# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.020 0.110 0.091 0.111 0.004 0.053 0.109 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.038 0.014 0.152 0.046 0.107 0.111 0.001 2 Q 0.018 0.030 0.084 0.102 0.115 0.015 0.064 0.206 0.006 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.032 0.016 0.126 0.041 0.051 0.076 0.002 3 K 0.033 0.053 0.038 0.105 0.207 0.010 0.085 0.131 0.008 0.004 0.002 0.004 0.008 0.005 0.038 0.026 0.137 0.021 0.037 0.047 0.002 4 R 0.069 0.100 0.073 0.100 0.190 0.007 0.108 0.129 0.005 0.002 0.005 0.005 0.015 0.008 0.050 0.015 0.047 0.017 0.023 0.030 0.003 5 E 0.107 0.141 0.112 0.287 0.070 0.005 0.030 0.073 0.003 0.001 0.004 0.008 0.019 0.009 0.035 0.009 0.026 0.016 0.017 0.020 0.006 6 L 0.144 0.133 0.030 0.045 0.389 0.001 0.021 0.052 0.003 0.001 0.012 0.015 0.030 0.012 0.013 0.023 0.016 0.014 0.022 0.011 0.013 7 Y 0.182 0.197 0.206 0.198 0.081 0.001 0.009 0.023 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.004 0.034 0.003 0.006 0.006 0.008 0.012 0.007 8 E 0.136 0.131 0.032 0.097 0.461 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.006 0.006 0.014 0.004 0.007 0.011 0.011 0.012 0.021 0.008 0.019 9 I 0.154 0.119 0.148 0.160 0.250 0.001 0.004 0.011 0.002 0.001 0.003 0.005 0.014 0.003 0.058 0.003 0.016 0.006 0.022 0.015 0.005 10 A 0.060 0.023 0.074 0.128 0.366 0.001 0.012 0.007 0.026 0.009 0.002 0.002 0.004 0.001 0.033 0.011 0.140 0.012 0.026 0.063 0.002 11 D 0.009 0.004 0.007 0.020 0.590 0.001 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.170 0.003 0.009 0.081 0.001 12 G 0.005 0.009 0.026 0.013 0.120 0.001 0.450 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.338 0.008 0.010 0.001 13 K 0.043 0.055 0.396 0.305 0.068 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.014 0.009 0.010 0.015 0.026 0.038 0.003 14 L 0.027 0.037 0.009 0.010 0.860 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.001 0.004 0.006 0.004 0.003 0.013 0.003 0.005 15 V 0.077 0.121 0.294 0.244 0.060 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.007 0.005 0.016 0.002 0.121 0.003 0.008 0.003 0.006 0.010 0.004 16 R 0.060 0.065 0.017 0.092 0.639 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.016 0.006 0.016 0.002 0.007 0.009 0.014 0.005 0.013 0.009 0.008 17 K 0.072 0.097 0.119 0.090 0.237 0.001 0.027 0.032 0.002 0.001 0.004 0.007 0.017 0.005 0.162 0.011 0.073 0.012 0.013 0.014 0.003 18 H 0.087 0.103 0.102 0.178 0.189 0.004 0.071 0.056 0.004 0.001 0.007 0.005 0.012 0.003 0.028 0.009 0.057 0.016 0.025 0.039 0.005 19 R 0.042 0.048 0.086 0.115 0.263 0.016 0.059 0.039 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.037 0.011 0.126 0.032 0.036 0.077 0.002 20 F 0.013 0.016 0.041 0.052 0.198 0.004 0.195 0.024 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.022 0.013 0.209 0.072 0.049 0.079 0.001 21 C 0.006 0.005 0.062 0.058 0.048 0.001 0.014 0.012 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.007 0.061 0.031 0.329 0.335 0.001 22 P 0.001 0.001 0.006 0.006 0.026 0.004 0.015 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.796 0.024 0.016 0.073 0.001 23 R 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.044 0.654 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.144 0.029 0.021 0.042 0.001 24 C 0.001 0.002 0.022 0.014 0.030 0.003 0.233 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.015 0.180 0.118 0.139 0.200 0.001 25 G 0.001 0.002 0.031 0.015 0.032 0.001 0.027 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.037 0.209 0.090 0.087 0.418 0.001 26 P 0.001 0.003 0.022 0.009 0.049 0.003 0.060 0.035 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.042 0.042 0.517 0.033 0.034 0.141 0.001 27 G 0.008 0.023 0.023 0.023 0.051 0.018 0.361 0.146 0.002 0.001 0.003 0.003 0.012 0.013 0.064 0.034 0.065 0.092 0.030 0.024 0.003 28 