# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.072 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.076 0.098 0.546 2 Q 0.068 0.025 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.128 0.130 0.087 0.527 3 K 0.052 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.283 0.070 0.072 0.484 4 R 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.252 0.043 0.088 0.591 5 E 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.848 0.028 0.013 0.091 6 L 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.382 0.044 0.039 0.478 7 Y 0.002 0.003 0.001 0.002 0.053 0.318 0.069 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.409 0.033 0.008 0.061 8 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.613 0.018 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.036 0.018 0.164 9 I 0.372 0.002 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.125 0.026 0.236 10 A 0.428 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.050 0.029 0.465 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.060 0.914 12 G 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.012 0.078 0.777 13 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.455 0.443 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.007 0.008 0.047 14 L 0.025 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.072 0.056 0.005 0.030 0.006 0.002 0.001 0.128 0.048 0.043 0.505 15 V 0.012 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.281 0.496 0.035 0.003 0.021 0.018 0.010 0.086 16 R 0.096 0.104 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.149 0.201 0.026 0.092 0.059 0.034 0.215 17 K 0.141 0.109 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.176 0.112 0.056 0.368 18 H 0.197 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.038 0.082 0.496 19 R 0.013 0.009 0.002 0.001 0.010 0.011 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.028 0.114 0.613 20 F 0.008 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.026 0.132 0.753 21 C 0.429 0.022 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.148 0.080 0.275 22 P 0.120 0.018 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.059 0.158 0.607 23 R 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.030 0.147 0.759 24 C 0.042 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.037 0.206 0.634 25 G 0.168 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.100 0.136 0.346 26 P 0.011 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.136 0.077 0.156 0.467 27 G 0.017 0.183 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.004 0.002 0.466 0.099 0.051 0.161 28 V 0.031 0.217 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.003 0.002 0.004 0.004 0.007 0.005 0.364 0.104 0.051 0.190 29 F 0.019 0.067 0.009 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.653 0.108 0.027 0.088 30 L 0.085 0.076 0.011 0.002 0.005 0.007 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.005 0.328 0.185 0.056 0.215 31 A 0.084 0.056 0.011 0.002 0.008 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 0.147 0.090 0.253 32 E 0.058 0.059 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.064 0.126 0.514 33 H 0.148 0.123 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.105 0.136 0.397 34 A 0.072 0.068 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.178 0.151 0.463 35 D 0.145 0.119 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.193 0.121 0.342 36 R 0.082 0.043 0.014 0.001 0.010 0.008 0.012 0.003 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.104 0.141 0.496 37 Y 0.114 0.018 0.005 0.001 0.014 0.012 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.089 0.075 0.130 0.519 38 S 0.200 0.018 0.005 0.001 0.012 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.058 0.093 0.122 0.463 39 C 0.081 0.014 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.065 0.141 0.625 40 G 0.104 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.062 0.173 0.561 41 R 0.037 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.191 0.154 0.494 42 C 0.017 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.106 0.179 0.494 43 G 0.031 0.148 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.011 0.003 0.006 0.003 0.002 0.002 0.217 0.079 0.107 0.369 44 Y 0.035 0.234 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.009 0.004 0.013 0.008 0.009 0.005 0.217 0.087 0.056 0.307 45 T 0.054 0.204 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.007 0.002 0.013 0.012 0.011 0.006 0.271 0.093 0.050 0.258 46 E 0.047 0.151 0.007 0.002 0.005 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.010 0.007 0.005 0.345 0.092 0.051 0.250 47 F 0.070 0.116 0.020 0.002 0.008 0.006 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.224 0.123 0.073 0.330 48 K 0.147 0.104 0.012 0.002 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.084 0.062 0.402 49 K 0.122 0.073 0.013 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.134 0.071 0.507 50 A 0.071 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.092 0.084 0.657 51 K 0.139 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.096 0.079 0.626 52 K 0.059 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.041 0.089 0.759 53 S 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.024 0.094 0.812 54 K 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.018 0.106 0.809 55 S 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 0.028 0.111 0.766