# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.014 0.609 0.012 0.008 0.024 0.001 0.001 0.011 0.080 0.016 0.144 0.065 2 Q 0.024 0.011 0.488 0.020 0.007 0.024 0.002 0.001 0.014 0.057 0.026 0.091 0.233 3 K 0.073 0.012 0.188 0.017 0.022 0.030 0.005 0.001 0.019 0.022 0.029 0.113 0.470 4 R 0.186 0.004 0.132 0.079 0.017 0.023 0.007 0.001 0.016 0.014 0.009 0.234 0.279 5 E 0.244 0.002 0.032 0.025 0.007 0.015 0.007 0.001 0.015 0.006 0.006 0.438 0.205 6 L 0.324 0.001 0.016 0.015 0.003 0.008 0.006 0.001 0.007 0.002 0.002 0.109 0.506 7 Y 0.509 0.001 0.008 0.010 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.351 0.107 8 E 0.362 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.189 0.433 9 I 0.316 0.004 0.025 0.008 0.002 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.004 0.126 0.507 10 A 0.056 0.001 0.038 0.097 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.043 0.177 0.480 0.095 11 D 0.003 0.001 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.787 0.011 0.086 12 G 0.010 0.003 0.148 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.296 0.169 0.034 13 K 0.089 0.020 0.192 0.004 0.002 0.004 0.004 0.001 0.004 0.025 0.008 0.385 0.262 14 L 0.111 0.022 0.055 0.003 0.003 0.009 0.010 0.001 0.007 0.005 0.004 0.072 0.698 15 V 0.172 0.011 0.040 0.291 0.007 0.020 0.017 0.001 0.007 0.006 0.004 0.341 0.082 16 R 0.178 0.007 0.028 0.031 0.009 0.015 0.012 0.001 0.009 0.006 0.010 0.176 0.519 17 K 0.194 0.007 0.067 0.036 0.028 0.021 0.010 0.001 0.005 0.012 0.030 0.113 0.477 18 H 0.102 0.006 0.161 0.033 0.057 0.039 0.006 0.001 0.008 0.053 0.078 0.299 0.157 19 R 0.039 0.018 0.213 0.008 0.062 0.048 0.004 0.001 0.009 0.117 0.168 0.123 0.189 20 F 0.015 0.054 0.343 0.008 0.071 0.054 0.003 0.002 0.009 0.155 0.160 0.036 0.090 21 C 0.002 0.014 0.678 0.003 0.013 0.013 0.001 0.001 0.007 0.199 0.030 0.025 0.015 22 P 0.001 0.012 0.425 0.004 0.071 0.033 0.001 0.001 0.004 0.164 0.254 0.007 0.025 23 R 0.001 0.028 0.237 0.003 0.069 0.028 0.001 0.001 0.003 0.153 0.452 0.014 0.011 24 C 0.002 0.028 0.539 0.003 0.046 0.025 0.001 0.001 0.006 0.233 0.078 0.010 0.029 25 G 0.002 0.017 0.507 0.007 0.016 0.028 0.001 0.001 0.009 0.309 0.066 0.020 0.019 26 P 0.004 0.016 0.293 0.012 0.033 0.071 0.001 0.001 0.008 0.197 0.314 0.010 0.042 27 G 0.022 0.017 0.300 0.017 0.042 0.129 0.004 0.004 0.018 0.174 0.141 0.078 0.053 28 V 0.144 0.013 0.173 0.016 0.046 0.186 0.025 0.012 0.031 0.046 0.022 0.093 0.192 29 F 0.337 0.009 0.055 0.017 0.026 0.109 0.045 0.020 0.038 0.013 0.012 0.149 0.171 30 L 0.380 0.008 0.052 0.055 0.039 0.150 0.044 0.009 0.016 0.013 0.028 0.045 0.163 31 A 0.253 0.009 0.099 0.023 0.054 0.151 0.020 0.005 0.017 0.034 0.070 0.166 0.100 32 E 0.139 0.011 0.130 0.017 0.072 0.143 0.010 0.003 0.011 0.052 0.091 0.068 0.254 33 H 0.047 0.015 0.226 0.014 0.058 0.142 0.003 0.002 0.009 0.126 0.189 0.086 0.084 34 A 0.011 0.011 0.265 0.017 0.058 0.099 0.002 0.001 0.007 0.175 0.291 0.029 0.034 35 D 0.010 0.013 0.249 0.011 0.094 0.097 0.001 0.001 0.005 0.149 0.298 0.026 0.046 36 R 0.020 0.019 0.196 0.012 0.103 0.133 0.002 0.002 0.008 0.180 0.201 0.053 0.069 37 Y 0.056 0.039 0.228 0.013 0.098 0.116 0.008 0.005 0.020 0.093 0.109 0.061 0.154 38 S 0.057 0.034 0.228 0.025 0.052 0.086 0.010 0.008 0.033 0.097 0.109 0.143 0.120 39 C 0.034 0.023 0.276 0.029 0.029 0.049 0.008 0.006 0.021 0.133 0.158 0.052 0.182 40 G 0.021 0.014 0.258 0.021 0.017 0.030 0.003 0.003 0.010 0.210 0.201 0.156 0.056 41 R 0.047 0.023 0.230 0.014 0.022 0.036 0.005 0.002 0.012 0.126 0.130 0.099 0.253 42 C 0.053 0.018 0.261 0.038 0.026 0.040 0.006 0.003 0.010 0.141 0.119 0.084 0.203 43 G 0.047 0.012 0.193 0.057 0.012 0.049 0.004 0.001 0.008 0.163 0.129 0.241 0.084 44 Y 0.104 0.014 0.164 0.013 0.013 0.074 0.007 0.001 0.008 0.040 0.047 0.053 0.463 45 T 0.166 0.007 0.087 0.036 0.014 0.089 0.009 0.001 0.006 0.021 0.015 0.431 0.118 46 E 0.227 0.005 0.043 0.009 0.014 0.114 0.013 0.002 0.009 0.008 0.011 0.174 0.372 47 F 0.252 0.010 0.071 0.036 0.034 0.168 0.012 0.001 0.006 0.009 0.022 0.114 0.266 48 K 0.171 0.008 0.082 0.042 0.040 0.193 0.008 0.001 0.006 0.020 0.043 0.266 0.121 49 K 0.067 0.010 0.131 0.012 0.044 0.172 0.003 0.001 0.004 0.042 0.098 0.066 0.352 50 A 0.030 0.009 0.217 0.020 0.065 0.187 0.002 0.001 0.002 0.088 0.186 0.092 0.101 51 K 0.011 0.008 0.224 0.010 0.071 0.164 0.001 0.001 0.002 0.093 0.319 0.044 0.052 52 K 0.008 0.015 0.289 0.005 0.080 0.177 0.001 0.001 0.003 0.104 0.240 0.029 0.051 53 S 0.005 0.020 0.450 0.004 0.045 0.116 0.001 0.001 0.006 0.135 0.146 0.032 0.039 54 K 0.003 0.027 0.573 0.004 0.020 0.050 0.001 0.001 0.009 0.152 0.095 0.026 0.039 55 S 0.002 0.020 0.730 0.004 0.013 0.023 0.001 0.001 0.009 0.110 0.040 0.019 0.031