# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.137 0.021 0.024 0.028 0.097 0.070 0.521 2 Q 0.055 0.193 0.014 0.033 0.048 0.082 0.054 0.521 3 K 0.075 0.121 0.012 0.016 0.043 0.081 0.070 0.582 4 R 0.135 0.132 0.020 0.057 0.079 0.075 0.105 0.397 5 E 0.047 0.066 0.032 0.108 0.177 0.078 0.049 0.445 6 L 0.014 0.017 0.039 0.063 0.138 0.095 0.049 0.586 7 Y 0.007 0.007 0.074 0.315 0.255 0.071 0.060 0.211 8 E 0.030 0.005 0.052 0.075 0.115 0.085 0.062 0.576 9 I 0.633 0.006 0.013 0.022 0.016 0.043 0.035 0.231 10 A 0.415 0.012 0.005 0.011 0.013 0.049 0.012 0.482 11 D 0.012 0.009 0.003 0.003 0.019 0.054 0.003 0.897 12 G 0.007 0.016 0.026 0.050 0.147 0.093 0.015 0.647 13 K 0.017 0.049 0.021 0.494 0.174 0.048 0.030 0.168 14 L 0.032 0.069 0.069 0.173 0.120 0.044 0.041 0.451 15 V 0.085 0.098 0.068 0.196 0.197 0.035 0.062 0.257 16 R 0.108 0.056 0.076 0.148 0.133 0.039 0.104 0.336 17 K 0.099 0.073 0.025 0.064 0.094 0.056 0.065 0.523 18 H 0.147 0.052 0.021 0.062 0.086 0.061 0.080 0.492 19 R 0.022 0.019 0.019 0.057 0.083 0.123 0.048 0.630 20 F 0.031 0.009 0.018 0.020 0.037 0.089 0.040 0.758 21 C 0.329 0.015 0.017 0.039 0.028 0.095 0.073 0.405 22 P 0.095 0.011 0.017 0.012 0.017 0.118 0.045 0.685 23 R 0.012 0.009 0.018 0.008 0.019 0.140 0.025 0.768 24 C 0.043 0.025 0.031 0.011 0.016 0.124 0.027 0.722 25 G 0.195 0.180 0.035 0.037 0.028 0.121 0.102 0.302 26 P 0.026 0.184 0.068 0.016 0.049 0.102 0.044 0.510 27 G 0.038 0.207 0.171 0.061 0.162 0.071 0.103 0.188 28 V 0.034 0.133 0.254 0.133 0.125 0.054 0.095 0.172 29 F 0.020 0.105 0.344 0.105 0.170 0.038 0.104 0.114 30 L 0.068 0.158 0.212 0.094 0.136 0.051 0.085 0.196 31 A 0.059 0.071 0.174 0.110 0.107 0.081 0.106 0.292 32 E 0.048 0.066 0.047 0.031 0.054 0.104 0.083 0.568 33 H 0.194 0.115 0.024 0.020 0.030 0.088 0.126 0.404 34 A 0.068 0.042 0.016 0.021 0.028 0.118 0.108 0.598 35 D 0.048 0.043 0.017 0.018 0.038 0.107 0.151 0.577 36 R 0.042 0.048 0.028 0.045 0.073 0.143 0.104 0.517 37 Y 0.053 0.023 0.047 0.046 0.070 0.134 0.049 0.579 38 S 0.082 0.037 0.049 0.062 0.091 0.121 0.065 0.494 39 C 0.026 0.030 0.052 0.035 0.080 0.119 0.049 0.609 40 G 0.116 0.058 0.059 0.063 0.117 0.122 0.054 0.411 41 R 0.065 0.037 0.040 0.082 0.108 0.110 0.137 0.422 42 C 0.018 0.068 0.047 0.066 0.158 0.102 0.077 0.465 43 G 0.023 0.135 0.047 0.140 0.322 0.061 0.046 0.226 44 Y 0.033 0.145 0.040 0.161 0.232 0.055 0.031 0.304 45 T 0.029 0.283 0.049 0.201 0.229 0.027 0.042 0.141 46 E 0.031 0.369 0.040 0.134 0.160 0.040 0.029 0.196 47 F 0.065 0.258 0.078 0.132 0.136 0.044 0.070 0.217 48 K 0.143 0.237 0.033 0.099 0.072 0.047 0.089 0.280 49 K 0.149 0.117 0.022 0.034 0.041 0.051 0.165 0.422 50 A 0.098 0.080 0.010 0.028 0.033 0.065 0.103 0.584 51 K 0.070 0.024 0.009 0.023 0.031 0.068 0.096 0.678 52 K 0.051 0.011 0.006 0.020 0.027 0.093 0.066 0.726 53 S 0.070 0.011 0.006 0.017 0.024 0.089 0.054 0.729 54 K 0.041 0.007 0.008 0.017 0.029 0.118 0.026 0.753 55 S 0.028 0.007 0.012 0.021 0.041 0.099 0.037 0.754