 35 D 0.051 0.045 0.018 0.021 0.031 0.160 0.012 0.663 36 R 0.136 0.099 0.024 0.023 0.062 0.097 0.014 0.545 37 Y 0.149 0.106 0.035 0.039 0.048 0.199 0.018 0.407 38 S 0.175 0.095 0.038 0.046 0.058 0.147 0.025 0.416 39 C 0.110 0.192 0.045 0.038 0.072 0.048 0.016 0.479 40 G 0.107 0.089 0.073 0.074 0.104 0.089 0.021 0.444 41 R 0.068 0.032 0.056 0.039 0.036 0.107 0.014 0.647 42 C 0.046 0.038 0.069 0.069 0.100 0.054 0.009 0.614 43 G 0.056 0.036 0.083 0.087 0.185 0.079 0.008 0.466 44 Y 0.041 0.033 0.090 0.079 0.119 0.095 0.007 0.535 45 T 0.021 0.036 0.087 0.136 0.203 0.092 0.004 0.420 46 E 0.033 0.075 0.034 0.068 0.124 0.097 0.005 0.564 47 F 0.043 0.179 0.053 0.072 0.162 0.110 0.007 0.374 48 K 0.038 0.243 0.054 0.071 0.140 0.099 0.008 0.347 49 K 0.044 0.365 0.018 0.036 0.066 0.053 0.012 0.406 50 A 0.076 0.461 0.017 0.026 0.064 0.044 0.016 0.297 51 K 0.099 0.397 0.021 0.023 0.038 0.054 0.022 0.345 52 K 0.124 0.274 0.031 0.024 0.034 0.091 0.031 0.391 53 S 0.176 0.213 0.032 0.024 0.038 0.074 0.033 0.410 54 K 0.155 0.150 0.039 0.021 0.038 0.065 0.025 0.507 55 S 0.070 0.069 0.033 0.016 0.021 0.130 0.019 0.642