# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.154 0.104 0.035 0.015 0.207 0.021 0.041 0.177 0.110 0.085 0.052 2 Q 0.118 0.186 0.064 0.016 0.235 0.027 0.048 0.138 0.061 0.068 0.039 3 K 0.261 0.097 0.021 0.008 0.304 0.009 0.027 0.088 0.048 0.075 0.063 4 R 0.145 0.199 0.053 0.017 0.324 0.030 0.048 0.073 0.043 0.032 0.036 5 E 0.238 0.119 0.026 0.007 0.400 0.015 0.027 0.047 0.023 0.035 0.064 6 L 0.409 0.057 0.009 0.002 0.394 0.005 0.017 0.018 0.016 0.017 0.057 7 Y 0.071 0.286 0.034 0.003 0.573 0.005 0.007 0.008 0.001 0.002 0.008 8 E 0.302 0.066 0.004 0.001 0.599 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.021 9 I 0.221 0.175 0.202 0.024 0.209 0.014 0.011 0.023 0.007 0.015 0.098 10 A 0.006 0.010 0.027 0.426 0.006 0.387 0.065 0.049 0.011 0.007 0.007 11 D 0.008 0.211 0.118 0.439 0.019 0.067 0.088 0.015 0.008 0.022 0.005 12 G 0.010 0.011 0.020 0.073 0.009 0.013 0.005 0.008 0.029 0.631 0.191 13 K 0.027 0.678 0.057 0.004 0.176 0.003 0.006 0.015 0.010 0.012 0.013 14 L 0.485 0.045 0.003 0.002 0.409 0.003 0.005 0.012 0.005 0.007 0.023 15 V 0.155 0.193 0.073 0.041 0.298 0.050 0.041 0.059 0.026 0.019 0.046 16 R 0.278 0.098 0.024 0.008 0.367 0.018 0.020 0.093 0.027 0.025 0.042 17 K 0.137 0.111 0.022 0.007 0.187 0.012 0.038 0.211 0.115 0.104 0.056 18 H 0.100 0.120 0.040 0.015 0.160 0.020 0.037 0.212 0.142 0.086 0.068 19 R 0.072 0.072 0.022 0.007 0.098 0.014 0.059 0.355 0.171 0.092 0.037 20 F 0.069 0.130 0.064 0.015 0.109 0.020 0.097 0.207 0.089 0.164 0.038 21 C 0.131 0.202 0.112 0.014 0.232 0.014 0.020 0.087 0.057 0.083 0.048 22 P 0.044 0.160 0.077 0.022 0.085 0.030 0.064 0.248 0.201 0.042 0.027 23 R 0.059 0.048 0.045 0.038 0.061 0.033 0.183 0.178 0.115 0.192 0.048 24 C 0.082 0.178 0.119 0.036 0.127 0.026 0.033 0.060 0.044 0.235 0.060 25 G 0.044 0.153 0.197 0.184 0.084 0.057 0.036 0.073 0.047 0.079 0.045 26 P 0.067 0.116 0.086 0.059 0.112 0.042 0.075 0.173 0.122 0.116 0.031 27 G 0.100 0.190 0.083 0.027 0.253 0.016 0.026 0.106 0.073 0.087 0.038 28 V 0.213 0.131 0.016 0.003 0.453 0.007 0.017 0.077 0.041 0.019 0.022 29 F 0.199 0.160 0.017 0.004 0.463 0.008 0.015 0.068 0.018 0.020 0.028 30 L 0.295 0.081 0.017 0.006 0.332 0.011 0.019 0.087 0.035 0.044 0.072 31 A 0.092 0.179 0.066 0.031 0.188 0.035 0.053 0.175 0.079 0.049 0.052 32 E 0.084 0.108 0.049 0.027 0.125 0.027 0.083 0.226 0.101 0.120 0.050 33 H 0.094 0.126 0.063 0.019 0.154 0.014 0.029 0.166 0.109 0.167 0.059 34 A 0.063 0.131 0.049 0.021 0.119 0.028 0.058 0.275 0.151 0.071 0.033 35 D 0.088 0.097 0.057 0.023 0.123 0.024 0.057 0.250 0.114 0.121 0.046 36 R 0.109 0.105 0.042 0.009 0.163 0.013 0.038 0.226 0.143 0.103 0.049 37 Y 0.092 0.144 0.065 0.018 0.154 0.023 0.065 0.227 0.093 0.071 0.046 38 S 0.117 0.107 0.058 0.034 0.154 0.036 0.069 0.164 0.068 0.125 0.069 39 C 0.102 0.172 0.083 0.055 0.155 0.044 0.063 0.088 0.049 0.122 0.068 40 G 0.049 0.081 0.154 0.208 0.065 0.071 0.045 0.067 0.041 0.156 0.061 41 R 0.137 0.177 0.140 0.043 0.239 0.019 0.025 0.054 0.040 0.083 0.043 42 C 0.069 0.254 0.107 0.049 0.136 0.042 0.072 0.099 0.088 0.052 0.032 43 G 0.037 0.093 0.097 0.117 0.065 0.068 0.063 0.119 0.091 0.185 0.064 44 Y 0.201 0.144 0.045 0.010 0.328 0.008 0.013 0.061 0.044 0.097 0.049 45 T 0.087 0.306 0.101 0.017 0.265 0.015 0.021 0.097 0.044 0.024 0.024 46 E 0.149 0.172 0.031 0.007 0.299 0.011 0.032 0.155 0.058 0.046 0.039 47 F 0.230 0.111 0.018 0.004 0.328 0.007 0.014 0.136 0.055 0.057 0.040 48 K 0.082 0.151 0.049 0.021 0.162 0.031 0.052 0.278 0.085 0.051 0.038 49 K 0.084 0.124 0.050 0.022 0.115 0.023 0.057 0.257 0.121 0.101 0.046 50 A 0.064 0.097 0.047 0.015 0.099 0.017 0.040 0.248 0.173 0.155 0.044 51 K 0.056 0.124 0.055 0.016 0.102 0.019 0.053 0.277 0.160 0.104 0.035 52 K 0.086 0.114 0.057 0.022 0.118 0.024 0.067 0.201 0.108 0.155 0.049 53 S 0.083 0.212 0.113 0.026 0.157 0.020 0.036 0.141 0.072 0.098 0.043 54 K 0.080 0.111 0.068 0.037 0.117 0.036 0.056 0.185 0.116 0.136 0.057 55 S 0.092 0.188 0.110 0.032 0.172 0.023 0.039 0.123 0.075 0.105 0.043