# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.374 0.133 0.139 0.148 0.096 0.058 0.034 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 Q 0.612 0.171 0.098 0.058 0.029 0.015 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.268 0.181 0.157 0.136 0.108 0.068 0.047 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 R 0.192 0.132 0.145 0.180 0.140 0.101 0.049 0.029 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 5 E 0.276 0.173 0.142 0.119 0.117 0.067 0.058 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.034 0.028 0.066 0.106 0.144 0.179 0.149 0.146 0.073 0.041 0.021 0.009 0.005 0.001 7 Y 0.073 0.062 0.076 0.093 0.161 0.138 0.133 0.116 0.069 0.041 0.021 0.009 0.005 0.001 8 E 0.394 0.215 0.115 0.102 0.066 0.038 0.037 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 I 0.078 0.042 0.090 0.155 0.204 0.173 0.121 0.071 0.036 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 10 A 0.398 0.188 0.120 0.115 0.077 0.041 0.039 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.617 0.180 0.084 0.057 0.030 0.014 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.677 0.144 0.074 0.050 0.026 0.014 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 K 0.347 0.200 0.166 0.120 0.083 0.041 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.065 0.045 0.107 0.144 0.203 0.187 0.125 0.074 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 15 V 0.206 0.141 0.143 0.161 0.150 0.092 0.053 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 16 R 0.330 0.147 0.133 0.126 0.098 0.069 0.047 0.023 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 17 K 0.189 0.158 0.152 0.162 0.128 0.091 0.059 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 18 H 0.206 0.129 0.137 0.131 0.143 0.105 0.064 0.040 0.023 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 19 R 0.410 0.204 0.124 0.099 0.069 0.039 0.025 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 20 F 0.189 0.107 0.130 0.166 0.148 0.105 0.063 0.043 0.026 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 21 C 0.141 0.100 0.127 0.169 0.161 0.128 0.080 0.046 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 22 P 0.350 0.170 0.137 0.108 0.086 0.059 0.041 0.022 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 23 R 0.275 0.196 0.150 0.129 0.087 0.064 0.043 0.026 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 24 C 0.118 0.064 0.095 0.116 0.161 0.149 0.119 0.083 0.046 0.024 0.013 0.009 0.004 0.001 25 G 0.198 0.144 0.131 0.134 0.120 0.094 0.076 0.044 0.027 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 26 P 0.132 0.091 0.096 0.121 0.132 0.116 0.093 0.080 0.065 0.036 0.019 0.010 0.006 0.003 27 G 0.067 0.040 0.052 0.080 0.119 0.141 0.144 0.117 0.095 0.062 0.041 0.025 0.011 0.006 28 V 0.049 0.027 0.035 0.046 0.077 0.102 0.123 0.128 0.114 0.103 0.092 0.063 0.026 0.013 29 F 0.050 0.033 0.041 0.052 0.075 0.093 0.101 0.124 0.128 0.115 0.095 0.055 0.025 0.013 30 L 0.046 0.034 0.044 0.068 0.104 0.107 0.109 0.125 0.120 0.094 0.074 0.044 0.019 0.011 31 A 0.073 0.051 0.054 0.072 0.104 0.119 0.119 0.109 0.109 0.079 0.056 0.032 0.015 0.008 32 E 0.120 0.130 0.159 0.164 0.136 0.102 0.079 0.045 0.030 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 33 H 0.069 0.074 0.105 0.141 0.166 0.143 0.102 0.079 0.060 0.034 0.015 0.007 0.004 0.002 34 A 0.129 0.143 0.156 0.187 0.139 0.114 0.060 0.034 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 35 D 0.312 0.228 0.168 0.099 0.072 0.047 0.039 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 36 R 0.144 0.111 0.121 0.147 0.168 0.124 0.071 0.056 0.035 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 37 Y 0.154 0.096 0.110 0.133 0.158 0.127 0.089 0.059 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 38 S 0.175 0.117 0.130 0.153 0.128 0.104 0.079 0.054 0.029 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 39 C 0.132 0.074 0.082 0.116 0.157 0.127 0.091 0.078 0.067 0.034 0.021 0.013 0.005 0.002 40 G 0.312 0.172 0.141 0.112 0.085 0.063 0.058 0.024 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 41 R 0.160 0.100 0.113 0.140 0.139 0.119 0.086 0.063 0.040 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 42 C 0.100 0.062 0.077 0.114 0.169 0.152 0.124 0.094 0.054 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 43 G 0.230 0.156 0.141 0.134 0.112 0.082 0.068 0.035 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 44 Y 0.100 0.069 0.093 0.134 0.160 0.139 0.102 0.088 0.058 0.030 0.015 0.007 0.004 0.001 45 T 0.199 0.103 0.104 0.124 0.142 0.113 0.085 0.055 0.036 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 46 E 0.147 0.130 0.150 0.177 0.136 0.102 0.066 0.045 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 47 F 0.069 0.047 0.077 0.107 0.162 0.161 0.139 0.106 0.065 0.039 0.015 0.008 0.003 0.001 48 K 0.345 0.199 0.152 0.131 0.075 0.043 0.032 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.429 0.197 0.130 0.098 0.064 0.037 0.025 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.280 0.172 0.161 0.148 0.110 0.066 0.039 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.492 0.215 0.124 0.078 0.051 0.021 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 K 0.577 0.205 0.094 0.060 0.035 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.491 0.174 0.122 0.091 0.062 0.030 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.507 0.203 0.116 0.077 0.048 0.024 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.578 0.193 0.097 0.058 0.038 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001