# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.416 0.096 0.043 0.085 0.077 0.072 0.084 0.054 0.037 0.023 0.013 2 Q 0.301 0.249 0.090 0.150 0.093 0.046 0.034 0.017 0.012 0.007 0.003 3 K 0.055 0.085 0.049 0.131 0.111 0.119 0.196 0.098 0.084 0.045 0.026 4 R 0.026 0.028 0.031 0.089 0.124 0.193 0.199 0.130 0.091 0.057 0.031 5 E 0.108 0.124 0.249 0.304 0.110 0.059 0.029 0.009 0.005 0.003 0.001 6 L 0.005 0.015 0.030 0.090 0.087 0.128 0.224 0.163 0.134 0.074 0.049 7 Y 0.002 0.004 0.008 0.013 0.019 0.034 0.112 0.161 0.252 0.220 0.173 8 E 0.018 0.062 0.223 0.317 0.293 0.045 0.027 0.008 0.004 0.003 0.001 9 I 0.005 0.014 0.058 0.055 0.057 0.101 0.170 0.135 0.160 0.147 0.097 10 A 0.122 0.393 0.070 0.152 0.104 0.051 0.057 0.021 0.016 0.011 0.004 11 D 0.430 0.391 0.028 0.074 0.043 0.013 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 12 G 0.775 0.094 0.026 0.038 0.028 0.014 0.011 0.007 0.004 0.002 0.001 13 K 0.141 0.349 0.052 0.227 0.144 0.045 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 14 L 0.009 0.008 0.011 0.025 0.023 0.059 0.181 0.161 0.230 0.159 0.135 15 V 0.088 0.124 0.131 0.292 0.209 0.079 0.048 0.016 0.008 0.004 0.001 16 R 0.049 0.102 0.213 0.200 0.122 0.109 0.089 0.045 0.039 0.022 0.011 17 K 0.095 0.073 0.103 0.194 0.167 0.124 0.129 0.045 0.037 0.024 0.010 18 H 0.031 0.038 0.062 0.097 0.103 0.149 0.224 0.122 0.093 0.052 0.029 19 R 0.068 0.069 0.255 0.225 0.183 0.072 0.059 0.032 0.019 0.013 0.004 20 F 0.152 0.109 0.191 0.178 0.124 0.090 0.091 0.033 0.019 0.010 0.004 21 C 0.027 0.032 0.038 0.073 0.079 0.122 0.214 0.144 0.134 0.082 0.056 22 P 0.340 0.165 0.093 0.125 0.087 0.057 0.065 0.029 0.022 0.012 0.005 23 R 0.294 0.165 0.116 0.163 0.110 0.058 0.049 0.021 0.013 0.008 0.004 24 C 0.092 0.050 0.039 0.089 0.090 0.117 0.155 0.112 0.110 0.075 0.070 25 G 0.246 0.240 0.051 0.144 0.116 0.065 0.067 0.028 0.022 0.012 0.008 26 P 0.156 0.183 0.063 0.153 0.170 0.082 0.082 0.047 0.036 0.018 0.010 27 G 0.052 0.037 0.028 0.068 0.102 0.114 0.188 0.145 0.131 0.083 0.053 28 V 0.010 0.020 0.025 0.074 0.082 0.115 0.199 0.139 0.148 0.120 0.068 29 F 0.003 0.008 0.013 0.028 0.036 0.056 0.162 0.237 0.210 0.134 0.114 30 L 0.003 0.007 0.018 0.030 0.033 0.043 0.121 0.132 0.207 0.214 0.192 31 A 0.004 0.006 0.020 0.030 0.031 0.057 0.130 0.146 0.213 0.183 0.180 32 E 0.021 0.044 0.103 0.190 0.196 0.131 0.141 0.078 0.051 0.031 0.016 33 H 0.010 0.015 0.025 0.042 0.050 0.101 0.208 0.188 0.155 0.124 0.082 34 A 0.118 0.087 0.105 0.180 0.135 0.105 0.106 0.066 0.045 0.037 0.015 35 D 0.350 0.135 0.133 0.149 0.082 0.050 0.044 0.024 0.017 0.011 0.004 36 R 0.054 0.050 0.056 0.107 0.106 0.147 0.164 0.103 0.095 0.072 0.046 37 Y 0.104 0.073 0.072 0.117 0.111 0.111 0.142 0.092 0.087 0.061 0.031 38 S 0.109 0.111 0.133 0.146 0.122 0.105 0.114 0.061 0.050 0.032 0.017 39 C 0.054 0.056 0.074 0.089 0.091 0.112 0.159 0.125 0.112 0.077 0.052 40 G 0.246 0.112 0.078 0.119 0.095 0.082 0.105 0.061 0.051 0.035 0.017 41 R 0.105 0.090 0.072 0.167 0.156 0.114 0.121 0.070 0.055 0.034 0.018 42 C 0.058 0.043 0.040 0.072 0.076 0.104 0.152 0.132 0.142 0.108 0.072 43 G 0.167 0.179 0.087 0.191 0.143 0.078 0.074 0.034 0.025 0.016 0.007 44 Y 0.057 0.056 0.047 0.108 0.110 0.112 0.158 0.124 0.112 0.073 0.043 45 T 0.091 0.071 0.074 0.148 0.143 0.108 0.145 0.075 0.071 0.049 0.023 46 E 0.058 0.088 0.098 0.186 0.164 0.104 0.146 0.066 0.049 0.029 0.012 47 F 0.016 0.031 0.047 0.079 0.078 0.108 0.221 0.136 0.138 0.094 0.052 48 K 0.034 0.057 0.094 0.159 0.165 0.126 0.184 0.087 0.051 0.031 0.012 49 K 0.183 0.217 0.233 0.173 0.079 0.042 0.041 0.018 0.008 0.005 0.001 50 A 0.139 0.104 0.106 0.162 0.131 0.129 0.139 0.052 0.022 0.012 0.005 51 K 0.427 0.167 0.140 0.103 0.051 0.037 0.040 0.019 0.009 0.006 0.002 52 K 0.305 0.145 0.190 0.153 0.089 0.054 0.041 0.016 0.005 0.002 0.001 53 S 0.235 0.157 0.248 0.113 0.065 0.067 0.061 0.029 0.014 0.008 0.003 54 K 0.211 0.177 0.182 0.148 0.105 0.082 0.061 0.020 0.008 0.003 0.001 55 S 0.467 0.108 0.201 0.082 0.044 0.040 0.031 0.014 0.007 0.004 0.001