# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.083 0.139 0.264 0.006 0.058 0.011 0.010 0.014 0.006 0.071 0.065 0.106 0.002 0.005 0.022 2 Q 0.031 0.130 0.227 0.358 0.003 0.075 0.005 0.007 0.007 0.002 0.017 0.061 0.061 0.001 0.004 0.011 3 K 0.014 0.058 0.170 0.544 0.003 0.088 0.003 0.003 0.003 0.001 0.025 0.012 0.062 0.001 0.002 0.009 4 R 0.010 0.096 0.183 0.611 0.002 0.035 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.013 0.027 0.001 0.001 0.004 5 E 0.005 0.025 0.093 0.811 0.002 0.029 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.014 0.001 0.001 0.003 6 L 0.004 0.030 0.122 0.810 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 7 Y 0.002 0.009 0.061 0.911 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 8 E 0.005 0.008 0.039 0.829 0.040 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 9 I 0.001 0.010 0.005 0.085 0.648 0.223 0.005 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.019 0.001 0.009 0.720 0.017 0.036 0.057 0.001 0.002 0.067 0.004 0.001 0.066 0.001 0.001 11 D 0.001 0.023 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.579 0.026 0.006 0.005 0.012 0.002 0.001 0.332 0.002 12 G 0.016 0.007 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.528 0.092 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.330 13 K 0.948 0.002 0.030 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 14 L 0.007 0.006 0.486 0.055 0.004 0.382 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.409 0.020 0.402 0.004 0.042 0.001 0.004 0.001 0.001 0.040 0.044 0.030 0.001 0.001 0.001 16 R 0.002 0.015 0.012 0.535 0.006 0.184 0.001 0.009 0.005 0.002 0.038 0.060 0.125 0.001 0.001 0.003 17 K 0.007 0.068 0.180 0.216 0.006 0.053 0.009 0.008 0.002 0.001 0.061 0.034 0.330 0.005 0.006 0.012 18 H 0.008 0.010 0.042 0.178 0.008 0.129 0.015 0.010 0.003 0.004 0.060 0.086 0.420 0.007 0.009 0.009 19 R 0.008 0.088 0.065 0.131 0.006 0.040 0.014 0.013 0.004 0.002 0.097 0.031 0.442 0.011 0.009 0.039 20 F 0.028 0.121 0.087 0.339 0.004 0.018 0.019 0.006 0.017 0.003 0.007 0.049 0.142 0.027 0.017 0.117 21 C 0.012 0.011 0.263 0.064 0.022 0.210 0.136 0.002 0.002 0.004 0.008 0.010 0.228 0.005 0.010 0.014 22 P 0.013 0.098 0.067 0.045 0.016 0.064 0.017 0.041 0.002 0.003 0.398 0.014 0.184 0.011 0.007 0.020 23 R 0.025 0.085 0.019 0.073 0.070 0.027 0.048 0.020 0.049 0.013 0.057 0.222 0.047 0.208 0.009 0.027 24 C 0.021 0.046 0.216 0.060 0.005 0.019 0.017 0.061 0.008 0.005 0.022 0.029 0.168 0.002 0.302 0.021 25 G 0.021 0.024 0.099 0.036 0.055 0.086 0.149 0.005 0.033 0.071 0.054 0.034 0.124 0.040 0.003 0.166 26 P 0.277 0.067 0.063 0.130 0.001 0.031 0.002 0.155 0.006 0.002 0.081 0.061 0.076 0.001 0.045 0.004 27 G 0.014 0.062 0.177 0.242 0.001 0.042 0.001 0.002 0.109 0.039 0.042 0.104 0.097 0.001 0.001 0.068 28 V 0.182 0.016 0.103 0.500 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.034 