V 0.054 0.053 0.087 0.043 0.063 0.003 0.038 0.203 0.002 0.001 0.026 0.017 0.038 0.056 0.052 0.071 0.073 0.020 0.066 0.018 0.016 29 F 0.068 0.051 0.042 0.025 0.074 0.003 0.017 0.233 0.004 0.001 0.013 0.030 0.068 0.148 0.062 0.046 0.057 0.014 0.029 0.007 0.009 30 L 0.036 0.049 0.040 0.045 0.035 0.013 0.052 0.292 0.008 0.003 0.006 0.011 0.016 0.095 0.136 0.049 0.078 0.013 0.010 0.010 0.003 31 A 0.043 0.058 0.020 0.109 0.032 0.018 0.095 0.181 0.018 0.010 0.004 0.013 0.038 0.117 0.076 0.016 0.096 0.018 0.014 0.021 0.003 32 E 0.018 0.023 0.025 0.029 0.054 0.015 0.173 0.244 0.020 0.005 0.008 0.006 0.011 0.037 0.045 0.028 0.139 0.046 0.026 0.045 0.004 33 H 0.018 0.015 0.037 0.024 0.052 0.009 0.151 0.220 0.022 0.005 0.004 0.004 0.006 0.012 0.030 0.023 0.138 0.091 0.056 0.080 0.003 34 A 0.006 0.005 0.036 0.014 0.043 0.008 0.077 0.192 0.018 0.002 0.002 0.001 0.003 0.005 0.025 0.019 0.364 0.058 0.047 0.073 0.001 35 D 0.003 0.005 0.018 0.016 0.036 0.038 0.164 0.362 0.015 0.004 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.014 0.122 0.051 0.058 0.064 0.001 36 R 0.004 0.005 0.023 0.019 0.040 0.020 0.113 0.334 0.013 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 0.015 0.257 0.043 0.042 0.034 0.001 37 Y 0.007 0.009 0.040 0.032 0.052 0.024 0.146 0.262 0.012 0.007 0.001 0.002 0.005 0.009 0.033 0.016 0.227 0.034 0.037 0.046 0.001 38 S 0.009 0.013 0.033 0.061 0.076 0.018 0.198 0.094 0.013 0.010 0.002 0.004 0.006 0.016 0.038 0.032 0.170 0.062 0.050 0.094 0.001 39 C 0.009 0.012 0.046 0.054 0.146 0.007 0.132 0.046 0.010 0.005 0.003 0.003 0.006 0.008 0.047 0.034 0.148 0.067 0.087 0.129 0.002 40 G 0.011 0.014 0.105 0.085 0.115 0.011 0.086 0.037 0.008 0.003 0.003 0.003 0.005 0.006 0.057 0.028 0.111 0.090 0.077 0.140 0.003 41 R 0.015 0.015 0.068 0.079 0.194 0.005 0.055 0.020 0.010 0.004 0.003 0.003 0.006 0.005 0.043 0.040 0.164 0.050 0.091 0.127 0.003 42 C 0.015 0.027 0.051 0.078 0.252 0.003 0.075 0.016 0.002 0.001 0.005 0.004 0.008 0.005 0.046 0.040 0.065 0.040 0.090 0.173 0.003 43 G 0.033 0.063 0.125 0.132 0.161 0.004 0.062 0.030 0.001 0.001 0.006 0.005 0.012 0.005 0.049 0.028 0.063 0.082 0.050 0.082 0.006 44 Y 0.089 0.117 0.073 0.124 0.247 0.002 0.021 0.037 0.001 0.001 0.014 0.011 0.027 0.007 0.029 0.035 0.037 0.020 0.060 0.036 0.012 45 T 0.137 0.165 0.103 0.087 0.200 0.002 0.024 0.070 0.001 0.001 0.009 0.012 0.031 0.006 0.049 0.015 0.021 0.012 0.030 0.018 0.008 46 E 0.135 0.150 0.096 0.166 0.159 0.002 0.011 0.097 0.001 0.001 0.008 0.008 0.020 0.004 0.039 0.014 0.028 0.010 0.022 0.020 0.009 47 F 0.097 0.124 0.048 0.088 0.251 0.002 0.024 0.154 0.002 0.001 0.008 0.010 0.021 0.005 0.038 0.017 0.041 0.015 0.028 0.019 0.008 48 K 0.064 0.073 0.100 0.143 0.124 0.004 0.036 0.205 0.003 0.001 0.004 0.004 0.010 0.002 0.059 0.009 0.084 0.013 0.029 0.031 0.003 49 K 0.029 0.034 0.035 0.085 0.250 0.005 0.082 0.174 0.008 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.035 0.012 0.112 0.031 0.037 0.057 0.001 50 A 0.008 0.007 0.040 0.051 0.109 0.005 0.097 0.193 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.007 0.283 0.030 0.054 0.075 0.001 51 K 0.002 0.003 0.017 0.021 0.057 0.014 0.261 0.247 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.137 0.094 0.043 0.071 0.001 52 K 0.001 0.002 0.024 0.036 0.045 0.014 0.216 0.171 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.188 0.079 0.088 0.103 0.001 53 S 0.001 0.002 0.027 0.041 0.059 0.012 0.143 0.117 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.116 0.084 0.178 0.181 0.001 54 K 0.001 0.002 0.028 0.039 0.072 0.008 0.117 0.075 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.017 0.216 0.072 0.135 0.187 0.001 55 S 0.002 0.004 0.039 0.054 0.093 0.008 0.124 0.073 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.023 0.093 0.077 0.166 0.202 0.001