# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.102 0.011 0.025 0.047 0.061 0.083 0.008 0.003 0.056 0.480 2 Q 0.062 0.064 0.007 0.041 0.045 0.092 0.110 0.005 0.002 0.038 0.534 3 K 0.049 0.063 0.003 0.041 0.060 0.214 0.084 0.012 0.001 0.053 0.419 4 R 0.043 0.033 0.005 0.016 0.121 0.145 0.078 0.005 0.001 0.067 0.487 5 E 0.020 0.022 0.001 0.045 0.184 0.385 0.049 0.002 0.001 0.039 0.252 6 L 0.018 0.012 0.001 0.031 0.121 0.281 0.060 0.003 0.001 0.056 0.417 7 Y 0.002 0.002 0.001 0.059 0.358 0.468 0.015 0.001 0.001 0.018 0.076 8 E 0.020 0.004 0.006 0.029 0.206 0.309 0.042 0.001 0.006 0.093 0.284 9 I 0.237 0.003 0.001 0.043 0.075 0.087 0.066 0.006 0.001 0.063 0.416 10 A 0.526 0.002 0.001 0.006 0.015 0.017 0.041 0.003 0.001 0.025 0.365 11 D 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.079 0.001 0.001 0.004 0.898 12 G 0.004 0.009 0.001 0.014 0.087 0.128 0.090 0.001 0.001 0.019 0.648 13 K 0.003 0.004 0.001 0.013 0.464 0.394 0.018 0.001 0.001 0.012 0.092 14 L 0.007 0.010 0.001 0.026 0.213 0.181 0.045 0.001 0.001 0.022 0.493 15 V 0.019 0.015 0.003 0.029 0.363 0.356 0.023 0.004 0.001 0.027 0.160 16 R 0.067 0.016 0.003 0.031 0.184 0.249 0.044 0.004 0.001 0.050 0.351 17 K 0.058 0.014 0.003 0.033 0.165 0.251 0.053 0.006 0.002 0.068 0.347 18 H 0.041 0.005 0.001 0.029 0.120 0.162 0.059 0.002 0.001 0.061 0.520 19 R 0.006 0.003 0.001 0.028 0.202 0.185 0.056 0.001 0.001 0.040 0.478 20 F 0.013 0.008 0.001 0.028 0.137 0.089 0.064 0.002 0.001 0.025 0.632 21 C 0.225 0.013 0.005 0.026 0.063 0.053 0.082 0.014 0.003 0.106 0.411 22 P 0.173 0.005 0.001 0.017 0.019 0.028 0.101 0.003 0.001 0.057 0.595 23 R 0.028 0.004 0.001 0.021 0.010 0.034 0.128 0.001 0.001 0.040 0.732 24 C 0.015 0.007 0.001 0.029 0.021 0.025 0.150 0.001 0.001 0.028 0.722 25 G 0.153 0.034 0.002 0.028 0.032 0.039 0.155 0.007 0.001 0.114 0.437 26 P 0.014 0.035 0.001 0.047 0.050 0.059 0.171 0.003 0.001 0.060 0.561 27 G 0.007 0.040 0.001 0.148 0.061 0.359 0.078 0.002 0.001 0.059 0.246 28 V 0.014 0.037 0.001 0.147 0.197 0.297 0.050 0.002 0.001 0.075 0.178 29 F 0.008 0.020 0.003 0.274 0.202 0.318 0.029 0.002 0.001 0.047 0.097 30 L 0.052 0.025 0.002 0.160 0.152 0.215 0.047 0.003 0.001 0.062 0.282 31 A 0.021 0.014 0.007 0.188 0.180 0.244 0.067 0.003 0.003 0.043 0.232 32 E 0.041 0.039 0.003 0.089 0.067 0.143 0.082 0.005 0.002 0.046 0.484 33 H 0.299 0.065 0.003 0.030 0.029 0.046 0.077 0.017 0.001 0.081 0.351 34 A 0.071 0.027 0.003 0.027 0.039 0.038 0.128 0.008 0.001 0.100 0.558 35 D 0.044 0.031 0.002 0.037 0.026 0.075 0.108 0.004 0.001 0.066 0.606 36 R 0.049 0.026 0.004 0.034 0.075 0.110 0.108 0.007 0.001 0.080 0.507 37 Y 0.041 0.017 0.003 0.069 0.086 0.114 0.098 0.004 0.001 0.066 0.500 38 S 0.081 0.021 0.003 0.054 0.078 0.133 0.091 0.005 0.001 0.066 0.467 39 C 0.029 0.012 0.003 0.044 0.053 0.087 0.116 0.003 0.001 0.055 0.597 40 G 0.038 0.020 0.002 0.057 0.065 0.141 0.124 0.003 0.001 0.055 0.493 41 R 0.036 0.018 0.002 0.038 0.087 0.158 0.113 0.003 0.001 0.089 0.456 42 C 0.013 0.023 0.002 0.044 0.080 0.113 0.124 0.002 0.001 0.046 0.551 43 G 0.023 0.061 0.002 0.050 0.134 0.223 0.082 0.004 0.001 0.049 0.372 44 Y 0.027 0.089 0.002 0.039 0.130 0.222 0.072 0.004 0.001 0.040 0.375 45 T 0.022 0.110 0.003 0.058 0.171 0.233 0.057 0.004 0.001 0.042 0.300 46 E 0.050 0.134 0.004 0.043 0.155 0.234 0.050 0.006 0.001 0.038 0.284 47 F 0.078 0.134 0.009 0.036 0.125 0.132 0.058 0.012 0.003 0.050 0.364 48 K 0.166 0.119 0.008 0.026 0.093 0.096 0.060 0.014 0.004 0.047 0.366 49 K 0.179 0.061 0.004 0.013 0.028 0.044 0.068 0.008 0.002 0.062 0.531 50 A 0.084 0.039 0.005 0.012 0.025 0.030 0.079 0.007 0.002 0.052 0.665 51 K 0.149 0.018 0.003 0.010 0.019 0.021 0.081 0.005 0.001 0.045 0.648 52 K 0.071 0.010 0.002 0.009 0.015 0.019 0.091 0.003 0.001 0.041 0.737 53 S 0.040 0.007 0.001 0.010 0.010 0.015 0.091 0.002 0.001 0.026 0.797 54 K 0.043 0.010 0.001 0.013 0.014 0.018 0.107 0.002 0.001 0.031 0.760 55 S 0.042 0.013 0.002 0.015 0.018 0.020 0.124 0.003 0.001 0.037 0.727