0.105 0.001 0.001 0.002 29 F 0.001 0.021 0.148 0.553 0.002 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.145 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.031 0.012 0.780 0.004 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.121 0.001 0.001 0.001 31 A 0.002 0.010 0.014 0.669 0.018 0.066 0.003 0.003 0.001 0.001 0.012 0.007 0.189 0.002 0.001 0.003 32 E 0.004 0.074 0.034 0.370 0.042 0.115 0.012 0.015 0.002 0.002 0.026 0.018 0.252 0.016 0.006 0.012 33 H 0.007 0.041 0.018 0.126 0.100 0.208 0.044 0.026 0.006 0.005 0.059 0.028 0.232 0.058 0.021 0.021 34 A 0.009 0.106 0.066 0.065 0.019 0.041 0.053 0.088 0.008 0.007 0.119 0.042 0.221 0.044 0.079 0.033 35 D 0.030 0.081 0.050 0.061 0.003 0.062 0.014 0.032 0.052 0.022 0.028 0.103 0.226 0.009 0.111 0.117 36 R 0.133 0.038 0.134 0.050 0.008 0.019 0.024 0.004 0.027 0.009 0.089 0.025 0.191 0.021 0.012 0.216 37 Y 0.118 0.058 0.317 0.087 0.016 0.050 0.036 0.011 0.004 0.002 0.019 0.074 0.162 0.011 0.014 0.020 38 S 0.013 0.046 0.126 0.070 0.141 0.069 0.218 0.015 0.008 0.008 0.025 0.017 0.082 0.125 0.009 0.029 39 C 0.018 0.083 0.102 0.191 0.020 0.047 0.029 0.181 0.022 0.006 0.034 0.036 0.089 0.004 0.119 0.020 40 G 0.030 0.042 0.106 0.126 0.016 0.044 0.013 0.018 0.128 0.139 0.054 0.046 0.095 0.004 0.005 0.132 41 R 0.290 0.043 0.082 0.151 0.124 0.030 0.072 0.008 0.008 0.006 0.036 0.045 0.038 0.051 0.003 0.013 42 C 0.018 0.040 0.209 0.170 0.009 0.083 0.007 0.222 0.006 0.006 0.028 0.036 0.054 0.002 0.105 0.006 43 G 0.010 0.120 0.066 0.276 0.003 0.093 0.003 0.014 0.094 0.080 0.067 0.036 0.066 0.001 0.003 0.067 44 Y 0.250 0.036 0.039 0.351 0.002 0.066 0.002 0.004 0.006 0.002 0.074 0.076 0.085 0.001 0.002 0.004 45 T 0.011 0.045 0.297 0.233 0.004 0.099 0.004 0.003 0.002 0.001 0.040 0.101 0.152 0.001 0.002 0.004 46 E 0.005 0.046 0.045 0.469 0.008 0.091 0.004 0.005 0.002 0.001 0.050 0.038 0.223 0.004 0.002 0.007 47 F 0.004 0.050 0.065 0.357 0.018 0.103 0.016 0.005 0.002 0.001 0.030 0.047 0.277 0.008 0.005 0.009 48 K 0.006 0.061 0.095 0.275 0.013 0.067 0.017 0.020 0.003 0.003 0.037 0.032 0.326 0.007 0.017 0.021 49 K 0.015 0.044 0.064 0.173 0.015 0.143 0.020 0.019 0.008 0.009 0.057 0.039 0.314 0.023 0.013 0.043 50 A 0.025 0.071 0.071 0.104 0.007 0.122 0.019 0.020 0.005 0.005 0.109 0.061 0.317 0.013 0.028 0.024 51 K 0.015 0.068 0.068 0.066 0.005 0.089 0.017 0.011 0.009 0.004 0.134 0.104 0.344 0.011 0.017 0.040 52 K 0.036 0.108 0.119 0.098 0.005 0.033 0.024 0.010 0.009 0.002 0.063 0.107 0.291 0.023 0.020 0.052 53 S 0.023 0.043 0.181 0.078 0.007 0.105 0.028 0.008 0.006 0.003 0.028 0.066 0.352 0.009 0.027 0.037 54 K 0.018 0.040 0.142 0.045 0.045 0.068 0.108 0.009 0.004 0.004 0.125 0.030 0.252 0.061 0.009 0.041 55 S 0.024 0.110 0.090 0.083 0.017 0.057 0.042 0.072 0.007 0.003 0.065 0.122 0.172 0.029 0.086 0.021