# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.412 0.174 0.215 0.082 0.045 0.026 0.015 0.003 0.024 0.003 0.001 2 Q 0.456 0.154 0.223 0.077 0.031 0.024 0.015 0.001 0.016 0.002 0.001 3 K 0.382 0.150 0.201 0.152 0.033 0.034 0.020 0.002 0.023 0.001 0.001 4 R 0.186 0.406 0.201 0.077 0.070 0.015 0.016 0.004 0.024 0.002 0.001 5 E 0.147 0.399 0.266 0.057 0.064 0.031 0.016 0.001 0.016 0.001 0.002 6 L 0.094 0.601 0.166 0.047 0.048 0.026 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 7 Y 0.016 0.823 0.055 0.008 0.075 0.007 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 8 E 0.008 0.522 0.292 0.005 0.022 0.143 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 9 I 0.021 0.528 0.363 0.004 0.011 0.055 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 10 A 0.479 0.193 0.183 0.036 0.026 0.037 0.010 0.001 0.028 0.003 0.004 11 D 0.060 0.016 0.068 0.317 0.029 0.014 0.467 0.013 0.007 0.010 0.001 12 G 0.009 0.004 0.012 0.011 0.014 0.002 0.148 0.744 0.001 0.056 0.001 13 K 0.035 0.346 0.554 0.015 0.025 0.010 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 14 L 0.063 0.335 0.500 0.020 0.015 0.048 0.003 0.001 0.013 0.001 0.003 15 V 0.107 0.550 0.239 0.020 0.047 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 16 R 0.189 0.319 0.319 0.030 0.066 0.041 0.006 0.001 0.026 0.001 0.002 17 K 0.343 0.270 0.182 0.087 0.060 0.019 0.011 0.002 0.022 0.001 0.002 18 H 0.249 0.296 0.181 0.110 0.084 0.019 0.017 0.004 0.037 0.003 0.001 19 R 0.222 0.253 0.318 0.066 0.054 0.038 0.022 0.001 0.022 0.001 0.002 20 F 0.223 0.286 0.247 0.140 0.030 0.038 0.014 0.003 0.015 0.002 0.002 21 C 0.061 0.194 0.408 0.012 0.065 0.022 0.012 0.002 0.208 0.016 0.001 22 P 0.569 0.008 0.335 0.044 0.004 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 23 R 0.356 0.116 0.147 0.217 0.066 0.026 0.020 0.014 0.030 0.006 0.001 24 C 0.106 0.096 0.314 0.314 0.050 0.023 0.051 0.012 0.014 0.017 0.002 25 G 0.013 0.030 0.127 0.010 0.088 0.011 0.053 0.146 0.046 0.475 0.001 26 P 0.275 0.017 0.624 0.044 0.011 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.016 27 G 0.120 0.085 0.200 0.079 0.182 0.056 0.041 0.175 0.010 0.052 0.001 28 V 0.125 0.610 0.170 0.018 0.055 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 29 F 0.107 0.502 0.219 0.019 0.083 0.053 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 30 L 0.176 0.557 0.144 0.025 0.042 0.035 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 31 A 0.392 0.227 0.116 0.045 0.151 0.022 0.008 0.001 0.035 0.003 0.001 32 E 0.438 0.156 0.134 0.142 0.058 0.027 0.018 0.002 0.022 0.002 0.001 33 H 0.275 0.161 0.157 0.224 0.060 0.034 0.042 0.006 0.036 0.005 0.001 34 A 0.543 0.091 0.177 0.096 0.026 0.020 0.026 0.004 0.014 0.004 0.001 35 D 0.433 0.070 0.106 0.251 0.032 0.033 0.057 0.004 0.011 0.003 0.001 36 R 0.361 0.172 0.125 0.198 0.053 0.024 0.024 0.007 0.031 0.004 0.001 37 Y 0.304 0.268 0.236 0.087 0.042 0.026 0.012 0.002 0.020 0.002 0.001 38 S 0.276 0.301 0.179 0.087 0.054 0.048 0.018 0.003 0.029 0.004 0.002 39 C 0.168 0.204 0.262 0.214 0.057 0.022 0.033 0.003 0.030 0.004 0.001 40 G 0.047 0.028 0.067 0.036 0.133 0.014 0.083 0.286 0.008 0.297 0.001 41 R 0.159 0.222 0.317 0.137 0.061 0.048 0.023 0.004 0.022 0.005 0.002 42 C 0.129 0.264 0.284 0.165 0.061 0.027 0.034 0.007 0.020 0.008 0.001 43 G 0.105 0.095 0.154 0.054 0.226 0.039 0.091 0.113 0.013 0.109 0.001 44 Y 0.223 0.379 0.202 0.080 0.065 0.029 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 45 T 0.239 0.403 0.193 0.038 0.068 0.026 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 46 E 0.376 0.282 0.184 0.048 0.058 0.028 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 47 F 0.335 0.247 0.186 0.068 0.082 0.035 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 48 K 0.631 0.110 0.162 0.044 0.019 0.014 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 49 K 0.557 0.090 0.152 0.111 0.031 0.024 0.017 0.002 0.015 0.002 0.001 50 A 0.497 0.095 0.170 0.134 0.029 0.023 0.021 0.003 0.024 0.003 0.001 51 K 0.492 0.109 0.206 0.116 0.020 0.018 0.016 0.002 0.017 0.002 0.001 52 K 0.385 0.136 0.220 0.142 0.032 0.032 0.025 0.003 0.021 0.003 0.001 53 S 0.275 0.153 0.273 0.158 0.037 0.039 0.027 0.004 0.028 0.004 0.002 54 K 0.303 0.167 0.267 0.142 0.037 0.030 0.021 0.004 0.023 0.004 0.002 55 S 0.214 0.189 0.282 0.133 0.057 0.049 0.033 0.006 0.030 0.006 0.002